iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if libsvdc :
 128         txt += """
 129         libsvdc <- TRUE
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     else :
 133         txt += """
 134         libsvdc <- FALSE
 135         libsvdc.path <- NULL
 136         """
 137
 138     txt +="""
 139     library(Matrix)
 140     data1 <- readMM("%s")
 141     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 142     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 143     """ % DicoPath['TableUc1']
 144
 145     if classif_mode == 0:
 146         txt += """
 147         data2 <- readMM("%s")
 148         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 149         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 150         """ % DicoPath['TableUc2']
 151     #log.info('ATTENTION ############# MODEPATATE ####################')
 152     txt += """
 153     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = FALSE, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 154     """
 155
 156     if classif_mode == 0:
 157         txt += """
 158     chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 159     """
 160     else:
 161         txt += """
 162     chd2<-chd1
 163     """
 164
 165     txt += """
 166     #lecture des uce
 167     listuce1<-read.csv2("%s")
 168     """ % DicoPath['listeuce1']
 169
 170     if classif_mode == 0:
 171         txt += """
 172         listuce2<-read.csv2("%s")
 173         """ % DicoPath['listeuce2']
 174
 175     txt += """
 176     rm(data1)
 177     """
 178
 179     if classif_mode == 0:
 180         txt += """
 181         rm(data2)
 182         """
 183     txt += """
 184     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 185     n1 <- chd.result$n1
 186     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 187     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 188     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 189
 190     txt += """
 191     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 192 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 193 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 194 #    dev.off()
 195     """%DicoPath['arbre1']
 196
 197     if classif_mode == 0:
 198         txt += """
 199         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 200 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 201 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 202 #        dev.off()
 203         """ % DicoPath['arbre2']
 204
 205     txt += """
 206     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 207     save(tree.cut1, file="%s")
 208     classes<-n1[,ncol(n1)]
 209     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 210     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 211     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 212     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 213     dev.off()
 214     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 215
 216     if classif_mode == 0:
 217         txt += """
 218         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 219         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 220         plot(tree.cut2$tree.cl)
 221         dev.off()
 222         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 223         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 224         dev.off()
 225         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 226
 227     txt += """
 228     save.image(file="%s")
 229     """ % DicoPath['RData']
 230     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 231     fileout.write(txt)
 232     fileout.close()
 233
 234 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 235     DicoPath = corpus.dictpathout
 236     param = corpus.parametre
 237     print param
 238     txt = """
 239     source("%s")
 240     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 241     txt += """
 242     source("%s")
 243     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 244     txt += """
 245     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 246     n1 <- result$uce
 247     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 248     txt += """
 249     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 250     plot(result$cl)
 251     dev.off()
 252     """ % (DicoPath['arbre1'])
 253     txt += """
 254     save.image(file="%s")
 255     """ % DicoPath['RData']
 256     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 257     fileout.write(txt)
 258     fileout.close()
 259
 260
 261 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 262     txt = """
 263     source("%s")
 264     source("%s")
 265     source("%s")
 266     source("%s")
 267     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 268
 269     txt += """
 270     nbt <- %i - 1
 271     mincl <- %i
 272     """ % (nbcl, mincl)
 273
 274     txt += """
 275     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 276     n1 <- chd.result$n1
 277     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 278     """ % (DicoPath['mat01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 279
 280     txt += """
 281     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 282     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 283     plot(tree_tot1$tree.cl)
 284     dev.off()
 285     """%DicoPath['arbre1']
 286
 287     txt += """
 288     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 289     tree.cut1 <- tree_cut1
 290     save(tree.cut1, file="%s")
 291     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 292     classes<-n1[,ncol(n1)]
 293     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 294     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 295
 296     txt += """
 297     save.image(file="%s")
 298     """ % DicoPath['RData']
 299     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 300     fileout.write(txt)
 301     fileout.close()
 302
 303 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 304     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 305     txt += """
 306 source("%s")
 307 load("%s")
 308 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 309     txt += """
 310 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 311 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 312 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 313 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 314     txt += """
 315 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 316 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 317 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 318 """
 319     txt += """
 320 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 321 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 322     txt += """
 323 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 324 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 325 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 326 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 327 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 328 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 329 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 330 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 331 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 332 """
 333     txt += """
 334 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 335 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 336 gbcluster<-n1
 337 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 338 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 339     if clnb > 2 :
 340         txt += """
 341     library(ca)
 342     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 343     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 345     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 346     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 347     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 348     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 349     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 350     debsup<-nrow(dataact)+1
 351     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 352     fin<-rowtot
 353     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 354     """
 355     #FIXME : split this!!!
 356         txt += """
 357     source("%s")
 358     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 359
 360         txt += """
 361         afc <- summary.ca.dm(afc)
 362         afc_table <- create_afc_table(afc)
 363         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 364         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 365         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 366         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 367
 368         txt += """
 369         #xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 370         #ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 371         #xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 372         #ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 373         """
 374
 375         txt += """
 376     PARCEX<-%s
 377     xmin <- min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
 378     xmax <- max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
 379     ymin <- min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
 380     ymax <- max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
 381     print(xmin)
 382     print(xmax)
 383     print(ymin)
 384     print(ymax)
 385     """ % taillecar
 386         txt += """
 387     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 388     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 389         txt += """
 390     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 391     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 392         txt += """
 393     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 394     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 395         txt += """
 396     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 397     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 398 #        txt += """
 399  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 400  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 401   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 402  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 403  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 404
 405     txt += """
 406 #rm(dataact)
 407 #rm(datasup)
 408 #rm(dataet)
 409 rm(tablesqrpact)
 410 rm(tablesqrpsup)
 411 rm(tablesqrpet)
 412 save.image(file="%s")
 413 """ % DictChdTxtOut['RData']
 414     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 415     file.write(txt)
 416     file.close()
 417
 418
 419 def write_afc_graph(self):
 420     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 421     else : over = 'FALSE'
 422
 423     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 424     else : do_select_nb = 'FALSE'
 425
 426     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 427     else : do_select_chi = 'FALSE'
 428
 429     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 430     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 431
 432     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 433     else : cex_txt = 'FALSE'
 434
 435     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 436     else : tchi = 'FALSE'
 437
 438     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 439     else : svg = 'FALSE'
 440
 441     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 442         txt = f.read()
 443
 444 #    self.DictPathOut['RData'], \
 445     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 446     self.param['typegraph'], \
 447     self.param['what'], \
 448     self.param['facteur'][0],\
 449     self.param['facteur'][1], \
 450     self.param['facteur'][2], \
 451     self.param['qui'], \
 452     over,  do_select_nb, \
 453     self.param['select_nb'],  \
 454     do_select_chi, \
 455     self.param['select_chi'], \
 456     do_select_chi_classe, \
 457     self.param['nbchic'], \
 458     cex_txt, \
 459     self.param['txt_min'], \
 460     self.param['txt_max'], \
 461     self.fileout, \
 462     self.param['width'], \
 463     self.param['height'],\
 464     self.param['taillecar'], \
 465     self.param['alpha'], \
 466     self.param['film'], \
 467     tchi,\
 468     self.param['tchi_min'],\
 469     self.param['tchi_max'],\
 470     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 471     svg)
 472     return scripts
 473
 474 def print_simi3d(self):
 475     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 476     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 477     if simi3d.movie.GetValue() :
 478         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 479     else :
 480         movie = 'NULL'
 481
 482     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 483     #    header = 'TRUE'
 484     #else :
 485     #    header = 'FALSE'
 486     header = 'FALSE'
 487     txt += """
 488     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 489     load("%s")
 490     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 491
 492     txt += """
 493     source("%s")
 494     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 495
 496
 497     txt += """
 498     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 499     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 500     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 501     tmp = open(tmpfile,'w')
 502     tmp.write(txt)
 503     tmp.close()
 504     return tmpfile
 505
 506 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 507     if not intxt :
 508         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 509     rownb = len(rownames)
 510     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 511     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 512     if not intxt :
 513         #FIXME
 514         txt = """
 515             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 516             rownames(di)<- %s
 517             colnames(di) <- %s
 518         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 519     else :
 520         txt = intxt
 521     txt += """
 522         load("%s")
 523         library(ape)
 524         source("%s")
 525         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 526         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 527         width <- 500
 528         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 529         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 530         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 531     return txt
 532
 533 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 534     if not intxt :
 535         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 536     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 537     #height =  len(rownames) * 15
 538     rownb = len(rownames)
 539     #if height < 400 :
 540     #    height = 400
 541     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 542     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 543     if not intxt :
 544         #FIXME
 545         txt = """
 546             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 547             toinf <- which(di == Inf)
 548             tominf <- which(di == -Inf)
 549             if (length(toinf)) {
 550                 di[toinf] <- NA
 551                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 552                 if (valmax <= 0) {
 553                     valmax <- 2
 554                 } else {
 555                     valmax <- valmax + 2
 556                 }
 557                 di[toinf] <- valmax
 558             }
 559             if (length(tominf)) {
 560                 di[tominf] <- NA
 561                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 562                 if (valmin >=0) {
 563                     valmin <- -2
 564                 } else {
 565                     valmin <- valmin - 2
 566                 }
 567                 di[tominf] <- valmin
 568             }
 569             rownames(di)<- %s
 570             colnames(di) <- %s
 571         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 572     else :
 573         txt = intxt
 574     txt += """
 575         source("%s")
 576         color = rainbow(nrow(di))
 577         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 578         height <- nrow(di) * 15
 579         if (height < 400) { height <- 400}
 580         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 581         par(mar=c(0,0,0,0))
 582             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 583         par(mar=c(2,2,1,0))
 584         yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 585         ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 586         ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 587         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp))
 588         if (length(toinf)) {
 589             coordinf <- coord[toinf]
 590             valinf <- di[toinf]
 591             text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 592         }
 593         if (length(tominf)) {
 594             coordinf <- coord[toinf]
 595             valinf <- di[toinf]
 596             text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 597         }
 598         c <- colMeans(coord)
 599         c1 <- c[-1]
 600         c2 <- c[-length(c)]
 601         cc <- cbind(c1,c2)
 602         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 603         abline(v=lcoord)
 604         if (min(di) < 0) {
 605             amp <- abs(max(di) - min(di))
 606         } else {
 607             amp <- max(di)
 608         }
 609         if (amp < 10) {
 610             d <- 2
 611         } else {
 612             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 613         }
 614         mn <- round(min(di))
 615         mx <- round(max(di))
 616         for (i in mn:mx) {
 617             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 618                 abline(h=i,lty=3)
 619             }
 620         }
 621         par(mar=c(0,0,0,0))
 622         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 623         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 624         dev.off()
 625         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 626     return txt
 627
 628 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 629 #    txt = """
 630 #    library(ca)
 631 #    nd<-%i
 632 #    """ % nd
 633 #    txt += """
 634 #    dataact<-read.csv2("%s")
 635 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 636 #    txt += """
 637 #    datasup<-read.csv2("%s")
 638 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 639 #    txt += """
 640 #    dataet<-read.csv2("%s")
 641 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 642 #    txt += """
 643 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 644 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 645 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 646 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 647 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 648 #    afctot<-afcsup$colcoord
 649 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 650 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 651 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 652 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 653 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 654 #    rcolet<-afcet$colsup
 655 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 656 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 657 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 658 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 659 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 660 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 661 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 662 #    source("%s")
 663 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 664 #    txt += """
 665 #    PARCEX=%s
 666 #    """ % PARCEX
 667 #    #FIXME
 668 #    txt += """
 669 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 670 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 671 #    txt += """
 672 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 673 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 674 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 675 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 676 #    txt += """
 677 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 678 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 679 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 680 #    f.write(txt)
 681 #    f.close()
 682
 683 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 684     def make_script(self) :
 685         self.txtgraph = ''
 686         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 687         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 688         txt = ''
 689         if not self.parametres['keep_coord'] :
 690             txt += """
 691             dm.path <- "%s"
 692             cn.path <- "%s"
 693             selected.col <- "%s"
 694             """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 695             txt += """
 696             dm <-readMM(dm.path)
 697             cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
 698             colnames(dm) <- cn[,1]
 699             sel.col <- read.csv2(selected.col)
 700             dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
 701             """
 702         else :
 703             txt += """
 704             load("%s")
 705             """ % self.pathout['RData.RData']
 706
 707         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 708             method = 'cooc'
 709             if not self.parametres['keep_coord'] :
 710                 txt += """
 711                 method <- 'cooc'
 712                 mat <- make.a(dm)
 713                 """
 714         else :
 715             if not self.parametres['keep_coord'] :
 716                 txt += """
 717                 dm <- as.matrix(dm)
 718                 """
 719         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 720             method = 'prcooc'
 721             txt += """
 722             method <- 'Russel'
 723             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 724             """
 725         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 726             method = 'binomial'
 727             if not self.parametres['keep_coord'] :
 728                 txt += """
 729                 method <- 'binomial'
 730                 mat <- binom.sim(dm)
 731                 """
 732         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 733             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 734             if not self.parametres['keep_coord'] :
 735                 txt += """
 736                 method <-"%s"
 737                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 738                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 739         if not self.parametres['keep_coord'] :
 740             txt += """
 741             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 742             mat[is.na(mat)] <- 0
 743             mat[is.infinite(mat)] <- 0
 744             """
 745         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 746         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 747         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 748         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 749         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 750
 751
 752         self.filename=''
 753         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 754         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 755             graphnb = 1
 756             type = 'nplot'
 757             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 758             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 759                 graphnb +=1
 760             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 761         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 762
 763         if self.parametres['arbremax'] :
 764             arbremax = 'TRUE'
 765             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 766         else : arbremax = 'FALSE'
 767
 768         if self.parametres['coeff_tv'] :
 769             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 770             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 771         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 772             coeff_tv = 'NULL'
 773             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 774         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 775         else : coeff_te = 'NULL'
 776
 777         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 778             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 779         else :
 780             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 781         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 782         else : label_v = 'TRUE'
 783
 784         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 785         else : label_e = 'TRUE'
 786
 787         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 788         else : seuil = 'NULL'
 789
 790         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 791         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 792
 793         txt += """
 794         minmaxeff <- %s
 795         """ % tvminmax
 796         txt += """
 797         vcexminmax <- %s
 798         """ % vcexminmax
 799         txt += """
 800         cex = %i/10
 801         """ % self.parametres['cex']
 802
 803         if self.parametres['film'] :
 804             txt += """
 805             film <- "%s"
 806             """ % self.pathout['film']
 807         else :
 808             txt += """
 809             film <- NULL
 810             """
 811         txt += """
 812         seuil <- %s
 813         """ % seuil
 814
 815         txt += """
 816         label.v <- %s
 817         label.e <- %s
 818         """ % (label_v, label_e)
 819         txt += """
 820         cols <- rgb%s
 821         cola <- rgb%s
 822         """ % (cols, cola)
 823         txt += """
 824         width <- %i
 825         height <- %i
 826         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 827         if self.parametres['keep_coord'] :
 828             txt += """
 829             coords <- try(coords, TRUE)
 830             if (!is.matrix(coords)) {
 831                 coords<-NULL
 832             }
 833             """
 834         else :
 835             txt += """
 836             coords <- NULL
 837             """
 838         txt += """
 839         alpha <- %i/100
 840         """ % self.parametres['alpha']
 841         txt += """
 842         alpha <- %i/100
 843         """ % self.parametres['alpha']
 844 #############################################
 845         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 846             txt += """
 847             et <- list()
 848             """
 849             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 850                 txt+= """
 851                 et[[%i]] <- c(%s)
 852                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 853             txt+= """
 854             unetoile <- c('%s')
 855             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 856             txt += """
 857             fsum <- NULL
 858             rs <- rowSums(dm)
 859             for (i in 1:length(unetoile)) {
 860                 print(unetoile[i])
 861                 tosum <- et[[i]]
 862                 if (length(tosum) > 1) {
 863                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 864                 } else {
 865                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 866                 }
 867             }
 868             source("%s")
 869             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 870             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 871             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 872             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 873             #gcol[2] <- 'orange'
 874             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 875             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 876             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 877             cols <- vertex.label.color
 878             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 879
 880             """ % (self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 881         else :
 882             txt += """
 883             vertex.label.color <- 'black'
 884             chivertex.size <- 1
 885             leg<-NULL
 886             """
 887 #############################################
 888
 889 #        txt += """
 890 #        eff <- colSums(dm)
 891 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 892 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 893 #        if (max.tree) {
 894 #            if (method == 'cooc') {
 895 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 896 #            } else {
 897 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 898 #            }
 899 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 900 #            if (method == 'cooc') {
 901 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 902 #            } else {
 903 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 904 #            }
 905 #            g.toplot <- g.max
 906 #        } else {
 907 #            g.toplot <- g.ori
 908 #        }
 909 #        """
 910         txt += """
 911         eff <- colSums(dm)
 912         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 913         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 914         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 915
 916         if self.parametres.get('bystar',False) :
 917             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 918                 txt+="""
 919                     label.cex<-chivertex.size
 920                     """
 921             else :
 922                 txt+="""
 923                 label.cex <- NULL
 924                 """
 925             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
 926                 txt += """
 927                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 928                 """
 929             else :
 930                 txt += """
 931                 vertex.size <- NULL
 932                 """
 933         else :
 934             #FIXME
 935             tmpchi = False
 936             if tmpchi :
 937                 txt += """
 938                 lchi <- read.table("%s")
 939                 lchi <- lchi[,1]
 940                 """ % ffr(tmpchi)
 941                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 942                     txt += """
 943                     lchi <- lchi[c%s+1]
 944                     """ % datas
 945             if tmpchi and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 946                 txt += """
 947                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 948                 """
 949             else :
 950                 txt += """
 951             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 952                 label.cex <- NULL
 953             } else {
 954                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 955             }
 956             """
 957             if tmpchi and self.parametres.get('sfromchi', False) :
 958                 txt += """
 959                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 960                 """
 961             else :
 962                 txt += """
 963             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 964                 vertex.size <- NULL
 965             } else {
 966                 vertex.size <- graph.simi$eff
 967             }
 968             """
 969         txt += """ vertex.size <- NULL """
 970         txt += """
 971         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 972         save.image(file="%s")
 973         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
 974
 975         self.add(txt)
 976         self.write()
 977
 978 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
 979     def make_script(self) :
 980         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 981         self.packages(['wordcloud'])
 982         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
 983         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
 984         txt = """
 985         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
 986         selected.col <- read.table("%s")
 987         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
 988         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
 989         maxword <- %i
 990         if (nrow(toprint) > maxword) {
 991             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
 992             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
 993         }
 994         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
 995         par(bg=rgb%s)
 996         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
 997         dev.off()
 998         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
 999         self.add(txt)
1000         self.write()