iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #License: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr, PathOut
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s", encoding = \'utf8\')' % ffr(source))
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % ffr(val))
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdtxt']), ffr(RscriptPath['anacor']), ffr(RscriptPath['Rgraph']))
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
 128         txt += """
 129         svd.method <- 'svdlibc'
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     elif svdmethod == 'irlba' :
 133         txt += """
 134         library(irlba)
 135         svd.method <- 'irlba'
 136         libsvdc.path <- NULL
 137         """
 138     else :
 139         txt += """
 140         svd.method = 'svdR'
 141         libsvdc.path <- NULL
 142         """
 143     if mode_patate :
 144         txt += """
 145         mode.patate = TRUE
 146         """
 147     else :
 148         txt += """
 149         mode.patate = FALSE
 150         """
 151     txt +="""
 152     library(Matrix)
 153     data1 <- readMM("%s")
 154     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 155     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 156     """ % ffr(DicoPath['TableUc1'])
 157
 158     if classif_mode == 0:
 159         txt += """
 160         data2 <- readMM("%s")
 161         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 162         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 163         """ % ffr(DicoPath['TableUc2'])
 164     txt += """
 165     log1 <- "%s"
 166     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path, log.file = log1)
 167     """ % ffr(DicoPath['log-chd1.txt'])
 168
 169     if classif_mode == 0:
 170         txt += """
 171     log2 <- "%s"
 172     chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path, log.file = log2)
 173     """ % ffr(DicoPath['log-chd2.txt'])
 174
 175     txt += """
 176     #lecture des uce
 177     listuce1<-read.csv2("%s")
 178     """ % ffr(DicoPath['listeuce1'])
 179
 180     if classif_mode == 0:
 181         txt += """
 182         listuce2<-read.csv2("%s")
 183         """ % ffr(DicoPath['listeuce2'])
 184
 185     txt += """
 186     rm(data1)
 187     """
 188
 189     if classif_mode == 0:
 190         txt += """
 191         rm(data2)
 192         """
 193     txt += """
 194     classif_mode <- %i
 195     mincl <- %i
 196     uceout <- "%s"
 197     if (classif_mode == 0) {
 198         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd2, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 199     } else {
 200         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd1, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 201     }
 202     n1 <- chd.result$n1
 203     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 204     classes<-n1[,ncol(n1)]
 205     write.csv2(n1, file="%s")
 206     rm(n1)
 207     """ % (classif_mode, mincl, ffr(DicoPath['uce']), ffr(DicoPath['n1.csv']))
 208
 209     txt += """
 210     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 211 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 212 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 213 #    dev.off()
 214     """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
 215
 216     if classif_mode == 0:
 217         txt += """
 218         classeuce2 <- chd.result$cuce2
 219         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 220 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 221 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 222 #        dev.off()
 223         """ % ffr(DicoPath['arbre2'] )
 224
 225     txt += """
 226     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 227     save(tree.cut1, file="%s")
 228
 229     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 230     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 231     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 232     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 233     dev.off()
 234     """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']), ffr(DicoPath['arbre1']))
 235
 236     if classif_mode == 0:
 237         txt += """
 238         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 239         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 240         plot(tree.cut2$tree.cl)
 241         dev.off()
 242         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 243         plot(tree.cut2$dendro_tot_cl)
 244         dev.off()
 245         """ % (ffr(DicoPath['dendro2']), ffr(DicoPath['arbre2']))
 246
 247     txt += """
 248
 249     #save.image(file="%s")
 250     """ % (ffr(DicoPath['RData']))
 251
 252     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 253     fileout.write(txt)
 254     fileout.close()
 255
 256 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 257     DicoPath = corpus.pathout
 258     param = corpus.parametres
 259     txt = """
 260     source("%s")
 261     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 262     txt += """
 263     source("%s")
 264     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 265     txt += """
 266     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 267     n1 <- result$uce
 268     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 269     txt += """
 270     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 271     plot(result$cl)
 272     dev.off()
 273     """ % (DicoPath['arbre1'])
 274     txt += """
 275     save.image(file="%s")
 276     """ % DicoPath['RData']
 277     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 278     fileout.write(txt)
 279     fileout.close()
 280
 281
 282 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 283     txt = """
 284     source("%s")
 285     source("%s")
 286     source("%s")
 287     source("%s")
 288     """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdquest']), ffr(RscriptPath['anacor']),ffr(RscriptPath['Rgraph']))
 289
 290     txt += """
 291     nbt <- %i - 1
 292     mincl <- %i
 293     """ % (nbcl, mincl)
 294
 295     txt += """
 296     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 297     n1 <- chd.result$n1
 298     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 299     """ % (ffr(DicoPath['mat01.csv']), ffr(DicoPath['listeuce1']), ffr(DicoPath['uce']))
 300
 301     txt += """
 302     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 303     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 304     plot(tree_tot1$tree.cl)
 305     dev.off()
 306     """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
 307
 308     txt += """
 309     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 310     tree.cut1 <- tree_cut1
 311     save(tree.cut1, file="%s")
 312     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 313     classes<-n1[,ncol(n1)]
 314     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes, histo = TRUE)
 315     """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']))
 316
 317     txt += """
 318     save.image(file="%s")
 319     """ % ffr(DicoPath['RData'])
 320     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 321     fileout.write(txt)
 322     fileout.close()
 323
 324 def ReinertTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 325     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 326     txt += """
 327 source("%s")
 328 #load("%s")
 329 n1 <- read.csv2("%s")
 330 """ % (ffr(RscriptsPath['chdfunct']), ffr(DictChdTxtOut['RData']), ffr(DictChdTxtOut['n1.csv']))
 331     txt += """
 332 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 333 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 334 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 335 """ % (ffr(DictChdTxtOut['Contout']), ffr(DictChdTxtOut['ContSupOut']), ffr(DictChdTxtOut['ContEtOut']))
 336     txt += """
 337 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 338 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 339 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 340 """
 341     txt += """
 342 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 343 """ % (ffr(DictChdTxtOut['PROFILE_OUT']), ffr(DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT']))
 344     txt += """
 345 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 346 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 347 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 348 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 349 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 350 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 351 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 352 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 353 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 354 """
 355     txt += """
 356 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 357 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 358 gbcluster<-n1
 359 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 360 """ % (ffr(DictChdTxtOut['chisqtable']), ffr(DictChdTxtOut['ptable']), ffr(DictChdTxtOut['SbyClasseOut']))
 361     if clnb > 2 :
 362         txt += """
 363     library(ca)
 364     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 365     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 366     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 367     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 368     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 369     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 370     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 371     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 372     debsup<-nrow(dataact)+1
 373     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 374     fin<-rowtot
 375     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 376     """
 377     #FIXME : split this!!!
 378         txt += """
 379     source("%s")
 380     """ % ffr(RscriptsPath['Rgraph'])
 381
 382         txt += """
 383         afc <- summary.ca.dm(afc)
 384         afc_table <- create_afc_table(afc)
 385         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 386         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 387         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 388         """ % (ffr(DictChdTxtOut['afc_facteur']), ffr(DictChdTxtOut['afc_col']), ffr(DictChdTxtOut['afc_row']))
 389
 390         txt += """
 391     PARCEX<-%s
 392     """ % taillecar
 393         txt += """
 394     xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 395     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT']))
 396         txt += """
 397     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 398     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT']))
 399         txt += """
 400         if ((fin - debet) > 2) {
 401     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active = FALSE)
 402         }
 403     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT']))
 404         txt += """
 405     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 406     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT']))
 407 #        txt += """
 408  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 409  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 410   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 411  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 412  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 413
 414     txt += """
 415 #rm(dataact)
 416 #rm(datasup)
 417 #rm(dataet)
 418 rm(tablesqrpact)
 419 rm(tablesqrpsup)
 420 rm(tablesqrpet)
 421 save.image(file="%s")
 422 """ % ffr(DictChdTxtOut['RData'])
 423     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 424     file.write(txt)
 425     file.close()
 426
 427
 428 def write_afc_graph(self):
 429     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 430     else : over = 'FALSE'
 431
 432     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 433     else : do_select_nb = 'FALSE'
 434
 435     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 436     else : do_select_chi = 'FALSE'
 437
 438     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 439     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 440
 441     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 442     else : cex_txt = 'FALSE'
 443
 444     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 445     else : tchi = 'FALSE'
 446
 447     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 448     else : svg = 'FALSE'
 449
 450     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 451         txt = f.read()
 452
 453 #    self.DictPathOut['RData'], \
 454     scripts = txt % (ffr(self.RscriptsPath['Rgraph']),\
 455     self.param['typegraph'], \
 456     self.param['what'], \
 457     self.param['facteur'][0],\
 458     self.param['facteur'][1], \
 459     self.param['facteur'][2], \
 460     self.param['qui'], \
 461     over,  do_select_nb, \
 462     self.param['select_nb'],  \
 463     do_select_chi, \
 464     self.param['select_chi'], \
 465     do_select_chi_classe, \
 466     self.param['nbchic'], \
 467     cex_txt, \
 468     self.param['txt_min'], \
 469     self.param['txt_max'], \
 470     self.fileout, \
 471     self.param['width'], \
 472     self.param['height'],\
 473     self.param['taillecar'], \
 474     self.param['alpha'], \
 475     self.param['film'], \
 476     tchi,\
 477     self.param['tchi_min'],\
 478     self.param['tchi_max'],\
 479     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 480     svg)
 481     return scripts
 482
 483 def print_simi3d(self):
 484     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 485     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 486     if simi3d.movie.GetValue() :
 487         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 488     else :
 489         movie = 'NULL'
 490
 491     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 492     #    header = 'TRUE'
 493     #else :
 494     #    header = 'FALSE'
 495     header = 'FALSE'
 496     txt += """
 497     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 498     load("%s")
 499     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 500
 501     txt += """
 502     source("%s")
 503     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 504
 505
 506     txt += """
 507     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 508     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 509     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 510     tmp = open(tmpfile,'w')
 511     tmp.write(txt)
 512     tmp.close()
 513     return tmpfile
 514
 515 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 516     if not intxt :
 517         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 518     rownb = len(rownames)
 519     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 520     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 521     if not intxt :
 522         #FIXME
 523         txt = """
 524             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 525             rownames(di)<- %s
 526             colnames(di) <- %s
 527         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 528     else :
 529         txt = intxt
 530     txt += """
 531         load("%s")
 532         library(ape)
 533         source("%s")
 534         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 535         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 536         width <- 500
 537         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 538         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 539         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 540     return txt
 541
 542 def barplot(table, parametres, intxt = False) :
 543     if not intxt :
 544         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 545     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 546     #height =  len(rownames) * 15
 547     rownb = len(parametres['rownames'])
 548     #if height < 400 :
 549     #    height = 400
 550     rownames = 'c("' + '","'.join(parametres['rownames']) + '")'
 551     colnames = 'c("' + '","'.join(parametres['colnames']) + '")'
 552
 553     if not intxt :
 554         #FIXME
 555         txt = """
 556             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 557             toinf <- which(di == Inf)
 558             tominf <- which(di == -Inf)
 559             if (length(toinf)) {
 560                 di[toinf] <- NA
 561                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 562                 if (valmax <= 0) {
 563                     valmax <- 2
 564                 } else {
 565                     valmax <- valmax + 2
 566                 }
 567                 di[toinf] <- valmax
 568             }
 569             if (length(tominf)) {
 570                 di[tominf] <- NA
 571                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 572                 if (valmin >=0) {
 573                     valmin <- -2
 574                 } else {
 575                     valmin <- valmin - 2
 576                 }
 577                 di[tominf] <- valmin
 578             }
 579             rownames(di)<- %s
 580             colnames(di) <- %s
 581         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 582     else :
 583         txt = intxt
 584     if not 'tree' in parametres :
 585         txt += """
 586             source("%s")
 587             color = rainbow(nrow(di))
 588             width <- %i
 589             height <- %i
 590             open_file_graph("%s",width = width, height = height, svg = %s)
 591                 par(mar=c(0,0,0,0))
 592             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 593             par(mar=c(8,4,1,0))
 594             yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 595             ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 596             ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 597             coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp), las = 2)
 598             if (length(toinf)) {
 599                 coordinf <- coord[toinf]
 600                 valinf <- di[toinf]
 601                 text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 602             }
 603             if (length(tominf)) {
 604                 coordinf <- coord[toinf]
 605                 valinf <- di[toinf]
 606                 text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 607             }
 608             c <- colMeans(coord)
 609             c1 <- c[-1]
 610             c2 <- c[-length(c)]
 611             cc <- cbind(c1,c2)
 612             lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 613             abline(v=lcoord)
 614             if (min(di) < 0) {
 615                 amp <- abs(max(di) - min(di))
 616             } else {
 617                 amp <- max(di)
 618             }
 619             if (amp < 10) {
 620                 d <- 2
 621             } else {
 622                 d <- signif(amp%%/%%10,1)
 623             }
 624             mn <- round(min(di))
 625             mx <- round(max(di))
 626             for (i in mn:mx) {
 627                 if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 628                     abline(h=i,lty=3)
 629                 }
 630             }
 631             par(mar=c(0,0,0,0))
 632             plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 633             legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 634             dev.off()
 635             """ % (ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 636     else :
 637         txt += """
 638         load("%s")
 639         library(ape)
 640         source("%s")
 641         width = %i
 642         height = %i
 643         open_file_graph("%s", width=width, height=height, svg = %s)
 644         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 645         """ % (ffr(parametres['tree']), ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 646     return txt
 647
 648 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 649 #    txt = """
 650 #    library(ca)
 651 #    nd<-%i
 652 #    """ % nd
 653 #    txt += """
 654 #    dataact<-read.csv2("%s")
 655 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 656 #    txt += """
 657 #    datasup<-read.csv2("%s")
 658 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 659 #    txt += """
 660 #    dataet<-read.csv2("%s")
 661 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 662 #    txt += """
 663 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 664 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 665 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 666 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 667 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 668 #    afctot<-afcsup$colcoord
 669 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 670 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 671 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 672 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 673 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 674 #    rcolet<-afcet$colsup
 675 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 676 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 677 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 678 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 679 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 680 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 681 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 682 #    source("%s")
 683 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 684 #    txt += """
 685 #    PARCEX=%s
 686 #    """ % PARCEX
 687 #    #FIXME
 688 #    txt += """
 689 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 690 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 691 #    txt += """
 692 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 693 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 694 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 695 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 696 #    txt += """
 697 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 698 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 699 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 700 #    f.write(txt)
 701 #    f.close()
 702
 703 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 704     def make_script(self) :
 705         self.txtgraph = ''
 706         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 707         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 708         txt = ''
 709         if not self.parametres['keep_coord'] and not (self.parametres['type'] == 'simimatrix' or self.parametres['type'] == 'simiclustermatrix') :
 710             txt += """
 711             dm.path <- "%s"
 712             cn.path <- "%s"
 713             selected.col <- "%s"
 714             """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['actives.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
 715             if 'word' in self.parametres :
 716                 txt += """
 717                 word <- TRUE
 718                 index <- %i + 1
 719                 """ % self.parametres['word']
 720             else :
 721                 txt += """
 722                 word <- FALSE
 723                 """
 724             txt += """
 725             dm <-readMM(dm.path)
 726             cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
 727             colnames(dm) <- cn[,1]
 728             if (file.exists(selected.col)) {
 729                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 730                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 731             } else {
 732                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 733             }
 734             if (!word) {
 735                 dm <- dm[, sel.col]
 736             } else {
 737                 forme <- colnames(dm)[index]
 738                 if (!index %in% sel.col) {
 739                     sel.col <- append(sel.col, index)
 740                 }
 741                 dm <- dm[, sel.col]
 742                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 743             }
 744             """
 745         elif not self.parametres['keep_coord'] and (self.parametres['type'] == 'simimatrix' or self.parametres['type'] == 'simiclustermatrix'):
 746             txt += """
 747             dm.path <- "%s"
 748             selected.col <- "%s"
 749             """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
 750             if 'word' in self.parametres :
 751                 txt += """
 752                 word <- TRUE
 753                 index <- %i + 1
 754                 """ % self.parametres['word']
 755             else :
 756                 txt += """
 757                 word <- FALSE
 758                 """
 759             txt += """
 760             dm <-read.csv2(dm.path)
 761             dm <- as.matrix(dm)
 762             if (file.exists(selected.col)) {
 763                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 764                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 765             } else {
 766                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 767             }
 768             if (!word) {
 769                 dm <- dm[, sel.col]
 770             } else {
 771                 forme <- colnames(dm)[index]
 772                 if (!index %in% sel.col) {
 773                     sel.col <- append(sel.col, index)
 774                 }
 775                 dm <- dm[, sel.col]
 776                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 777             }
 778             """
 779         else :
 780             txt += """
 781             load("%s")
 782             """ % ffr(self.pathout['RData.RData'])
 783
 784         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 785             method = 'cooc'
 786             if not self.parametres['keep_coord'] :
 787                 txt += """
 788                 method <- 'cooc'
 789                 mat <- make.a(dm)
 790                 """
 791         else :
 792             if not self.parametres['keep_coord'] :
 793                 txt += """
 794                 dm <- as.matrix(dm)
 795                 """
 796         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 797             method = 'prcooc'
 798             txt += """
 799             method <- 'Russel'
 800             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 801             """
 802         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 803             method = 'binomial'
 804             if not self.parametres['keep_coord'] :
 805                 txt += """
 806                 method <- 'binomial'
 807                 mat <- binom.sim(dm)
 808                 """
 809         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 810             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 811             if not self.parametres['keep_coord'] :
 812                 txt += """
 813                 method <-"%s"
 814                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 815                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 816         if not self.parametres['keep_coord'] :
 817             txt += """
 818             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 819             mat[is.na(mat)] <- 0
 820             if (length(which(mat == Inf))) {
 821                 infp <- which(mat == Inf)
 822                 mat[infp] <- NA
 823                 maxmat <- max(mat, na.rm = TRUE)
 824                 if (maxmat > 0) {
 825                 maxmat <- maxmat + 1
 826                 } else {
 827                     maxmat <- 0
 828                 }
 829                 mat[infp] <- maxmat
 830             }
 831             if (length(which(mat == -Inf))) {
 832                 infm <- which(mat == -Inf)
 833                 mat[infm] <- NA
 834                 minmat <- min(mat, na.rm = TRUE)
 835                 if (maxmat < 0) {
 836                 minmat <- minmat - 1
 837                 } else {
 838                     minmat <- 0
 839                 }
 840                 mat[infm] <- minmat
 841             }
 842             """
 843         if 'word' in self.parametres and not self.parametres['keep_coord'] :
 844             txt += """
 845             mat <- graph.word(mat, index)
 846             cs <- colSums(mat)
 847             if (length(cs)) mat <- mat[,-which(cs==0)]
 848             rs <- rowSums(mat)
 849             if (length(rs)) mat <- mat[-which(rs==0),]
 850             if (length(cs)) dm <- dm[, -which(cs==0)]
 851             """
 852
 853         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 854         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 855         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 856         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 857         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 858
 859
 860         self.filename=''
 861         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 862         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 863             graphnb = 1
 864             type = 'nplot'
 865             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 866             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 867                 graphnb +=1
 868             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 869         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 870         if self.parametres['type_graph'] == 3 :
 871             graphnb = 1
 872             type = 'web'
 873             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 874             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb))):
 875                 graphnb +=1
 876             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb)))
 877             os.mkdir(self.filename)
 878             self.filename = os.path.join(self.filename, 'gexf.gexf')
 879         if self.parametres['type_graph'] == 4 :
 880             graphnb = 1
 881             type = 'rglweb'
 882             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 883             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb))):
 884                 graphnb +=1
 885             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb)))
 886             os.mkdir(self.filename)
 887
 888         if self.parametres['arbremax'] :
 889             arbremax = 'TRUE'
 890             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 891         else : arbremax = 'FALSE'
 892
 893         if self.parametres['coeff_tv'] :
 894             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 895             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 896         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 897             coeff_tv = 'NULL'
 898             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 899         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 900         else : coeff_te = 'NULL'
 901
 902         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 903             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 904         else :
 905             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 906         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 907         else : label_v = 'TRUE'
 908
 909         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 910         else : label_e = 'TRUE'
 911
 912         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 913         else : seuil = 'NULL'
 914
 915         if not self.parametres.get('edgecurved', False) :
 916             ec = 'FALSE'
 917         else :
 918             ec = 'TRUE'
 919
 920         txt += """
 921         edge.curved <- %s
 922         """ % ec
 923
 924         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 925         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 926
 927         txt += """
 928         minmaxeff <- %s
 929         """ % tvminmax
 930         txt += """
 931         vcexminmax <- %s
 932         """ % vcexminmax
 933         txt += """
 934         cex = %i/10
 935         """ % self.parametres['cex']
 936
 937         if self.parametres['film'] :
 938             txt += """
 939             film <- "%s"
 940             """ % self.pathout['film']
 941         else :
 942             txt += """
 943             film <- NULL
 944             """
 945         txt += """
 946         seuil <- %s
 947         if (!is.null(seuil)) {
 948             if (method!='cooc') {
 949                 seuil <- seuil/100
 950             }
 951         }
 952         """ % seuil
 953
 954         txt += """
 955         label.v <- %s
 956         label.e <- %s
 957         """ % (label_v, label_e)
 958         txt += """
 959         cols <- rgb%s
 960         cola <- rgb%s
 961         """ % (cols, cola)
 962         txt += """
 963         width <- %i
 964         height <- %i
 965         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 966         if self.parametres['keep_coord'] :
 967             txt += """
 968             coords <- try(coords, TRUE)
 969             if (!is.matrix(coords)) {
 970                 coords<-NULL
 971             }
 972             """
 973         else :
 974             txt += """
 975             coords <- NULL
 976             """
 977         txt += """
 978         alpha <- %i/100
 979         """ % self.parametres['alpha']
 980         txt += """
 981         alpha <- %i/100
 982         """ % self.parametres['alpha']
 983 #############################################
 984         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 985             txt += """
 986             et <- list()
 987             """
 988             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 989                 txt+= """
 990                 et[[%i]] <- c(%s)
 991                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 992             txt+= """
 993             unetoile <- c('%s')
 994             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 995             txt += """
 996             fsum <- NULL
 997             rs <- rowSums(dm)
 998             for (i in 1:length(unetoile)) {
 999                 print(unetoile[i])
1000                 tosum <- et[[i]]
1001                 if (length(tosum) > 1) {
1002                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
1003                 } else {
1004                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
1005                 }
1006             }
1007             source("%s")
1008             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
1009             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
1010             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
1011             gcol <- rainbow(length(unetoile))
1012             #gcol[2] <- 'orange'
1013             vertex.label.color <- gcol[dcol]
1014             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
1015             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
1016             cols <- vertex.label.color
1017             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
1018
1019             """ % (ffr(self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct']))
1020         else :
1021             txt += """
1022             vertex.label.color <- 'black'
1023             chivertex.size <- 1
1024             leg<-NULL
1025             """
1026 #############################################
1027
1028 #        txt += """
1029 #        eff <- colSums(dm)
1030 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
1031 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
1032 #        if (max.tree) {
1033 #            if (method == 'cooc') {
1034 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
1035 #            } else {
1036 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
1037 #            }
1038 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
1039 #            if (method == 'cooc') {
1040 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
1041 #            } else {
1042 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
1043 #            }
1044 #            g.toplot <- g.max
1045 #        } else {
1046 #            g.toplot <- g.ori
1047 #        }
1048 #        """
1049         if self.parametres['com'] :
1050             com = `self.parametres['communities']`
1051         else :
1052             com = 'NULL'
1053         if self.parametres['halo'] :
1054             halo = 'TRUE'
1055         else :
1056             halo = 'FALSE'
1057         txt += """
1058         communities <- %s
1059         halo <- %s
1060         """ % (com, halo)
1061         txt += """
1062         eff <- colSums(dm)
1063         x <- list(mat = mat, eff = eff)
1064         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords, communities = communities, halo = halo)
1065         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
1066
1067         if self.parametres.get('bystar',False) :
1068             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1069                 txt+="""
1070                     label.cex<-chivertex.size
1071                     """
1072             else :
1073                 txt+="""
1074                 label.cex <- cex
1075                 """
1076             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
1077                 txt += """
1078                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1079                 """
1080             else :
1081                 txt += """
1082                 vertex.size <- NULL
1083                 """
1084         else :
1085             #print self.parametres
1086             if (self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('tmpchi', False)) or (self.parametres['type'] in ['simimatrix','simiclustermatrix'] and 'tmpchi' in self.parametres):
1087                 txt += """
1088                 lchi <- read.table("%s")
1089                 lchi <- lchi[,1]
1090                 """ % ffr(self.parametres['tmpchi'])
1091                 txt += """
1092                     lchi <- lchi[sel.col]
1093                     """
1094             if self.parametres['type'] in ['clustersimitxt', 'simimatrix', 'simiclustermatrix'] and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1095                 txt += """
1096                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
1097                 """
1098             else :
1099                 txt += """
1100             if (is.null(vcexminmax[1])) {
1101                 label.cex <- cex
1102             } else {
1103                 label.cex <- graph.simi$label.cex
1104             }
1105             """
1106             if (self.parametres['type'] in ['clustersimitxt', 'simimatrix', 'simiclustermatrix']) and self.parametres.get('sfromchi', False):
1107                 txt += """
1108                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1109                 if (!length(vertex.size)) vertex.size <- 0
1110                 """
1111             else :
1112                 txt += """
1113             if (is.null(minmaxeff[1])) {
1114                 vertex.size <- 0
1115             } else {
1116                 vertex.size <- graph.simi$eff
1117             }
1118             """
1119         #txt += """ vertex.size <- NULL """
1120         if self.parametres['svg'] : svg = 'TRUE'
1121         else : svg = 'FALSE'
1122         txt += """
1123         svg <- %s
1124         """ % svg
1125         txt += """
1126         vertex.col <- cols
1127         if (!is.null(graph.simi$com)) {
1128             com <- graph.simi$com
1129             colm <- rainbow(length(com))
1130             if (vertex.size != 0 || graph.simi$halo) {
1131                 vertex.label.color <- 'black'
1132                 vertex.col <- colm[membership(com)]
1133             } else {
1134                 vertex.label.color <- colm[membership(com)]
1135             }
1136         }
1137         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = vertex.col, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film, edge.curved = edge.curved, svg = svg)
1138         save.image(file="%s")
1139         """ % (type, self.filename, ffr(self.pathout['RData']))
1140
1141         self.add(txt)
1142         self.write()
1143
1144 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
1145     def make_script(self) :
1146         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1147         self.packages(['wordcloud'])
1148         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
1149         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
1150         if self.parametres['svg'] :
1151             svg = 'TRUE'
1152         else :
1153             svg = 'FALSE'
1154         txt = """
1155         svg <- %s
1156         """ % svg
1157         txt += """
1158         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
1159         selected.col <- read.table("%s")
1160         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
1161         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
1162         maxword <- %i
1163         if (nrow(toprint) > maxword) {
1164             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
1165             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
1166         }
1167         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i , svg = svg)
1168         par(bg=rgb%s)
1169         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
1170         dev.off()
1171         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
1172         self.add(txt)
1173         self.write()
1174
1175 class ProtoScript(PrintRScript) :
1176     def make_script(self) :
1177         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph'], self.analyse.parent.RscriptsPath['prototypical.R']])
1178         self.packages(['wordcloud'])
1179         if self.parametres.get('cloud', False) :
1180             cloud = 'TRUE'
1181         else :
1182             cloud = 'FALSE'
1183         txt = """
1184         errorn <- function(x) {
1185             qnorm(0.975)*sd(x)/sqrt(lenght(n))
1186         }
1187         errort <- function(x) {
1188             qt(0.975,df=lenght(x)-1)*sd(x)/sqrt(lenght(x))
1189         }
1190         mat <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t', quote='"', dec='.')
1191         open_file_graph("%s",height=800, width=1000)
1192         prototypical(mat, mfreq = %s, mrank = %s, cloud = FALSE, cexrange=c(1,2.4), cexalpha= c(0.4, 1), type = '%s')
1193         dev.off()
1194         """ % (ffr(self.analyse.pathout['table.csv']), ffr(self.analyse.pathout['proto.png']), self.parametres['limfreq'], self.parametres['limrang'], self.parametres['typegraph'])
1195         self.add(txt)
1196         self.write()
1197
1198
1199 class ExportAfc(PrintRScript) :
1200     def make_script(self) :
1201         self.source([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1202         self.packages(['rgexf'])
1203         txt = """
1204         """
1205
1206 class MergeGraphes(PrintRScript) :
1207     def __init__(self, parametres):
1208         self.script = u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
1209         self.pathout = PathOut()
1210         self.parametres = parametres
1211         self.scriptout = self.pathout['temp']
1212
1213     def make_script(self) :
1214         #FIXME
1215
1216         txt = """
1217         library(igraph)
1218         library(Matrix)
1219         graphs <- list()
1220         """
1221         load = """
1222         load("%s")
1223         g <- graph.simi$graph
1224         V(g)$weight <- (graph.simi$mat.eff/nrow(dm))*100
1225         graphs[['%s']] <- g
1226         """
1227         for i, graph in enumerate(self.parametres['lgraphes']) :
1228             path = os.path.dirname(graph)
1229             gname = ''.join(['g', `i`])
1230             RData = os.path.join(path,'RData.RData')
1231             txt += load % (ffr(RData), gname)
1232         self.add(txt)
1233         self.sources(['/home/pierre/workspace/iramuteq/Rscripts/simi.R'])
1234         txt = """
1235         ng <- merge.graph(graphs)
1236         ngraph <- list(graph=ng, layout=layout.fruchterman.reingold(ng, dim=3), labex.cex=V(ng)$weight)
1237         write.graph(ng, "%s", format = 'graphml')
1238         """ % ffr(self.parametres['grapheout'])
1239         self.add(txt)
1240
1241 class TgenSpecScript(PrintRScript):
1242     def make_script(self):
1243         self.packages(['textometry'])
1244         txt = """
1245         tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
1246         """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
1247         txt += """
1248         tot <- tgen[nrow(tgen), ]
1249         result <- NULL
1250         tgen <- tgen[-nrow(tgen),]
1251         for (i in 1:nrow(tgen)) {
1252             mat <- rbind(tgen[i,], tot - tgen[i,])
1253             specmat <- specificities(mat)
1254             result <- rbind(result, specmat[1,])
1255         }
1256         colnames(result) <- colnames(tgen)
1257         row.names(result) <- rownames(tgen)
1258         write.table(result, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1259         """ % ffr(self.pathout['tgenspec.csv'])
1260         self.add(txt)
1261
1262 class TgenProfScript(PrintRScript):
1263     def make_script(self):
1264         self.sources([self.analyse.ira.RscriptsPath['chdfunct']])
1265         txt = """
1266         tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
1267         """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
1268         txt += """
1269         res <- build.prof.tgen(tgen)
1270         write.table(res$chi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1271         write.table(res$pchi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1272         """ % (ffr(self.pathout['tgenchi2.csv']), ffr(self.pathout['tgenpchi2.csv']))
1273         self.add(txt)
1274
1275 class FreqMultiScript(PrintRScript):
1276     def make_script(self):
1277         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1278         txt = """
1279         freq <- read.csv2("%s", row.names=1, sep='\\t', dec='.')
1280         """ % ffr(self.pathout['frequences.csv'])
1281         txt += """
1282         toplot <- freq[order(freq[,2]) ,2]
1283         toplot.names = rownames(freq)[order(freq[,2])]
1284         h <- 80 + (20 * nrow(freq))
1285         open_file_graph("%s",height=h, width=500)
1286         par(mar=c(3,20,3,3))
1287         barplot(toplot, names = toplot.names, horiz=TRUE, las =1, col = rainbow(nrow(freq)))
1288         dev.off()
1289         """ % ffr(self.pathout['barplotfreq.png'])
1290         txt += """
1291         toplot <- freq[order(freq[,4]) ,4]
1292         toplot.names = rownames(freq)[order(freq[,4])]
1293         open_file_graph("%s",height=h, width=500)
1294         par(mar=c(3,20,3,3))
1295         barplot(toplot, names = toplot.names, horiz=TRUE, las =1, col = rainbow(nrow(freq)))
1296         dev.off()
1297         """ % ffr(self.pathout['barplotrow.png'])
1298         self.add(txt)
1299         self.write()