iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #License: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s", encoding = \'utf8\')' % ffr(source))
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % ffr(val))
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdtxt']), ffr(RscriptPath['anacor']), ffr(RscriptPath['Rgraph']))
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
 128         txt += """
 129         svd.method <- 'svdlibc'
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     elif svdmethod == 'irlba' :
 133         txt += """
 134         library(irlba)
 135         svd.method <- 'irlba'
 136         libsvdc.path <- NULL
 137         """
 138     else :
 139         txt += """
 140         svd.method = 'svdR'
 141         libsvdc.path <- NULL
 142         """
 143     if mode_patate :
 144         txt += """
 145         mode.patate = TRUE
 146         """
 147     else :
 148         txt += """
 149         mode.patate = FALSE
 150         """
 151     txt +="""
 152     library(Matrix)
 153     data1 <- readMM("%s")
 154     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 155     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 156     """ % ffr(DicoPath['TableUc1'])
 157
 158     if classif_mode == 0:
 159         txt += """
 160         data2 <- readMM("%s")
 161         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 162         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 163         """ % ffr(DicoPath['TableUc2'])
 164     txt += """
 165     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 166     """
 167
 168     if classif_mode == 0:
 169         txt += """
 170     chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 171     """
 172
 173     txt += """
 174     #lecture des uce
 175     listuce1<-read.csv2("%s")
 176     """ % ffr(DicoPath['listeuce1'])
 177
 178     if classif_mode == 0:
 179         txt += """
 180         listuce2<-read.csv2("%s")
 181         """ % ffr(DicoPath['listeuce2'])
 182
 183     txt += """
 184     rm(data1)
 185     """
 186
 187     if classif_mode == 0:
 188         txt += """
 189         rm(data2)
 190         """
 191     txt += """
 192     classif_mode <- %i
 193     mincl <- %i
 194     uceout <- "%s"
 195     if (classif_mode == 0) {
 196         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd2, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 197     } else {
 198         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd1, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 199     }
 200     n1 <- chd.result$n1
 201     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 202     classes<-n1[,ncol(n1)]
 203     write.csv2(n1, file="%s")
 204     rm(n1)
 205     """ % (classif_mode, mincl, ffr(DicoPath['uce']), ffr(DicoPath['n1.csv']))
 206
 207     txt += """
 208     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 209 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 210 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 211 #    dev.off()
 212     """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
 213
 214     if classif_mode == 0:
 215         txt += """
 216         classeuce2 <- chd.result$cuce2
 217         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 218 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 219 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 220 #        dev.off()
 221         """ % ffr(DicoPath['arbre2'] )
 222
 223     txt += """
 224     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 225     save(tree.cut1, file="%s")
 226
 227     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 228     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 229     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 230     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 231     dev.off()
 232     """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']), ffr(DicoPath['arbre1']))
 233
 234     if classif_mode == 0:
 235         txt += """
 236         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 237         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 238         plot(tree.cut2$tree.cl)
 239         dev.off()
 240         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 241         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 242         dev.off()
 243         """ % (ffr(DicoPath['dendro2']), ffr(DicoPath['arbre2']))
 244
 245     txt += """
 246
 247     #save.image(file="%s")
 248     """ % (ffr(DicoPath['RData']))
 249
 250     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 251     fileout.write(txt)
 252     fileout.close()
 253
 254 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 255     DicoPath = corpus.pathout
 256     param = corpus.parametres
 257     txt = """
 258     source("%s")
 259     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 260     txt += """
 261     source("%s")
 262     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 263     txt += """
 264     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 265     n1 <- result$uce
 266     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 267     txt += """
 268     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 269     plot(result$cl)
 270     dev.off()
 271     """ % (DicoPath['arbre1'])
 272     txt += """
 273     save.image(file="%s")
 274     """ % DicoPath['RData']
 275     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 276     fileout.write(txt)
 277     fileout.close()
 278
 279
 280 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 281     txt = """
 282     source("%s")
 283     source("%s")
 284     source("%s")
 285     source("%s")
 286     """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdquest']), ffr(RscriptPath['anacor']),ffr(RscriptPath['Rgraph']))
 287
 288     txt += """
 289     nbt <- %i - 1
 290     mincl <- %i
 291     """ % (nbcl, mincl)
 292
 293     txt += """
 294     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 295     n1 <- chd.result$n1
 296     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 297     """ % (ffr(DicoPath['mat01.csv']), ffr(DicoPath['listeuce1']), ffr(DicoPath['uce']))
 298
 299     txt += """
 300     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 301     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 302     plot(tree_tot1$tree.cl)
 303     dev.off()
 304     """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
 305
 306     txt += """
 307     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 308     tree.cut1 <- tree_cut1
 309     save(tree.cut1, file="%s")
 310     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 311     classes<-n1[,ncol(n1)]
 312     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes, histo = TRUE)
 313     """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']))
 314
 315     txt += """
 316     save.image(file="%s")
 317     """ % ffr(DicoPath['RData'])
 318     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 319     fileout.write(txt)
 320     fileout.close()
 321
 322 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 323     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 324     txt += """
 325 source("%s")
 326 #load("%s")
 327 n1 <- read.csv2("%s")
 328 """ % (ffr(RscriptsPath['chdfunct']), ffr(DictChdTxtOut['RData']), ffr(DictChdTxtOut['n1.csv']))
 329     txt += """
 330 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 331 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 332 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 333 """ % (ffr(DictChdTxtOut['Contout']), ffr(DictChdTxtOut['ContSupOut']), ffr(DictChdTxtOut['ContEtOut']))
 334     txt += """
 335 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 336 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 337 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 338 """
 339     txt += """
 340 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 341 """ % (ffr(DictChdTxtOut['PROFILE_OUT']), ffr(DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT']))
 342     txt += """
 343 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 345 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 346 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 347 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 348 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 349 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 350 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 351 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 352 """
 353     txt += """
 354 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 355 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 356 gbcluster<-n1
 357 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 358 """ % (ffr(DictChdTxtOut['chisqtable']), ffr(DictChdTxtOut['ptable']), ffr(DictChdTxtOut['SbyClasseOut']))
 359     if clnb > 2 :
 360         txt += """
 361     library(ca)
 362     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 363     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 364     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 365     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 366     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 367     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 368     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 369     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 370     debsup<-nrow(dataact)+1
 371     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 372     fin<-rowtot
 373     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 374     """
 375     #FIXME : split this!!!
 376         txt += """
 377     source("%s")
 378     """ % ffr(RscriptsPath['Rgraph'])
 379
 380         txt += """
 381         afc <- summary.ca.dm(afc)
 382         afc_table <- create_afc_table(afc)
 383         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 384         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 385         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 386         """ % (ffr(DictChdTxtOut['afc_facteur']), ffr(DictChdTxtOut['afc_col']), ffr(DictChdTxtOut['afc_row']))
 387
 388         txt += """
 389     PARCEX<-%s
 390     """ % taillecar
 391         txt += """
 392     xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 393     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT']))
 394         txt += """
 395     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 396     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT']))
 397         txt += """
 398         if ((fin - debet) > 2) {
 399     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active = FALSE)
 400         }
 401     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT']))
 402         txt += """
 403     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 404     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT']))
 405 #        txt += """
 406  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 407  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 408   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 409  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 410  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 411
 412     txt += """
 413 #rm(dataact)
 414 #rm(datasup)
 415 #rm(dataet)
 416 rm(tablesqrpact)
 417 rm(tablesqrpsup)
 418 rm(tablesqrpet)
 419 save.image(file="%s")
 420 """ % ffr(DictChdTxtOut['RData'])
 421     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 422     file.write(txt)
 423     file.close()
 424
 425
 426 def write_afc_graph(self):
 427     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 428     else : over = 'FALSE'
 429
 430     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 431     else : do_select_nb = 'FALSE'
 432
 433     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 434     else : do_select_chi = 'FALSE'
 435
 436     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 437     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 438
 439     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 440     else : cex_txt = 'FALSE'
 441
 442     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 443     else : tchi = 'FALSE'
 444
 445     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 446     else : svg = 'FALSE'
 447
 448     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 449         txt = f.read()
 450
 451 #    self.DictPathOut['RData'], \
 452     scripts = txt % (ffr(self.RscriptsPath['Rgraph']),\
 453     self.param['typegraph'], \
 454     self.param['what'], \
 455     self.param['facteur'][0],\
 456     self.param['facteur'][1], \
 457     self.param['facteur'][2], \
 458     self.param['qui'], \
 459     over,  do_select_nb, \
 460     self.param['select_nb'],  \
 461     do_select_chi, \
 462     self.param['select_chi'], \
 463     do_select_chi_classe, \
 464     self.param['nbchic'], \
 465     cex_txt, \
 466     self.param['txt_min'], \
 467     self.param['txt_max'], \
 468     self.fileout, \
 469     self.param['width'], \
 470     self.param['height'],\
 471     self.param['taillecar'], \
 472     self.param['alpha'], \
 473     self.param['film'], \
 474     tchi,\
 475     self.param['tchi_min'],\
 476     self.param['tchi_max'],\
 477     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 478     svg)
 479     return scripts
 480
 481 def print_simi3d(self):
 482     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 483     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 484     if simi3d.movie.GetValue() :
 485         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 486     else :
 487         movie = 'NULL'
 488
 489     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 490     #    header = 'TRUE'
 491     #else :
 492     #    header = 'FALSE'
 493     header = 'FALSE'
 494     txt += """
 495     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 496     load("%s")
 497     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 498
 499     txt += """
 500     source("%s")
 501     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 502
 503
 504     txt += """
 505     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 506     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 507     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 508     tmp = open(tmpfile,'w')
 509     tmp.write(txt)
 510     tmp.close()
 511     return tmpfile
 512
 513 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 514     if not intxt :
 515         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 516     rownb = len(rownames)
 517     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 518     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 519     if not intxt :
 520         #FIXME
 521         txt = """
 522             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 523             rownames(di)<- %s
 524             colnames(di) <- %s
 525         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 526     else :
 527         txt = intxt
 528     txt += """
 529         load("%s")
 530         library(ape)
 531         source("%s")
 532         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 533         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 534         width <- 500
 535         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 536         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 537         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 538     return txt
 539
 540 def barplot(table, parametres, intxt = False) :
 541     if not intxt :
 542         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 543     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 544     #height =  len(rownames) * 15
 545     rownb = len(parametres['rownames'])
 546     #if height < 400 :
 547     #    height = 400
 548     rownames = 'c("' + '","'.join(parametres['rownames']) + '")'
 549     colnames = 'c("' + '","'.join(parametres['colnames']) + '")'
 550
 551     if not intxt :
 552         #FIXME
 553         txt = """
 554             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 555             toinf <- which(di == Inf)
 556             tominf <- which(di == -Inf)
 557             if (length(toinf)) {
 558                 di[toinf] <- NA
 559                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 560                 if (valmax <= 0) {
 561                     valmax <- 2
 562                 } else {
 563                     valmax <- valmax + 2
 564                 }
 565                 di[toinf] <- valmax
 566             }
 567             if (length(tominf)) {
 568                 di[tominf] <- NA
 569                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 570                 if (valmin >=0) {
 571                     valmin <- -2
 572                 } else {
 573                     valmin <- valmin - 2
 574                 }
 575                 di[tominf] <- valmin
 576             }
 577             rownames(di)<- %s
 578             colnames(di) <- %s
 579         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 580     else :
 581         txt = intxt
 582     if not 'tree' in parametres :
 583         txt += """
 584             source("%s")
 585             color = rainbow(nrow(di))
 586             width <- %i
 587             height <- %i
 588             open_file_graph("%s",width = width, height = height, svg = %s)
 589                 par(mar=c(0,0,0,0))
 590             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 591             par(mar=c(8,4,1,0))
 592             yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 593             ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 594             ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 595             coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp), las = 2)
 596             if (length(toinf)) {
 597                 coordinf <- coord[toinf]
 598                 valinf <- di[toinf]
 599                 text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 600             }
 601             if (length(tominf)) {
 602                 coordinf <- coord[toinf]
 603                 valinf <- di[toinf]
 604                 text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 605             }
 606             c <- colMeans(coord)
 607             c1 <- c[-1]
 608             c2 <- c[-length(c)]
 609             cc <- cbind(c1,c2)
 610             lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 611             abline(v=lcoord)
 612             if (min(di) < 0) {
 613                 amp <- abs(max(di) - min(di))
 614             } else {
 615                 amp <- max(di)
 616             }
 617             if (amp < 10) {
 618                 d <- 2
 619             } else {
 620                 d <- signif(amp%%/%%10,1)
 621             }
 622             mn <- round(min(di))
 623             mx <- round(max(di))
 624             for (i in mn:mx) {
 625                 if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 626                     abline(h=i,lty=3)
 627                 }
 628             }
 629             par(mar=c(0,0,0,0))
 630             plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 631             legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 632             dev.off()
 633             """ % (ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 634     else :
 635         txt += """
 636         load("%s")
 637         library(ape)
 638         source("%s")
 639         width = %i
 640         height = %i
 641         open_file_graph("%s", width=width, height=height, svg = %s)
 642         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 643         """ % (ffr(parametres['tree']), ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 644     return txt
 645
 646 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 647 #    txt = """
 648 #    library(ca)
 649 #    nd<-%i
 650 #    """ % nd
 651 #    txt += """
 652 #    dataact<-read.csv2("%s")
 653 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 654 #    txt += """
 655 #    datasup<-read.csv2("%s")
 656 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 657 #    txt += """
 658 #    dataet<-read.csv2("%s")
 659 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 660 #    txt += """
 661 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 662 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 663 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 664 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 665 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 666 #    afctot<-afcsup$colcoord
 667 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 668 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 669 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 670 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 671 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 672 #    rcolet<-afcet$colsup
 673 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 674 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 675 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 676 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 677 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 678 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 679 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 680 #    source("%s")
 681 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 682 #    txt += """
 683 #    PARCEX=%s
 684 #    """ % PARCEX
 685 #    #FIXME
 686 #    txt += """
 687 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 688 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 689 #    txt += """
 690 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 691 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 692 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 693 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 694 #    txt += """
 695 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 696 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 697 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 698 #    f.write(txt)
 699 #    f.close()
 700
 701 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 702     def make_script(self) :
 703         self.txtgraph = ''
 704         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 705         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 706         txt = ''
 707         if not self.parametres['keep_coord'] and not self.parametres['type'] == 'simimatrix':
 708             txt += """
 709             dm.path <- "%s"
 710             cn.path <- "%s"
 711             selected.col <- "%s"
 712             """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['actives.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
 713             if 'word' in self.parametres :
 714                 txt += """
 715                 word <- TRUE
 716                 index <- %i + 1
 717                 """ % self.parametres['word']
 718             else :
 719                 txt += """
 720                 word <- FALSE
 721                 """
 722             txt += """
 723             dm <-readMM(dm.path)
 724             cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
 725             colnames(dm) <- cn[,1]
 726             if (file.exists(selected.col)) {
 727                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 728                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 729             } else {
 730                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 731             }
 732             if (!word) {
 733                 dm <- dm[, sel.col]
 734             } else {
 735                 forme <- colnames(dm)[index]
 736                 if (!index %in% sel.col) {
 737                     sel.col <- append(sel.col, index)
 738                 }
 739                 dm <- dm[, sel.col]
 740                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 741             }
 742             """
 743         elif not self.parametres['keep_coord'] and self.parametres['type'] == 'simimatrix' :
 744             txt += """
 745             dm.path <- "%s"
 746             selected.col <- "%s"
 747             """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
 748             if 'word' in self.parametres :
 749                 txt += """
 750                 word <- TRUE
 751                 index <- %i + 1
 752                 """ % self.parametres['word']
 753             else :
 754                 txt += """
 755                 word <- FALSE
 756                 """
 757             txt += """
 758             dm <-read.csv2(dm.path)
 759             dm <- as.matrix(dm)
 760             if (file.exists(selected.col)) {
 761                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 762                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 763             } else {
 764                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 765             }
 766             if (!word) {
 767                 dm <- dm[, sel.col]
 768             } else {
 769                 forme <- colnames(dm)[index]
 770                 if (!index %in% sel.col) {
 771                     sel.col <- append(sel.col, index)
 772                 }
 773                 dm <- dm[, sel.col]
 774                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 775             }
 776             """
 777         else :
 778             txt += """
 779             load("%s")
 780             """ % ffr(self.pathout['RData.RData'])
 781
 782         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 783             method = 'cooc'
 784             if not self.parametres['keep_coord'] :
 785                 txt += """
 786                 method <- 'cooc'
 787                 mat <- make.a(dm)
 788                 """
 789         else :
 790             if not self.parametres['keep_coord'] :
 791                 txt += """
 792                 dm <- as.matrix(dm)
 793                 """
 794         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 795             method = 'prcooc'
 796             txt += """
 797             method <- 'Russel'
 798             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 799             """
 800         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 801             method = 'binomial'
 802             if not self.parametres['keep_coord'] :
 803                 txt += """
 804                 method <- 'binomial'
 805                 mat <- binom.sim(dm)
 806                 """
 807         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 808             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 809             if not self.parametres['keep_coord'] :
 810                 txt += """
 811                 method <-"%s"
 812                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 813                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 814         if not self.parametres['keep_coord'] :
 815             txt += """
 816             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 817             mat[is.na(mat)] <- 0
 818             if (length(which(mat == Inf))) {
 819                 infp <- which(mat == Inf)
 820                 mat[infp] <- NA
 821                 maxmat <- max(mat, na.rm = TRUE)
 822                 if (maxmat > 0) {
 823                 maxmat <- maxmat + 1
 824                 } else {
 825                     maxmat <- 0
 826                 }
 827                 mat[infp] <- maxmat
 828             }
 829             if (length(which(mat == -Inf))) {
 830                 infm <- which(mat == -Inf)
 831                 mat[infm] <- NA
 832                 minmat <- min(mat, na.rm = TRUE)
 833                 if (maxmat < 0) {
 834                 minmat <- minmat - 1
 835                 } else {
 836                     minmat <- 0
 837                 }
 838                 mat[infm] <- minmat
 839             }
 840             """
 841         if 'word' in self.parametres and not self.parametres['keep_coord'] :
 842             txt += """
 843             mat <- graph.word(mat, index)
 844             cs <- colSums(mat)
 845             if (length(cs)) mat <- mat[,-which(cs==0)]
 846             rs <- rowSums(mat)
 847             if (length(rs)) mat <- mat[-which(rs==0),]
 848             if (length(cs)) dm <- dm[, -which(cs==0)]
 849             """
 850
 851         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 852         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 853         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 854         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 855         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 856
 857
 858         self.filename=''
 859         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 860         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 861             graphnb = 1
 862             type = 'nplot'
 863             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 864             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 865                 graphnb +=1
 866             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 867         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 868         if self.parametres['type_graph'] == 3 :
 869             graphnb = 1
 870             type = 'web'
 871             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 872             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb))):
 873                 graphnb +=1
 874             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb)))
 875             os.mkdir(self.filename)
 876             self.filename = os.path.join(self.filename, 'gexf.gexf')
 877         if self.parametres['type_graph'] == 4 :
 878             graphnb = 1
 879             type = 'rglweb'
 880             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 881             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb))):
 882                 graphnb +=1
 883             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb)))
 884             os.mkdir(self.filename)
 885
 886         if self.parametres['arbremax'] :
 887             arbremax = 'TRUE'
 888             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 889         else : arbremax = 'FALSE'
 890
 891         if self.parametres['coeff_tv'] :
 892             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 893             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 894         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 895             coeff_tv = 'NULL'
 896             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 897         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 898         else : coeff_te = 'NULL'
 899
 900         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 901             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 902         else :
 903             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 904         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 905         else : label_v = 'TRUE'
 906
 907         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 908         else : label_e = 'TRUE'
 909
 910         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 911         else : seuil = 'NULL'
 912
 913         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 914         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 915
 916         txt += """
 917         minmaxeff <- %s
 918         """ % tvminmax
 919         txt += """
 920         vcexminmax <- %s
 921         """ % vcexminmax
 922         txt += """
 923         cex = %i/10
 924         """ % self.parametres['cex']
 925
 926         if self.parametres['film'] :
 927             txt += """
 928             film <- "%s"
 929             """ % self.pathout['film']
 930         else :
 931             txt += """
 932             film <- NULL
 933             """
 934         txt += """
 935         seuil <- %s
 936         if (!is.null(seuil)) {
 937             if (method!='cooc') {
 938                 seuil <- seuil/100
 939             }
 940         }
 941         """ % seuil
 942
 943         txt += """
 944         label.v <- %s
 945         label.e <- %s
 946         """ % (label_v, label_e)
 947         txt += """
 948         cols <- rgb%s
 949         cola <- rgb%s
 950         """ % (cols, cola)
 951         txt += """
 952         width <- %i
 953         height <- %i
 954         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 955         if self.parametres['keep_coord'] :
 956             txt += """
 957             coords <- try(coords, TRUE)
 958             if (!is.matrix(coords)) {
 959                 coords<-NULL
 960             }
 961             """
 962         else :
 963             txt += """
 964             coords <- NULL
 965             """
 966         txt += """
 967         alpha <- %i/100
 968         """ % self.parametres['alpha']
 969         txt += """
 970         alpha <- %i/100
 971         """ % self.parametres['alpha']
 972 #############################################
 973         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 974             txt += """
 975             et <- list()
 976             """
 977             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 978                 txt+= """
 979                 et[[%i]] <- c(%s)
 980                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 981             txt+= """
 982             unetoile <- c('%s')
 983             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 984             txt += """
 985             fsum <- NULL
 986             rs <- rowSums(dm)
 987             for (i in 1:length(unetoile)) {
 988                 print(unetoile[i])
 989                 tosum <- et[[i]]
 990                 if (length(tosum) > 1) {
 991                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 992                 } else {
 993                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 994                 }
 995             }
 996             source("%s")
 997             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 998             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 999             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
1000             gcol <- rainbow(length(unetoile))
1001             #gcol[2] <- 'orange'
1002             vertex.label.color <- gcol[dcol]
1003             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
1004             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
1005             cols <- vertex.label.color
1006             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
1007
1008             """ % (ffr(self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct']))
1009         else :
1010             txt += """
1011             vertex.label.color <- 'black'
1012             chivertex.size <- 1
1013             leg<-NULL
1014             """
1015 #############################################
1016
1017 #        txt += """
1018 #        eff <- colSums(dm)
1019 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
1020 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
1021 #        if (max.tree) {
1022 #            if (method == 'cooc') {
1023 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
1024 #            } else {
1025 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
1026 #            }
1027 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
1028 #            if (method == 'cooc') {
1029 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
1030 #            } else {
1031 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
1032 #            }
1033 #            g.toplot <- g.max
1034 #        } else {
1035 #            g.toplot <- g.ori
1036 #        }
1037 #        """
1038         if self.parametres['com'] :
1039             com = `self.parametres['communities']`
1040         else :
1041             com = 'NULL'
1042         if self.parametres['halo'] :
1043             halo = 'TRUE'
1044         else :
1045             halo = 'FALSE'
1046         txt += """
1047         communities <- %s
1048         halo <- %s
1049         """ % (com, halo)
1050         txt += """
1051         eff <- colSums(dm)
1052         x <- list(mat = mat, eff = eff)
1053         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords, communities = communities, halo = halo)
1054         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
1055
1056         if self.parametres.get('bystar',False) :
1057             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1058                 txt+="""
1059                     label.cex<-chivertex.size
1060                     """
1061             else :
1062                 txt+="""
1063                 label.cex <- cex
1064                 """
1065             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
1066                 txt += """
1067                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1068                 """
1069             else :
1070                 txt += """
1071                 vertex.size <- NULL
1072                 """
1073         else :
1074             #print self.parametres
1075             if (self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('tmpchi', False)) or (self.parametres['type'] == 'simimatrix' and 'tmpchi' in self.parametres):
1076                 txt += """
1077                 lchi <- read.table("%s")
1078                 lchi <- lchi[,1]
1079                 """ % ffr(self.parametres['tmpchi'])
1080                 txt += """
1081                     lchi <- lchi[sel.col]
1082                     """
1083             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1084                 txt += """
1085                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
1086                 """
1087             else :
1088                 txt += """
1089             if (is.null(vcexminmax[1])) {
1090                 label.cex <- cex
1091             } else {
1092                 label.cex <- graph.simi$label.cex
1093             }
1094             """
1095             if (self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' or self.parametres['type'] == 'simimatrix') and self.parametres.get('sfromchi', False):
1096                 txt += """
1097                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1098                 if (!length(vertex.size)) vertex.size <- 0
1099                 """
1100             else :
1101                 txt += """
1102             if (is.null(minmaxeff[1])) {
1103                 vertex.size <- 0
1104             } else {
1105                 vertex.size <- graph.simi$eff
1106             }
1107             """
1108         #txt += """ vertex.size <- NULL """
1109         if self.parametres['svg'] : svg = 'TRUE'
1110         else : svg = 'FALSE'
1111         txt += """
1112         svg <- %s
1113         """ % svg
1114         txt += """
1115         vertex.col <- cols
1116         if (!is.null(graph.simi$com)) {
1117             com <- graph.simi$com
1118             colm <- rainbow(length(com))
1119             if (vertex.size != 0 || graph.simi$halo) {
1120                 vertex.label.color <- 'black'
1121                 vertex.col <- colm[membership(com)]
1122             } else {
1123                 vertex.label.color <- colm[membership(com)]
1124             }
1125         }
1126         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = vertex.col, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film, svg = svg)
1127         save.image(file="%s")
1128         """ % (type, self.filename, ffr(self.pathout['RData']))
1129
1130         self.add(txt)
1131         self.write()
1132
1133 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
1134     def make_script(self) :
1135         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1136         self.packages(['wordcloud'])
1137         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
1138         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
1139         if self.parametres['svg'] :
1140             svg = 'TRUE'
1141         else :
1142             svg = 'FALSE'
1143         txt = """
1144         svg <- %s
1145         """ % svg
1146         txt += """
1147         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
1148         selected.col <- read.table("%s")
1149         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
1150         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
1151         maxword <- %i
1152         if (nrow(toprint) > maxword) {
1153             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
1154             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
1155         }
1156         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i , svg = svg)
1157         par(bg=rgb%s)
1158         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
1159         dev.off()
1160         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
1161         self.add(txt)
1162         self.write()
1163
1164 class ProtoScript(PrintRScript) :
1165     def make_script(self) :
1166         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph'], self.analyse.parent.RscriptsPath['prototypical.R']])
1167         self.packages(['wordcloud'])
1168         if self.parametres.get('cloud', False) :
1169             cloud = 'TRUE'
1170         else :
1171             cloud = 'FALSE'
1172         txt = """
1173         errorn <- function(x) {
1174             qnorm(0.975)*sd(x)/sqrt(lenght(n))
1175         }
1176         errort <- function(x) {
1177             qt(0.975,df=lenght(x)-1)*sd(x)/sqrt(lenght(x))
1178         }
1179         mat <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t', quote='"', dec='.')
1180         open_file_graph("%s",height=800, width=1000)
1181         prototypical(mat, mfreq = %s, mrank = %s, cloud = FALSE, cexrange=c(1,2.4), cexalpha= c(0.4, 1), type = '%s')
1182         dev.off()
1183         """ % (self.analyse.pathout['table.csv'], self.analyse.pathout['proto.png'], self.parametres['limfreq'], self.parametres['limrang'], self.parametres['typegraph'])
1184         self.add(txt)
1185         self.write()
1186
1187
1188 class ExportAfc(PrintRScript) :
1189     def make_script(self) :
1190         self.source([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1191         self.packages(['rgexf'])
1192         txt = """
1193         """
1194
1195 class TgenSpecScript(PrintRScript):
1196     def make_script(self):
1197         self.packages(['textometry'])
1198         txt = """
1199         tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
1200         """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
1201         txt += """
1202         tot <- tgen[nrow(tgen), ]
1203         result <- NULL
1204         tgen <- tgen[-nrow(tgen),]
1205         for (i in 1:nrow(tgen)) {
1206             mat <- rbind(tgen[i,], tot - tgen[i,])
1207             specmat <- specificities(mat)
1208             result <- rbind(result, specmat[1,])
1209         }
1210         colnames(result) <- colnames(tgen)
1211         row.names(result) <- rownames(tgen)
1212         write.table(result, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1213         """ % self.pathout['tgenspec.csv']
1214         self.add(txt)
1215