iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
 128         txt += """
 129         svd.method <- 'svdlibc'
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     elif svdmethod == 'irlba' :
 133         txt += """
 134         library(irlba)
 135         svd.method <- 'irlba'
 136         libsvdc.path <- NULL
 137         """
 138     else :
 139         txt += """
 140         svd.method = 'svdR'
 141         libsvdc.path <- NULL
 142         """
 143     if mode_patate :
 144         txt += """
 145         mode.patate = TRUE
 146         """
 147     else :
 148         txt += """
 149         mode.patate = FALSE
 150         """
 151     txt +="""
 152     library(Matrix)
 153     data1 <- readMM("%s")
 154     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 155     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 156     """ % DicoPath['TableUc1']
 157
 158     if classif_mode == 0:
 159         txt += """
 160         data2 <- readMM("%s")
 161         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 162         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 163         """ % DicoPath['TableUc2']
 164     txt += """
 165     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 166     """
 167
 168     if classif_mode == 0:
 169         txt += """
 170     chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 171     """
 172     else:
 173         txt += """
 174     chd2<-chd1
 175     """
 176
 177     txt += """
 178     #lecture des uce
 179     listuce1<-read.csv2("%s")
 180     """ % DicoPath['listeuce1']
 181
 182     if classif_mode == 0:
 183         txt += """
 184         listuce2<-read.csv2("%s")
 185         """ % DicoPath['listeuce2']
 186
 187     txt += """
 188     rm(data1)
 189     """
 190
 191     if classif_mode == 0:
 192         txt += """
 193         rm(data2)
 194         """
 195     txt += """
 196     classif_mode <- %i
 197     mincl <- %i
 198     uceout <- "%s"
 199     if (classif_mode == 0) {
 200         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd2, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 201     } else {
 202         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd1, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 203     }
 204     n1 <- chd.result$n1
 205     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 206     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 207     """ % (classif_mode, mincl, DicoPath['uce'])
 208
 209     txt += """
 210     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 211 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 212 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 213 #    dev.off()
 214     """%DicoPath['arbre1']
 215
 216     if classif_mode == 0:
 217         txt += """
 218         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 219 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 220 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 221 #        dev.off()
 222         """ % DicoPath['arbre2']
 223
 224     txt += """
 225     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 226     save(tree.cut1, file="%s")
 227     classes<-n1[,ncol(n1)]
 228     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 229     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 230     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 231     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 232     dev.off()
 233     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 234
 235     if classif_mode == 0:
 236         txt += """
 237         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 238         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 239         plot(tree.cut2$tree.cl)
 240         dev.off()
 241         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 242         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 243         dev.off()
 244         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 245
 246     txt += """
 247     save.image(file="%s")
 248     """ % DicoPath['RData']
 249     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 250     fileout.write(txt)
 251     fileout.close()
 252
 253 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 254     DicoPath = corpus.dictpathout
 255     param = corpus.parametre
 256     print param
 257     txt = """
 258     source("%s")
 259     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 260     txt += """
 261     source("%s")
 262     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 263     txt += """
 264     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 265     n1 <- result$uce
 266     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 267     txt += """
 268     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 269     plot(result$cl)
 270     dev.off()
 271     """ % (DicoPath['arbre1'])
 272     txt += """
 273     save.image(file="%s")
 274     """ % DicoPath['RData']
 275     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 276     fileout.write(txt)
 277     fileout.close()
 278
 279
 280 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 281     txt = """
 282     source("%s")
 283     source("%s")
 284     source("%s")
 285     source("%s")
 286     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 287
 288     txt += """
 289     nbt <- %i - 1
 290     mincl <- %i
 291     """ % (nbcl, mincl)
 292
 293     txt += """
 294     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 295     n1 <- chd.result$n1
 296     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 297     """ % (DicoPath['mat01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 298
 299     txt += """
 300     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 301     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 302     plot(tree_tot1$tree.cl)
 303     dev.off()
 304     """%DicoPath['arbre1']
 305
 306     txt += """
 307     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 308     tree.cut1 <- tree_cut1
 309     save(tree.cut1, file="%s")
 310     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 311     classes<-n1[,ncol(n1)]
 312     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 313     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 314
 315     txt += """
 316     save.image(file="%s")
 317     """ % DicoPath['RData']
 318     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 319     fileout.write(txt)
 320     fileout.close()
 321
 322 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 323     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 324     txt += """
 325 source("%s")
 326 load("%s")
 327 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 328     txt += """
 329 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 330 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 331 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 332 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 333     txt += """
 334 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 335 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 336 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 337 """
 338     txt += """
 339 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 340 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 341     txt += """
 342 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 343 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 345 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 346 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 347 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 348 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 349 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 350 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 351 """
 352     txt += """
 353 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 354 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 355 gbcluster<-n1
 356 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 357 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 358     if clnb > 2 :
 359         txt += """
 360     library(ca)
 361     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 362     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 363     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 364     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 365     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 366     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 367     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 368     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 369     debsup<-nrow(dataact)+1
 370     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 371     fin<-rowtot
 372     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 373     """
 374     #FIXME : split this!!!
 375         txt += """
 376     source("%s")
 377     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 378
 379         txt += """
 380         afc <- summary.ca.dm(afc)
 381         afc_table <- create_afc_table(afc)
 382         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 383         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 384         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 385         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 386
 387         txt += """
 388         #xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 389         #ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 390         #xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 391         #ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 392         """
 393
 394         txt += """
 395     PARCEX<-%s
 396     xmin <- min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
 397     xmax <- max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
 398     ymin <- min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
 399     ymax <- max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
 400     print(xmin)
 401     print(xmax)
 402     print(ymin)
 403     print(ymax)
 404     """ % taillecar
 405         txt += """
 406     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 407     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 408         txt += """
 409     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 410     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 411         txt += """
 412     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 413     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 414         txt += """
 415     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
 416     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 417 #        txt += """
 418  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 419  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 420   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 421  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 422  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 423
 424     txt += """
 425 #rm(dataact)
 426 #rm(datasup)
 427 #rm(dataet)
 428 rm(tablesqrpact)
 429 rm(tablesqrpsup)
 430 rm(tablesqrpet)
 431 save.image(file="%s")
 432 """ % DictChdTxtOut['RData']
 433     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 434     file.write(txt)
 435     file.close()
 436
 437
 438 def write_afc_graph(self):
 439     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 440     else : over = 'FALSE'
 441
 442     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 443     else : do_select_nb = 'FALSE'
 444
 445     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 446     else : do_select_chi = 'FALSE'
 447
 448     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 449     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 450
 451     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 452     else : cex_txt = 'FALSE'
 453
 454     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 455     else : tchi = 'FALSE'
 456
 457     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 458     else : svg = 'FALSE'
 459
 460     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 461         txt = f.read()
 462
 463 #    self.DictPathOut['RData'], \
 464     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 465     self.param['typegraph'], \
 466     self.param['what'], \
 467     self.param['facteur'][0],\
 468     self.param['facteur'][1], \
 469     self.param['facteur'][2], \
 470     self.param['qui'], \
 471     over,  do_select_nb, \
 472     self.param['select_nb'],  \
 473     do_select_chi, \
 474     self.param['select_chi'], \
 475     do_select_chi_classe, \
 476     self.param['nbchic'], \
 477     cex_txt, \
 478     self.param['txt_min'], \
 479     self.param['txt_max'], \
 480     self.fileout, \
 481     self.param['width'], \
 482     self.param['height'],\
 483     self.param['taillecar'], \
 484     self.param['alpha'], \
 485     self.param['film'], \
 486     tchi,\
 487     self.param['tchi_min'],\
 488     self.param['tchi_max'],\
 489     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 490     svg)
 491     return scripts
 492
 493 def print_simi3d(self):
 494     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 495     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 496     if simi3d.movie.GetValue() :
 497         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 498     else :
 499         movie = 'NULL'
 500
 501     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 502     #    header = 'TRUE'
 503     #else :
 504     #    header = 'FALSE'
 505     header = 'FALSE'
 506     txt += """
 507     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 508     load("%s")
 509     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 510
 511     txt += """
 512     source("%s")
 513     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 514
 515
 516     txt += """
 517     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 518     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 519     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 520     tmp = open(tmpfile,'w')
 521     tmp.write(txt)
 522     tmp.close()
 523     return tmpfile
 524
 525 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 526     if not intxt :
 527         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 528     rownb = len(rownames)
 529     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 530     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 531     if not intxt :
 532         #FIXME
 533         txt = """
 534             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 535             rownames(di)<- %s
 536             colnames(di) <- %s
 537         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 538     else :
 539         txt = intxt
 540     txt += """
 541         load("%s")
 542         library(ape)
 543         source("%s")
 544         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 545         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 546         width <- 500
 547         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 548         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 549         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 550     return txt
 551
 552 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 553     if not intxt :
 554         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 555     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 556     #height =  len(rownames) * 15
 557     rownb = len(rownames)
 558     #if height < 400 :
 559     #    height = 400
 560     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 561     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 562     if not intxt :
 563         #FIXME
 564         txt = """
 565             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 566             toinf <- which(di == Inf)
 567             tominf <- which(di == -Inf)
 568             if (length(toinf)) {
 569                 di[toinf] <- NA
 570                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 571                 if (valmax <= 0) {
 572                     valmax <- 2
 573                 } else {
 574                     valmax <- valmax + 2
 575                 }
 576                 di[toinf] <- valmax
 577             }
 578             if (length(tominf)) {
 579                 di[tominf] <- NA
 580                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 581                 if (valmin >=0) {
 582                     valmin <- -2
 583                 } else {
 584                     valmin <- valmin - 2
 585                 }
 586                 di[tominf] <- valmin
 587             }
 588             rownames(di)<- %s
 589             colnames(di) <- %s
 590         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 591     else :
 592         txt = intxt
 593     txt += """
 594         source("%s")
 595         color = rainbow(nrow(di))
 596         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 597         height <- nrow(di) * 15
 598         if (height < 400) { height <- 400}
 599         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 600         par(mar=c(0,0,0,0))
 601             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 602         par(mar=c(2,2,1,0))
 603         yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 604         ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 605         ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 606         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp))
 607         if (length(toinf)) {
 608             coordinf <- coord[toinf]
 609             valinf <- di[toinf]
 610             text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 611         }
 612         if (length(tominf)) {
 613             coordinf <- coord[toinf]
 614             valinf <- di[toinf]
 615             text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 616         }
 617         c <- colMeans(coord)
 618         c1 <- c[-1]
 619         c2 <- c[-length(c)]
 620         cc <- cbind(c1,c2)
 621         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 622         abline(v=lcoord)
 623         if (min(di) < 0) {
 624             amp <- abs(max(di) - min(di))
 625         } else {
 626             amp <- max(di)
 627         }
 628         if (amp < 10) {
 629             d <- 2
 630         } else {
 631             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 632         }
 633         mn <- round(min(di))
 634         mx <- round(max(di))
 635         for (i in mn:mx) {
 636             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 637                 abline(h=i,lty=3)
 638             }
 639         }
 640         par(mar=c(0,0,0,0))
 641         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 642         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 643         dev.off()
 644         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 645     return txt
 646
 647 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 648 #    txt = """
 649 #    library(ca)
 650 #    nd<-%i
 651 #    """ % nd
 652 #    txt += """
 653 #    dataact<-read.csv2("%s")
 654 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 655 #    txt += """
 656 #    datasup<-read.csv2("%s")
 657 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 658 #    txt += """
 659 #    dataet<-read.csv2("%s")
 660 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 661 #    txt += """
 662 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 663 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 664 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 665 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 666 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 667 #    afctot<-afcsup$colcoord
 668 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 669 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 670 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 671 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 672 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 673 #    rcolet<-afcet$colsup
 674 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 675 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 676 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 677 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 678 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 679 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 680 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 681 #    source("%s")
 682 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 683 #    txt += """
 684 #    PARCEX=%s
 685 #    """ % PARCEX
 686 #    #FIXME
 687 #    txt += """
 688 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 689 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 690 #    txt += """
 691 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 692 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 693 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 694 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 695 #    txt += """
 696 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 697 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 698 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 699 #    f.write(txt)
 700 #    f.close()
 701
 702 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 703     def make_script(self) :
 704         self.txtgraph = ''
 705         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 706         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 707         txt = ''
 708         if not self.parametres['keep_coord'] :
 709             txt += """
 710             dm.path <- "%s"
 711             cn.path <- "%s"
 712             selected.col <- "%s"
 713             """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 714             if 'word' in self.parametres :
 715                 txt += """
 716                 word <- TRUE
 717                 index <- %i + 1
 718                 """ % self.parametres['word']
 719             else :
 720                 txt += """
 721                 word <- FALSE
 722                 """
 723             txt += """
 724             dm <-readMM(dm.path)
 725             cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
 726             colnames(dm) <- cn[,1]
 727             sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 728             sel.col <- sel.col[,1] + 1
 729             if (!word) {
 730                 dm <- dm[, sel.col]
 731             } else {
 732                 forme <- colnames(dm)[index]
 733                 if (!index %in% sel.col) {
 734                     sel.col <- append(sel.col, index)
 735                 }
 736                 dm <- dm[, sel.col]
 737                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 738             }
 739             """
 740
 741         else :
 742             txt += """
 743             load("%s")
 744             """ % self.pathout['RData.RData']
 745
 746         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 747             method = 'cooc'
 748             if not self.parametres['keep_coord'] :
 749                 txt += """
 750                 method <- 'cooc'
 751                 mat <- make.a(dm)
 752                 """
 753         else :
 754             if not self.parametres['keep_coord'] :
 755                 txt += """
 756                 dm <- as.matrix(dm)
 757                 """
 758         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 759             method = 'prcooc'
 760             txt += """
 761             method <- 'Russel'
 762             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 763             """
 764         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 765             method = 'binomial'
 766             if not self.parametres['keep_coord'] :
 767                 txt += """
 768                 method <- 'binomial'
 769                 mat <- binom.sim(dm)
 770                 """
 771         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 772             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 773             if not self.parametres['keep_coord'] :
 774                 txt += """
 775                 method <-"%s"
 776                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 777                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 778         if not self.parametres['keep_coord'] :
 779             txt += """
 780             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 781             mat[is.na(mat)] <- 0
 782             mat[is.infinite(mat)] <- 0
 783             """
 784         if 'word' in self.parametres and not self.parametres['keep_coord'] :
 785             txt += """
 786             mat <- graph.word(mat, index)
 787             cs <- colSums(mat)
 788             if (length(cs)) mat <- mat[,-which(cs==0)]
 789             rs <- rowSums(mat)
 790             if (length(rs)) mat <- mat[-which(rs==0),]
 791             if (length(cs)) dm <- dm[, -which(cs==0)]
 792             """
 793
 794         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 795         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 796         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 797         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 798         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 799
 800
 801         self.filename=''
 802         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 803         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 804             graphnb = 1
 805             type = 'nplot'
 806             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 807             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 808                 graphnb +=1
 809             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 810         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 811
 812         if self.parametres['arbremax'] :
 813             arbremax = 'TRUE'
 814             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 815         else : arbremax = 'FALSE'
 816
 817         if self.parametres['coeff_tv'] :
 818             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 819             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 820         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 821             coeff_tv = 'NULL'
 822             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 823         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 824         else : coeff_te = 'NULL'
 825
 826         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 827             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 828         else :
 829             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 830         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 831         else : label_v = 'TRUE'
 832
 833         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 834         else : label_e = 'TRUE'
 835
 836         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 837         else : seuil = 'NULL'
 838
 839         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 840         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 841
 842         txt += """
 843         minmaxeff <- %s
 844         """ % tvminmax
 845         txt += """
 846         vcexminmax <- %s
 847         """ % vcexminmax
 848         txt += """
 849         cex = %i/10
 850         """ % self.parametres['cex']
 851
 852         if self.parametres['film'] :
 853             txt += """
 854             film <- "%s"
 855             """ % self.pathout['film']
 856         else :
 857             txt += """
 858             film <- NULL
 859             """
 860         txt += """
 861         seuil <- %s
 862         """ % seuil
 863
 864         txt += """
 865         label.v <- %s
 866         label.e <- %s
 867         """ % (label_v, label_e)
 868         txt += """
 869         cols <- rgb%s
 870         cola <- rgb%s
 871         """ % (cols, cola)
 872         txt += """
 873         width <- %i
 874         height <- %i
 875         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 876         if self.parametres['keep_coord'] :
 877             txt += """
 878             coords <- try(coords, TRUE)
 879             if (!is.matrix(coords)) {
 880                 coords<-NULL
 881             }
 882             """
 883         else :
 884             txt += """
 885             coords <- NULL
 886             """
 887         txt += """
 888         alpha <- %i/100
 889         """ % self.parametres['alpha']
 890         txt += """
 891         alpha <- %i/100
 892         """ % self.parametres['alpha']
 893 #############################################
 894         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 895             txt += """
 896             et <- list()
 897             """
 898             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 899                 txt+= """
 900                 et[[%i]] <- c(%s)
 901                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 902             txt+= """
 903             unetoile <- c('%s')
 904             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 905             txt += """
 906             fsum <- NULL
 907             rs <- rowSums(dm)
 908             for (i in 1:length(unetoile)) {
 909                 print(unetoile[i])
 910                 tosum <- et[[i]]
 911                 if (length(tosum) > 1) {
 912                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 913                 } else {
 914                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 915                 }
 916             }
 917             source("%s")
 918             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 919             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 920             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 921             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 922             #gcol[2] <- 'orange'
 923             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 924             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 925             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 926             cols <- vertex.label.color
 927             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 928
 929             """ % (self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 930         else :
 931             txt += """
 932             vertex.label.color <- 'black'
 933             chivertex.size <- 1
 934             leg<-NULL
 935             """
 936 #############################################
 937
 938 #        txt += """
 939 #        eff <- colSums(dm)
 940 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 941 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 942 #        if (max.tree) {
 943 #            if (method == 'cooc') {
 944 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 945 #            } else {
 946 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 947 #            }
 948 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 949 #            if (method == 'cooc') {
 950 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 951 #            } else {
 952 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 953 #            }
 954 #            g.toplot <- g.max
 955 #        } else {
 956 #            g.toplot <- g.ori
 957 #        }
 958 #        """
 959         txt += """
 960         eff <- colSums(dm)
 961         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 962         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 963         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 964
 965         if self.parametres.get('bystar',False) :
 966             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 967                 txt+="""
 968                     label.cex<-chivertex.size
 969                     """
 970             else :
 971                 txt+="""
 972                 label.cex <- NULL
 973                 """
 974             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
 975                 txt += """
 976                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 977                 """
 978             else :
 979                 txt += """
 980                 vertex.size <- NULL
 981                 """
 982         else :
 983             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' :
 984                 txt += """
 985                 lchi <- read.table("%s")
 986                 lchi <- lchi[,1]
 987                 """ % ffr(self.parametres['tmpchi'])
 988                 txt += """
 989                     lchi <- lchi[sel.col]
 990                     """
 991             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 992                 txt += """
 993                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 994                 """
 995             else :
 996                 txt += """
 997             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 998                 label.cex <- NULL
 999             } else {
1000                 label.cex <- graph.simi$label.cex
1001             }
1002             """
1003             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('sfromchi', False) :
1004                 txt += """
1005                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1006                 """
1007             else :
1008                 txt += """
1009             if (is.null(minmaxeff[1])) {
1010                 vertex.size <- NULL
1011             } else {
1012                 vertex.size <- graph.simi$eff
1013             }
1014             """
1015         txt += """ vertex.size <- NULL """
1016         txt += """
1017         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
1018         save.image(file="%s")
1019         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
1020
1021         self.add(txt)
1022         self.write()
1023
1024 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
1025     def make_script(self) :
1026         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1027         self.packages(['wordcloud'])
1028         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
1029         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
1030         txt = """
1031         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
1032         selected.col <- read.table("%s")
1033         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
1034         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
1035         maxword <- %i
1036         if (nrow(toprint) > maxword) {
1037             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
1038             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
1039         }
1040         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
1041         par(bg=rgb%s)
1042         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
1043         dev.off()
1044         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
1045         self.add(txt)
1046         self.write()