iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
 128         txt += """
 129         svd.method <- 'svdlibc'
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     elif svdmethod == 'irlba' :
 133         txt += """
 134         library(irlba)
 135         svd.method <- 'irlba'
 136         libsvdc.path <- NULL
 137         """
 138     else :
 139         txt += """
 140         svd.method = 'svdR'
 141         libsvdc.path <- NULL
 142         """
 143     if mode_patate :
 144         txt += """
 145         mode.patate = TRUE
 146         """
 147     else :
 148         txt += """
 149         mode.patate = FALSE
 150         """
 151     txt +="""
 152     library(Matrix)
 153     data1 <- readMM("%s")
 154     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 155     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 156     """ % DicoPath['TableUc1']
 157
 158     if classif_mode == 0:
 159         txt += """
 160         data2 <- readMM("%s")
 161         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 162         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 163         """ % DicoPath['TableUc2']
 164     txt += """
 165     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 166     """
 167
 168     if classif_mode == 0:
 169         txt += """
 170     chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 171     """
 172     else:
 173         txt += """
 174     chd2<-chd1
 175     """
 176
 177     txt += """
 178     #lecture des uce
 179     listuce1<-read.csv2("%s")
 180     """ % DicoPath['listeuce1']
 181
 182     if classif_mode == 0:
 183         txt += """
 184         listuce2<-read.csv2("%s")
 185         """ % DicoPath['listeuce2']
 186
 187     txt += """
 188     rm(data1)
 189     """
 190
 191     if classif_mode == 0:
 192         txt += """
 193         rm(data2)
 194         """
 195     txt += """
 196     classif_mode <- %i
 197     mincl <- %i
 198     uceout <- "%s"
 199     if (classif_mode == 0) {
 200         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd2, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 201     } else {
 202         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd1, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 203     }
 204     n1 <- chd.result$n1
 205     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 206     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 207     """ % (classif_mode, mincl, DicoPath['uce'])
 208
 209     txt += """
 210     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 211 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 212 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 213 #    dev.off()
 214     """%DicoPath['arbre1']
 215
 216     if classif_mode == 0:
 217         txt += """
 218         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 219 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 220 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 221 #        dev.off()
 222         """ % DicoPath['arbre2']
 223
 224     txt += """
 225     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 226     save(tree.cut1, file="%s")
 227     classes<-n1[,ncol(n1)]
 228     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 229     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 230     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 231     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 232     dev.off()
 233     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 234
 235     if classif_mode == 0:
 236         txt += """
 237         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 238         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 239         plot(tree.cut2$tree.cl)
 240         dev.off()
 241         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 242         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 243         dev.off()
 244         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 245
 246     txt += """
 247     save.image(file="%s")
 248     """ % DicoPath['RData']
 249     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 250     fileout.write(txt)
 251     fileout.close()
 252
 253 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 254     DicoPath = corpus.pathout
 255     param = corpus.parametres
 256     print param
 257     txt = """
 258     source("%s")
 259     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 260     txt += """
 261     source("%s")
 262     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 263     txt += """
 264     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 265     n1 <- result$uce
 266     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 267     txt += """
 268     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 269     plot(result$cl)
 270     dev.off()
 271     """ % (DicoPath['arbre1'])
 272     txt += """
 273     save.image(file="%s")
 274     """ % DicoPath['RData']
 275     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 276     fileout.write(txt)
 277     fileout.close()
 278
 279
 280 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 281     txt = """
 282     source("%s")
 283     source("%s")
 284     source("%s")
 285     source("%s")
 286     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 287
 288     txt += """
 289     nbt <- %i - 1
 290     mincl <- %i
 291     """ % (nbcl, mincl)
 292
 293     txt += """
 294     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 295     n1 <- chd.result$n1
 296     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 297     """ % (DicoPath['mat01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 298
 299     txt += """
 300     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 301     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 302     plot(tree_tot1$tree.cl)
 303     dev.off()
 304     """%DicoPath['arbre1']
 305
 306     txt += """
 307     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 308     tree.cut1 <- tree_cut1
 309     save(tree.cut1, file="%s")
 310     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 311     classes<-n1[,ncol(n1)]
 312     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes, histo = TRUE)
 313     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 314
 315     txt += """
 316     save.image(file="%s")
 317     """ % DicoPath['RData']
 318     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 319     fileout.write(txt)
 320     fileout.close()
 321
 322 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 323     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 324     txt += """
 325 source("%s")
 326 load("%s")
 327 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 328     txt += """
 329 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 330 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 331 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 332 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 333     txt += """
 334 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 335 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 336 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 337 """
 338     txt += """
 339 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 340 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 341     txt += """
 342 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 343 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 345 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 346 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 347 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 348 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 349 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 350 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 351 """
 352     txt += """
 353 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 354 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 355 gbcluster<-n1
 356 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 357 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 358     if clnb > 2 :
 359         txt += """
 360     library(ca)
 361     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 362     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 363     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 364     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 365     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 366     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 367     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 368     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 369     debsup<-nrow(dataact)+1
 370     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 371     fin<-rowtot
 372     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 373     """
 374     #FIXME : split this!!!
 375         txt += """
 376     source("%s")
 377     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 378
 379         txt += """
 380         afc <- summary.ca.dm(afc)
 381         afc_table <- create_afc_table(afc)
 382         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 383         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 384         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 385         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 386
 387         txt += """
 388     PARCEX<-%s
 389     """ % taillecar
 390         txt += """
 391     xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 392     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 393         txt += """
 394     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 395     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 396         txt += """
 397     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 398     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 399         txt += """
 400     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 401     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 402 #        txt += """
 403  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 404  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 405   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 406  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 407  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 408
 409     txt += """
 410 #rm(dataact)
 411 #rm(datasup)
 412 #rm(dataet)
 413 rm(tablesqrpact)
 414 rm(tablesqrpsup)
 415 rm(tablesqrpet)
 416 save.image(file="%s")
 417 """ % DictChdTxtOut['RData']
 418     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 419     file.write(txt)
 420     file.close()
 421
 422
 423 def write_afc_graph(self):
 424     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 425     else : over = 'FALSE'
 426
 427     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 428     else : do_select_nb = 'FALSE'
 429
 430     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 431     else : do_select_chi = 'FALSE'
 432
 433     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 434     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 435
 436     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 437     else : cex_txt = 'FALSE'
 438
 439     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 440     else : tchi = 'FALSE'
 441
 442     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 443     else : svg = 'FALSE'
 444
 445     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 446         txt = f.read()
 447
 448 #    self.DictPathOut['RData'], \
 449     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 450     self.param['typegraph'], \
 451     self.param['what'], \
 452     self.param['facteur'][0],\
 453     self.param['facteur'][1], \
 454     self.param['facteur'][2], \
 455     self.param['qui'], \
 456     over,  do_select_nb, \
 457     self.param['select_nb'],  \
 458     do_select_chi, \
 459     self.param['select_chi'], \
 460     do_select_chi_classe, \
 461     self.param['nbchic'], \
 462     cex_txt, \
 463     self.param['txt_min'], \
 464     self.param['txt_max'], \
 465     self.fileout, \
 466     self.param['width'], \
 467     self.param['height'],\
 468     self.param['taillecar'], \
 469     self.param['alpha'], \
 470     self.param['film'], \
 471     tchi,\
 472     self.param['tchi_min'],\
 473     self.param['tchi_max'],\
 474     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 475     svg)
 476     return scripts
 477
 478 def print_simi3d(self):
 479     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 480     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 481     if simi3d.movie.GetValue() :
 482         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 483     else :
 484         movie = 'NULL'
 485
 486     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 487     #    header = 'TRUE'
 488     #else :
 489     #    header = 'FALSE'
 490     header = 'FALSE'
 491     txt += """
 492     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 493     load("%s")
 494     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 495
 496     txt += """
 497     source("%s")
 498     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 499
 500
 501     txt += """
 502     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 503     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 504     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 505     tmp = open(tmpfile,'w')
 506     tmp.write(txt)
 507     tmp.close()
 508     return tmpfile
 509
 510 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 511     if not intxt :
 512         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 513     rownb = len(rownames)
 514     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 515     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 516     if not intxt :
 517         #FIXME
 518         txt = """
 519             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 520             rownames(di)<- %s
 521             colnames(di) <- %s
 522         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 523     else :
 524         txt = intxt
 525     txt += """
 526         load("%s")
 527         library(ape)
 528         source("%s")
 529         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 530         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 531         width <- 500
 532         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 533         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 534         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 535     return txt
 536
 537 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 538     if not intxt :
 539         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 540     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 541     #height =  len(rownames) * 15
 542     rownb = len(rownames)
 543     #if height < 400 :
 544     #    height = 400
 545     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 546     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 547     if not intxt :
 548         #FIXME
 549         txt = """
 550             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 551             toinf <- which(di == Inf)
 552             tominf <- which(di == -Inf)
 553             if (length(toinf)) {
 554                 di[toinf] <- NA
 555                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 556                 if (valmax <= 0) {
 557                     valmax <- 2
 558                 } else {
 559                     valmax <- valmax + 2
 560                 }
 561                 di[toinf] <- valmax
 562             }
 563             if (length(tominf)) {
 564                 di[tominf] <- NA
 565                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 566                 if (valmin >=0) {
 567                     valmin <- -2
 568                 } else {
 569                     valmin <- valmin - 2
 570                 }
 571                 di[tominf] <- valmin
 572             }
 573             rownames(di)<- %s
 574             colnames(di) <- %s
 575         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 576     else :
 577         txt = intxt
 578     txt += """
 579         source("%s")
 580         color = rainbow(nrow(di))
 581         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 582         height <- nrow(di) * 15
 583         if (height < 400) { height <- 400}
 584         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 585         par(mar=c(0,0,0,0))
 586             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 587         par(mar=c(2,2,1,0))
 588         yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 589         ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 590         ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 591         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp))
 592         if (length(toinf)) {
 593             coordinf <- coord[toinf]
 594             valinf <- di[toinf]
 595             text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 596         }
 597         if (length(tominf)) {
 598             coordinf <- coord[toinf]
 599             valinf <- di[toinf]
 600             text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 601         }
 602         c <- colMeans(coord)
 603         c1 <- c[-1]
 604         c2 <- c[-length(c)]
 605         cc <- cbind(c1,c2)
 606         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 607         abline(v=lcoord)
 608         if (min(di) < 0) {
 609             amp <- abs(max(di) - min(di))
 610         } else {
 611             amp <- max(di)
 612         }
 613         if (amp < 10) {
 614             d <- 2
 615         } else {
 616             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 617         }
 618         mn <- round(min(di))
 619         mx <- round(max(di))
 620         for (i in mn:mx) {
 621             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 622                 abline(h=i,lty=3)
 623             }
 624         }
 625         par(mar=c(0,0,0,0))
 626         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 627         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 628         dev.off()
 629         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 630     return txt
 631
 632 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 633 #    txt = """
 634 #    library(ca)
 635 #    nd<-%i
 636 #    """ % nd
 637 #    txt += """
 638 #    dataact<-read.csv2("%s")
 639 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 640 #    txt += """
 641 #    datasup<-read.csv2("%s")
 642 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 643 #    txt += """
 644 #    dataet<-read.csv2("%s")
 645 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 646 #    txt += """
 647 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 648 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 649 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 650 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 651 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 652 #    afctot<-afcsup$colcoord
 653 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 654 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 655 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 656 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 657 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 658 #    rcolet<-afcet$colsup
 659 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 660 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 661 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 662 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 663 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 664 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 665 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 666 #    source("%s")
 667 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 668 #    txt += """
 669 #    PARCEX=%s
 670 #    """ % PARCEX
 671 #    #FIXME
 672 #    txt += """
 673 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 674 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 675 #    txt += """
 676 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 677 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 678 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 679 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 680 #    txt += """
 681 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 682 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 683 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 684 #    f.write(txt)
 685 #    f.close()
 686
 687 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 688     def make_script(self) :
 689         self.txtgraph = ''
 690         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 691         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 692         txt = ''
 693         if not self.parametres['keep_coord'] and not self.parametres['type'] == 'simimatrix':
 694             txt += """
 695             dm.path <- "%s"
 696             cn.path <- "%s"
 697             selected.col <- "%s"
 698             """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 699             if 'word' in self.parametres :
 700                 txt += """
 701                 word <- TRUE
 702                 index <- %i + 1
 703                 """ % self.parametres['word']
 704             else :
 705                 txt += """
 706                 word <- FALSE
 707                 """
 708             txt += """
 709             dm <-readMM(dm.path)
 710             cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
 711             colnames(dm) <- cn[,1]
 712             sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 713             sel.col <- sel.col[,1] + 1
 714             if (!word) {
 715                 dm <- dm[, sel.col]
 716             } else {
 717                 forme <- colnames(dm)[index]
 718                 if (!index %in% sel.col) {
 719                     sel.col <- append(sel.col, index)
 720                 }
 721                 dm <- dm[, sel.col]
 722                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 723             }
 724             """
 725         elif not self.parametres['keep_coord'] and self.parametres['type'] == 'simimatrix' :
 726             txt += """
 727             dm.path <- "%s"
 728             selected.col <- "%s"
 729             """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 730             if 'word' in self.parametres :
 731                 txt += """
 732                 word <- TRUE
 733                 index <- %i + 1
 734                 """ % self.parametres['word']
 735             else :
 736                 txt += """
 737                 word <- FALSE
 738                 """
 739             txt += """
 740             dm <-read.csv2(dm.path)
 741             dm <- as.matrix(dm)
 742             sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 743             sel.col <- sel.col[,1] + 1
 744             if (!word) {
 745                 dm <- dm[, sel.col]
 746             } else {
 747                 forme <- colnames(dm)[index]
 748                 if (!index %in% sel.col) {
 749                     sel.col <- append(sel.col, index)
 750                 }
 751                 dm <- dm[, sel.col]
 752                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 753             }
 754             """
 755         else :
 756             txt += """
 757             load("%s")
 758             """ % self.pathout['RData.RData']
 759
 760         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 761             method = 'cooc'
 762             if not self.parametres['keep_coord'] :
 763                 txt += """
 764                 method <- 'cooc'
 765                 mat <- make.a(dm)
 766                 """
 767         else :
 768             if not self.parametres['keep_coord'] :
 769                 txt += """
 770                 dm <- as.matrix(dm)
 771                 """
 772         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 773             method = 'prcooc'
 774             txt += """
 775             method <- 'Russel'
 776             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 777             """
 778         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 779             method = 'binomial'
 780             if not self.parametres['keep_coord'] :
 781                 txt += """
 782                 method <- 'binomial'
 783                 mat <- binom.sim(dm)
 784                 """
 785         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 786             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 787             if not self.parametres['keep_coord'] :
 788                 txt += """
 789                 method <-"%s"
 790                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 791                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 792         if not self.parametres['keep_coord'] :
 793             txt += """
 794             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 795             mat[is.na(mat)] <- 0
 796             mat[is.infinite(mat)] <- 0
 797             """
 798         if 'word' in self.parametres and not self.parametres['keep_coord'] :
 799             txt += """
 800             mat <- graph.word(mat, index)
 801             cs <- colSums(mat)
 802             if (length(cs)) mat <- mat[,-which(cs==0)]
 803             rs <- rowSums(mat)
 804             if (length(rs)) mat <- mat[-which(rs==0),]
 805             if (length(cs)) dm <- dm[, -which(cs==0)]
 806             """
 807
 808         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 809         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 810         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 811         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 812         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 813
 814
 815         self.filename=''
 816         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 817         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 818             graphnb = 1
 819             type = 'nplot'
 820             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 821             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 822                 graphnb +=1
 823             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 824         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 825
 826         if self.parametres['arbremax'] :
 827             arbremax = 'TRUE'
 828             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 829         else : arbremax = 'FALSE'
 830
 831         if self.parametres['coeff_tv'] :
 832             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 833             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 834         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 835             coeff_tv = 'NULL'
 836             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 837         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 838         else : coeff_te = 'NULL'
 839
 840         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 841             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 842         else :
 843             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 844         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 845         else : label_v = 'TRUE'
 846
 847         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 848         else : label_e = 'TRUE'
 849
 850         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 851         else : seuil = 'NULL'
 852
 853         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 854         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 855
 856         txt += """
 857         minmaxeff <- %s
 858         """ % tvminmax
 859         txt += """
 860         vcexminmax <- %s
 861         """ % vcexminmax
 862         txt += """
 863         cex = %i/10
 864         """ % self.parametres['cex']
 865
 866         if self.parametres['film'] :
 867             txt += """
 868             film <- "%s"
 869             """ % self.pathout['film']
 870         else :
 871             txt += """
 872             film <- NULL
 873             """
 874         txt += """
 875         seuil <- %s
 876         """ % seuil
 877
 878         txt += """
 879         label.v <- %s
 880         label.e <- %s
 881         """ % (label_v, label_e)
 882         txt += """
 883         cols <- rgb%s
 884         cola <- rgb%s
 885         """ % (cols, cola)
 886         txt += """
 887         width <- %i
 888         height <- %i
 889         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 890         if self.parametres['keep_coord'] :
 891             txt += """
 892             coords <- try(coords, TRUE)
 893             if (!is.matrix(coords)) {
 894                 coords<-NULL
 895             }
 896             """
 897         else :
 898             txt += """
 899             coords <- NULL
 900             """
 901         txt += """
 902         alpha <- %i/100
 903         """ % self.parametres['alpha']
 904         txt += """
 905         alpha <- %i/100
 906         """ % self.parametres['alpha']
 907 #############################################
 908         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 909             txt += """
 910             et <- list()
 911             """
 912             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 913                 txt+= """
 914                 et[[%i]] <- c(%s)
 915                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 916             txt+= """
 917             unetoile <- c('%s')
 918             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 919             txt += """
 920             fsum <- NULL
 921             rs <- rowSums(dm)
 922             for (i in 1:length(unetoile)) {
 923                 print(unetoile[i])
 924                 tosum <- et[[i]]
 925                 if (length(tosum) > 1) {
 926                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 927                 } else {
 928                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 929                 }
 930             }
 931             source("%s")
 932             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 933             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 934             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 935             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 936             #gcol[2] <- 'orange'
 937             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 938             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 939             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 940             cols <- vertex.label.color
 941             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 942
 943             """ % (self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 944         else :
 945             txt += """
 946             vertex.label.color <- 'black'
 947             chivertex.size <- 1
 948             leg<-NULL
 949             """
 950 #############################################
 951
 952 #        txt += """
 953 #        eff <- colSums(dm)
 954 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 955 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 956 #        if (max.tree) {
 957 #            if (method == 'cooc') {
 958 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 959 #            } else {
 960 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 961 #            }
 962 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 963 #            if (method == 'cooc') {
 964 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 965 #            } else {
 966 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 967 #            }
 968 #            g.toplot <- g.max
 969 #        } else {
 970 #            g.toplot <- g.ori
 971 #        }
 972 #        """
 973         if self.parametres['com'] :
 974             com = `self.parametres['communities']`
 975         else :
 976             com = 'NULL'
 977         if self.parametres['halo'] :
 978             halo = 'TRUE'
 979         else :
 980             halo = 'FALSE'
 981         txt += """
 982         communities <- %s
 983         halo <- %s
 984         """ % (com, halo)
 985         txt += """
 986         eff <- colSums(dm)
 987         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 988         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords, communities = communities, halo = halo)
 989         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 990
 991         if self.parametres.get('bystar',False) :
 992             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 993                 txt+="""
 994                     label.cex<-chivertex.size
 995                     """
 996             else :
 997                 txt+="""
 998                 label.cex <- NULL
 999                 """
1000             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
1001                 txt += """
1002                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1003                 """
1004             else :
1005                 txt += """
1006                 vertex.size <- NULL
1007                 """
1008         else :
1009             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' :
1010                 txt += """
1011                 lchi <- read.table("%s")
1012                 lchi <- lchi[,1]
1013                 """ % ffr(self.parametres['tmpchi'])
1014                 txt += """
1015                     lchi <- lchi[sel.col]
1016                     """
1017             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1018                 txt += """
1019                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
1020                 """
1021             else :
1022                 txt += """
1023             if (is.null(vcexminmax[1])) {
1024                 label.cex <- NULL
1025             } else {
1026                 label.cex <- graph.simi$label.cex
1027             }
1028             """
1029             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('sfromchi', False) :
1030                 txt += """
1031                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1032                 """
1033             else :
1034                 txt += """
1035             if (is.null(minmaxeff[1])) {
1036                 vertex.size <- NULL
1037             } else {
1038                 vertex.size <- graph.simi$eff
1039             }
1040             """
1041         txt += """ vertex.size <- NULL """
1042         if self.parametres['svg'] : svg = 'TRUE'
1043         else : svg = 'FALSE'
1044         txt += """
1045         svg <- %s
1046         """ % svg
1047         txt += """
1048         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film, svg = svg)
1049         save.image(file="%s")
1050         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
1051
1052         self.add(txt)
1053         self.write()
1054
1055 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
1056     def make_script(self) :
1057         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1058         self.packages(['wordcloud'])
1059         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
1060         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
1061         txt = """
1062         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
1063         selected.col <- read.table("%s")
1064         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
1065         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
1066         maxword <- %i
1067         if (nrow(toprint) > maxword) {
1068             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
1069             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
1070         }
1071         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
1072         par(bg=rgb%s)
1073         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
1074         dev.off()
1075         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
1076         self.add(txt)
1077         self.write()