iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if libsvdc :
 128         txt += """
 129         libsvdc <- TRUE
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     else :
 133         txt += """
 134         libsvdc <- FALSE
 135         libsvdc.path <- NULL
 136         """
 137
 138     txt +="""
 139     library(Matrix)
 140     data1 <- readMM("%s")
 141     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 142     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 143     """ % DicoPath['TableUc1']
 144
 145     if classif_mode == 0:
 146         txt += """
 147         data2 <- readMM("%s")
 148         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 149         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 150         """ % DicoPath['TableUc2']
 151     txt += """
 152     chd1<-CHD(data1, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 153     """
 154
 155     if classif_mode == 0:
 156         txt += """
 157     chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 158     """
 159     else:
 160         txt += """
 161     chd2<-chd1
 162     """
 163
 164     txt += """
 165     #lecture des uce
 166     listuce1<-read.csv2("%s")
 167     """ % DicoPath['listeuce1']
 168
 169     if classif_mode == 0:
 170         txt += """
 171         listuce2<-read.csv2("%s")
 172         """ % DicoPath['listeuce2']
 173
 174     txt += """
 175 #    rm(data1)
 176     """
 177
 178     if classif_mode == 0:
 179         txt += """
 180 #        rm(data2)
 181         """
 182     txt += """
 183     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 184     n1 <- chd.result$n1
 185     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 186     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 187     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 188
 189     txt += """
 190     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 191 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 192 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 193 #    dev.off()
 194     """%DicoPath['arbre1']
 195
 196     if classif_mode == 0:
 197         txt += """
 198         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 199 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 200 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 201 #        dev.off()
 202         """ % DicoPath['arbre2']
 203
 204     txt += """
 205     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 206     save(tree.cut1, file="%s")
 207     classes<-n1[,ncol(n1)]
 208     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 209     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes)
 210     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 211     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 212     dev.off()
 213     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 214
 215     if classif_mode == 0:
 216         txt += """
 217         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 218         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 219         plot(tree.cut2$tree.cl)
 220         dev.off()
 221         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 222         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 223         dev.off()
 224         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 225
 226     txt += """
 227     save.image(file="%s")
 228     """ % DicoPath['RData']
 229     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 230     fileout.write(txt)
 231     fileout.close()
 232
 233 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 234     DicoPath = corpus.dictpathout
 235     param = corpus.parametre
 236     print param
 237     txt = """
 238     source("%s")
 239     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 240     txt += """
 241     source("%s")
 242     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 243     txt += """
 244     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 245     n1 <- result$uce
 246     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 247     txt += """
 248     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 249     plot(result$cl)
 250     dev.off()
 251     """ % (DicoPath['arbre1'])
 252     txt += """
 253     save.image(file="%s")
 254     """ % DicoPath['RData']
 255     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 256     fileout.write(txt)
 257     fileout.close()
 258
 259
 260 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 261     txt = """
 262     source("%s")
 263     source("%s")
 264     source("%s")
 265     source("%s")
 266     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 267
 268     txt += """
 269     nbt <- %i - 1
 270     mincl <- %i
 271     """ % (nbcl, mincl)
 272
 273     txt += """
 274     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 275     n1 <- chd.result$n1
 276     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 277     """ % (DicoPath['Act01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 278
 279     txt += """
 280     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 281     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 282     plot(tree_tot1$tree.cl)
 283     dev.off()
 284     """%DicoPath['arbre1']
 285
 286     txt += """
 287     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 288     tree.cut1 <- tree_cut1
 289     save(tree.cut1, file="%s")
 290     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 291     classes<-n1[,ncol(n1)]
 292     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 293     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 294
 295     txt += """
 296     save.image(file="%s")
 297     """ % DicoPath['RData']
 298     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 299     fileout.write(txt)
 300     fileout.close()
 301
 302 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 303     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 304     txt += """
 305 source("%s")
 306 load("%s")
 307 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 308     txt += """
 309 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 310 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 311 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 312 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 313     txt += """
 314 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 315 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 316 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 317 """
 318     txt += """
 319 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 320 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 321     txt += """
 322 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 323 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 324 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 325 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 326 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 327 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 328 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 329 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 330 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 331 """
 332     txt += """
 333 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 334 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 335 gbcluster<-n1
 336 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 337 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 338     if clnb > 2 :
 339         txt += """
 340     library(ca)
 341     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 342     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 343     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 345     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 346     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 347     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 348     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 349     debsup<-nrow(dataact)+1
 350     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 351     fin<-rowtot
 352     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 353     """
 354     #FIXME : split this!!!
 355         txt += """
 356     source("%s")
 357     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 358
 359         txt += """
 360         afc <- summary.ca.dm(afc)
 361         afc_table <- create_afc_table(afc)
 362         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 363         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 364         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 365         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 366
 367         txt += """
 368         xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 369         ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 370         xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 371         ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 372         """
 373
 374         txt += """
 375     PARCEX<-%s
 376     """ % taillecar
 377         txt += """
 378     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 379     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 380         txt += """
 381     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 382     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 383         txt += """
 384     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 385     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 386         txt += """
 387     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 388     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 389         txt += """
 390     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 391     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 392     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 393     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 394     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 395
 396     txt += """
 397 #rm(dataact)
 398 #rm(datasup)
 399 #rm(dataet)
 400 rm(tablesqrpact)
 401 rm(tablesqrpsup)
 402 rm(tablesqrpet)
 403 save.image(file="%s")
 404 """ % DictChdTxtOut['RData']
 405     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 406     file.write(txt)
 407     file.close()
 408
 409
 410 def write_afc_graph(self):
 411     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 412     else : over = 'FALSE'
 413
 414     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 415     else : do_select_nb = 'FALSE'
 416
 417     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 418     else : do_select_chi = 'FALSE'
 419
 420     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 421     else : cex_txt = 'FALSE'
 422
 423     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 424     else : tchi = 'FALSE'
 425
 426     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 427         txt = f.read()
 428
 429 #    self.DictPathOut['RData'], \
 430     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 431     self.param['typegraph'], \
 432     self.param['what'], \
 433     self.param['facteur'][0],\
 434     self.param['facteur'][1], \
 435     self.param['facteur'][2], \
 436     self.param['qui'], \
 437     over,  do_select_nb, \
 438     self.param['select_nb'],  \
 439     do_select_chi, \
 440     self.param['select_chi'], \
 441     cex_txt, \
 442     self.param['txt_min'], \
 443     self.param['txt_max'], \
 444     self.fileout, \
 445     self.param['width'], \
 446     self.param['height'],\
 447     self.param['taillecar'], \
 448     self.param['alpha'], \
 449     self.param['film'], \
 450     tchi,\
 451     self.param['tchi_min'],\
 452     self.param['tchi_max'],\
 453     ffr(os.path.dirname(self.fileout)))
 454     return scripts
 455
 456 def print_simi3d(self):
 457     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 458     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 459     if simi3d.movie.GetValue() :
 460         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 461     else :
 462         movie = 'NULL'
 463     if self.section == 'chd_dist_quest' :
 464         header = 'TRUE'
 465     else :
 466         header = 'FALSE'
 467     txt += """
 468     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 469     load("%s")
 470     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 471
 472     txt += """
 473     source("%s")
 474     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 475
 476
 477     txt += """
 478     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 479     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 480     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 481     tmp = open(tmpfile,'w')
 482     tmp.write(txt)
 483     tmp.close()
 484     return tmpfile
 485
 486 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 487     if not intxt :
 488         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 489     rownb = len(rownames)
 490     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 491     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 492     if not intxt :
 493         #FIXME
 494         txt = """
 495             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 496             rownames(di)<- %s
 497             colnames(di) <- %s
 498         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 499     else :
 500         txt = intxt
 501     txt += """
 502         load("%s")
 503         library(ape)
 504         source("%s")
 505         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 506         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 507         width <- 500
 508         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 509         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 510         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 511     return txt
 512
 513 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 514     if not intxt :
 515         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 516     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 517     #height =  len(rownames) * 15
 518     rownb = len(rownames)
 519     #if height < 400 :
 520     #    height = 400
 521     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 522     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 523     if not intxt :
 524         #FIXME
 525         txt = """
 526             inf <- NA
 527             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 528             di[is.na(di)] <- max(di, na.rm=TRUE) + 2
 529             rownames(di)<- %s
 530             colnames(di) <- %s
 531         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 532     else :
 533         txt = intxt
 534     txt += """
 535         source("%s")
 536         color = rainbow(nrow(di))
 537         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 538         height <- nrow(di) * 15
 539         if (height < 400) { height <- 400}
 540         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 541         par(mar=c(0,0,0,0))
 542             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 543         par(mar=c(2,2,1,0))
 544         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6))
 545         c <- colMeans(coord)
 546         c1 <- c[-1]
 547         c2 <- c[-length(c)]
 548         cc <- cbind(c1,c2)
 549         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 550         abline(v=lcoord)
 551         if (min(di) < 0) {
 552             amp <- abs(max(di) - min(di))
 553         } else {
 554             amp <- max(di)
 555         }
 556         if (amp < 10) {
 557             d <- 2
 558         } else {
 559             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 560         }
 561         mn <- round(min(di))
 562         mx <- round(max(di))
 563         for (i in mn:mx) {
 564             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 565                 abline(h=i,lty=3)
 566             }
 567         }
 568         par(mar=c(0,0,0,0))
 569         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 570         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 571         dev.off()
 572         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 573     return txt
 574
 575 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 576 #    txt = """
 577 #    library(ca)
 578 #    nd<-%i
 579 #    """ % nd
 580 #    txt += """
 581 #    dataact<-read.csv2("%s")
 582 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 583 #    txt += """
 584 #    datasup<-read.csv2("%s")
 585 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 586 #    txt += """
 587 #    dataet<-read.csv2("%s")
 588 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 589 #    txt += """
 590 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 591 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 592 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 593 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 594 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 595 #    afctot<-afcsup$colcoord
 596 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 597 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 598 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 599 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 600 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 601 #    rcolet<-afcet$colsup
 602 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 603 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 604 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 605 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 606 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 607 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 608 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 609 #    source("%s")
 610 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 611 #    txt += """
 612 #    PARCEX=%s
 613 #    """ % PARCEX
 614 #    #FIXME
 615 #    txt += """
 616 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 617 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 618 #    txt += """
 619 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 620 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 621 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 622 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 623 #    txt += """
 624 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 625 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 626 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 627 #    f.write(txt)
 628 #    f.close()
 629
 630 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 631     def make_script(self) :
 632         self.txtgraph = ''
 633         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 634         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 635         txt = """
 636         dm.path <- "%s"
 637         cn.path <- "%s"
 638         selected.col <- "%s"
 639         """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 640         txt += """
 641         dm <-readMM(dm.path)
 642         cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
 643         colnames(dm) <- cn[,1]
 644         sel.col <- read.csv2(selected.col)
 645         dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
 646         """
 647
 648         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 649             method = 'cooc'
 650             txt += """
 651             method <- 'cooc'
 652             mat <- make.a(dm)
 653             """
 654         else :
 655             txt += """
 656             dm <- as.matrix(dm)
 657             """
 658         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 659             method = 'prcooc'
 660             txt += """
 661             method <- 'Russel'
 662             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 663             """
 664         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 665             method = 'binomial'
 666             txt += """
 667             method <- 'binomial'
 668             mat <- binom.sim(dm)
 669             """
 670         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 671             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 672             txt += """
 673             method <-"%s"
 674             mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 675             """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 676         txt += """
 677         mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 678         mat[is.na(mat)] <- 0
 679         mat[is.infinite(mat)] <- 0
 680         """
 681         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 682         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 683         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 684         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 685         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 686
 687         self.filename=''
 688         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 689         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 690             graphnb = 1
 691             type = 'nplot'
 692             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 693             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 694                 graphnb +=1
 695             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 696         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 697
 698         if self.parametres['arbremax'] :
 699             arbremax = 'TRUE'
 700             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 701         else : arbremax = 'FALSE'
 702
 703         if self.parametres['coeff_tv'] :
 704             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 705             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 706         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 707             coeff_tv = 'NULL'
 708             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 709         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 710         else : coeff_te = 'NULL'
 711
 712         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 713             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 714         else :
 715             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 716         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 717         else : label_v = 'TRUE'
 718
 719         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 720         else : label_e = 'TRUE'
 721
 722         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 723         else : seuil = 'NULL'
 724
 725         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 726         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 727
 728         txt += """
 729         minmaxeff <- %s
 730         """ % tvminmax
 731         txt += """
 732         vcexminmax <- %s
 733         """ % vcexminmax
 734         txt += """
 735         cex = %i/10
 736         """ % self.parametres['cex']
 737
 738         if self.parametres['film'] :
 739             txt += """
 740             film <- "%s"
 741             """ % self.pathout['film']
 742         else :
 743             txt += """
 744             film <- NULL
 745             """
 746         txt += """
 747         seuil <- %s
 748         """ % seuil
 749
 750         txt += """
 751         label.v <- %s
 752         label.e <- %s
 753         """ % (label_v, label_e)
 754         txt += """
 755         cols <- rgb%s
 756         cola <- rgb%s
 757         """ % (cols, cola)
 758         txt += """
 759         width <- %i
 760         height <- %i
 761         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 762         if self.parametres['keep_coord'] :
 763             txt += """
 764             coords <- try(coords, TRUE)
 765             if (!is.matrix(coords)) {
 766                 coords<-NULL
 767             }
 768             """
 769         else :
 770             txt += """
 771             coords <- NULL
 772             """
 773         txt += """
 774         alpha <- %i/100
 775         """ % self.parametres['alpha']
 776         txt += """
 777         alpha <- %i/100
 778         """ % self.parametres['alpha']
 779 #############################################
 780         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 781             txt += """
 782             et <- list()
 783             """
 784             for i,et in enumerate(self.tableau.etline) :
 785                 txt+= """
 786                 et[[%i]] <- c(%s)
 787                 """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
 788             txt+= """
 789             unetoile <- c('%s')
 790             """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
 791             txt += """
 792             fsum <- NULL
 793             rs <- rowSums(dm)
 794             for (i in 1:length(unetoile)) {
 795                 print(unetoile[i])
 796                 tosum <- et[[i]]
 797                 if (length(tosum) > 1) {
 798                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 799                 } else {
 800                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 801                 }
 802             }
 803             source("%s")
 804             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 805             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 806             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 807             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 808             #gcol[2] <- 'orange'
 809             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 810             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 811             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 812             cols <- vertex.label.color
 813             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 814
 815             """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 816         else :
 817             txt += """
 818             vertex.label.color <- 'black'
 819             chivertex.size <- 1
 820             leg<-NULL
 821             """
 822 #############################################
 823
 824 #        txt += """
 825 #        eff <- colSums(dm)
 826 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 827 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 828 #        if (max.tree) {
 829 #            if (method == 'cooc') {
 830 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 831 #            } else {
 832 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 833 #            }
 834 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 835 #            if (method == 'cooc') {
 836 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 837 #            } else {
 838 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 839 #            }
 840 #            g.toplot <- g.max
 841 #        } else {
 842 #            g.toplot <- g.ori
 843 #        }
 844 #        """
 845         txt += """
 846         eff <- colSums(dm)
 847         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 848         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 849         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 850
 851         if self.parametres.get('bystar',False) :
 852             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 853                 txt+="""
 854                     label.cex<-chivertex.size
 855                     """
 856             else :
 857                 txt+="""
 858                 label.cex <- NULL
 859                 """
 860             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
 861                 txt += """
 862                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 863                 """
 864             else :
 865                 txt += """
 866                 vertex.size <- NULL
 867                 """
 868         else :
 869             #FIXME
 870             tmpchi = False
 871             if tmpchi :
 872                 txt += """
 873                 lchi <- read.table("%s")
 874                 lchi <- lchi[,1]
 875                 """ % ffr(tmpchi)
 876                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 877                     txt += """
 878                     lchi <- lchi[c%s+1]
 879                     """ % datas
 880             if tmpchi and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 881                 txt += """
 882                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 883                 """
 884             else :
 885                 txt += """
 886             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 887                 label.cex <- NULL
 888             } else {
 889                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 890             }
 891             """
 892             if tmpchi and self.parametres.get('sfromchi', False) :
 893                 txt += """
 894                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 895                 """
 896             else :
 897                 txt += """
 898             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 899                 vertex.size <- NULL
 900             } else {
 901                 vertex.size <- graph.simi$eff
 902             }
 903             """
 904         txt += """ vertex.size <- NULL """
 905         txt += """
 906         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 907         save.image(file="%s")
 908         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
 909
 910         self.add(txt)
 911         self.write()
 912
 913 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
 914     def make_script(self) :
 915         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 916         self.packages(['wordcloud'])
 917         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
 918         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
 919         txt = """
 920         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
 921         selected.col <- read.table("%s")
 922         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
 923         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
 924         maxword <- %i
 925         if (nrow(toprint) > maxword) {
 926             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
 927             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
 928         }
 929         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
 930         par(bg=rgb%s)
 931         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
 932         dev.off()
 933         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
 934         self.add(txt)
 935         self.write()