iramuteq.org Git - iramuteq/blob - Rscripts/chdtxt.R

   1 #Author: Pierre Ratinaud
   2 #Copyright (c) 2008-2009 Pierre Ratinaud
   3 #Lisense: GNU/GPL
   4
   5
   6 #fonction pour la double classification
   7 #cette fonction doit etre splitter en 4 ou 5 fonctions
   8
   9 AssignClasseToUce <- function(listuce, chd) {
  10     print('assigne classe -> uce')
  11     chd[listuce[,2]+1,]
  12 }
  13
  14 fille<-function(classe,classeuce) {
  15         listfm<-unique(unlist(classeuce[classeuce[,classe%/%2]==classe,]))
  16         listf<-listfm[listfm>=classe]
  17         listf<-unique(listf)
  18         listf
  19 }
  20
  21
  22 croiseeff <- function(croise, classeuce1, classeuce2) {
  23     cl1 <- 0
  24     cl2 <- 1
  25     for (i in 1:ncol(classeuce1)) {
  26         cl1 <- cl1 + 2
  27         cl2 <- cl2 + 2
  28         clj1 <- 0
  29         clj2 <- 1
  30         for (j in 1:ncol(classeuce2)) {
  31             clj1 <- clj1 + 2
  32             clj2 <- clj2 + 2
  33             croise[cl1 - 1, clj1 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl1 & classeuce2[,j] == clj1))
  34             croise[cl1 - 1, clj2 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl1 & classeuce2[,j] == clj2))
  35             croise[cl2 - 1, clj1 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl2 & classeuce2[,j] == clj1))
  36             croise[cl2 - 1, clj2 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl2 & classeuce2[,j] == clj2))
  37         }
  38     }
  39     croise
  40 }
  41
  42 addallfille <- function(lf) {
  43     nlf <- list()
  44     for (i in 1:length(lf)) {
  45         if (! is.null(lf[[i]])) {
  46             nlf[[i]] <- lf[[i]]
  47             filles <- lf[[i]]
  48             f1 <- filles[1]
  49             f2 <- filles[2]
  50             if (f1 > length(lf)) {
  51                 for (j in (length(lf) + 1):f2) {
  52                     nlf[[j]] <- 0
  53                 }
  54             }
  55         } else {
  56             nlf[[i]] <- 0
  57         }
  58     }
  59 nlf
  60 }
  61
  62 getfille <- function(nlf, classe, pf) {
  63     if (length(nlf[[classe]]) == 1) {
  64         return(pf)
  65     } else {
  66         pf <- c(pf, nlf[[classe]])
  67         c1 <- nlf[[classe]][1]
  68         c2 <- nlf[[classe]][2]
  69         pf <- getfille(nlf, c1, pf)
  70         pf <- getfille(nlf, c2, pf)
  71     }
  72     return(pf)
  73 }
  74
  75 getmere <- function(list_mere, classe) {
  76     i <- classe
  77     pf <- NULL
  78     while (i != 1 ) {
  79         pf <- c(pf, list_mere[[i]])
  80         i <- list_mere[[i]]
  81     }
  82     pf
  83 }
  84
  85 getfillemere <- function(list_fille, list_mere, classe) {
  86     return(c(getfille(list_fille, classe, NULL), getmere(list_mere, classe)))
  87 }
  88
  89 #nbt nbcl = nbt+1 tcl=((nbt+1) *2) - 2  n1[,ncol(n1)], nchd1[,ncol(nchd1)]
  90 Rchdtxt<-function(uceout, chd1, chd2 = NULL, mincl=0, classif_mode=0, nbt = 9) {
  91         #FIXME: le nombre de classe peut etre inferieur
  92     nbcl <- nbt + 1
  93     tcl <- ((nbt+1) * 2) - 2
  94     #Assignation des classes
  95         classeuce1<-AssignClasseToUce(listuce1,chd1$n1)
  96         if (classif_mode==0) {
  97                 classeuce2<-AssignClasseToUce(listuce2,chd2$n1)
  98     } else {
  99                 classeuce2<-classeuce1
 100     }
 101
 102         #calcul des poids (effectifs)
 103
 104     makepoids <- function(classeuce, poids) {
 105         cl1 <- 0
 106         cl2 <- 1
 107         for (i in 1:nbt) {
 108             cl1 <- cl1 + 2
 109             cl2 <- cl2 + 2
 110             poids[cl1 - 1] <- length(which(classeuce[,i] == cl1))
 111             poids[cl2 - 1] <- length(which(classeuce[,i] == cl2))
 112         }
 113         poids
 114     }
 115
 116 #       makepoids<-function(classeuce,poids) {
 117 #           for (classes in 2:(tcl + 1)){
 118 #                   for (i in 1:ncol(classeuce)) {
 119 #                       if (poids[(classes-1)]<length(classeuce[,i][classeuce[,i]==classes])) {
 120 #                           poids[(classes-1)]<-length(classeuce[,i][classeuce[,i]==classes])
 121 #                       }
 122 #                   }
 123 #           }
 124 #           poids
 125 #       }
 126     print('make poids')
 127         poids1<-vector(mode='integer',length = tcl)
 128         poids1<-makepoids(classeuce1,poids1)
 129         if (classif_mode==0) {
 130                 poids2<-vector(mode='integer',length = tcl)
 131                 poids2<-makepoids(classeuce2,poids2)
 132         } else {
 133                 poids2<-poids1
 134         }
 135
 136     print('croisement classif')
 137
 138 #    croise=matrix(ncol=tcl,nrow=tcl)
 139 #
 140 #    docroise <- function(croise, classeuce1, classeuce2) {
 141 #       #production du tableau de contingence
 142 #       for (i in 1:ncol(classeuce1)) {
 143 #           #poids[i]<-length(classeuce1[,i][x==classes])
 144 #           for (j in 1:ncol(classeuce2)) {
 145 #                   tablecroise<-table(classeuce1[,i],classeuce2[,j])
 146 #                   tabcolnames<-as.numeric(colnames(tablecroise))
 147 #                   #tabcolnames<-c(tabcolnames[(length(tabcolnames)-1)],tabcolnames[length(tabcolnames)])
 148 #                   tabrownames<-as.numeric(rownames(tablecroise))
 149 #                   #tabrownames<-c(tabrownames[(length(tabrownames)-1)],tabrownames[length(tabrownames)])
 150 #                   for (k in (ncol(tablecroise)-1):ncol(tablecroise)) {
 151 #                       for (l in (nrow(tablecroise)-1):nrow(tablecroise)) {
 152 #                           croise[(tabrownames[l]-1),(tabcolnames[k]-1)]<-tablecroise[l,k]
 153 #                       }
 154 #                   }
 155 #           }
 156 #       }
 157 #        croise
 158 #    }
 159     croise <- croiseeff( matrix(ncol=tcl,nrow=tcl), classeuce1, classeuce2)
 160     print(croise)
 161     if (classif_mode == 0) {ind <- (nbcl * 2)} else {ind <- nbcl}
 162         if (mincl==0){
 163                 mincl<-round(nrow(classeuce1)/ind)
 164         }
 165         if (mincl<3){
 166                 mincl<-3
 167         }
 168     print(mincl)
 169         #print('table1')
 170         #print(croise)
 171         #tableau des chi2 signes
 172     print('croise chi2')
 173         #chicroise<-croise
 174
 175 #    nr <- nrow(classeuce1)
 176 #    newchicroise <- function(croise, mincl, nr, poids1, poids2) {
 177 #        chicroise <- croise
 178 #        chicroise[which(croise < mincl)] <- 0
 179 #        tocompute <- which(chicroise > 0, arr.ind = TRUE)
 180 #        for (i in 1:nrow(tocompute)) {
 181 #            chitable <- matrix(ncol=2,nrow=2)
 182 #            chitable[1,1] <- croise[tocompute[i,1],  tocompute[i,2]]
 183 #            chitable[1,2] <- poids1[tocompute[i,1]] - chitable[1,1]
 184 #            chitable[2,1] <- poids2[tocompute[i,2]] - chitable[1,1]
 185 #            chitable[2,2] <- nr - poids2[tocompute[i,2]] - chitable[1,2]
 186 #            chitest<-chisq.test(chitable,correct=FALSE)
 187 #            chicroise[tocompute[i,1],  tocompute[i,2]] <- ifelse(chitable[1,1] > chitest$expected[1,1], round(chitest$statistic,digits=7), -round(chitest$statistic,digits=7))
 188 #        }
 189 #        chicroise
 190 #    }
 191 #
 192
 193
 194         dochicroise <- function(croise, mincl) {
 195         chicroise <- croise
 196         for (i in 1:nrow(croise)) {
 197                 for (j in 1:ncol(croise)) {
 198                     if (croise[i,j]==0) {
 199                         chicroise[i,j]<-0
 200                     } else if (croise[i,j]<mincl) {
 201                         chicroise[i,j]<-0
 202                     } else {
 203                         chitable<-matrix(ncol=2,nrow=2)
 204                         chitable[1,1]<-croise[i,j]
 205                         chitable[1,2]<-poids1[i]-chitable[1,1]
 206                         chitable[2,1]<-poids2[j]-chitable[1,1]
 207                         chitable[2,2]<-nrow(classeuce1)-poids2[j]-chitable[1,2]
 208                         chitest<-chisq.test(chitable,correct=FALSE)
 209                         if ((chitable[1,1]-chitest$expected[1,1])<0) {
 210                             chicroise[i,j]<--round(chitest$statistic,digits=7)
 211                         } else {
 212                             chicroise[i,j]<-round(chitest$statistic,digits=7)
 213                 #print(chitest)
 214                         }
 215                     }
 216                 }
 217             }
 218         chicroise
 219     }
 220     chicroise <- dochicroise(croise, mincl)
 221     print('fin croise')
 222         #print(chicroise)
 223         #determination des chi2 les plus fort
 224         chicroiseori<-chicroise
 225
 226     doxy <- function(chicroise) {
 227         listx <- NULL
 228         listy <- NULL
 229         listxy <- which(chicroise > 3.84, arr.ind = TRUE)
 230         #print(listxy)
 231         val <- chicroise[which(chicroise > 3.84)]
 232         ord <- order(val, decreasing = TRUE)
 233         listxy <- listxy[ord,]
 234         #for (i in 1:nrow(listxy)) {
 235         #    if ((!listxy[,2][i] %in% listx) & (!listxy[,1][i] %in% listy)) {
 236         #        listx <- c(listx, listxy[,2][i])
 237         #        listy <- c(listy, listxy[,1][i])
 238         #    }
 239         #}
 240         xy <- list(x = listxy[,2], y = listxy[,1])
 241         xy
 242     }
 243     xy <- doxy(chicroise)
 244     print(xy)
 245     listx <- xy$x
 246     listy <- xy$y
 247
 248 #       maxi<-vector()
 249 #       chimax<-vector()
 250 #       for (i in 1:tcl) {
 251 #           maxi[i]<-which.max(chicroise)
 252 #           chimax[i]<-chicroise[maxi[i]]
 253 #           chicroise[maxi[i]]<-0
 254 #       }
 255 #       testpres<-function(x,listcoord) {
 256 #           for (i in 1:length(listcoord)) {
 257 #                   if (x==listcoord[i]) {
 258 #                       return(-1)
 259 #                   } else {
 260 #                       a<-1
 261 #                   }
 262 #           }
 263 #           a
 264 #       }
 265 #       c.len=nrow(chicroise)
 266 #       r.len=ncol(chicroise)
 267 #       listx<-c(0)
 268 #       listy<-c(0)
 269 #       rang<-0
 270 #       cons<-list()
 271 #       #on garde une valeur par ligne / colonne
 272 #       for (i in 1:length(maxi)) {
 273 #       #coordonnées de chi2 max
 274 #        #coord <- arrayInd(maxi[i], dim(chicroise))
 275 #        #x.co <- coord[1,2]
 276 #        #y.co <- coord[1,1]
 277 #           x.co<-ceiling(maxi[i]/c.len)
 278 #           y.co<-maxi[i]-(x.co-1)*c.len
 279 #        #print(x.co)
 280 #        #print(y.co)
 281 #        #print(arrayInd(maxi[i], dim(chicroise)))
 282 #           a<-testpres(x.co,listx)
 283 #           b<-testpres(y.co,listy)
 284 #
 285 #           if (a==1) {
 286 #                       if (b==1) {
 287 #                           rang<-rang+1
 288 #                           listx[rang]<-x.co
 289 #                           listy[rang]<-y.co
 290 #                       }
 291 #           }
 292 #           cons[[1]]<-listx
 293 #           cons[[2]]<-listy
 294 #       }
 295         #pour ecrire les resultats
 296         for (i in 1:length(listx)) {
 297             txt<-paste(listx[i]+1,listy[i]+1,sep=' ')
 298             txt<-paste(txt,croise[listy[i],listx[i]],sep=' ')
 299             txt<-paste(txt,chicroiseori[listy[i],listx[i]],sep=' ')
 300             print(txt)
 301         }
 302
 303         #colonne de la classe
 304         #trouver les filles et les meres
 305         trouvefillemere<-function(classe,chd) {
 306             unique(unlist(chd[chd[,classe%/%2]==classe,]))
 307         }
 308
 309
 310 #----------------------------------------------------------------------
 311     findbestcoord <- function(classeuce1, classeuce2) {
 312         #fillemere1 <- NULL
 313         #fillemere2 <- NULL
 314
 315         #fillemere1 <- unique(classeuce1)
 316         #if (classif_mode == 0) {
 317         #    fillemere2 <- unique(classeuce2)
 318         #} else {
 319         #    fillemere2 <- fillemere1
 320         #}
 321
 322         #
 323         listcoordok <- list()
 324         maxcl <- 0
 325         nb <- 0
 326         lf1 <- addallfille(chd1$list_fille)
 327         if (classif_mode == 0) {
 328             lf2 <- addallfille(chd2$list_fille)
 329         } else {
 330             lf2 <- lf1
 331         }
 332         lme1 <- chd1$list_mere
 333         if (classif_mode == 0) {
 334             lme2 <- chd2$list_mere
 335         } else {
 336             lme2 <- lme1
 337         }
 338         for (first in 1:length(listx)) {
 339             coordok <- NULL
 340             f1 <- NULL
 341             f2 <- NULL
 342             listxp<-listx
 343             listyp<-listy
 344
 345             #listxp<-listx[first:length(listx)]
 346             #listxp<-c(listxp,listx[1:(first-1)])
 347             #listyp<-listy[first:length(listy)]
 348             #listyp<-c(listyp,listy[1:(first-1)])
 349             listxp <- listxp[order(listx, decreasing = TRUE)]
 350             listyp <- listyp[order(listx, decreasing = TRUE)]
 351             #listxp<-c(listxp[first:length(listx)], listx[1:(first-1)])
 352             #listyp<-c(listyp[first:length(listy)], listy[1:(first-1)])
 353             for (i in 1:length(listx)) {
 354                 if( (!(listxp[i]+1) %in% f1) & (!(listyp[i]+1) %in% f2) ) {
 355                     #print(listyp[i]+1)
 356                     #print('not in')
 357                     #print(f2)
 358                     coordok <- rbind(coordok, c(listyp[i] + 1,listxp[i] + 1))
 359                     #print(c(listyp[i] + 1,listxp[i] + 1))
 360                     un1 <- getfillemere(lf2, chd2$list_mere, listxp[i] + 1)
 361                     f1 <- c(f1, un1)
 362                     f1 <- c(f1, listxp[i] + 1)
 363                     un2 <- getfillemere(lf1, chd1$list_mere, listyp[i] + 1)
 364                     f2 <- c(f2, un2)
 365                     f2 <- c(f2, listyp[i] + 1)
 366                 }
 367                 #print(coordok)
 368             }
 369             #if (nrow(coordok) > maxcl) {
 370                 nb <- 1
 371             #    listcoordok <- list()
 372                 listcoordok[[nb]] <- coordok
 373             #    maxcl <- nrow(coordok)
 374             #} else if (nrow(coordok) == maxcl) {
 375                 nb <- nb + 1
 376             #    listcoordok[[nb]] <- coordok
 377             #}
 378         }
 379         listcoordok <- unique(listcoordok)
 380         print(listcoordok)
 381         best <- 1
 382         if (length(listcoordok) > 1) {
 383             maxchi <- 0
 384             for (i in 1:length(listcoordok)) {
 385                 chi <- NULL
 386                 uce <- NULL
 387                 for (j in 1:nrow(listcoordok[[i]])) {
 388                     chi<-c(chi,chicroiseori[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 389                     uce<-c(uce,croise[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 390                 }
 391                 if (maxchi < sum(chi)) {
 392                     maxchi <- sum(chi)
 393                     suce <- sum(uce)
 394                     best <- i
 395                 }
 396             }
 397         print(suce/nrow(classeuce1))
 398         }
 399         listcoordok[[best]]
 400     }
 401 #---------------------------------------------------------------------------------
 402         #pour trouver une valeur dans une liste
 403         #is.element(elem, list)
 404         #== elem%in%list
 405     oldfindbestcoord <- function(listx, listy) {
 406         coordok<-NULL
 407         trouvecoordok<-function(first) {
 408             fillemere1<-NULL
 409             fillemere2<-NULL
 410             listxp<-listx
 411             listyp<-listy
 412             listxp<-listx[first:length(listx)]
 413             listxp<-c(listxp,listx[1:(first-1)])
 414             listyp<-listy[first:length(listy)]
 415             listyp<-c(listyp,listy[1:(first-1)])
 416             for (i in 1:length(listxp)) {
 417                 if (!(listxp[i]+1)%in%fillemere1) {
 418                         if (!(listyp[i]+1)%in%fillemere2) {
 419                             coordok<-rbind(coordok,c(listyp[i]+1,listxp[i]+1))
 420                             fillemere1<-c(fillemere1,trouvefillemere(listxp[i]+1,chd2$n1))
 421                             fillemere2<-c(fillemere2,trouvefillemere(listyp[i]+1,chd1$n1))
 422                         }
 423                }
 424             }
 425             coordok
 426         }
 427     #fonction pour trouver le nombre maximum de classes
 428         findmaxclasse<-function(listx,listy) {
 429             listcoordok<-list()
 430             maxcl<-0
 431             nb<-1
 432             for (i in 1:length(listy)) {
 433                         coordok<-trouvecoordok(i)
 434                         if (maxcl <= nrow(coordok)) {
 435                             maxcl<-nrow(coordok)
 436                             listcoordok[[nb]]<-coordok
 437                             nb<-nb+1
 438                         }
 439             }
 440             listcoordok<-unique(listcoordok)
 441             print(listcoordok)
 442                 #si plusieurs ensemble avec le meme nombre de classe, on conserve
 443                 #la liste avec le plus fort chi2
 444             if (length(listcoordok)>1) {
 445                     maxchi<-0
 446                     best<-NULL
 447                     for (i in 1:length(listcoordok)) {
 448                         chi<-NULL
 449                         uce<-NULL
 450                         if (nrow(listcoordok[[i]])==maxcl) {
 451                             for (j in 1:nrow(listcoordok[[i]])) {
 452                                 chi<-c(chi,croise[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 453                                 uce<-c(uce,chicroiseori[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 454                             }
 455                             if (maxchi < sum(chi)) {
 456                                 maxchi <- sum(chi)
 457                                 suce <- sum(uce)
 458                                 best <- i
 459                             }
 460                         }
 461                     }
 462             }
 463             print((maxchi/nrow(classeuce1)*100))
 464             listcoordok[[best]]
 465         }
 466         print('cherche max')
 467             coordok<-findmaxclasse(listx,listy)
 468             coordok
 469     }
 470         #findmaxclasse(listx,listy)
 471         #coordok<-trouvecoordok(1)
 472     #coordok <- oldfindbestcoord(listx, listy)
 473     coordok <- findbestcoord(listx, listy)
 474
 475
 476         lfilletot<-function(classeuce,x) {
 477             listfille<-NULL
 478             for (classe in 1:nrow(coordok)) {
 479                         listfille<-unique(c(listfille,fille(coordok[classe,x],classeuce)))
 480                         listfille
 481             }
 482         }
 483     print('listfille')
 484         listfille1<-lfilletot(classeuce1,1)
 485         listfille2<-lfilletot(classeuce2,2)
 486
 487         #utiliser rownames comme coordonnees dans un tableau de 0
 488         Assignclasse<-function(classeuce,x) {
 489             nchd<-matrix(0,ncol=ncol(classeuce),nrow=nrow(classeuce))
 490             for (classe in 1:nrow(coordok)) {
 491                         clnb<-coordok[classe,x]
 492                         colnb<-clnb%/%2
 493             nchd[which(classeuce[,colnb]==clnb), colnb:ncol(nchd)] <- classe
 494             }
 495             nchd
 496         }
 497         print('commence assigne new classe')
 498         nchd1<-Assignclasse(classeuce1,1)
 499         if (classif_mode==0) {
 500                 nchd2<-Assignclasse(classeuce2,2)
 501         } else {
 502                 nchd2<-nchd1
 503     }
 504         print('fini assign new classe')
 505         #croisep<-matrix(ncol=nrow(coordok),nrow=nrow(coordok))
 506     nchd2[which(nchd1[,ncol(nchd1)]==0),] <- 0
 507     nchd2[which(nchd1[,ncol(nchd1)]!=nchd2[,ncol(nchd2)]),] <- 0
 508     nchd1[which(nchd2[,ncol(nchd2)]==0),] <- 0
 509
 510         print('fini croise')
 511         elim<-which(nchd1[,ncol(nchd1)]==0)
 512         keep<-which(nchd1[,ncol(nchd1)]!=0)
 513         n1<-nchd1[nchd1[,ncol(nchd1)]!=0,]
 514         n2<-nchd2[nchd2[,ncol(nchd2)]!=0,]
 515         #clnb<-nrow(coordok)
 516         print('fini')
 517         write.csv2(nchd1[,ncol(nchd1)],uceout)
 518         res <- list(n1 = nchd1, coord_ok = coordok, cuce1 = classeuce1, cuce2 = classeuce2)
 519         res
 520 }