iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def load(self, l) :
  39         for val in l :
  40             self.add('load("%s")' % val)
  41
  42     def write(self) :
  43         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  44             f.write(self.script)
  45
  46
  47 class chdtxt(PrintRScript) :
  48     pass
  49
  50
  51 class Alceste2(PrintRScript) :
  52     def doscript(self) :
  53         self.sources(['chdfunct'])
  54         self.load(['Rdata'])
  55         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  56                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  57                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  58                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  59                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  60                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  61                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  62                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  63
  64         self.defvars(lvars)
  65
  66
  67
  68 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  69 #    txt += """
  70 #source("%s")
  71 #load("%s")
  72 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  73 #    txt += """
  74 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  75 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  76 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  77 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  78 #    txt += """
  79 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  80 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  81 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  82 #"""
  83 #    txt += """
  84 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  85 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  86 #    txt += """
  87 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  88 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  89 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  90 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  91 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  92 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  93 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
  94 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
  95 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
  96 #"""
  97 #    txt += """
  98 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
  99 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 100 #gbcluster<-n1
 101 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 102 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 103 #
 104
 105
 106 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
 107     txt = """
 108     source("%s")
 109     source("%s")
 110     source("%s")
 111     source("%s")
 112     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 113     if R_max_mem :
 114         txt += """
 115     memory.limit(%i)
 116         """ % R_max_mem
 117
 118     txt += """
 119     nbt <- %i
 120     """ % nbt
 121     if libsvdc :
 122         txt += """
 123         libsvdc <- TRUE
 124         libsvdc.path <- "%s"
 125         """ % ffr(libsvdc_path)
 126     else :
 127         txt += """
 128         libsvdc <- FALSE
 129         libsvdc.path <- NULL
 130         """
 131
 132     txt +="""
 133     library(Matrix)
 134     data1 <- readMM("%s")
 135     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 136     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 137     """ % DicoPath['TableUc1']
 138
 139     if classif_mode == 0:
 140         txt += """
 141         data2 <- readMM("%s")
 142         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 143         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 144         """ % DicoPath['TableUc2']
 145     txt += """
 146     chd1<-CHD(data1, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 147     """
 148
 149     if classif_mode == 0:
 150         txt += """
 151     chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 152     """
 153     else:
 154         txt += """
 155     chd2<-chd1
 156     """
 157
 158     txt += """
 159     #lecture des uce
 160     listuce1<-read.csv2("%s")
 161     """ % DicoPath['listeuce1']
 162
 163     if classif_mode == 0:
 164         txt += """
 165         listuce2<-read.csv2("%s")
 166         """ % DicoPath['listeuce2']
 167
 168     txt += """
 169 #    rm(data1)
 170     """
 171
 172     if classif_mode == 0:
 173         txt += """
 174 #        rm(data2)
 175         """
 176     txt += """
 177     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 178     n1 <- chd.result$n1
 179     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 180     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 181     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 182
 183     txt += """
 184     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 185 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 186 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 187 #    dev.off()
 188     """%DicoPath['arbre1']
 189
 190     if classif_mode == 0:
 191         txt += """
 192         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 193 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 194 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 195 #        dev.off()
 196         """ % DicoPath['arbre2']
 197
 198     txt += """
 199     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 200     save(tree.cut1, file="%s")
 201     classes<-n1[,ncol(n1)]
 202     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 203     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes)
 204     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 205     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 206     dev.off()
 207     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 208
 209     if classif_mode == 0:
 210         txt += """
 211         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 212         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 213         plot(tree.cut2$tree.cl)
 214         dev.off()
 215         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 216         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 217         dev.off()
 218         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 219
 220     txt += """
 221     save.image(file="%s")
 222     """ % DicoPath['RData']
 223     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 224     fileout.write(txt)
 225     fileout.close()
 226
 227 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 228     DicoPath = corpus.dictpathout
 229     param = corpus.parametre
 230     print param
 231     txt = """
 232     source("%s")
 233     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 234     txt += """
 235     source("%s")
 236     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 237     txt += """
 238     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 239     n1 <- result$uce
 240     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 241     txt += """
 242     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 243     plot(result$cl)
 244     dev.off()
 245     """ % (DicoPath['arbre1'])
 246     txt += """
 247     save.image(file="%s")
 248     """ % DicoPath['RData']
 249     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 250     fileout.write(txt)
 251     fileout.close()
 252
 253
 254 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 255     txt = """
 256     source("%s")
 257     source("%s")
 258     source("%s")
 259     source("%s")
 260     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 261
 262     txt += """
 263     nbt <- %i - 1
 264     mincl <- %i
 265     """ % (nbcl, mincl)
 266
 267     txt += """
 268     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 269     n1 <- chd.result$n1
 270     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 271     """ % (DicoPath['Act01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 272
 273     txt += """
 274     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 275     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 276     plot(tree_tot1$tree.cl)
 277     dev.off()
 278     """%DicoPath['arbre1']
 279
 280     txt += """
 281     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 282     tree.cut1 <- tree_cut1
 283     save(tree.cut1, file="%s")
 284     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 285     classes<-n1[,ncol(n1)]
 286     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 287     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 288
 289     txt += """
 290     save.image(file="%s")
 291     """ % DicoPath['RData']
 292     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 293     fileout.write(txt)
 294     fileout.close()
 295
 296 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 297     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 298     txt += """
 299 source("%s")
 300 load("%s")
 301 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 302     txt += """
 303 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 304 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 305 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 306 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 307     txt += """
 308 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 309 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 310 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 311 """
 312     txt += """
 313 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 314 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 315     txt += """
 316 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 317 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 318 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 319 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 320 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 321 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 322 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 323 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 324 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 325 """
 326     txt += """
 327 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 328 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 329 gbcluster<-n1
 330 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 331 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 332     if clnb > 2 :
 333         txt += """
 334     library(ca)
 335     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 336     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 337     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 338     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 339     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 340     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 341     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 342     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 343     debsup<-nrow(dataact)+1
 344     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 345     fin<-rowtot
 346     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 347     """
 348     #FIXME : split this!!!
 349         txt += """
 350     source("%s")
 351     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 352
 353         txt += """
 354         afc <- summary.ca.dm(afc)
 355         afc_table <- create_afc_table(afc)
 356         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 357         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 358         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 359         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 360
 361         txt += """
 362         xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 363         ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 364         xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 365         ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 366         """
 367
 368         txt += """
 369     PARCEX<-%s
 370     """ % taillecar
 371         txt += """
 372     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 373     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 374         txt += """
 375     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 376     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 377         txt += """
 378     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 379     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 380         txt += """
 381     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 382     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 383         txt += """
 384     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 385     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 386     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 387     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 388     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 389
 390     txt += """
 391 #rm(dataact)
 392 #rm(datasup)
 393 #rm(dataet)
 394 rm(tablesqrpact)
 395 rm(tablesqrpsup)
 396 rm(tablesqrpet)
 397 save.image(file="%s")
 398 """ % DictChdTxtOut['RData']
 399     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 400     file.write(txt)
 401     file.close()
 402
 403
 404 def write_afc_graph(self):
 405     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 406     else : over = 'FALSE'
 407
 408     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 409     else : do_select_nb = 'FALSE'
 410
 411     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 412     else : do_select_chi = 'FALSE'
 413
 414     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 415     else : cex_txt = 'FALSE'
 416
 417     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 418     else : tchi = 'FALSE'
 419
 420     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 421         txt = f.read()
 422
 423 #    self.DictPathOut['RData'], \
 424     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 425     self.param['typegraph'], \
 426     self.param['what'], \
 427     self.param['facteur'][0],\
 428     self.param['facteur'][1], \
 429     self.param['facteur'][2], \
 430     self.param['qui'], \
 431     over,  do_select_nb, \
 432     self.param['select_nb'],  \
 433     do_select_chi, \
 434     self.param['select_chi'], \
 435     cex_txt, \
 436     self.param['txt_min'], \
 437     self.param['txt_max'], \
 438     self.fileout, \
 439     self.param['width'], \
 440     self.param['height'],\
 441     self.param['taillecar'], \
 442     self.param['alpha'], \
 443     self.param['film'], \
 444     tchi,\
 445     self.param['tchi_min'],\
 446     self.param['tchi_max'],\
 447     ffr(os.path.dirname(self.fileout)))
 448     return scripts
 449
 450 def print_simi3d(self):
 451     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 452     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 453     if simi3d.movie.GetValue() :
 454         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 455     else :
 456         movie = 'NULL'
 457     if self.section == 'chd_dist_quest' :
 458         header = 'TRUE'
 459     else :
 460         header = 'FALSE'
 461     txt += """
 462     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 463     load("%s")
 464     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 465
 466     txt += """
 467     source("%s")
 468     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 469
 470
 471     txt += """
 472     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 473     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 474     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 475     tmp = open(tmpfile,'w')
 476     tmp.write(txt)
 477     tmp.close()
 478     return tmpfile
 479
 480 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 481     if not intxt :
 482         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 483     rownb = len(rownames)
 484     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 485     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 486     if not intxt :
 487         #FIXME
 488         txt = """
 489             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 490             rownames(di)<- %s
 491             colnames(di) <- %s
 492         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 493     else :
 494         txt = intxt
 495     txt += """
 496         load("%s")
 497         library(ape)
 498         source("%s")
 499         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 500         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 501         width <- 500
 502         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 503         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 504         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 505     return txt
 506
 507 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 508     if not intxt :
 509         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 510     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 511     #height =  len(rownames) * 15
 512     rownb = len(rownames)
 513     #if height < 400 :
 514     #    height = 400
 515     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 516     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 517     if not intxt :
 518         #FIXME
 519         txt = """
 520             inf <- NA
 521             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 522             di[is.na(di)] <- max(di, na.rm=TRUE) + 2
 523             rownames(di)<- %s
 524             colnames(di) <- %s
 525         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 526     else :
 527         txt = intxt
 528     txt += """
 529         source("%s")
 530         color = rainbow(nrow(di))
 531         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 532         height <- nrow(di) * 15
 533         if (height < 400) { height <- 400}
 534         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 535         par(mar=c(0,0,0,0))
 536             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 537         par(mar=c(2,2,1,0))
 538         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6))
 539         c <- colMeans(coord)
 540         c1 <- c[-1]
 541         c2 <- c[-length(c)]
 542         cc <- cbind(c1,c2)
 543         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 544         abline(v=lcoord)
 545         if (min(di) < 0) {
 546             amp <- abs(max(di) - min(di))
 547         } else {
 548             amp <- max(di)
 549         }
 550         if (amp < 10) {
 551             d <- 2
 552         } else {
 553             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 554         }
 555         mn <- round(min(di))
 556         mx <- round(max(di))
 557         for (i in mn:mx) {
 558             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 559                 abline(h=i,lty=3)
 560             }
 561         }
 562         par(mar=c(0,0,0,0))
 563         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 564         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 565         dev.off()
 566         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 567     return txt
 568
 569 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 570 #    txt = """
 571 #    library(ca)
 572 #    nd<-%i
 573 #    """ % nd
 574 #    txt += """
 575 #    dataact<-read.csv2("%s")
 576 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 577 #    txt += """
 578 #    datasup<-read.csv2("%s")
 579 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 580 #    txt += """
 581 #    dataet<-read.csv2("%s")
 582 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 583 #    txt += """
 584 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 585 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 586 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 587 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 588 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 589 #    afctot<-afcsup$colcoord
 590 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 591 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 592 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 593 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 594 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 595 #    rcolet<-afcet$colsup
 596 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 597 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 598 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 599 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 600 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 601 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 602 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 603 #    source("%s")
 604 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 605 #    txt += """
 606 #    PARCEX=%s
 607 #    """ % PARCEX
 608 #    #FIXME
 609 #    txt += """
 610 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 611 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 612 #    txt += """
 613 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 614 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 615 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 616 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 617 #    txt += """
 618 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 619 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 620 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 621 #    f.write(txt)
 622 #    f.close()
 623