iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if libsvdc :
 128         txt += """
 129         libsvdc <- TRUE
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     else :
 133         txt += """
 134         libsvdc <- FALSE
 135         libsvdc.path <- NULL
 136         """
 137
 138     txt +="""
 139     library(Matrix)
 140     data1 <- readMM("%s")
 141     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 142     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 143     """ % DicoPath['TableUc1']
 144
 145     if classif_mode == 0:
 146         txt += """
 147         data2 <- readMM("%s")
 148         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 149         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 150         """ % DicoPath['TableUc2']
 151     log.info('ATTENTION ############# MODEPATATE ####################')
 152     txt += """
 153     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = TRUE, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 154     """
 155
 156     if classif_mode == 0:
 157         txt += """
 158     chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 159     """
 160     else:
 161         txt += """
 162     chd2<-chd1
 163     """
 164
 165     txt += """
 166     #lecture des uce
 167     listuce1<-read.csv2("%s")
 168     """ % DicoPath['listeuce1']
 169
 170     if classif_mode == 0:
 171         txt += """
 172         listuce2<-read.csv2("%s")
 173         """ % DicoPath['listeuce2']
 174
 175     txt += """
 176 #    rm(data1)
 177     """
 178
 179     if classif_mode == 0:
 180         txt += """
 181 #        rm(data2)
 182         """
 183     txt += """
 184     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 185     n1 <- chd.result$n1
 186     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 187     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 188     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 189
 190     txt += """
 191     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 192 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 193 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 194 #    dev.off()
 195     """%DicoPath['arbre1']
 196
 197     if classif_mode == 0:
 198         txt += """
 199         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 200 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 201 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 202 #        dev.off()
 203         """ % DicoPath['arbre2']
 204
 205     txt += """
 206     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 207     save(tree.cut1, file="%s")
 208     classes<-n1[,ncol(n1)]
 209     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 210     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes)
 211     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 212     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 213     dev.off()
 214     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 215
 216     if classif_mode == 0:
 217         txt += """
 218         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 219         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 220         plot(tree.cut2$tree.cl)
 221         dev.off()
 222         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 223         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 224         dev.off()
 225         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 226
 227     txt += """
 228     save.image(file="%s")
 229     """ % DicoPath['RData']
 230     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 231     fileout.write(txt)
 232     fileout.close()
 233
 234 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 235     DicoPath = corpus.dictpathout
 236     param = corpus.parametre
 237     print param
 238     txt = """
 239     source("%s")
 240     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 241     txt += """
 242     source("%s")
 243     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 244     txt += """
 245     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 246     n1 <- result$uce
 247     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 248     txt += """
 249     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 250     plot(result$cl)
 251     dev.off()
 252     """ % (DicoPath['arbre1'])
 253     txt += """
 254     save.image(file="%s")
 255     """ % DicoPath['RData']
 256     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 257     fileout.write(txt)
 258     fileout.close()
 259
 260
 261 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 262     txt = """
 263     source("%s")
 264     source("%s")
 265     source("%s")
 266     source("%s")
 267     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 268
 269     txt += """
 270     nbt <- %i - 1
 271     mincl <- %i
 272     """ % (nbcl, mincl)
 273
 274     txt += """
 275     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 276     n1 <- chd.result$n1
 277     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 278     """ % (DicoPath['Act01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 279
 280     txt += """
 281     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 282     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 283     plot(tree_tot1$tree.cl)
 284     dev.off()
 285     """%DicoPath['arbre1']
 286
 287     txt += """
 288     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 289     tree.cut1 <- tree_cut1
 290     save(tree.cut1, file="%s")
 291     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 292     classes<-n1[,ncol(n1)]
 293     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 294     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 295
 296     txt += """
 297     save.image(file="%s")
 298     """ % DicoPath['RData']
 299     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 300     fileout.write(txt)
 301     fileout.close()
 302
 303 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 304     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 305     txt += """
 306 source("%s")
 307 load("%s")
 308 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 309     txt += """
 310 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 311 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 312 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 313 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 314     txt += """
 315 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 316 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 317 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 318 """
 319     txt += """
 320 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 321 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 322     txt += """
 323 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 324 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 325 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 326 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 327 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 328 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 329 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 330 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 331 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 332 """
 333     txt += """
 334 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 335 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 336 gbcluster<-n1
 337 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 338 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 339     if clnb > 2 :
 340         txt += """
 341     library(ca)
 342     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 343     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 345     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 346     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 347     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 348     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 349     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 350     debsup<-nrow(dataact)+1
 351     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 352     fin<-rowtot
 353     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 354     """
 355     #FIXME : split this!!!
 356         txt += """
 357     source("%s")
 358     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 359
 360         txt += """
 361         afc <- summary.ca.dm(afc)
 362         afc_table <- create_afc_table(afc)
 363         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 364         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 365         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 366         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 367
 368         txt += """
 369         xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 370         ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 371         xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 372         ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 373         """
 374
 375         txt += """
 376     PARCEX<-%s
 377     """ % taillecar
 378         txt += """
 379     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 380     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 381         txt += """
 382     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 383     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 384         txt += """
 385     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 386     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 387         txt += """
 388     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 389     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 390         txt += """
 391     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 392     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 393     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 394     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 395     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 396
 397     txt += """
 398 #rm(dataact)
 399 #rm(datasup)
 400 #rm(dataet)
 401 rm(tablesqrpact)
 402 rm(tablesqrpsup)
 403 rm(tablesqrpet)
 404 save.image(file="%s")
 405 """ % DictChdTxtOut['RData']
 406     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 407     file.write(txt)
 408     file.close()
 409
 410
 411 def write_afc_graph(self):
 412     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 413     else : over = 'FALSE'
 414
 415     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 416     else : do_select_nb = 'FALSE'
 417
 418     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 419     else : do_select_chi = 'FALSE'
 420
 421     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 422     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 423
 424     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 425     else : cex_txt = 'FALSE'
 426
 427     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 428     else : tchi = 'FALSE'
 429
 430     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 431         txt = f.read()
 432
 433 #    self.DictPathOut['RData'], \
 434     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 435     self.param['typegraph'], \
 436     self.param['what'], \
 437     self.param['facteur'][0],\
 438     self.param['facteur'][1], \
 439     self.param['facteur'][2], \
 440     self.param['qui'], \
 441     over,  do_select_nb, \
 442     self.param['select_nb'],  \
 443     do_select_chi, \
 444     self.param['select_chi'], \
 445     do_select_chi_classe, \
 446     self.param['nbchic'], \
 447     cex_txt, \
 448     self.param['txt_min'], \
 449     self.param['txt_max'], \
 450     self.fileout, \
 451     self.param['width'], \
 452     self.param['height'],\
 453     self.param['taillecar'], \
 454     self.param['alpha'], \
 455     self.param['film'], \
 456     tchi,\
 457     self.param['tchi_min'],\
 458     self.param['tchi_max'],\
 459     ffr(os.path.dirname(self.fileout)))
 460     return scripts
 461
 462 def print_simi3d(self):
 463     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 464     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 465     if simi3d.movie.GetValue() :
 466         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 467     else :
 468         movie = 'NULL'
 469
 470     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 471     #    header = 'TRUE'
 472     #else :
 473     #    header = 'FALSE'
 474     header = 'FALSE'
 475     txt += """
 476     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 477     load("%s")
 478     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 479
 480     txt += """
 481     source("%s")
 482     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 483
 484
 485     txt += """
 486     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 487     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 488     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 489     tmp = open(tmpfile,'w')
 490     tmp.write(txt)
 491     tmp.close()
 492     return tmpfile
 493
 494 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 495     if not intxt :
 496         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 497     rownb = len(rownames)
 498     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 499     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 500     if not intxt :
 501         #FIXME
 502         txt = """
 503             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 504             rownames(di)<- %s
 505             colnames(di) <- %s
 506         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 507     else :
 508         txt = intxt
 509     txt += """
 510         load("%s")
 511         library(ape)
 512         source("%s")
 513         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 514         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 515         width <- 500
 516         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 517         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 518         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 519     return txt
 520
 521 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 522     if not intxt :
 523         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 524     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 525     #height =  len(rownames) * 15
 526     rownb = len(rownames)
 527     #if height < 400 :
 528     #    height = 400
 529     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 530     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 531     if not intxt :
 532         #FIXME
 533         txt = """
 534             inf <- NA
 535             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 536             di[is.na(di)] <- max(di, na.rm=TRUE) + 2
 537             rownames(di)<- %s
 538             colnames(di) <- %s
 539         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 540     else :
 541         txt = intxt
 542     txt += """
 543         source("%s")
 544         color = rainbow(nrow(di))
 545         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 546         height <- nrow(di) * 15
 547         if (height < 400) { height <- 400}
 548         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 549         par(mar=c(0,0,0,0))
 550             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 551         par(mar=c(2,2,1,0))
 552         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6))
 553         c <- colMeans(coord)
 554         c1 <- c[-1]
 555         c2 <- c[-length(c)]
 556         cc <- cbind(c1,c2)
 557         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 558         abline(v=lcoord)
 559         if (min(di) < 0) {
 560             amp <- abs(max(di) - min(di))
 561         } else {
 562             amp <- max(di)
 563         }
 564         if (amp < 10) {
 565             d <- 2
 566         } else {
 567             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 568         }
 569         mn <- round(min(di))
 570         mx <- round(max(di))
 571         for (i in mn:mx) {
 572             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 573                 abline(h=i,lty=3)
 574             }
 575         }
 576         par(mar=c(0,0,0,0))
 577         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 578         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 579         dev.off()
 580         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 581     return txt
 582
 583 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 584 #    txt = """
 585 #    library(ca)
 586 #    nd<-%i
 587 #    """ % nd
 588 #    txt += """
 589 #    dataact<-read.csv2("%s")
 590 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 591 #    txt += """
 592 #    datasup<-read.csv2("%s")
 593 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 594 #    txt += """
 595 #    dataet<-read.csv2("%s")
 596 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 597 #    txt += """
 598 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 599 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 600 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 601 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 602 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 603 #    afctot<-afcsup$colcoord
 604 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 605 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 606 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 607 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 608 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 609 #    rcolet<-afcet$colsup
 610 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 611 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 612 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 613 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 614 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 615 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 616 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 617 #    source("%s")
 618 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 619 #    txt += """
 620 #    PARCEX=%s
 621 #    """ % PARCEX
 622 #    #FIXME
 623 #    txt += """
 624 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 625 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 626 #    txt += """
 627 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 628 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 629 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 630 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 631 #    txt += """
 632 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 633 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 634 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 635 #    f.write(txt)
 636 #    f.close()
 637
 638 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 639     def make_script(self) :
 640         self.txtgraph = ''
 641         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 642         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 643         txt = """
 644         dm.path <- "%s"
 645         cn.path <- "%s"
 646         selected.col <- "%s"
 647         """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 648         txt += """
 649         dm <-readMM(dm.path)
 650         cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
 651         colnames(dm) <- cn[,1]
 652         sel.col <- read.csv2(selected.col)
 653         dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
 654         """
 655
 656         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 657             method = 'cooc'
 658             txt += """
 659             method <- 'cooc'
 660             mat <- make.a(dm)
 661             """
 662         else :
 663             txt += """
 664             dm <- as.matrix(dm)
 665             """
 666         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 667             method = 'prcooc'
 668             txt += """
 669             method <- 'Russel'
 670             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 671             """
 672         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 673             method = 'binomial'
 674             txt += """
 675             method <- 'binomial'
 676             mat <- binom.sim(dm)
 677             """
 678         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 679             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 680             txt += """
 681             method <-"%s"
 682             mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 683             """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 684         txt += """
 685         mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 686         mat[is.na(mat)] <- 0
 687         mat[is.infinite(mat)] <- 0
 688         """
 689         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 690         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 691         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 692         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 693         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 694
 695         self.filename=''
 696         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 697         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 698             graphnb = 1
 699             type = 'nplot'
 700             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 701             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 702                 graphnb +=1
 703             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 704         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 705
 706         if self.parametres['arbremax'] :
 707             arbremax = 'TRUE'
 708             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 709         else : arbremax = 'FALSE'
 710
 711         if self.parametres['coeff_tv'] :
 712             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 713             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 714         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 715             coeff_tv = 'NULL'
 716             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 717         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 718         else : coeff_te = 'NULL'
 719
 720         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 721             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 722         else :
 723             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 724         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 725         else : label_v = 'TRUE'
 726
 727         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 728         else : label_e = 'TRUE'
 729
 730         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 731         else : seuil = 'NULL'
 732
 733         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 734         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 735
 736         txt += """
 737         minmaxeff <- %s
 738         """ % tvminmax
 739         txt += """
 740         vcexminmax <- %s
 741         """ % vcexminmax
 742         txt += """
 743         cex = %i/10
 744         """ % self.parametres['cex']
 745
 746         if self.parametres['film'] :
 747             txt += """
 748             film <- "%s"
 749             """ % self.pathout['film']
 750         else :
 751             txt += """
 752             film <- NULL
 753             """
 754         txt += """
 755         seuil <- %s
 756         """ % seuil
 757
 758         txt += """
 759         label.v <- %s
 760         label.e <- %s
 761         """ % (label_v, label_e)
 762         txt += """
 763         cols <- rgb%s
 764         cola <- rgb%s
 765         """ % (cols, cola)
 766         txt += """
 767         width <- %i
 768         height <- %i
 769         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 770         if self.parametres['keep_coord'] :
 771             txt += """
 772             coords <- try(coords, TRUE)
 773             if (!is.matrix(coords)) {
 774                 coords<-NULL
 775             }
 776             """
 777         else :
 778             txt += """
 779             coords <- NULL
 780             """
 781         txt += """
 782         alpha <- %i/100
 783         """ % self.parametres['alpha']
 784         txt += """
 785         alpha <- %i/100
 786         """ % self.parametres['alpha']
 787 #############################################
 788         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 789             txt += """
 790             et <- list()
 791             """
 792             print self.parametres
 793             for i,et in enumerate(self.parametres['stars']) :
 794                 txt+= """
 795                 et[[%i]] <- c(%s)
 796                 """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
 797             txt+= """
 798             unetoile <- c('%s')
 799             """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
 800             txt += """
 801             fsum <- NULL
 802             rs <- rowSums(dm)
 803             for (i in 1:length(unetoile)) {
 804                 print(unetoile[i])
 805                 tosum <- et[[i]]
 806                 if (length(tosum) > 1) {
 807                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 808                 } else {
 809                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 810                 }
 811             }
 812             source("%s")
 813             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 814             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 815             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 816             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 817             #gcol[2] <- 'orange'
 818             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 819             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 820             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 821             cols <- vertex.label.color
 822             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 823
 824             """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 825         else :
 826             txt += """
 827             vertex.label.color <- 'black'
 828             chivertex.size <- 1
 829             leg<-NULL
 830             """
 831 #############################################
 832
 833 #        txt += """
 834 #        eff <- colSums(dm)
 835 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 836 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 837 #        if (max.tree) {
 838 #            if (method == 'cooc') {
 839 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 840 #            } else {
 841 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 842 #            }
 843 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 844 #            if (method == 'cooc') {
 845 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 846 #            } else {
 847 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 848 #            }
 849 #            g.toplot <- g.max
 850 #        } else {
 851 #            g.toplot <- g.ori
 852 #        }
 853 #        """
 854         txt += """
 855         eff <- colSums(dm)
 856         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 857         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 858         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 859
 860         if self.parametres.get('bystar',False) :
 861             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 862                 txt+="""
 863                     label.cex<-chivertex.size
 864                     """
 865             else :
 866                 txt+="""
 867                 label.cex <- NULL
 868                 """
 869             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
 870                 txt += """
 871                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 872                 """
 873             else :
 874                 txt += """
 875                 vertex.size <- NULL
 876                 """
 877         else :
 878             #FIXME
 879             tmpchi = False
 880             if tmpchi :
 881                 txt += """
 882                 lchi <- read.table("%s")
 883                 lchi <- lchi[,1]
 884                 """ % ffr(tmpchi)
 885                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 886                     txt += """
 887                     lchi <- lchi[c%s+1]
 888                     """ % datas
 889             if tmpchi and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 890                 txt += """
 891                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 892                 """
 893             else :
 894                 txt += """
 895             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 896                 label.cex <- NULL
 897             } else {
 898                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 899             }
 900             """
 901             if tmpchi and self.parametres.get('sfromchi', False) :
 902                 txt += """
 903                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 904                 """
 905             else :
 906                 txt += """
 907             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 908                 vertex.size <- NULL
 909             } else {
 910                 vertex.size <- graph.simi$eff
 911             }
 912             """
 913         txt += """ vertex.size <- NULL """
 914         txt += """
 915         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 916         save.image(file="%s")
 917         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
 918
 919         self.add(txt)
 920         self.write()
 921
 922 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
 923     def make_script(self) :
 924         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 925         self.packages(['wordcloud'])
 926         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
 927         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
 928         txt = """
 929         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
 930         selected.col <- read.table("%s")
 931         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
 932         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
 933         maxword <- %i
 934         if (nrow(toprint) > maxword) {
 935             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
 936             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
 937         }
 938         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
 939         par(bg=rgb%s)
 940         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
 941         dev.off()
 942         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
 943         self.add(txt)
 944         self.write()