iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
 128         txt += """
 129         svd.method <- 'svdlibc'
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     elif svdmethod == 'irlba' :
 133         txt += """
 134         library(irlba)
 135         svd.method <- 'irlba'
 136         libsvdc.path <- NULL
 137         """
 138     else :
 139         txt += """
 140         svd.method = 'svdR'
 141         libsvdc.path <- NULL
 142         """
 143     if mode_patate :
 144         txt += """
 145         mode.patate = TRUE
 146         """
 147     else :
 148         txt += """
 149         mode.patate = FALSE
 150         """
 151     txt +="""
 152     library(Matrix)
 153     data1 <- readMM("%s")
 154     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 155     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 156     """ % DicoPath['TableUc1']
 157
 158     if classif_mode == 0:
 159         txt += """
 160         data2 <- readMM("%s")
 161         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 162         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 163         """ % DicoPath['TableUc2']
 164     txt += """
 165     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 166     """
 167
 168     if classif_mode == 0:
 169         txt += """
 170     chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 171     """
 172     else:
 173         txt += """
 174     chd2<-chd1
 175     """
 176
 177     txt += """
 178     #lecture des uce
 179     listuce1<-read.csv2("%s")
 180     """ % DicoPath['listeuce1']
 181
 182     if classif_mode == 0:
 183         txt += """
 184         listuce2<-read.csv2("%s")
 185         """ % DicoPath['listeuce2']
 186
 187     txt += """
 188     rm(data1)
 189     """
 190
 191     if classif_mode == 0:
 192         txt += """
 193         rm(data2)
 194         """
 195     txt += """
 196     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 197     n1 <- chd.result$n1
 198     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 199     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 200     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 201
 202     txt += """
 203     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 204 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 205 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 206 #    dev.off()
 207     """%DicoPath['arbre1']
 208
 209     if classif_mode == 0:
 210         txt += """
 211         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 212 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 213 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 214 #        dev.off()
 215         """ % DicoPath['arbre2']
 216
 217     txt += """
 218     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 219     save(tree.cut1, file="%s")
 220     classes<-n1[,ncol(n1)]
 221     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 222     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 223     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 224     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 225     dev.off()
 226     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 227
 228     if classif_mode == 0:
 229         txt += """
 230         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 231         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 232         plot(tree.cut2$tree.cl)
 233         dev.off()
 234         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 235         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 236         dev.off()
 237         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 238
 239     txt += """
 240     save.image(file="%s")
 241     """ % DicoPath['RData']
 242     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 243     fileout.write(txt)
 244     fileout.close()
 245
 246 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 247     DicoPath = corpus.dictpathout
 248     param = corpus.parametre
 249     print param
 250     txt = """
 251     source("%s")
 252     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 253     txt += """
 254     source("%s")
 255     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 256     txt += """
 257     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 258     n1 <- result$uce
 259     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 260     txt += """
 261     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 262     plot(result$cl)
 263     dev.off()
 264     """ % (DicoPath['arbre1'])
 265     txt += """
 266     save.image(file="%s")
 267     """ % DicoPath['RData']
 268     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 269     fileout.write(txt)
 270     fileout.close()
 271
 272
 273 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 274     txt = """
 275     source("%s")
 276     source("%s")
 277     source("%s")
 278     source("%s")
 279     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 280
 281     txt += """
 282     nbt <- %i - 1
 283     mincl <- %i
 284     """ % (nbcl, mincl)
 285
 286     txt += """
 287     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 288     n1 <- chd.result$n1
 289     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 290     """ % (DicoPath['mat01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 291
 292     txt += """
 293     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 294     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 295     plot(tree_tot1$tree.cl)
 296     dev.off()
 297     """%DicoPath['arbre1']
 298
 299     txt += """
 300     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 301     tree.cut1 <- tree_cut1
 302     save(tree.cut1, file="%s")
 303     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 304     classes<-n1[,ncol(n1)]
 305     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 306     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 307
 308     txt += """
 309     save.image(file="%s")
 310     """ % DicoPath['RData']
 311     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 312     fileout.write(txt)
 313     fileout.close()
 314
 315 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 316     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 317     txt += """
 318 source("%s")
 319 load("%s")
 320 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 321     txt += """
 322 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 323 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 324 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 325 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 326     txt += """
 327 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 328 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 329 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 330 """
 331     txt += """
 332 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 333 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 334     txt += """
 335 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 336 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 337 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 338 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 339 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 340 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 341 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 342 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 343 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 344 """
 345     txt += """
 346 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 347 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 348 gbcluster<-n1
 349 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 350 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 351     if clnb > 2 :
 352         txt += """
 353     library(ca)
 354     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 355     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 356     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 357     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 358     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 359     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 360     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 361     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 362     debsup<-nrow(dataact)+1
 363     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 364     fin<-rowtot
 365     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 366     """
 367     #FIXME : split this!!!
 368         txt += """
 369     source("%s")
 370     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 371
 372         txt += """
 373         afc <- summary.ca.dm(afc)
 374         afc_table <- create_afc_table(afc)
 375         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 376         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 377         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 378         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 379
 380         txt += """
 381         #xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 382         #ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 383         #xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 384         #ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 385         """
 386
 387         txt += """
 388     PARCEX<-%s
 389     xmin <- min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
 390     xmax <- max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
 391     ymin <- min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
 392     ymax <- max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
 393     print(xmin)
 394     print(xmax)
 395     print(ymin)
 396     print(ymax)
 397     """ % taillecar
 398         txt += """
 399     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 400     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 401         txt += """
 402     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 403     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 404         txt += """
 405     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 406     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 407         txt += """
 408     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 409     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 410 #        txt += """
 411  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 412  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 413   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 414  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 415  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 416
 417     txt += """
 418 #rm(dataact)
 419 #rm(datasup)
 420 #rm(dataet)
 421 rm(tablesqrpact)
 422 rm(tablesqrpsup)
 423 rm(tablesqrpet)
 424 save.image(file="%s")
 425 """ % DictChdTxtOut['RData']
 426     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 427     file.write(txt)
 428     file.close()
 429
 430
 431 def write_afc_graph(self):
 432     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 433     else : over = 'FALSE'
 434
 435     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 436     else : do_select_nb = 'FALSE'
 437
 438     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 439     else : do_select_chi = 'FALSE'
 440
 441     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 442     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 443
 444     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 445     else : cex_txt = 'FALSE'
 446
 447     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 448     else : tchi = 'FALSE'
 449
 450     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 451     else : svg = 'FALSE'
 452
 453     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 454         txt = f.read()
 455
 456 #    self.DictPathOut['RData'], \
 457     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 458     self.param['typegraph'], \
 459     self.param['what'], \
 460     self.param['facteur'][0],\
 461     self.param['facteur'][1], \
 462     self.param['facteur'][2], \
 463     self.param['qui'], \
 464     over,  do_select_nb, \
 465     self.param['select_nb'],  \
 466     do_select_chi, \
 467     self.param['select_chi'], \
 468     do_select_chi_classe, \
 469     self.param['nbchic'], \
 470     cex_txt, \
 471     self.param['txt_min'], \
 472     self.param['txt_max'], \
 473     self.fileout, \
 474     self.param['width'], \
 475     self.param['height'],\
 476     self.param['taillecar'], \
 477     self.param['alpha'], \
 478     self.param['film'], \
 479     tchi,\
 480     self.param['tchi_min'],\
 481     self.param['tchi_max'],\
 482     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 483     svg)
 484     return scripts
 485
 486 def print_simi3d(self):
 487     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 488     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 489     if simi3d.movie.GetValue() :
 490         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 491     else :
 492         movie = 'NULL'
 493
 494     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 495     #    header = 'TRUE'
 496     #else :
 497     #    header = 'FALSE'
 498     header = 'FALSE'
 499     txt += """
 500     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 501     load("%s")
 502     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 503
 504     txt += """
 505     source("%s")
 506     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 507
 508
 509     txt += """
 510     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 511     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 512     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 513     tmp = open(tmpfile,'w')
 514     tmp.write(txt)
 515     tmp.close()
 516     return tmpfile
 517
 518 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 519     if not intxt :
 520         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 521     rownb = len(rownames)
 522     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 523     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 524     if not intxt :
 525         #FIXME
 526         txt = """
 527             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 528             rownames(di)<- %s
 529             colnames(di) <- %s
 530         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 531     else :
 532         txt = intxt
 533     txt += """
 534         load("%s")
 535         library(ape)
 536         source("%s")
 537         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 538         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 539         width <- 500
 540         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 541         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 542         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 543     return txt
 544
 545 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 546     if not intxt :
 547         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 548     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 549     #height =  len(rownames) * 15
 550     rownb = len(rownames)
 551     #if height < 400 :
 552     #    height = 400
 553     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 554     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 555     if not intxt :
 556         #FIXME
 557         txt = """
 558             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 559             toinf <- which(di == Inf)
 560             tominf <- which(di == -Inf)
 561             if (length(toinf)) {
 562                 di[toinf] <- NA
 563                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 564                 if (valmax <= 0) {
 565                     valmax <- 2
 566                 } else {
 567                     valmax <- valmax + 2
 568                 }
 569                 di[toinf] <- valmax
 570             }
 571             if (length(tominf)) {
 572                 di[tominf] <- NA
 573                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 574                 if (valmin >=0) {
 575                     valmin <- -2
 576                 } else {
 577                     valmin <- valmin - 2
 578                 }
 579                 di[tominf] <- valmin
 580             }
 581             rownames(di)<- %s
 582             colnames(di) <- %s
 583         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 584     else :
 585         txt = intxt
 586     txt += """
 587         source("%s")
 588         color = rainbow(nrow(di))
 589         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 590         height <- nrow(di) * 15
 591         if (height < 400) { height <- 400}
 592         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 593         par(mar=c(0,0,0,0))
 594             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 595         par(mar=c(2,2,1,0))
 596         yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 597         ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 598         ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 599         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp))
 600         if (length(toinf)) {
 601             coordinf <- coord[toinf]
 602             valinf <- di[toinf]
 603             text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 604         }
 605         if (length(tominf)) {
 606             coordinf <- coord[toinf]
 607             valinf <- di[toinf]
 608             text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 609         }
 610         c <- colMeans(coord)
 611         c1 <- c[-1]
 612         c2 <- c[-length(c)]
 613         cc <- cbind(c1,c2)
 614         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 615         abline(v=lcoord)
 616         if (min(di) < 0) {
 617             amp <- abs(max(di) - min(di))
 618         } else {
 619             amp <- max(di)
 620         }
 621         if (amp < 10) {
 622             d <- 2
 623         } else {
 624             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 625         }
 626         mn <- round(min(di))
 627         mx <- round(max(di))
 628         for (i in mn:mx) {
 629             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 630                 abline(h=i,lty=3)
 631             }
 632         }
 633         par(mar=c(0,0,0,0))
 634         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 635         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 636         dev.off()
 637         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 638     return txt
 639
 640 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 641 #    txt = """
 642 #    library(ca)
 643 #    nd<-%i
 644 #    """ % nd
 645 #    txt += """
 646 #    dataact<-read.csv2("%s")
 647 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 648 #    txt += """
 649 #    datasup<-read.csv2("%s")
 650 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 651 #    txt += """
 652 #    dataet<-read.csv2("%s")
 653 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 654 #    txt += """
 655 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 656 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 657 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 658 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 659 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 660 #    afctot<-afcsup$colcoord
 661 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 662 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 663 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 664 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 665 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 666 #    rcolet<-afcet$colsup
 667 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 668 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 669 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 670 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 671 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 672 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 673 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 674 #    source("%s")
 675 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 676 #    txt += """
 677 #    PARCEX=%s
 678 #    """ % PARCEX
 679 #    #FIXME
 680 #    txt += """
 681 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 682 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 683 #    txt += """
 684 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 685 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 686 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 687 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 688 #    txt += """
 689 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 690 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 691 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 692 #    f.write(txt)
 693 #    f.close()
 694
 695 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 696     def make_script(self) :
 697         self.txtgraph = ''
 698         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 699         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 700         txt = ''
 701         if not self.parametres['keep_coord'] :
 702             txt += """
 703             dm.path <- "%s"
 704             cn.path <- "%s"
 705             selected.col <- "%s"
 706             """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 707             txt += """
 708             dm <-readMM(dm.path)
 709             cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
 710             colnames(dm) <- cn[,1]
 711             sel.col <- read.csv2(selected.col)
 712             dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
 713             """
 714         else :
 715             txt += """
 716             load("%s")
 717             """ % self.pathout['RData.RData']
 718
 719         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 720             method = 'cooc'
 721             if not self.parametres['keep_coord'] :
 722                 txt += """
 723                 method <- 'cooc'
 724                 mat <- make.a(dm)
 725                 """
 726         else :
 727             if not self.parametres['keep_coord'] :
 728                 txt += """
 729                 dm <- as.matrix(dm)
 730                 """
 731         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 732             method = 'prcooc'
 733             txt += """
 734             method <- 'Russel'
 735             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 736             """
 737         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 738             method = 'binomial'
 739             if not self.parametres['keep_coord'] :
 740                 txt += """
 741                 method <- 'binomial'
 742                 mat <- binom.sim(dm)
 743                 """
 744         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 745             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 746             if not self.parametres['keep_coord'] :
 747                 txt += """
 748                 method <-"%s"
 749                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 750                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 751         if not self.parametres['keep_coord'] :
 752             txt += """
 753             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 754             mat[is.na(mat)] <- 0
 755             mat[is.infinite(mat)] <- 0
 756             """
 757         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 758         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 759         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 760         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 761         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 762
 763
 764         self.filename=''
 765         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 766         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 767             graphnb = 1
 768             type = 'nplot'
 769             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 770             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 771                 graphnb +=1
 772             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 773         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 774
 775         if self.parametres['arbremax'] :
 776             arbremax = 'TRUE'
 777             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 778         else : arbremax = 'FALSE'
 779
 780         if self.parametres['coeff_tv'] :
 781             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 782             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 783         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 784             coeff_tv = 'NULL'
 785             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 786         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 787         else : coeff_te = 'NULL'
 788
 789         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 790             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 791         else :
 792             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 793         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 794         else : label_v = 'TRUE'
 795
 796         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 797         else : label_e = 'TRUE'
 798
 799         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 800         else : seuil = 'NULL'
 801
 802         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 803         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 804
 805         txt += """
 806         minmaxeff <- %s
 807         """ % tvminmax
 808         txt += """
 809         vcexminmax <- %s
 810         """ % vcexminmax
 811         txt += """
 812         cex = %i/10
 813         """ % self.parametres['cex']
 814
 815         if self.parametres['film'] :
 816             txt += """
 817             film <- "%s"
 818             """ % self.pathout['film']
 819         else :
 820             txt += """
 821             film <- NULL
 822             """
 823         txt += """
 824         seuil <- %s
 825         """ % seuil
 826
 827         txt += """
 828         label.v <- %s
 829         label.e <- %s
 830         """ % (label_v, label_e)
 831         txt += """
 832         cols <- rgb%s
 833         cola <- rgb%s
 834         """ % (cols, cola)
 835         txt += """
 836         width <- %i
 837         height <- %i
 838         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 839         if self.parametres['keep_coord'] :
 840             txt += """
 841             coords <- try(coords, TRUE)
 842             if (!is.matrix(coords)) {
 843                 coords<-NULL
 844             }
 845             """
 846         else :
 847             txt += """
 848             coords <- NULL
 849             """
 850         txt += """
 851         alpha <- %i/100
 852         """ % self.parametres['alpha']
 853         txt += """
 854         alpha <- %i/100
 855         """ % self.parametres['alpha']
 856 #############################################
 857         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 858             txt += """
 859             et <- list()
 860             """
 861             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 862                 txt+= """
 863                 et[[%i]] <- c(%s)
 864                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 865             txt+= """
 866             unetoile <- c('%s')
 867             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 868             txt += """
 869             fsum <- NULL
 870             rs <- rowSums(dm)
 871             for (i in 1:length(unetoile)) {
 872                 print(unetoile[i])
 873                 tosum <- et[[i]]
 874                 if (length(tosum) > 1) {
 875                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 876                 } else {
 877                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 878                 }
 879             }
 880             source("%s")
 881             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 882             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 883             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 884             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 885             #gcol[2] <- 'orange'
 886             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 887             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 888             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 889             cols <- vertex.label.color
 890             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 891
 892             """ % (self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 893         else :
 894             txt += """
 895             vertex.label.color <- 'black'
 896             chivertex.size <- 1
 897             leg<-NULL
 898             """
 899 #############################################
 900
 901 #        txt += """
 902 #        eff <- colSums(dm)
 903 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 904 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 905 #        if (max.tree) {
 906 #            if (method == 'cooc') {
 907 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 908 #            } else {
 909 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 910 #            }
 911 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 912 #            if (method == 'cooc') {
 913 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 914 #            } else {
 915 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 916 #            }
 917 #            g.toplot <- g.max
 918 #        } else {
 919 #            g.toplot <- g.ori
 920 #        }
 921 #        """
 922         txt += """
 923         eff <- colSums(dm)
 924         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 925         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 926         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 927
 928         if self.parametres.get('bystar',False) :
 929             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 930                 txt+="""
 931                     label.cex<-chivertex.size
 932                     """
 933             else :
 934                 txt+="""
 935                 label.cex <- NULL
 936                 """
 937             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
 938                 txt += """
 939                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 940                 """
 941             else :
 942                 txt += """
 943                 vertex.size <- NULL
 944                 """
 945         else :
 946             #FIXME
 947             tmpchi = False
 948             if tmpchi :
 949                 txt += """
 950                 lchi <- read.table("%s")
 951                 lchi <- lchi[,1]
 952                 """ % ffr(tmpchi)
 953                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 954                     txt += """
 955                     lchi <- lchi[c%s+1]
 956                     """ % datas
 957             if tmpchi and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 958                 txt += """
 959                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 960                 """
 961             else :
 962                 txt += """
 963             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 964                 label.cex <- NULL
 965             } else {
 966                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 967             }
 968             """
 969             if tmpchi and self.parametres.get('sfromchi', False) :
 970                 txt += """
 971                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 972                 """
 973             else :
 974                 txt += """
 975             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 976                 vertex.size <- NULL
 977             } else {
 978                 vertex.size <- graph.simi$eff
 979             }
 980             """
 981         txt += """ vertex.size <- NULL """
 982         txt += """
 983         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 984         save.image(file="%s")
 985         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
 986
 987         self.add(txt)
 988         self.write()
 989
 990 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
 991     def make_script(self) :
 992         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 993         self.packages(['wordcloud'])
 994         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
 995         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
 996         txt = """
 997         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
 998         selected.col <- read.table("%s")
 999         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
1000         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
1001         maxword <- %i
1002         if (nrow(toprint) > maxword) {
1003             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
1004             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
1005         }
1006         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
1007         par(bg=rgb%s)
1008         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
1009         dev.off()
1010         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
1011         self.add(txt)
1012         self.write()