iramuteq.org Git - iramuteq/blob - Rscripts/chdtxt.R

   1 #Author: Pierre Ratinaud
   2 #Copyright (c) 2008-2009 Pierre Ratinaud
   3 #Lisense: GNU/GPL
   4
   5
   6 #fonction pour la double classification
   7 #cette fonction doit etre splitter en 4 ou 5 fonctions
   8
   9 AssignClasseToUce <- function(listuce, chd) {
  10     print('assigne classe -> uce')
  11     chd[listuce[,2]+1,]
  12 }
  13
  14 fille<-function(classe,classeuce) {
  15         listfm<-unique(unlist(classeuce[classeuce[,classe%/%2]==classe,]))
  16         listf<-listfm[listfm>=classe]
  17         listf<-unique(listf)
  18         listf
  19 }
  20
  21
  22 croiseeff <- function(croise, classeuce1, classeuce2) {
  23     cl1 <- 0
  24     cl2 <- 1
  25     for (i in 1:ncol(classeuce1)) {
  26         cl1 <- cl1 + 2
  27         cl2 <- cl2 + 2
  28         clj1 <- 0
  29         clj2 <- 1
  30         for (j in 1:ncol(classeuce2)) {
  31             clj1 <- clj1 + 2
  32             clj2 <- clj2 + 2
  33             croise[cl1 - 1, clj1 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl1 & classeuce2[,j] == clj1))
  34             croise[cl1 - 1, clj2 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl1 & classeuce2[,j] == clj2))
  35             croise[cl2 - 1, clj1 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl2 & classeuce2[,j] == clj1))
  36             croise[cl2 - 1, clj2 -1] <- length(which(classeuce1[,i] == cl2 & classeuce2[,j] == clj2))
  37         }
  38     }
  39     croise
  40 }
  41
  42 addallfille <- function(lf) {
  43     nlf <- list()
  44     for (i in 1:length(lf)) {
  45         if (! is.null(lf[[i]])) {
  46             nlf[[i]] <- lf[[i]]
  47             filles <- lf[[i]]
  48             f1 <- filles[1]
  49             f2 <- filles[2]
  50             if (f1 > length(lf)) {
  51                 for (j in (length(lf) + 1):f2) {
  52                     nlf[[j]] <- 0
  53                 }
  54             }
  55         } else {
  56             nlf[[i]] <- 0
  57         }
  58     }
  59 nlf
  60 }
  61
  62 getfille <- function(nlf, classe, pf) {
  63     if (length(nlf[[classe]]) == 1) {
  64         return(pf)
  65     } else {
  66         pf <- c(pf, nlf[[classe]])
  67         c1 <- nlf[[classe]][1]
  68         c2 <- nlf[[classe]][2]
  69         pf <- getfille(nlf, c1, pf)
  70         pf <- getfille(nlf, c2, pf)
  71     }
  72     return(pf)
  73 }
  74
  75 getmere <- function(list_mere, classe) {
  76     i <- classe
  77     pf <- NULL
  78     while (i != 1 ) {
  79         pf <- c(pf, list_mere[[i]])
  80         i <- list_mere[[i]]
  81     }
  82     pf
  83 }
  84
  85 getfillemere <- function(list_fille, list_mere, classe) {
  86     return(c(getfille(list_fille, classe, NULL), getmere(list_mere, classe)))
  87 }
  88
  89 #nbt nbcl = nbt+1 tcl=((nbt+1) *2) - 2  n1[,ncol(n1)], nchd1[,ncol(nchd1)]
  90 Rchdtxt<-function(uceout, chd1, chd2 = NULL, mincl=0, classif_mode=0, nbt = 9) {
  91         #FIXME: le nombre de classe peut etre inferieur
  92     nbcl <- nbt + 1
  93     tcl <- ((nbt+1) * 2) - 2
  94     #Assignation des classes
  95         classeuce1<-AssignClasseToUce(listuce1,chd1$n1)
  96         if (classif_mode==0) {
  97                 classeuce2<-AssignClasseToUce(listuce2,chd2$n1)
  98     } else {
  99                 classeuce2<-classeuce1
 100     }
 101
 102         #calcul des poids (effectifs)
 103
 104     makepoids <- function(classeuce, poids) {
 105         cl1 <- 0
 106         cl2 <- 1
 107         for (i in 1:nbt) {
 108             cl1 <- cl1 + 2
 109             cl2 <- cl2 + 2
 110             poids[cl1 - 1] <- length(which(classeuce[,i] == cl1))
 111             poids[cl2 - 1] <- length(which(classeuce[,i] == cl2))
 112         }
 113         poids
 114     }
 115
 116 #       makepoids<-function(classeuce,poids) {
 117 #           for (classes in 2:(tcl + 1)){
 118 #                   for (i in 1:ncol(classeuce)) {
 119 #                       if (poids[(classes-1)]<length(classeuce[,i][classeuce[,i]==classes])) {
 120 #                           poids[(classes-1)]<-length(classeuce[,i][classeuce[,i]==classes])
 121 #                       }
 122 #                   }
 123 #           }
 124 #           poids
 125 #       }
 126     print('make poids')
 127         poids1<-vector(mode='integer',length = tcl)
 128         poids1<-makepoids(classeuce1,poids1)
 129         if (classif_mode==0) {
 130                 poids2<-vector(mode='integer',length = tcl)
 131                 poids2<-makepoids(classeuce2,poids2)
 132         } else {
 133                 poids2<-poids1
 134         }
 135
 136     print('croisement classif')
 137
 138 #    croise=matrix(ncol=tcl,nrow=tcl)
 139 #
 140 #    docroise <- function(croise, classeuce1, classeuce2) {
 141 #       #production du tableau de contingence
 142 #       for (i in 1:ncol(classeuce1)) {
 143 #           #poids[i]<-length(classeuce1[,i][x==classes])
 144 #           for (j in 1:ncol(classeuce2)) {
 145 #                   tablecroise<-table(classeuce1[,i],classeuce2[,j])
 146 #                   tabcolnames<-as.numeric(colnames(tablecroise))
 147 #                   #tabcolnames<-c(tabcolnames[(length(tabcolnames)-1)],tabcolnames[length(tabcolnames)])
 148 #                   tabrownames<-as.numeric(rownames(tablecroise))
 149 #                   #tabrownames<-c(tabrownames[(length(tabrownames)-1)],tabrownames[length(tabrownames)])
 150 #                   for (k in (ncol(tablecroise)-1):ncol(tablecroise)) {
 151 #                       for (l in (nrow(tablecroise)-1):nrow(tablecroise)) {
 152 #                           croise[(tabrownames[l]-1),(tabcolnames[k]-1)]<-tablecroise[l,k]
 153 #                       }
 154 #                   }
 155 #           }
 156 #       }
 157 #        croise
 158 #    }
 159     croise <- croiseeff( matrix(ncol=tcl,nrow=tcl), classeuce1, classeuce2)
 160     if (classif_mode == 0) {ind <- (nbcl * 2)} else {ind <- nbcl}
 161         if (mincl==0){
 162                 mincl<-round(nrow(classeuce1)/ind)
 163         }
 164         if (mincl<3){
 165                 mincl<-3
 166         }
 167     print(mincl)
 168         #print('table1')
 169         #print(croise)
 170         #tableau des chi2 signes
 171     print('croise chi2')
 172         #chicroise<-croise
 173
 174 #    nr <- nrow(classeuce1)
 175 #    newchicroise <- function(croise, mincl, nr, poids1, poids2) {
 176 #        chicroise <- croise
 177 #        chicroise[which(croise < mincl)] <- 0
 178 #        tocompute <- which(chicroise > 0, arr.ind = TRUE)
 179 #        for (i in 1:nrow(tocompute)) {
 180 #            chitable <- matrix(ncol=2,nrow=2)
 181 #            chitable[1,1] <- croise[tocompute[i,1],  tocompute[i,2]]
 182 #            chitable[1,2] <- poids1[tocompute[i,1]] - chitable[1,1]
 183 #            chitable[2,1] <- poids2[tocompute[i,2]] - chitable[1,1]
 184 #            chitable[2,2] <- nr - poids2[tocompute[i,2]] - chitable[1,2]
 185 #            chitest<-chisq.test(chitable,correct=FALSE)
 186 #            chicroise[tocompute[i,1],  tocompute[i,2]] <- ifelse(chitable[1,1] > chitest$expected[1,1], round(chitest$statistic,digits=7), -round(chitest$statistic,digits=7))
 187 #        }
 188 #        chicroise
 189 #    }
 190 #
 191
 192
 193         dochicroise <- function(croise, mincl) {
 194         chicroise <- croise
 195         for (i in 1:nrow(croise)) {
 196                 for (j in 1:ncol(croise)) {
 197                     if (croise[i,j]==0) {
 198                         chicroise[i,j]<-0
 199                     } else if (croise[i,j]<mincl) {
 200                         chicroise[i,j]<-0
 201                     } else {
 202                         chitable<-matrix(ncol=2,nrow=2)
 203                         chitable[1,1]<-croise[i,j]
 204                         chitable[1,2]<-poids1[i]-chitable[1,1]
 205                         chitable[2,1]<-poids2[j]-chitable[1,1]
 206                         chitable[2,2]<-nrow(classeuce1)-poids2[j]-chitable[1,2]
 207                         chitest<-chisq.test(chitable,correct=FALSE)
 208                         if ((chitable[1,1]-chitest$expected[1,1])<0) {
 209                             chicroise[i,j]<--round(chitest$statistic,digits=7)
 210                         } else {
 211                             chicroise[i,j]<-round(chitest$statistic,digits=7)
 212                 #print(chitest)
 213                         }
 214                     }
 215                 }
 216             }
 217         chicroise
 218     }
 219     chicroise <- dochicroise(croise, mincl)
 220     print('fin croise')
 221         #print(chicroise)
 222         #determination des chi2 les plus fort
 223         chicroiseori<-chicroise
 224
 225     doxy <- function(chicroise) {
 226         listx <- NULL
 227         listy <- NULL
 228         listxy <- which(chicroise > 3.84, arr.ind = TRUE)
 229         #print(listxy)
 230         val <- chicroise[which(chicroise > 3.84)]
 231         ord <- order(val, decreasing = TRUE)
 232         listxy <- listxy[ord,]
 233         #for (i in 1:nrow(listxy)) {
 234         #    if ((!listxy[,2][i] %in% listx) & (!listxy[,1][i] %in% listy)) {
 235         #        listx <- c(listx, listxy[,2][i])
 236         #        listy <- c(listy, listxy[,1][i])
 237         #    }
 238         #}
 239         xy <- list(x = listxy[,2], y = listxy[,1])
 240         xy
 241     }
 242     xy <- doxy(chicroise)
 243     print(xy)
 244     listx <- xy$x
 245     listy <- xy$y
 246
 247 #       maxi<-vector()
 248 #       chimax<-vector()
 249 #       for (i in 1:tcl) {
 250 #           maxi[i]<-which.max(chicroise)
 251 #           chimax[i]<-chicroise[maxi[i]]
 252 #           chicroise[maxi[i]]<-0
 253 #       }
 254 #       testpres<-function(x,listcoord) {
 255 #           for (i in 1:length(listcoord)) {
 256 #                   if (x==listcoord[i]) {
 257 #                       return(-1)
 258 #                   } else {
 259 #                       a<-1
 260 #                   }
 261 #           }
 262 #           a
 263 #       }
 264 #       c.len=nrow(chicroise)
 265 #       r.len=ncol(chicroise)
 266 #       listx<-c(0)
 267 #       listy<-c(0)
 268 #       rang<-0
 269 #       cons<-list()
 270 #       #on garde une valeur par ligne / colonne
 271 #       for (i in 1:length(maxi)) {
 272 #       #coordonnées de chi2 max
 273 #        #coord <- arrayInd(maxi[i], dim(chicroise))
 274 #        #x.co <- coord[1,2]
 275 #        #y.co <- coord[1,1]
 276 #           x.co<-ceiling(maxi[i]/c.len)
 277 #           y.co<-maxi[i]-(x.co-1)*c.len
 278 #        #print(x.co)
 279 #        #print(y.co)
 280 #        #print(arrayInd(maxi[i], dim(chicroise)))
 281 #           a<-testpres(x.co,listx)
 282 #           b<-testpres(y.co,listy)
 283 #
 284 #           if (a==1) {
 285 #                       if (b==1) {
 286 #                           rang<-rang+1
 287 #                           listx[rang]<-x.co
 288 #                           listy[rang]<-y.co
 289 #                       }
 290 #           }
 291 #           cons[[1]]<-listx
 292 #           cons[[2]]<-listy
 293 #       }
 294         #pour ecrire les resultats
 295         for (i in 1:length(listx)) {
 296             txt<-paste(listx[i]+1,listy[i]+1,sep=' ')
 297             txt<-paste(txt,croise[listy[i],listx[i]],sep=' ')
 298             txt<-paste(txt,chicroiseori[listy[i],listx[i]],sep=' ')
 299             print(txt)
 300         }
 301
 302         #colonne de la classe
 303         #trouver les filles et les meres
 304         trouvefillemere<-function(classe,chd) {
 305             unique(unlist(chd[chd[,classe%/%2]==classe,]))
 306         }
 307
 308
 309 #----------------------------------------------------------------------
 310     findbestcoord <- function(classeuce1, classeuce2) {
 311         #fillemere1 <- NULL
 312         #fillemere2 <- NULL
 313
 314         #fillemere1 <- unique(classeuce1)
 315         #if (classif_mode == 0) {
 316         #    fillemere2 <- unique(classeuce2)
 317         #} else {
 318         #    fillemere2 <- fillemere1
 319         #}
 320
 321         #
 322         listcoordok <- list()
 323         maxcl <- 0
 324         nb <- 0
 325         lf1 <- addallfille(chd1$list_fille)
 326         if (classif_mode == 0) {
 327             lf2 <- addallfille(chd2$list_fille)
 328         } else {
 329             lf2 <- lf1
 330         }
 331         lme1 <- chd1$list_mere
 332         if (classif_mode == 0) {
 333             lme2 <- chd2$list_mere
 334         } else {
 335             lme2 <- lme1
 336         }
 337         for (first in 1:length(listx)) {
 338             coordok <- NULL
 339             f1 <- NULL
 340             f2 <- NULL
 341             listxp<-listx
 342             listyp<-listy
 343
 344             #listxp<-listx[first:length(listx)]
 345             #listxp<-c(listxp,listx[1:(first-1)])
 346             #listyp<-listy[first:length(listy)]
 347             #listyp<-c(listyp,listy[1:(first-1)])
 348             listxp <- listxp[order(listx, decreasing = TRUE)]
 349             listyp <- listyp[order(listx, decreasing = TRUE)]
 350             #listxp<-c(listxp[first:length(listx)], listx[1:(first-1)])
 351             #listyp<-c(listyp[first:length(listy)], listy[1:(first-1)])
 352             for (i in 1:length(listx)) {
 353                 if( (!(listxp[i]+1) %in% f1) & (!(listyp[i]+1) %in% f2) ) {
 354                     #print(listyp[i]+1)
 355                     #print('not in')
 356                     #print(f2)
 357                     coordok <- rbind(coordok, c(listyp[i] + 1,listxp[i] + 1))
 358                     #print(c(listyp[i] + 1,listxp[i] + 1))
 359                     un1 <- getfillemere(lf2, chd2$list_mere, listxp[i] + 1)
 360                     f1 <- c(f1, un1)
 361                     f1 <- c(f1, listxp[i] + 1)
 362                     un2 <- getfillemere(lf1, chd1$list_mere, listyp[i] + 1)
 363                     f2 <- c(f2, un2)
 364                     f2 <- c(f2, listyp[i] + 1)
 365                 }
 366                 #print(coordok)
 367             }
 368             #if (nrow(coordok) > maxcl) {
 369                 nb <- 1
 370             #    listcoordok <- list()
 371                 listcoordok[[nb]] <- coordok
 372             #    maxcl <- nrow(coordok)
 373             #} else if (nrow(coordok) == maxcl) {
 374                 nb <- nb + 1
 375             #    listcoordok[[nb]] <- coordok
 376             #}
 377         }
 378         listcoordok <- unique(listcoordok)
 379         print(listcoordok)
 380         best <- 1
 381         if (length(listcoordok) > 1) {
 382             maxchi <- 0
 383             for (i in 1:length(listcoordok)) {
 384                 chi <- NULL
 385                 uce <- NULL
 386                 for (j in 1:nrow(listcoordok[[i]])) {
 387                     chi<-c(chi,croise[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 388                     uce<-c(uce,chicroiseori[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 389                 }
 390                 if (maxchi < sum(chi)) {
 391                     maxchi <- sum(chi)
 392                     suce <- sum(uce)
 393                     best <- i
 394                 }
 395             }
 396         print(suce/nrow(classeuce1))
 397         }
 398         listcoordok[[best]]
 399     }
 400 #---------------------------------------------------------------------------------
 401         #pour trouver une valeur dans une liste
 402         #is.element(elem, list)
 403         #== elem%in%list
 404     oldfindbestcoord <- function(listx, listy) {
 405         coordok<-NULL
 406         trouvecoordok<-function(first) {
 407             fillemere1<-NULL
 408             fillemere2<-NULL
 409             listxp<-listx
 410             listyp<-listy
 411             listxp<-listx[first:length(listx)]
 412             listxp<-c(listxp,listx[1:(first-1)])
 413             listyp<-listy[first:length(listy)]
 414             listyp<-c(listyp,listy[1:(first-1)])
 415             for (i in 1:length(listxp)) {
 416                 if (!(listxp[i]+1)%in%fillemere1) {
 417                         if (!(listyp[i]+1)%in%fillemere2) {
 418                             coordok<-rbind(coordok,c(listyp[i]+1,listxp[i]+1))
 419                             fillemere1<-c(fillemere1,trouvefillemere(listxp[i]+1,chd2$n1))
 420                             fillemere2<-c(fillemere2,trouvefillemere(listyp[i]+1,chd1$n1))
 421                         }
 422                }
 423             }
 424             coordok
 425         }
 426     #fonction pour trouver le nombre maximum de classes
 427         findmaxclasse<-function(listx,listy) {
 428             listcoordok<-list()
 429             maxcl<-0
 430             nb<-1
 431             for (i in 1:length(listy)) {
 432                         coordok<-trouvecoordok(i)
 433                         if (maxcl <= nrow(coordok)) {
 434                             maxcl<-nrow(coordok)
 435                             listcoordok[[nb]]<-coordok
 436                             nb<-nb+1
 437                         }
 438             }
 439             listcoordok<-unique(listcoordok)
 440             print(listcoordok)
 441                 #si plusieurs ensemble avec le meme nombre de classe, on conserve
 442                 #la liste avec le plus fort chi2
 443             if (length(listcoordok)>1) {
 444                     maxchi<-0
 445                     best<-NULL
 446                     for (i in 1:length(listcoordok)) {
 447                         chi<-NULL
 448                         uce<-NULL
 449                         if (nrow(listcoordok[[i]])==maxcl) {
 450                             for (j in 1:nrow(listcoordok[[i]])) {
 451                                 chi<-c(chi,croise[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 452                                 uce<-c(uce,chicroiseori[(listcoordok[[i]][j,1]-1),(listcoordok[[i]][j,2]-1)])
 453                             }
 454                             if (maxchi < sum(chi)) {
 455                                 maxchi <- sum(chi)
 456                                 suce <- sum(uce)
 457                                 best <- i
 458                             }
 459                         }
 460                     }
 461             }
 462             print((maxchi/nrow(classeuce1)*100))
 463             listcoordok[[best]]
 464         }
 465         print('cherche max')
 466             coordok<-findmaxclasse(listx,listy)
 467             coordok
 468     }
 469         #findmaxclasse(listx,listy)
 470         #coordok<-trouvecoordok(1)
 471     #coordok <- oldfindbestcoord(listx, listy)
 472     coordok <- findbestcoord(listx, listy)
 473
 474
 475         lfilletot<-function(classeuce,x) {
 476             listfille<-NULL
 477             for (classe in 1:nrow(coordok)) {
 478                         listfille<-unique(c(listfille,fille(coordok[classe,x],classeuce)))
 479                         listfille
 480             }
 481         }
 482     print('listfille')
 483         listfille1<-lfilletot(classeuce1,1)
 484         listfille2<-lfilletot(classeuce2,2)
 485
 486         #utiliser rownames comme coordonnees dans un tableau de 0
 487         Assignclasse<-function(classeuce,x) {
 488             nchd<-matrix(0,ncol=ncol(classeuce),nrow=nrow(classeuce))
 489             for (classe in 1:nrow(coordok)) {
 490                         clnb<-coordok[classe,x]
 491                         colnb<-clnb%/%2
 492             nchd[which(classeuce[,colnb]==clnb), colnb:ncol(nchd)] <- classe
 493             }
 494             nchd
 495         }
 496         print('commence assigne new classe')
 497         nchd1<-Assignclasse(classeuce1,1)
 498         if (classif_mode==0) {
 499                 nchd2<-Assignclasse(classeuce2,2)
 500         } else {
 501                 nchd2<-nchd1
 502     }
 503         print('fini assign new classe')
 504         #croisep<-matrix(ncol=nrow(coordok),nrow=nrow(coordok))
 505     nchd2[which(nchd1[,ncol(nchd1)]==0),] <- 0
 506     nchd2[which(nchd1[,ncol(nchd1)]!=nchd2[,ncol(nchd2)]),] <- 0
 507     nchd1[which(nchd2[,ncol(nchd2)]==0),] <- 0
 508
 509         print('fini croise')
 510         elim<-which(nchd1[,ncol(nchd1)]==0)
 511         keep<-which(nchd1[,ncol(nchd1)]!=0)
 512         n1<-nchd1[nchd1[,ncol(nchd1)]!=0,]
 513         n2<-nchd2[nchd2[,ncol(nchd2)]!=0,]
 514         #clnb<-nrow(coordok)
 515         print('fini')
 516         write.csv2(nchd1[,ncol(nchd1)],uceout)
 517         res <- list(n1 = nchd1, coord_ok = coordok, cuce1 = classeuce1, cuce2 = classeuce2)
 518         res
 519 }