iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #Lisense: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s")' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if libsvdc :
 128         txt += """
 129         libsvdc <- TRUE
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     else :
 133         txt += """
 134         libsvdc <- FALSE
 135         libsvdc.path <- NULL
 136         """
 137
 138     txt +="""
 139     library(Matrix)
 140     data1 <- readMM("%s")
 141     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 142     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 143     """ % DicoPath['TableUc1']
 144
 145     if classif_mode == 0:
 146         txt += """
 147         data2 <- readMM("%s")
 148         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 149         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 150         """ % DicoPath['TableUc2']
 151     txt += """
 152     chd1<-CHD(data1, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 153     """
 154
 155     if classif_mode == 0:
 156         txt += """
 157     chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
 158     """
 159     else:
 160         txt += """
 161     chd2<-chd1
 162     """
 163
 164     txt += """
 165     #lecture des uce
 166     listuce1<-read.csv2("%s")
 167     """ % DicoPath['listeuce1']
 168
 169     if classif_mode == 0:
 170         txt += """
 171         listuce2<-read.csv2("%s")
 172         """ % DicoPath['listeuce2']
 173
 174     txt += """
 175 #    rm(data1)
 176     """
 177
 178     if classif_mode == 0:
 179         txt += """
 180 #        rm(data2)
 181         """
 182     txt += """
 183     chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
 184     n1 <- chd.result$n1
 185     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 186     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 187     """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
 188
 189     txt += """
 190     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 191 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 192 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 193 #    dev.off()
 194     """%DicoPath['arbre1']
 195
 196     if classif_mode == 0:
 197         txt += """
 198         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 199 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 200 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 201 #        dev.off()
 202         """ % DicoPath['arbre2']
 203
 204     txt += """
 205     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 206     save(tree.cut1, file="%s")
 207     classes<-n1[,ncol(n1)]
 208     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 209     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes)
 210     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 211     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 212     dev.off()
 213     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 214
 215     if classif_mode == 0:
 216         txt += """
 217         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 218         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 219         plot(tree.cut2$tree.cl)
 220         dev.off()
 221         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 222         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 223         dev.off()
 224         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 225
 226     txt += """
 227     save.image(file="%s")
 228     """ % DicoPath['RData']
 229     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 230     fileout.write(txt)
 231     fileout.close()
 232
 233 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 234     DicoPath = corpus.dictpathout
 235     param = corpus.parametre
 236     print param
 237     txt = """
 238     source("%s")
 239     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 240     txt += """
 241     source("%s")
 242     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 243     txt += """
 244     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 245     n1 <- result$uce
 246     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 247     txt += """
 248     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 249     plot(result$cl)
 250     dev.off()
 251     """ % (DicoPath['arbre1'])
 252     txt += """
 253     save.image(file="%s")
 254     """ % DicoPath['RData']
 255     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 256     fileout.write(txt)
 257     fileout.close()
 258
 259
 260 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 261     txt = """
 262     source("%s")
 263     source("%s")
 264     source("%s")
 265     source("%s")
 266     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 267
 268     txt += """
 269     nbt <- %i - 1
 270     mincl <- %i
 271     """ % (nbcl, mincl)
 272
 273     txt += """
 274     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 275     n1 <- chd.result$n1
 276     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 277     """ % (DicoPath['Act01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 278
 279     txt += """
 280     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 281     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 282     plot(tree_tot1$tree.cl)
 283     dev.off()
 284     """%DicoPath['arbre1']
 285
 286     txt += """
 287     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 288     tree.cut1 <- tree_cut1
 289     save(tree.cut1, file="%s")
 290     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 291     classes<-n1[,ncol(n1)]
 292     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
 293     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 294
 295     txt += """
 296     save.image(file="%s")
 297     """ % DicoPath['RData']
 298     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 299     fileout.write(txt)
 300     fileout.close()
 301
 302 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 303     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 304     txt += """
 305 source("%s")
 306 load("%s")
 307 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 308     txt += """
 309 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 310 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 311 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 312 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 313     txt += """
 314 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 315 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 316 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 317 """
 318     txt += """
 319 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 320 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 321     txt += """
 322 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 323 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 324 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 325 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 326 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 327 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 328 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 329 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 330 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 331 """
 332     txt += """
 333 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 334 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 335 gbcluster<-n1
 336 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 337 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 338     if clnb > 2 :
 339         txt += """
 340     library(ca)
 341     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 342     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 343     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 345     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 346     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 347     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 348     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 349     debsup<-nrow(dataact)+1
 350     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 351     fin<-rowtot
 352     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 353     """
 354     #FIXME : split this!!!
 355         txt += """
 356     source("%s")
 357     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 358
 359         txt += """
 360         afc <- summary.ca.dm(afc)
 361         afc_table <- create_afc_table(afc)
 362         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 363         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 364         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 365         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 366
 367         txt += """
 368         xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 369         ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 370         xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 371         ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 372         """
 373
 374         txt += """
 375     PARCEX<-%s
 376     """ % taillecar
 377         txt += """
 378     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 379     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 380         txt += """
 381     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 382     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 383         txt += """
 384     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 385     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 386         txt += """
 387     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 388     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 389         txt += """
 390     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 391     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 392     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 393     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 394     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 395
 396     txt += """
 397 #rm(dataact)
 398 #rm(datasup)
 399 #rm(dataet)
 400 rm(tablesqrpact)
 401 rm(tablesqrpsup)
 402 rm(tablesqrpet)
 403 save.image(file="%s")
 404 """ % DictChdTxtOut['RData']
 405     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 406     file.write(txt)
 407     file.close()
 408
 409
 410 def write_afc_graph(self):
 411     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 412     else : over = 'FALSE'
 413
 414     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 415     else : do_select_nb = 'FALSE'
 416
 417     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 418     else : do_select_chi = 'FALSE'
 419
 420     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 421     else : cex_txt = 'FALSE'
 422
 423     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 424     else : tchi = 'FALSE'
 425
 426     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 427         txt = f.read()
 428
 429 #    self.DictPathOut['RData'], \
 430     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 431     self.param['typegraph'], \
 432     self.param['what'], \
 433     self.param['facteur'][0],\
 434     self.param['facteur'][1], \
 435     self.param['facteur'][2], \
 436     self.param['qui'], \
 437     over,  do_select_nb, \
 438     self.param['select_nb'],  \
 439     do_select_chi, \
 440     self.param['select_chi'], \
 441     cex_txt, \
 442     self.param['txt_min'], \
 443     self.param['txt_max'], \
 444     self.fileout, \
 445     self.param['width'], \
 446     self.param['height'],\
 447     self.param['taillecar'], \
 448     self.param['alpha'], \
 449     self.param['film'], \
 450     tchi,\
 451     self.param['tchi_min'],\
 452     self.param['tchi_max'],\
 453     ffr(os.path.dirname(self.fileout)))
 454     return scripts
 455
 456 def print_simi3d(self):
 457     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 458     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 459     if simi3d.movie.GetValue() :
 460         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 461     else :
 462         movie = 'NULL'
 463
 464     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 465     #    header = 'TRUE'
 466     #else :
 467     #    header = 'FALSE'
 468     header = 'FALSE'
 469     txt += """
 470     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 471     load("%s")
 472     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 473
 474     txt += """
 475     source("%s")
 476     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 477
 478
 479     txt += """
 480     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 481     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 482     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 483     tmp = open(tmpfile,'w')
 484     tmp.write(txt)
 485     tmp.close()
 486     return tmpfile
 487
 488 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 489     if not intxt :
 490         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 491     rownb = len(rownames)
 492     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 493     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 494     if not intxt :
 495         #FIXME
 496         txt = """
 497             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 498             rownames(di)<- %s
 499             colnames(di) <- %s
 500         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 501     else :
 502         txt = intxt
 503     txt += """
 504         load("%s")
 505         library(ape)
 506         source("%s")
 507         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 508         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 509         width <- 500
 510         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 511         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 512         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 513     return txt
 514
 515 def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
 516     if not intxt :
 517         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 518     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 519     #height =  len(rownames) * 15
 520     rownb = len(rownames)
 521     #if height < 400 :
 522     #    height = 400
 523     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 524     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 525     if not intxt :
 526         #FIXME
 527         txt = """
 528             inf <- NA
 529             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 530             di[is.na(di)] <- max(di, na.rm=TRUE) + 2
 531             rownames(di)<- %s
 532             colnames(di) <- %s
 533         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 534     else :
 535         txt = intxt
 536     txt += """
 537         source("%s")
 538         color = rainbow(nrow(di))
 539         width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
 540         height <- nrow(di) * 15
 541         if (height < 400) { height <- 400}
 542         open_file_graph("%s",width = width, height = height)
 543         par(mar=c(0,0,0,0))
 544             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 545         par(mar=c(2,2,1,0))
 546         coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6))
 547         c <- colMeans(coord)
 548         c1 <- c[-1]
 549         c2 <- c[-length(c)]
 550         cc <- cbind(c1,c2)
 551         lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 552         abline(v=lcoord)
 553         if (min(di) < 0) {
 554             amp <- abs(max(di) - min(di))
 555         } else {
 556             amp <- max(di)
 557         }
 558         if (amp < 10) {
 559             d <- 2
 560         } else {
 561             d <- signif(amp%%/%%10,1)
 562         }
 563         mn <- round(min(di))
 564         mx <- round(max(di))
 565         for (i in mn:mx) {
 566             if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 567                 abline(h=i,lty=3)
 568             }
 569         }
 570         par(mar=c(0,0,0,0))
 571         plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 572         legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 573         dev.off()
 574         """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))
 575     return txt
 576
 577 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 578 #    txt = """
 579 #    library(ca)
 580 #    nd<-%i
 581 #    """ % nd
 582 #    txt += """
 583 #    dataact<-read.csv2("%s")
 584 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 585 #    txt += """
 586 #    datasup<-read.csv2("%s")
 587 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 588 #    txt += """
 589 #    dataet<-read.csv2("%s")
 590 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 591 #    txt += """
 592 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 593 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 594 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 595 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 596 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 597 #    afctot<-afcsup$colcoord
 598 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 599 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 600 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 601 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 602 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 603 #    rcolet<-afcet$colsup
 604 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 605 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 606 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 607 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 608 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 609 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 610 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 611 #    source("%s")
 612 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 613 #    txt += """
 614 #    PARCEX=%s
 615 #    """ % PARCEX
 616 #    #FIXME
 617 #    txt += """
 618 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 619 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 620 #    txt += """
 621 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 622 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 623 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 624 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 625 #    txt += """
 626 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 627 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 628 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 629 #    f.write(txt)
 630 #    f.close()
 631
 632 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 633     def make_script(self) :
 634         self.txtgraph = ''
 635         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 636         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 637         txt = """
 638         dm.path <- "%s"
 639         cn.path <- "%s"
 640         selected.col <- "%s"
 641         """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 642         txt += """
 643         dm <-readMM(dm.path)
 644         cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
 645         colnames(dm) <- cn[,1]
 646         sel.col <- read.csv2(selected.col)
 647         dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
 648         """
 649
 650         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 651             method = 'cooc'
 652             txt += """
 653             method <- 'cooc'
 654             mat <- make.a(dm)
 655             """
 656         else :
 657             txt += """
 658             dm <- as.matrix(dm)
 659             """
 660         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 661             method = 'prcooc'
 662             txt += """
 663             method <- 'Russel'
 664             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 665             """
 666         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 667             method = 'binomial'
 668             txt += """
 669             method <- 'binomial'
 670             mat <- binom.sim(dm)
 671             """
 672         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 673             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 674             txt += """
 675             method <-"%s"
 676             mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 677             """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 678         txt += """
 679         mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 680         mat[is.na(mat)] <- 0
 681         mat[is.infinite(mat)] <- 0
 682         """
 683         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 684         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 685         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 686         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 687         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 688
 689         self.filename=''
 690         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 691         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 692             graphnb = 1
 693             type = 'nplot'
 694             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
 695             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 696                 graphnb +=1
 697             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 698         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 699
 700         if self.parametres['arbremax'] :
 701             arbremax = 'TRUE'
 702             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 703         else : arbremax = 'FALSE'
 704
 705         if self.parametres['coeff_tv'] :
 706             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 707             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 708         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 709             coeff_tv = 'NULL'
 710             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 711         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 712         else : coeff_te = 'NULL'
 713
 714         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 715             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 716         else :
 717             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 718         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 719         else : label_v = 'TRUE'
 720
 721         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 722         else : label_e = 'TRUE'
 723
 724         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 725         else : seuil = 'NULL'
 726
 727         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 728         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 729
 730         txt += """
 731         minmaxeff <- %s
 732         """ % tvminmax
 733         txt += """
 734         vcexminmax <- %s
 735         """ % vcexminmax
 736         txt += """
 737         cex = %i/10
 738         """ % self.parametres['cex']
 739
 740         if self.parametres['film'] :
 741             txt += """
 742             film <- "%s"
 743             """ % self.pathout['film']
 744         else :
 745             txt += """
 746             film <- NULL
 747             """
 748         txt += """
 749         seuil <- %s
 750         """ % seuil
 751
 752         txt += """
 753         label.v <- %s
 754         label.e <- %s
 755         """ % (label_v, label_e)
 756         txt += """
 757         cols <- rgb%s
 758         cola <- rgb%s
 759         """ % (cols, cola)
 760         txt += """
 761         width <- %i
 762         height <- %i
 763         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 764         if self.parametres['keep_coord'] :
 765             txt += """
 766             coords <- try(coords, TRUE)
 767             if (!is.matrix(coords)) {
 768                 coords<-NULL
 769             }
 770             """
 771         else :
 772             txt += """
 773             coords <- NULL
 774             """
 775         txt += """
 776         alpha <- %i/100
 777         """ % self.parametres['alpha']
 778         txt += """
 779         alpha <- %i/100
 780         """ % self.parametres['alpha']
 781 #############################################
 782         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 783             txt += """
 784             et <- list()
 785             """
 786             print self.parametres
 787             for i,et in enumerate(self.parametres['stars']) :
 788                 txt+= """
 789                 et[[%i]] <- c(%s)
 790                 """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
 791             txt+= """
 792             unetoile <- c('%s')
 793             """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
 794             txt += """
 795             fsum <- NULL
 796             rs <- rowSums(dm)
 797             for (i in 1:length(unetoile)) {
 798                 print(unetoile[i])
 799                 tosum <- et[[i]]
 800                 if (length(tosum) > 1) {
 801                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 802                 } else {
 803                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 804                 }
 805             }
 806             source("%s")
 807             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 808             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 809             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 810             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 811             #gcol[2] <- 'orange'
 812             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 813             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 814             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 815             cols <- vertex.label.color
 816             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 817
 818             """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 819         else :
 820             txt += """
 821             vertex.label.color <- 'black'
 822             chivertex.size <- 1
 823             leg<-NULL
 824             """
 825 #############################################
 826
 827 #        txt += """
 828 #        eff <- colSums(dm)
 829 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
 830 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
 831 #        if (max.tree) {
 832 #            if (method == 'cooc') {
 833 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
 834 #            } else {
 835 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
 836 #            }
 837 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
 838 #            if (method == 'cooc') {
 839 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
 840 #            } else {
 841 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
 842 #            }
 843 #            g.toplot <- g.max
 844 #        } else {
 845 #            g.toplot <- g.ori
 846 #        }
 847 #        """
 848         txt += """
 849         eff <- colSums(dm)
 850         x <- list(mat = mat, eff = eff)
 851         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 852         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 853
 854         if self.parametres.get('bystar',False) :
 855             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 856                 txt+="""
 857                     label.cex<-chivertex.size
 858                     """
 859             else :
 860                 txt+="""
 861                 label.cex <- NULL
 862                 """
 863             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
 864                 txt += """
 865                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 866                 """
 867             else :
 868                 txt += """
 869                 vertex.size <- NULL
 870                 """
 871         else :
 872             #FIXME
 873             tmpchi = False
 874             if tmpchi :
 875                 txt += """
 876                 lchi <- read.table("%s")
 877                 lchi <- lchi[,1]
 878                 """ % ffr(tmpchi)
 879                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 880                     txt += """
 881                     lchi <- lchi[c%s+1]
 882                     """ % datas
 883             if tmpchi and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 884                 txt += """
 885                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 886                 """
 887             else :
 888                 txt += """
 889             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 890                 label.cex <- NULL
 891             } else {
 892                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 893             }
 894             """
 895             if tmpchi and self.parametres.get('sfromchi', False) :
 896                 txt += """
 897                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 898                 """
 899             else :
 900                 txt += """
 901             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 902                 vertex.size <- NULL
 903             } else {
 904                 vertex.size <- graph.simi$eff
 905             }
 906             """
 907         txt += """ vertex.size <- NULL """
 908         txt += """
 909         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 910         save.image(file="%s")
 911         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
 912
 913         self.add(txt)
 914         self.write()
 915
 916 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
 917     def make_script(self) :
 918         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 919         self.packages(['wordcloud'])
 920         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
 921         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
 922         txt = """
 923         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
 924         selected.col <- read.table("%s")
 925         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
 926         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
 927         maxword <- %i
 928         if (nrow(toprint) > maxword) {
 929             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
 930             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
 931         }
 932         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
 933         par(bg=rgb%s)
 934         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
 935         dev.off()
 936         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
 937         self.add(txt)
 938         self.write()