iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54
  55 class Alceste2(PrintRScript) :
  56     def doscript(self) :
  57         self.sources(['chdfunct'])
  58         self.load(['Rdata'])
  59         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  60                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  61                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  62                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  63                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  64                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  65                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  66                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  67
  68         self.defvars(lvars)
  69
  70
  71
  72 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  73 #    txt += """
  74 #source("%s")
  75 #load("%s")
  76 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  77 #    txt += """
  78 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  79 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  80 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  82 #    txt += """
  83 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  84 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  85 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  86 #"""
  87 #    txt += """
  88 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  89 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  90 #    txt += """
  91 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  92 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  93 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
  98 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
  99 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 100 #"""
 101 #    txt += """
 102 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 103 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 104 #gbcluster<-n1
 105 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 106 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 107 #
 108
 109
 110 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
 111     txt = """
 112     source("%s")
 113     source("%s")
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 117     if R_max_mem :
 118         txt += """
 119     memory.limit(%i)
 120         """ % R_max_mem
 121
 122     txt += """
 123     nbt <- %i
 124     """ % nbt
 125     if libsvdc :
 126         txt += """
 127         libsvdc <- TRUE
 128         libsvdc.path <- "%s"
 129         """ % ffr(libsvdc_path)
 130     else :
 131         txt += """
 132         libsvdc <- FALSE
 133         libsvdc.path <- NULL
 134         """
 135
 136     txt +="""
 137     library(Matrix)
 138     data1 <- readMM("%s")
 139     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 140     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 141     """ % DicoPath['TableUc1']
 142
 143     if classif_mode == 0:
 144         txt += """
 145         data2 <- readMM("%s")
 146         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 147         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 148         """ % DicoPath['TableUc2']
 149     txt += """
 150     chd1<-CHD(data1, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 151     """
 152
 153     if classif_mode == 0:
 154         txt += """
 155     chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 156     """
 157     else:
 158         txt += """
 159     chd2<-chd1
 160     """
 161
 162     txt += """
 163     #lecture des uce
 164     listuce1<-read.csv2("%s")
 165     """ % DicoPath['listeuce1']
 166
 167     if classif_mode == 0:
 168         txt += """
 169         listuce2<-read.csv2("%s")
 170         """ % DicoPath['listeuce2']
 171
 172     txt += """
 173 #    rm(data1)
 174     """
 175
 176     if classif_mode == 0:
 177         txt += """
 178 #        rm(data2)
 179         """
 180     txt += """
 181     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 182     n1 <- chd.result$n1
 183     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 184     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 185     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 186
 187     txt += """
 188     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 189 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 190 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 191 #    dev.off()
 192     """%DicoPath['arbre1']
 193
 194     if classif_mode == 0:
 195         txt += """
 196         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 197 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 198 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 199 #        dev.off()
 200         """ % DicoPath['arbre2']
 201
 202     txt += """
 203     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 204     save(tree.cut1, file="%s")
 205     classes<-n1[,ncol(n1)]
 206     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 207     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes)
 208     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 209     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 210     dev.off()
 211     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 212
 213     if classif_mode == 0:
 214         txt += """
 215         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 216         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 217         plot(tree.cut2$tree.cl)
 218         dev.off()
 219         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 220         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 221         dev.off()
 222         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 223
 224     txt += """
 225     save.image(file="%s")
 226     """ % DicoPath['RData']
 227     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 228     fileout.write(txt)
 229     fileout.close()
 230
 231 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 232     DicoPath = corpus.dictpathout
 233     param = corpus.parametre
 234     print param
 235     txt = """
 236     source("%s")
 237     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 238     txt += """
 239     source("%s")
 240     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 241     txt += """
 242     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 243     n1 <- result$uce
 244     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 245     txt += """
 246     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 247     plot(result$cl)
 248     dev.off()
 249     """ % (DicoPath['arbre1'])
 250     txt += """
 251     save.image(file="%s")
 252     """ % DicoPath['RData']
 253     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 254     fileout.write(txt)
 255     fileout.close()
 256
 257
 258 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 259     txt = """
 260     source("%s")
 261     source("%s")
 262     source("%s")
 263     source("%s")
 264     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 265
 266     txt += """
 267     nbt <- %i - 1
 268     mincl <- %i
 269     """ % (nbcl, mincl)
 270
 271     txt += """
 272     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 273     n1 <- chd.result$n1
 274     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 275     """ % (DicoPath['Act01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 276
 277     txt += """
 278     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 279     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 280     plot(tree_tot1$tree.cl)
 281     dev.off()
 282     """%DicoPath['arbre1']
 283
 284     txt += """
 285     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 286     tree.cut1 <- tree_cut1
 287     save(tree.cut1, file="%s")
 288     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 289     classes<-n1[,ncol(n1)]
 290     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 291     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 292
 293     txt += """
 294     save.image(file="%s")
 295     """ % DicoPath['RData']
 296     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 297     fileout.write(txt)
 298     fileout.close()
 299
 300 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 301     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 302     txt += """
 303 source("%s")
 304 load("%s")
 305 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 306     txt += """
 307 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 308 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 309 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 310 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 311     txt += """
 312 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 313 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 314 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 315 """
 316     txt += """
 317 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 318 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 319     txt += """
 320 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 321 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 322 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 323 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 324 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 325 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 326 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 327 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 328 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 329 """
 330     txt += """
 331 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 332 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 333 gbcluster<-n1
 334 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 335 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 336     if clnb > 2 :
 337         txt += """
 338     library(ca)
 339     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 340     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 341     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 342     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 343     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 344     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 345     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 346     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 347     debsup<-nrow(dataact)+1
 348     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 349     fin<-rowtot
 350     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 351     """
 352     #FIXME : split this!!!
 353         txt += """
 354     source("%s")
 355     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 356
 357         txt += """
 358         afc <- summary.ca.dm(afc)
 359         afc_table <- create_afc_table(afc)
 360         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 361         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 362         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 363         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 364
 365         txt += """
 366         xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 367         ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 368         xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 369         ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 370         """
 371
 372         txt += """
 373     PARCEX<-%s
 374     """ % taillecar
 375         txt += """
 376     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 377     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 378         txt += """
 379     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 380     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 381         txt += """
 382     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 383     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 384         txt += """
 385     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 386     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 387         txt += """
 388     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 389     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 390     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 391     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 392     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 393
 394     txt += """
 395 #rm(dataact)
 396 #rm(datasup)
 397 #rm(dataet)
 398 rm(tablesqrpact)
 399 rm(tablesqrpsup)
 400 rm(tablesqrpet)
 401 save.image(file="%s")
 402 """ % DictChdTxtOut['RData']
 403     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 404     file.write(txt)
 405     file.close()
 406
 407
 408 def write_afc_graph(self):
 409     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 410     else : over = 'FALSE'
 411
 412     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 413     else : do_select_nb = 'FALSE'
 414
 415     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 416     else : do_select_chi = 'FALSE'
 417
 418     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 419     else : cex_txt = 'FALSE'
 420
 421     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 422     else : tchi = 'FALSE'
 423
 424     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 425         txt = f.read()
 426
 427 #    self.DictPathOut['RData'], \
 428     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 429     self.param['typegraph'], \
 430     self.param['what'], \
 431     self.param['facteur'][0],\
 432     self.param['facteur'][1], \
 433     self.param['facteur'][2], \
 434     self.param['qui'], \
 435     over,  do_select_nb, \
 436     self.param['select_nb'],  \
 437     do_select_chi, \
 438     self.param['select_chi'], \
 439     cex_txt, \
 440     self.param['txt_min'], \
 441     self.param['txt_max'], \
 442     self.fileout, \
 443     self.param['width'], \
 444     self.param['height'],\
 445     self.param['taillecar'], \
 446     self.param['alpha'], \
 447     self.param['film'], \
 448     tchi,\
 449     self.param['tchi_min'],\
 450     self.param['tchi_max'],\
 451     ffr(os.path.dirname(self.fileout)))
 452     return scripts
 453
 454 def print_simi3d(self):
 455     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 456     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 457     if simi3d.movie.GetValue() :
 458         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 459     else :
 460         movie = 'NULL'
 461     if self.section == 'chd_dist_quest' :
 462         header = 'TRUE'
 463     else :
 464         header = 'FALSE'
 465     txt += """
 466     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 467     load("%s")
 468     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 469
 470     txt += """
 471     source("%s")
 472     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 473
 474
 475     txt += """
 476     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 477     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 478     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 479     tmp = open(tmpfile,'w')
 480     tmp.write(txt)
 481     tmp.close()
 482     return tmpfile
 483
 484 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 485     if not intxt :
 486         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 487     rownb = len(rownames)
 488     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 489     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 490     if not intxt :
 491         #FIXME
 492         txt = """
 493             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 494             rownames(di)<- %s
 495             colnames(di) <- %s
 496         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 497     else :
 498         txt = intxt
 499     txt += """
 500         load("%s")
 501         library(ape)
 502         source("%s")
 503         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 504         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 505         width <- 500
 506         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 507         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 508         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 509     return txt
 510
 511 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 512     if not intxt :
 513         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 514     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 515     #height =  len(rownames) * 15
 516     rownb = len(rownames)
 517     #if height < 400 :
 518     #    height = 400
 519     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 520     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 521     if not intxt :
 522         #FIXME
 523         txt = """
 524             inf <- NA
 525             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 526             di[is.na(di)] <- max(di, na.rm=TRUE) + 2
 527             rownames(di)<- %s
 528             colnames(di) <- %s
 529         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 530     else :
 531         txt = intxt
 532     txt += """
 533         source("%s")
 534         color = rainbow(nrow(di))
 535         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 536         height <- nrow(di) * 15
 537         if (height < 400) { height <- 400}
 538         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 539         par(mar=c(0,0,0,0))
 540             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 541         par(mar=c(2,2,1,0))
 542         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6))
 543         c <- colMeans(coord)
 544         c1 <- c[-1]
 545         c2 <- c[-length(c)]
 546         cc <- cbind(c1,c2)
 547         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 548         abline(v=lcoord)
 549         if (min(di) < 0) {
 550             amp <- abs(max(di) - min(di))
 551         } else {
 552             amp <- max(di)
 553         }
 554         if (amp < 10) {
 555             d <- 2
 556         } else {
 557             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 558         }
 559         mn <- round(min(di))
 560         mx <- round(max(di))
 561         for (i in mn:mx) {
 562             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 563                 abline(h=i,lty=3)
 564             }
 565         }
 566         par(mar=c(0,0,0,0))
 567         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 568         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 569         dev.off()
 570         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 571     return txt
 572
 573 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 574 #    txt = """
 575 #    library(ca)
 576 #    nd<-%i
 577 #    """ % nd
 578 #    txt += """
 579 #    dataact<-read.csv2("%s")
 580 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 581 #    txt += """
 582 #    datasup<-read.csv2("%s")
 583 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 584 #    txt += """
 585 #    dataet<-read.csv2("%s")
 586 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 587 #    txt += """
 588 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 589 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 590 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 591 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 592 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 593 #    afctot<-afcsup$colcoord
 594 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 595 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 596 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 597 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 598 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 599 #    rcolet<-afcet$colsup
 600 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 601 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 602 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 603 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 604 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 605 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 606 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 607 #    source("%s")
 608 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 609 #    txt += """
 610 #    PARCEX=%s
 611 #    """ % PARCEX
 612 #    #FIXME
 613 #    txt += """
 614 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 615 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 616 #    txt += """
 617 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 618 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 619 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 620 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 621 #    txt += """
 622 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 623 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 624 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 625 #    f.write(txt)
 626 #    f.close()
 627
 628 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 629     def make_script(self) :
 630         self.txtgraph = ''
 631         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 632         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 633         txt = """
 634         dm.path <- "%s"
 635         cn.path <- "%s"
 636         selected.col <- "%s"
 637         """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 638         txt += """
 639         dm <-readMM(dm.path)
 640         cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
 641         colnames(dm) <- cn[,1]
 642         sel.col <- read.csv2(selected.col)
 643         dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
 644         """
 645
 646         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 647             method = 'cooc'
 648             txt += """
 649             method <- 'cooc'
 650             mat <- make.a(dm)
 651             """
 652         else :
 653             txt += """
 654             dm <- as.matrix(dm)
 655             """
 656         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 657             method = 'prcooc'
 658             txt += """
 659             method <- 'Russel'
 660             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 661             """
 662         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 663             method = 'binomial'
 664             txt += """
 665             method <- 'binomial'
 666             mat <- binom.sim(dm)
 667             """
 668         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 669             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 670             txt += """
 671             method <-"%s"
 672             mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 673             """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 674         txt += """
 675         mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 676         mat[is.na(mat)] <- 0
 677         mat[is.infinite(mat)] <- 0
 678         """
 679         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 680         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 681         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 682         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 683         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 684
 685         self.filename=''
 686         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 687         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 688             graphnb = 1
 689             type = 'nplot'
 690             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 691             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 692                 graphnb +=1
 693             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 694         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 695
 696         if self.parametres['arbremax'] :
 697             arbremax = 'TRUE'
 698             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 699         else : arbremax = 'FALSE'
 700
 701         if self.parametres['coeff_tv'] :
 702             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 703             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 704         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 705             coeff_tv = 'NULL'
 706             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 707         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 708         else : coeff_te = 'NULL'
 709
 710         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 711             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 712         else :
 713             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 714         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 715         else : label_v = 'TRUE'
 716
 717         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 718         else : label_e = 'TRUE'
 719
 720         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 721         else : seuil = 'NULL'
 722
 723         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 724         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 725
 726         txt += """
 727         minmaxeff <- %s
 728         """ % tvminmax
 729         txt += """
 730         vcexminmax <- %s
 731         """ % vcexminmax
 732         txt += """
 733         cex = %i/10
 734         """ % self.parametres['cex']
 735
 736         if self.parametres['film'] :
 737             txt += """
 738             film <- "%s"
 739             """ % self.pathout['film']
 740         else :
 741             txt += """
 742             film <- NULL
 743             """
 744         txt += """
 745         seuil <- %s
 746         """ % seuil
 747
 748         txt += """
 749         label.v <- %s
 750         label.e <- %s
 751         """ % (label_v, label_e)
 752         txt += """
 753         cols <- rgb%s
 754         cola <- rgb%s
 755         """ % (cols, cola)
 756         txt += """
 757         width <- %i
 758         height <- %i
 759         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 760         if self.parametres['keep_coord'] :
 761             txt += """
 762             coords <- try(coords, TRUE)
 763             if (!is.matrix(coords)) {
 764                 coords<-NULL
 765             }
 766             """
 767         else :
 768             txt += """
 769             coords <- NULL
 770             """
 771         txt += """
 772         alpha <- %i/100
 773         """ % self.parametres['alpha']
 774         txt += """
 775         alpha <- %i/100
 776         """ % self.parametres['alpha']
 777 #############################################
 778         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 779             txt += """
 780             et <- list()
 781             """
 782             for i,et in enumerate(self.tableau.etline) :
 783                 txt+= """
 784                 et[[%i]] <- c(%s)
 785                 """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
 786             txt+= """
 787             unetoile <- c('%s')
 788             """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
 789             txt += """
 790             fsum <- NULL
 791             rs <- rowSums(dm)
 792             for (i in 1:length(unetoile)) {
 793                 print(unetoile[i])
 794                 tosum <- et[[i]]
 795                 if (length(tosum) > 1) {
 796                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 797                 } else {
 798                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 799                 }
 800             }
 801             source("%s")
 802             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 803             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 804             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 805             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 806             #gcol[2] <- 'orange'
 807             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 808             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 809             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 810             cols <- vertex.label.color
 811             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 812
 813             """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 814         else :
 815             txt += """
 816             vertex.label.color <- 'black'
 817             chivertex.size <- 1
 818             leg<-NULL
 819             """
 820 #############################################
 821
 822 #        txt += """
 823 #        eff <- colSums(dm)
 824 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 825 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 826 #        if (max.tree) {
 827 #            if (method == 'cooc') {
 828 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 829 #            } else {
 830 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 831 #            }
 832 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 833 #            if (method == 'cooc') {
 834 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 835 #            } else {
 836 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 837 #            }
 838 #            g.toplot <- g.max
 839 #        } else {
 840 #            g.toplot <- g.ori
 841 #        }
 842 #        """
 843         txt += """
 844         eff <- colSums(dm)
 845         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 846         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 847         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 848
 849         if self.parametres.get('bystar',False) :
 850             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 851                 txt+="""
 852                     label.cex<-chivertex.size
 853                     """
 854             else :
 855                 txt+="""
 856                 label.cex <- NULL
 857                 """
 858             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
 859                 txt += """
 860                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 861                 """
 862             else :
 863                 txt += """
 864                 vertex.size <- NULL
 865                 """
 866         else :
 867             #FIXME
 868             tmpchi = False
 869             if tmpchi :
 870                 txt += """
 871                 lchi <- read.table("%s")
 872                 lchi <- lchi[,1]
 873                 """ % ffr(tmpchi)
 874                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 875                     txt += """
 876                     lchi <- lchi[c%s+1]
 877                     """ % datas
 878             if tmpchi and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 879                 txt += """
 880                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 881                 """
 882             else :
 883                 txt += """
 884             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 885                 label.cex <- NULL
 886             } else {
 887                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 888             }
 889             """
 890             if tmpchi and self.parametres.get('sfromchi', False) :
 891                 txt += """
 892                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 893                 """
 894             else :
 895                 txt += """
 896             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 897                 vertex.size <- NULL
 898             } else {
 899                 vertex.size <- graph.simi$eff
 900             }
 901             """
 902         txt += """ vertex.size <- NULL """
 903         txt += """
 904         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 905         save.image(file="%s")
 906         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
 907
 908         self.add(txt)
 909         self.write()
 910