iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #License: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['temp']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s", encoding = \'utf8\')' % source)
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % val)
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
 128         txt += """
 129         svd.method <- 'svdlibc'
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     elif svdmethod == 'irlba' :
 133         txt += """
 134         library(irlba)
 135         svd.method <- 'irlba'
 136         libsvdc.path <- NULL
 137         """
 138     else :
 139         txt += """
 140         svd.method = 'svdR'
 141         libsvdc.path <- NULL
 142         """
 143     if mode_patate :
 144         txt += """
 145         mode.patate = TRUE
 146         """
 147     else :
 148         txt += """
 149         mode.patate = FALSE
 150         """
 151     txt +="""
 152     library(Matrix)
 153     data1 <- readMM("%s")
 154     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 155     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 156     """ % DicoPath['TableUc1']
 157
 158     if classif_mode == 0:
 159         txt += """
 160         data2 <- readMM("%s")
 161         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 162         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 163         """ % DicoPath['TableUc2']
 164     txt += """
 165     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 166     """
 167
 168     if classif_mode == 0:
 169         txt += """
 170     chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method = svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)
 171     """
 172     else:
 173         txt += """
 174     chd2<-chd1
 175     """
 176
 177     txt += """
 178     #lecture des uce
 179     listuce1<-read.csv2("%s")
 180     """ % DicoPath['listeuce1']
 181
 182     if classif_mode == 0:
 183         txt += """
 184         listuce2<-read.csv2("%s")
 185         """ % DicoPath['listeuce2']
 186
 187     txt += """
 188     rm(data1)
 189     """
 190
 191     if classif_mode == 0:
 192         txt += """
 193         rm(data2)
 194         """
 195     txt += """
 196     classif_mode <- %i
 197     mincl <- %i
 198     uceout <- "%s"
 199     if (classif_mode == 0) {
 200         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd2, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 201     } else {
 202         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd1, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 203     }
 204     n1 <- chd.result$n1
 205     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 206     classeuce2 <- chd.result$cuce2
 207     """ % (classif_mode, mincl, DicoPath['uce'])
 208
 209     txt += """
 210     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 211 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 212 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 213 #    dev.off()
 214     """ % DicoPath['arbre1']
 215
 216     if classif_mode == 0:
 217         txt += """
 218         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 219 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 220 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 221 #        dev.off()
 222         """ % DicoPath['arbre2']
 223
 224     txt += """
 225     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 226     save(tree.cut1, file="%s")
 227     classes<-n1[,ncol(n1)]
 228     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 229     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 230     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 231     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 232     dev.off()
 233     """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
 234
 235     if classif_mode == 0:
 236         txt += """
 237         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 238         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 239         plot(tree.cut2$tree.cl)
 240         dev.off()
 241         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 242         plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 243         dev.off()
 244         """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
 245
 246     txt += """
 247     save.image(file="%s")
 248     """ % DicoPath['RData']
 249     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 250     fileout.write(txt)
 251     fileout.close()
 252
 253 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 254     DicoPath = corpus.pathout
 255     param = corpus.parametres
 256     txt = """
 257     source("%s")
 258     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 259     txt += """
 260     source("%s")
 261     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 262     txt += """
 263     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 264     n1 <- result$uce
 265     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 266     txt += """
 267     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 268     plot(result$cl)
 269     dev.off()
 270     """ % (DicoPath['arbre1'])
 271     txt += """
 272     save.image(file="%s")
 273     """ % DicoPath['RData']
 274     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 275     fileout.write(txt)
 276     fileout.close()
 277
 278
 279 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 280     txt = """
 281     source("%s")
 282     source("%s")
 283     source("%s")
 284     source("%s")
 285     """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
 286
 287     txt += """
 288     nbt <- %i - 1
 289     mincl <- %i
 290     """ % (nbcl, mincl)
 291
 292     txt += """
 293     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 294     n1 <- chd.result$n1
 295     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 296     """ % (DicoPath['mat01.csv'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
 297
 298     txt += """
 299     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 300     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 301     plot(tree_tot1$tree.cl)
 302     dev.off()
 303     """%DicoPath['arbre1']
 304
 305     txt += """
 306     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 307     tree.cut1 <- tree_cut1
 308     save(tree.cut1, file="%s")
 309     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 310     classes<-n1[,ncol(n1)]
 311     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes, histo = TRUE)
 312     """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
 313
 314     txt += """
 315     save.image(file="%s")
 316     """ % DicoPath['RData']
 317     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 318     fileout.write(txt)
 319     fileout.close()
 320
 321 def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 322     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 323     txt += """
 324 source("%s")
 325 load("%s")
 326 """ % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
 327     txt += """
 328 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 329 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 330 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 331 """ % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
 332     txt += """
 333 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 334 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 335 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 336 """
 337     txt += """
 338 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 339 """ % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
 340     txt += """
 341 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 342 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 343 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 344 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 345 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 346 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 347 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 348 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 349 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 350 """
 351     txt += """
 352 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 353 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 354 gbcluster<-n1
 355 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 356 """ % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 357     if clnb > 2 :
 358         txt += """
 359     library(ca)
 360     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 361     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 362     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 363     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 364     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 365     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 366     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 367     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 368     debsup<-nrow(dataact)+1
 369     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 370     fin<-rowtot
 371     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 372     """
 373     #FIXME : split this!!!
 374         txt += """
 375     source("%s")
 376     """ % RscriptsPath['Rgraph']
 377
 378         txt += """
 379         afc <- summary.ca.dm(afc)
 380         afc_table <- create_afc_table(afc)
 381         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 382         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 383         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 384         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
 385
 386         txt += """
 387     PARCEX<-%s
 388     """ % taillecar
 389         txt += """
 390     xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 391     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
 392         txt += """
 393     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 394     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
 395         txt += """
 396         if ((fin - debet) > 2) {
 397     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active = FALSE)
 398         }
 399     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
 400         txt += """
 401     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 402     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
 403 #        txt += """
 404  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 405  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 406   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 407  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 408  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 409
 410     txt += """
 411 #rm(dataact)
 412 #rm(datasup)
 413 #rm(dataet)
 414 rm(tablesqrpact)
 415 rm(tablesqrpsup)
 416 rm(tablesqrpet)
 417 save.image(file="%s")
 418 """ % DictChdTxtOut['RData']
 419     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 420     file.write(txt)
 421     file.close()
 422
 423
 424 def write_afc_graph(self):
 425     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 426     else : over = 'FALSE'
 427
 428     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 429     else : do_select_nb = 'FALSE'
 430
 431     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 432     else : do_select_chi = 'FALSE'
 433
 434     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 435     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 436
 437     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 438     else : cex_txt = 'FALSE'
 439
 440     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 441     else : tchi = 'FALSE'
 442
 443     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 444     else : svg = 'FALSE'
 445
 446     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 447         txt = f.read()
 448
 449 #    self.DictPathOut['RData'], \
 450     scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
 451     self.param['typegraph'], \
 452     self.param['what'], \
 453     self.param['facteur'][0],\
 454     self.param['facteur'][1], \
 455     self.param['facteur'][2], \
 456     self.param['qui'], \
 457     over,  do_select_nb, \
 458     self.param['select_nb'],  \
 459     do_select_chi, \
 460     self.param['select_chi'], \
 461     do_select_chi_classe, \
 462     self.param['nbchic'], \
 463     cex_txt, \
 464     self.param['txt_min'], \
 465     self.param['txt_max'], \
 466     self.fileout, \
 467     self.param['width'], \
 468     self.param['height'],\
 469     self.param['taillecar'], \
 470     self.param['alpha'], \
 471     self.param['film'], \
 472     tchi,\
 473     self.param['tchi_min'],\
 474     self.param['tchi_max'],\
 475     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 476     svg)
 477     return scripts
 478
 479 def print_simi3d(self):
 480     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 481     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 482     if simi3d.movie.GetValue() :
 483         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 484     else :
 485         movie = 'NULL'
 486
 487     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 488     #    header = 'TRUE'
 489     #else :
 490     #    header = 'FALSE'
 491     header = 'FALSE'
 492     txt += """
 493     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 494     load("%s")
 495     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 496
 497     txt += """
 498     source("%s")
 499     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 500
 501
 502     txt += """
 503     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 504     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 505     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 506     tmp = open(tmpfile,'w')
 507     tmp.write(txt)
 508     tmp.close()
 509     return tmpfile
 510
 511 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 512     if not intxt :
 513         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 514     rownb = len(rownames)
 515     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 516     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 517     if not intxt :
 518         #FIXME
 519         txt = """
 520             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 521             rownames(di)<- %s
 522             colnames(di) <- %s
 523         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 524     else :
 525         txt = intxt
 526     txt += """
 527         load("%s")
 528         library(ape)
 529         source("%s")
 530         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 531         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 532         width <- 500
 533         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 534         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 535         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 536     return txt
 537
 538 def barplot(table, parametres, intxt = False) :
 539     if not intxt :
 540         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 541     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 542     #height =  len(rownames) * 15
 543     rownb = len(parametres['rownames'])
 544     #if height < 400 :
 545     #    height = 400
 546     rownames = 'c("' + '","'.join(parametres['rownames']) + '")'
 547     colnames = 'c("' + '","'.join(parametres['colnames']) + '")'
 548
 549     if not intxt :
 550         #FIXME
 551         txt = """
 552             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 553             toinf <- which(di == Inf)
 554             tominf <- which(di == -Inf)
 555             if (length(toinf)) {
 556                 di[toinf] <- NA
 557                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 558                 if (valmax <= 0) {
 559                     valmax <- 2
 560                 } else {
 561                     valmax <- valmax + 2
 562                 }
 563                 di[toinf] <- valmax
 564             }
 565             if (length(tominf)) {
 566                 di[tominf] <- NA
 567                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 568                 if (valmin >=0) {
 569                     valmin <- -2
 570                 } else {
 571                     valmin <- valmin - 2
 572                 }
 573                 di[tominf] <- valmin
 574             }
 575             rownames(di)<- %s
 576             colnames(di) <- %s
 577         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 578     else :
 579         txt = intxt
 580     if not 'tree' in parametres :
 581         txt += """
 582             source("%s")
 583             color = rainbow(nrow(di))
 584             width <- %i
 585             height <- %i
 586             open_file_graph("%s",width = width, height = height, svg = %s)
 587                 par(mar=c(0,0,0,0))
 588             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 589             par(mar=c(8,4,1,0))
 590             yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 591             ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 592             ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 593             coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp), las = 2)
 594             if (length(toinf)) {
 595                 coordinf <- coord[toinf]
 596                 valinf <- di[toinf]
 597                 text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 598             }
 599             if (length(tominf)) {
 600                 coordinf <- coord[toinf]
 601                 valinf <- di[toinf]
 602                 text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 603             }
 604             c <- colMeans(coord)
 605             c1 <- c[-1]
 606             c2 <- c[-length(c)]
 607             cc <- cbind(c1,c2)
 608             lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 609             abline(v=lcoord)
 610             if (min(di) < 0) {
 611                 amp <- abs(max(di) - min(di))
 612             } else {
 613                 amp <- max(di)
 614             }
 615             if (amp < 10) {
 616                 d <- 2
 617             } else {
 618                 d <- signif(amp%%/%%10,1)
 619             }
 620             mn <- round(min(di))
 621             mx <- round(max(di))
 622             for (i in mn:mx) {
 623                 if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 624                     abline(h=i,lty=3)
 625                 }
 626             }
 627             par(mar=c(0,0,0,0))
 628             plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 629             legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 630             dev.off()
 631             """ % (ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 632     else :
 633         txt += """
 634         load("%s")
 635         library(ape)
 636         source("%s")
 637         width = %i
 638         height = %i
 639         open_file_graph("%s", width=width, height=height, svg = %s)
 640         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 641         """ % (ffr(parametres['tree']), ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 642     return txt
 643
 644 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 645 #    txt = """
 646 #    library(ca)
 647 #    nd<-%i
 648 #    """ % nd
 649 #    txt += """
 650 #    dataact<-read.csv2("%s")
 651 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 652 #    txt += """
 653 #    datasup<-read.csv2("%s")
 654 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 655 #    txt += """
 656 #    dataet<-read.csv2("%s")
 657 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 658 #    txt += """
 659 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 660 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 661 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 662 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 663 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 664 #    afctot<-afcsup$colcoord
 665 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 666 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 667 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 668 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 669 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 670 #    rcolet<-afcet$colsup
 671 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 672 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 673 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 674 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 675 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 676 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 677 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 678 #    source("%s")
 679 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 680 #    txt += """
 681 #    PARCEX=%s
 682 #    """ % PARCEX
 683 #    #FIXME
 684 #    txt += """
 685 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 686 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 687 #    txt += """
 688 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 689 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 690 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 691 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 692 #    txt += """
 693 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 694 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 695 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 696 #    f.write(txt)
 697 #    f.close()
 698
 699 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 700     def make_script(self) :
 701         self.txtgraph = ''
 702         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 703         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 704         txt = ''
 705         if not self.parametres['keep_coord'] and not self.parametres['type'] == 'simimatrix':
 706             txt += """
 707             dm.path <- "%s"
 708             cn.path <- "%s"
 709             selected.col <- "%s"
 710             """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 711             if 'word' in self.parametres :
 712                 txt += """
 713                 word <- TRUE
 714                 index <- %i + 1
 715                 """ % self.parametres['word']
 716             else :
 717                 txt += """
 718                 word <- FALSE
 719                 """
 720             txt += """
 721             dm <-readMM(dm.path)
 722             cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
 723             colnames(dm) <- cn[,1]
 724             if (file.exists(selected.col)) {
 725                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 726                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 727             } else {
 728                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 729             }
 730             if (!word) {
 731                 dm <- dm[, sel.col]
 732             } else {
 733                 forme <- colnames(dm)[index]
 734                 if (!index %in% sel.col) {
 735                     sel.col <- append(sel.col, index)
 736                 }
 737                 dm <- dm[, sel.col]
 738                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 739             }
 740             """
 741         elif not self.parametres['keep_coord'] and self.parametres['type'] == 'simimatrix' :
 742             txt += """
 743             dm.path <- "%s"
 744             selected.col <- "%s"
 745             """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['selected.csv'])
 746             if 'word' in self.parametres :
 747                 txt += """
 748                 word <- TRUE
 749                 index <- %i + 1
 750                 """ % self.parametres['word']
 751             else :
 752                 txt += """
 753                 word <- FALSE
 754                 """
 755             txt += """
 756             dm <-read.csv2(dm.path)
 757             dm <- as.matrix(dm)
 758             if (file.exists(selected.col)) {
 759                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 760                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 761             } else {
 762                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 763             }
 764             if (!word) {
 765                 dm <- dm[, sel.col]
 766             } else {
 767                 forme <- colnames(dm)[index]
 768                 if (!index %in% sel.col) {
 769                     sel.col <- append(sel.col, index)
 770                 }
 771                 dm <- dm[, sel.col]
 772                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 773             }
 774             """
 775         else :
 776             txt += """
 777             load("%s")
 778             """ % self.pathout['RData.RData']
 779
 780         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 781             method = 'cooc'
 782             if not self.parametres['keep_coord'] :
 783                 txt += """
 784                 method <- 'cooc'
 785                 mat <- make.a(dm)
 786                 """
 787         else :
 788             if not self.parametres['keep_coord'] :
 789                 txt += """
 790                 dm <- as.matrix(dm)
 791                 """
 792         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 793             method = 'prcooc'
 794             txt += """
 795             method <- 'Russel'
 796             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 797             """
 798         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 799             method = 'binomial'
 800             if not self.parametres['keep_coord'] :
 801                 txt += """
 802                 method <- 'binomial'
 803                 mat <- binom.sim(dm)
 804                 """
 805         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 806             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 807             if not self.parametres['keep_coord'] :
 808                 txt += """
 809                 method <-"%s"
 810                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 811                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 812         if not self.parametres['keep_coord'] :
 813             txt += """
 814             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 815             mat[is.na(mat)] <- 0
 816             if (length(which(mat == Inf))) {
 817                 infp <- which(mat == Inf)
 818                 mat[infp] <- NA
 819                 maxmat <- max(mat, na.rm = TRUE)
 820                 if (maxmat > 0) {
 821                 maxmat <- maxmat + 1
 822                 } else {
 823                     maxmat <- 0
 824                 }
 825                 mat[infp] <- maxmat
 826             }
 827             if (length(which(mat == -Inf))) {
 828                 infm <- which(mat == -Inf)
 829                 mat[infm] <- NA
 830                 minmat <- min(mat, na.rm = TRUE)
 831                 if (maxmat < 0) {
 832                 minmat <- minmat - 1
 833                 } else {
 834                     minmat <- 0
 835                 }
 836                 mat[infm] <- minmat
 837             }
 838             """
 839         if 'word' in self.parametres and not self.parametres['keep_coord'] :
 840             txt += """
 841             mat <- graph.word(mat, index)
 842             cs <- colSums(mat)
 843             if (length(cs)) mat <- mat[,-which(cs==0)]
 844             rs <- rowSums(mat)
 845             if (length(rs)) mat <- mat[-which(rs==0),]
 846             if (length(cs)) dm <- dm[, -which(cs==0)]
 847             """
 848
 849         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 850         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 851         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 852         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 853         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 854
 855
 856         self.filename=''
 857         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 858         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 859             graphnb = 1
 860             type = 'nplot'
 861             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 862             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 863                 graphnb +=1
 864             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 865         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 866         if self.parametres['type_graph'] == 3 :
 867             graphnb = 1
 868             type = 'web'
 869             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 870             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb))):
 871                 graphnb +=1
 872             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb)))
 873             os.mkdir(self.filename)
 874             self.filename = os.path.join(self.filename, 'gexf.gexf')
 875         if self.parametres['type_graph'] == 4 :
 876             graphnb = 1
 877             type = 'rglweb'
 878             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 879             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb))):
 880                 graphnb +=1
 881             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb)))
 882             os.mkdir(self.filename)
 883
 884         if self.parametres['arbremax'] :
 885             arbremax = 'TRUE'
 886             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 887         else : arbremax = 'FALSE'
 888
 889         if self.parametres['coeff_tv'] :
 890             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 891             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 892         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 893             coeff_tv = 'NULL'
 894             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 895         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 896         else : coeff_te = 'NULL'
 897
 898         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 899             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 900         else :
 901             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 902         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 903         else : label_v = 'TRUE'
 904
 905         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 906         else : label_e = 'TRUE'
 907
 908         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 909         else : seuil = 'NULL'
 910
 911         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 912         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 913
 914         txt += """
 915         minmaxeff <- %s
 916         """ % tvminmax
 917         txt += """
 918         vcexminmax <- %s
 919         """ % vcexminmax
 920         txt += """
 921         cex = %i/10
 922         """ % self.parametres['cex']
 923
 924         if self.parametres['film'] :
 925             txt += """
 926             film <- "%s"
 927             """ % self.pathout['film']
 928         else :
 929             txt += """
 930             film <- NULL
 931             """
 932         txt += """
 933         seuil <- %s
 934         if (method!='cooc') {
 935             seuil <- seuil/100
 936         }
 937         """ % seuil
 938
 939         txt += """
 940         label.v <- %s
 941         label.e <- %s
 942         """ % (label_v, label_e)
 943         txt += """
 944         cols <- rgb%s
 945         cola <- rgb%s
 946         """ % (cols, cola)
 947         txt += """
 948         width <- %i
 949         height <- %i
 950         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 951         if self.parametres['keep_coord'] :
 952             txt += """
 953             coords <- try(coords, TRUE)
 954             if (!is.matrix(coords)) {
 955                 coords<-NULL
 956             }
 957             """
 958         else :
 959             txt += """
 960             coords <- NULL
 961             """
 962         txt += """
 963         alpha <- %i/100
 964         """ % self.parametres['alpha']
 965         txt += """
 966         alpha <- %i/100
 967         """ % self.parametres['alpha']
 968 #############################################
 969         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 970             txt += """
 971             et <- list()
 972             """
 973             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 974                 txt+= """
 975                 et[[%i]] <- c(%s)
 976                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 977             txt+= """
 978             unetoile <- c('%s')
 979             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 980             txt += """
 981             fsum <- NULL
 982             rs <- rowSums(dm)
 983             for (i in 1:length(unetoile)) {
 984                 print(unetoile[i])
 985                 tosum <- et[[i]]
 986                 if (length(tosum) > 1) {
 987                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 988                 } else {
 989                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 990                 }
 991             }
 992             source("%s")
 993             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 994             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 995             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 996             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 997             #gcol[2] <- 'orange'
 998             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 999             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
1000             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
1001             cols <- vertex.label.color
1002             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
1003
1004             """ % (self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
1005         else :
1006             txt += """
1007             vertex.label.color <- 'black'
1008             chivertex.size <- 1
1009             leg<-NULL
1010             """
1011 #############################################
1012
1013 #        txt += """
1014 #        eff <- colSums(dm)
1015 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
1016 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
1017 #        if (max.tree) {
1018 #            if (method == 'cooc') {
1019 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
1020 #            } else {
1021 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
1022 #            }
1023 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
1024 #            if (method == 'cooc') {
1025 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
1026 #            } else {
1027 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
1028 #            }
1029 #            g.toplot <- g.max
1030 #        } else {
1031 #            g.toplot <- g.ori
1032 #        }
1033 #        """
1034         if self.parametres['com'] :
1035             com = `self.parametres['communities']`
1036         else :
1037             com = 'NULL'
1038         if self.parametres['halo'] :
1039             halo = 'TRUE'
1040         else :
1041             halo = 'FALSE'
1042         txt += """
1043         communities <- %s
1044         halo <- %s
1045         """ % (com, halo)
1046         txt += """
1047         eff <- colSums(dm)
1048         x <- list(mat = mat, eff = eff)
1049         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords, communities = communities, halo = halo)
1050         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
1051
1052         if self.parametres.get('bystar',False) :
1053             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1054                 txt+="""
1055                     label.cex<-chivertex.size
1056                     """
1057             else :
1058                 txt+="""
1059                 label.cex <- cex
1060                 """
1061             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
1062                 txt += """
1063                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1064                 """
1065             else :
1066                 txt += """
1067                 vertex.size <- NULL
1068                 """
1069         else :
1070             #print self.parametres
1071             if (self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('tmpchi', False)) or (self.parametres['type'] == 'simimatrix' and 'tmpchi' in self.parametres):
1072                 txt += """
1073                 lchi <- read.table("%s")
1074                 lchi <- lchi[,1]
1075                 """ % ffr(self.parametres['tmpchi'])
1076                 txt += """
1077                     lchi <- lchi[sel.col]
1078                     """
1079             if self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1080                 txt += """
1081                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
1082                 """
1083             else :
1084                 txt += """
1085             if (is.null(vcexminmax[1])) {
1086                 label.cex <- cex
1087             } else {
1088                 label.cex <- graph.simi$label.cex
1089             }
1090             """
1091             if (self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' or self.parametres['type'] == 'simimatrix') and self.parametres.get('sfromchi', False):
1092                 txt += """
1093                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1094                 if (!length(vertex.size)) vertex.size <- 0
1095                 """
1096             else :
1097                 txt += """
1098             if (is.null(minmaxeff[1])) {
1099                 vertex.size <- 0
1100             } else {
1101                 vertex.size <- graph.simi$eff
1102             }
1103             """
1104         #txt += """ vertex.size <- NULL """
1105         if self.parametres['svg'] : svg = 'TRUE'
1106         else : svg = 'FALSE'
1107         txt += """
1108         svg <- %s
1109         """ % svg
1110         txt += """
1111         vertex.col <- cols
1112         if (!is.null(graph.simi$com)) {
1113             com <- graph.simi$com
1114             colm <- rainbow(length(com))
1115             if (vertex.size != 0 || graph.simi$halo) {
1116                 vertex.label.color <- 'black'
1117                 vertex.col <- colm[membership(com)]
1118             } else {
1119                 vertex.label.color <- colm[membership(com)]
1120             }
1121         }
1122         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = vertex.col, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film, svg = svg)
1123         save.image(file="%s")
1124         """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
1125
1126         self.add(txt)
1127         self.write()
1128
1129 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
1130     def make_script(self) :
1131         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1132         self.packages(['wordcloud'])
1133         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
1134         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
1135         if self.parametres['svg'] :
1136             svg = 'TRUE'
1137         else :
1138             svg = 'FALSE'
1139         txt = """
1140         svg <- %s
1141         """ % svg
1142         txt += """
1143         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
1144         selected.col <- read.table("%s")
1145         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
1146         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
1147         maxword <- %i
1148         if (nrow(toprint) > maxword) {
1149             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
1150             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
1151         }
1152         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i , svg = svg)
1153         par(bg=rgb%s)
1154         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
1155         dev.off()
1156         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
1157         self.add(txt)
1158         self.write()
1159
1160 class ProtoScript(PrintRScript) :
1161     def make_script(self) :
1162         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph'], self.analyse.parent.RscriptsPath['prototypical.R']])
1163         self.packages(['wordcloud'])
1164         if self.parametres.get('cloud', False) :
1165             cloud = 'TRUE'
1166         else :
1167             cloud = 'FALSE'
1168         txt = """
1169         errorn <- function(x) {
1170             qnorm(0.975)*sd(x)/sqrt(lenght(n))
1171         }
1172         errort <- function(x) {
1173             qt(0.975,df=lenght(x)-1)*sd(x)/sqrt(lenght(x))
1174         }
1175         mat <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t', quote='"', dec='.')
1176         open_file_graph("%s",height=800, width=1000)
1177         prototypical(mat, mfreq = %s, mrank = %s, cloud = FALSE, cexrange=c(1,2.4), cexalpha= c(0.4, 1), type = '%s')
1178         dev.off()
1179         """ % (self.analyse.pathout['table.csv'], self.analyse.pathout['proto.png'], self.parametres['limfreq'], self.parametres['limrang'], self.parametres['typegraph'])
1180         self.add(txt)
1181         self.write()
1182
1183
1184 class ExportAfc(PrintRScript) :
1185     def make_script(self) :
1186         self.source([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1187         self.packages(['rgexf'])
1188         txt = """
1189         """
1190
1191 class TgenSpecScript(PrintRScript):
1192     def make_script(self):
1193         self.packages(['textometry'])
1194         txt = """
1195         tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
1196         """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
1197         txt += """
1198         tot <- tgen[nrow(tgen), ]
1199         result <- NULL
1200         tgen <- tgen[-nrow(tgen),]
1201         for (i in 1:nrow(tgen)) {
1202             mat <- rbind(tgen[i,], tot - tgen[i,])
1203             specmat <- specificities(mat)
1204             result <- rbind(result, specmat[1,])
1205         }
1206         colnames(result) <- colnames(tgen)
1207         row.names(result) <- rownames(tgen)
1208         write.table(result, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1209         """ % self.pathout['tgenspec.csv']
1210         self.add(txt)
1211