iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.scriptout = self.pathout['temp']
  21         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  22
  23     def add(self, txt) :
  24         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  25
  26     def defvar(self, name, value) :
  27         self.add(' <- '.join([name, value]))
  28
  29     def defvars(self, lvars) :
  30         for val in lvars :
  31             self.defvar(val[0],val[1])
  32
  33     def sources(self, lsources) :
  34         for source in lsources :
  35             self.add('source("%s")' % source)
  36
  37     def load(self, l) :
  38         for val in l :
  39             self.add('load("%s")' % val)
  40
  41     def write(self) :
  42         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  43             f.write(self.script)
  44
  45
  46 class chdtxt(PrintRScript) :
  47     pass
  48
  49
  50 class Alceste2(PrintRScript) :
  51     def doscript(self) :
  52         self.sources(['chdfunct'])
  53         self.load(['Rdata'])
  54         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  55                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  56                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  57                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  58                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  59                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  60                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  61                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  62
  63         self.defvars(lvars)
  64
  65
  66
  67 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  68 #    txt += """
  69 #source("%s")
  70 #load("%s")
  71 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  72 #    txt += """
  73 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  74 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  75 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  76 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  77 #    txt += """
  78 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  79 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  80 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  81 #"""
  82 #    txt += """
  83 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  84 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  85 #    txt += """
  86 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  87 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  88 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  89 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  90 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  91 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  92 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
  93 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
  94 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
  95 #"""
  96 #    txt += """
  97 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
  98 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
  99 #gbcluster<-n1
 100 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 101 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 102 #
 103
 104
 105 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
 106     txt = """
 107     source("%s")
 108     source("%s")
 109     source("%s")
 110     source("%s")
 111     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 112     if R_max_mem :
 113         txt += """
 114     memory.limit(%i)
 115         """ % R_max_mem
 116
 117     txt += """
 118     nbt <- %i
 119     """ % nbt
 120     if libsvdc :
 121         txt += """
 122         libsvdc <- TRUE
 123         libsvdc.path <- "%s"
 124         """ % ffr(libsvdc_path)
 125     else :
 126         txt += """
 127         libsvdc <- FALSE
 128         libsvdc.path <- NULL
 129         """
 130
 131     txt +="""
 132     library(Matrix)
 133     data1 <- readMM("%s")
 134     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 135     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 136     """ % DicoPath['TableUc1']
 137
 138     if classif_mode == 0:
 139         txt += """
 140         data2 <- readMM("%s")
 141         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 142         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 143         """ % DicoPath['TableUc2']
 144     txt += """
 145     chd1<-CHD(data1, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 146     """
 147
 148     if classif_mode == 0:
 149         txt += """
 150     chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 151     """
 152     else:
 153         txt += """
 154     chd2<-chd1
 155     """
 156
 157     txt += """
 158     #lecture des uce
 159     listuce1<-read.csv2("%s")
 160     """ % DicoPath['listeuce1']
 161
 162     if classif_mode == 0:
 163         txt += """
 164         listuce2<-read.csv2("%s")
 165         """ % DicoPath['listeuce2']
 166
 167     txt += """
 168 #    rm(data1)
 169     """
 170
 171     if classif_mode == 0:
 172         txt += """
 173 #        rm(data2)
 174         """
 175     txt += """
 176     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 177     n1 <- chd.result$n1
 178     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 179     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 180     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 181
 182     txt += """
 183     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 184 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 185 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 186 #    dev.off()
 187     """%DicoPath['arbre1']
 188
 189     if classif_mode == 0:
 190         txt += """
 191         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 192 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 193 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 194 #        dev.off()
 195         """ % DicoPath['arbre2']
 196
 197     txt += """
 198     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 199     save(tree.cut1, file="%s")
 200     classes<-n1[,ncol(n1)]
 201     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 202     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes)
 203     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 204     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 205     dev.off()
 206     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 207
 208     if classif_mode == 0:
 209         txt += """
 210         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 211         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 212         plot(tree.cut2$tree.cl)
 213         dev.off()
 214         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 215         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 216         dev.off()
 217         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 218
 219     txt += """
 220     save.image(file="%s")
 221     """ % DicoPath['RData']
 222     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 223     fileout.write(txt)
 224     fileout.close()
 225
 226 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 227     DicoPath = corpus.dictpathout
 228     param = corpus.parametre
 229     print param
 230     txt = """
 231     source("%s")
 232     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 233     txt += """
 234     source("%s")
 235     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 236     txt += """
 237     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 238     n1 <- result$uce
 239     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 240     txt += """
 241     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 242     plot(result$cl)
 243     dev.off()
 244     """ % (DicoPath['arbre1'])
 245     txt += """
 246     save.image(file="%s")
 247     """ % DicoPath['RData']
 248     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 249     fileout.write(txt)
 250     fileout.close()
 251
 252
 253 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 254     txt = """
 255     source("%s")
 256     source("%s")
 257     source("%s")
 258     source("%s")
 259     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 260
 261     txt += """
 262     nbt <- %i - 1
 263     mincl <- %i
 264     """ % (nbcl, mincl)
 265
 266     txt += """
 267     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 268     n1 <- chd.result$n1
 269     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 270     """ % (DicoPath['Act01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 271
 272     txt += """
 273     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 274     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 275     plot(tree_tot1$tree.cl)
 276     dev.off()
 277     """%DicoPath['arbre1']
 278
 279     txt += """
 280     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 281     tree.cut1 <- tree_cut1
 282     save(tree.cut1, file="%s")
 283     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 284     classes<-n1[,ncol(n1)]
 285     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 286     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 287
 288     txt += """
 289     save.image(file="%s")
 290     """ % DicoPath['RData']
 291     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 292     fileout.write(txt)
 293     fileout.close()
 294
 295 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 296     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 297     txt += """
 298 source("%s")
 299 load("%s")
 300 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 301     txt += """
 302 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 303 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 304 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 305 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 306     txt += """
 307 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 308 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 309 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 310 """
 311     txt += """
 312 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 313 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 314     txt += """
 315 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 316 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 317 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 318 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 319 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 320 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 321 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 322 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 323 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 324 """
 325     txt += """
 326 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 327 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 328 gbcluster<-n1
 329 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 330 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 331     if clnb > 2 :
 332         txt += """
 333     library(ca)
 334     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 335     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 336     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 337     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 338     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 339     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 340     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 341     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 342     debsup<-nrow(dataact)+1
 343     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 344     fin<-rowtot
 345     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 346     """
 347     #FIXME : split this!!!
 348         txt += """
 349     source("%s")
 350     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 351
 352         txt += """
 353         afc <- summary.ca.dm(afc)
 354         afc_table <- create_afc_table(afc)
 355         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 356         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 357         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 358         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 359
 360         txt += """
 361         xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 362         ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 363         xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 364         ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 365         """
 366
 367         txt += """
 368     PARCEX<-%s
 369     """ % taillecar
 370         txt += """
 371     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 372     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 373         txt += """
 374     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 375     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 376         txt += """
 377     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 378     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 379         txt += """
 380     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 381     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 382         txt += """
 383     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 384     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 385     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 386     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 387     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 388
 389     txt += """
 390 #rm(dataact)
 391 #rm(datasup)
 392 #rm(dataet)
 393 rm(tablesqrpact)
 394 rm(tablesqrpsup)
 395 rm(tablesqrpet)
 396 save.image(file="%s")
 397 """ % DictChdTxtOut['RData']
 398     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 399     file.write(txt)
 400     file.close()
 401
 402
 403 def write_afc_graph(self):
 404     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 405     else : over = 'FALSE'
 406
 407     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 408     else : do_select_nb = 'FALSE'
 409
 410     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 411     else : do_select_chi = 'FALSE'
 412
 413     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 414     else : cex_txt = 'FALSE'
 415
 416     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 417     else : tchi = 'FALSE'
 418
 419     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 420         txt = f.read()
 421
 422 #    self.DictPathOut['RData'], \
 423     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 424     self.param['typegraph'], \
 425     self.param['what'], \
 426     self.param['facteur'][0],\
 427     self.param['facteur'][1], \
 428     self.param['facteur'][2], \
 429     self.param['qui'], \
 430     over,  do_select_nb, \
 431     self.param['select_nb'],  \
 432     do_select_chi, \
 433     self.param['select_chi'], \
 434     cex_txt, \
 435     self.param['txt_min'], \
 436     self.param['txt_max'], \
 437     self.fileout, \
 438     self.param['width'], \
 439     self.param['height'],\
 440     self.param['taillecar'], \
 441     self.param['alpha'], \
 442     self.param['film'], \
 443     tchi,\
 444     self.param['tchi_min'],\
 445     self.param['tchi_max'],\
 446     ffr(os.path.dirname(self.fileout)))
 447     return scripts
 448
 449 def print_simi3d(self):
 450     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 451     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 452     if simi3d.movie.GetValue() :
 453         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 454     else :
 455         movie = 'NULL'
 456     if self.section == 'chd_dist_quest' :
 457         header = 'TRUE'
 458     else :
 459         header = 'FALSE'
 460     txt += """
 461     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 462     load("%s")
 463     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 464
 465     txt += """
 466     source("%s")
 467     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 468
 469
 470     txt += """
 471     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 472     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 473     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 474     tmp = open(tmpfile,'w')
 475     tmp.write(txt)
 476     tmp.close()
 477     return tmpfile
 478
 479 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 480     if not intxt :
 481         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 482     rownb = len(rownames)
 483     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 484     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 485     if not intxt :
 486         #FIXME
 487         txt = """
 488             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 489             rownames(di)<- %s
 490             colnames(di) <- %s
 491         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 492     else :
 493         txt = intxt
 494     txt += """
 495         load("%s")
 496         library(ape)
 497         source("%s")
 498         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 499         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 500         width <- 500
 501         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 502         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 503         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 504     return txt
 505
 506 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 507     if not intxt :
 508         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 509     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 510     #height =  len(rownames) * 15
 511     rownb = len(rownames)
 512     #if height < 400 :
 513     #    height = 400
 514     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 515     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 516     if not intxt :
 517         #FIXME
 518         txt = """
 519             inf <- NA
 520             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 521             di[is.na(di)] <- max(di, na.rm=TRUE) + 2
 522             rownames(di)<- %s
 523             colnames(di) <- %s
 524         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 525     else :
 526         txt = intxt
 527     txt += """
 528         source("%s")
 529         color = rainbow(nrow(di))
 530         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 531         height <- nrow(di) * 15
 532         if (height < 400) { height <- 400}
 533         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 534         par(mar=c(0,0,0,0))
 535             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 536         par(mar=c(2,2,1,0))
 537         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6))
 538         c <- colMeans(coord)
 539         c1 <- c[-1]
 540         c2 <- c[-length(c)]
 541         cc <- cbind(c1,c2)
 542         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 543         abline(v=lcoord)
 544         if (min(di) < 0) {
 545             amp <- abs(max(di) - min(di))
 546         } else {
 547             amp <- max(di)
 548         }
 549         if (amp < 10) {
 550             d <- 2
 551         } else {
 552             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 553         }
 554         mn <- round(min(di))
 555         mx <- round(max(di))
 556         for (i in mn:mx) {
 557             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 558                 abline(h=i,lty=3)
 559             }
 560         }
 561         par(mar=c(0,0,0,0))
 562         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 563         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 564         dev.off()
 565         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 566     return txt
 567
 568 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 569 #    txt = """
 570 #    library(ca)
 571 #    nd<-%i
 572 #    """ % nd
 573 #    txt += """
 574 #    dataact<-read.csv2("%s")
 575 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 576 #    txt += """
 577 #    datasup<-read.csv2("%s")
 578 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 579 #    txt += """
 580 #    dataet<-read.csv2("%s")
 581 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 582 #    txt += """
 583 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 584 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 585 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 586 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 587 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 588 #    afctot<-afcsup$colcoord
 589 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 590 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 591 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 592 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 593 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 594 #    rcolet<-afcet$colsup
 595 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 596 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 597 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 598 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 599 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 600 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 601 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 602 #    source("%s")
 603 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 604 #    txt += """
 605 #    PARCEX=%s
 606 #    """ % PARCEX
 607 #    #FIXME
 608 #    txt += """
 609 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 610 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 611 #    txt += """
 612 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 613 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 614 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 615 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 616 #    txt += """
 617 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 618 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 619 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 620 #    f.write(txt)
 621 #    f.close()
 622