compatibility R 4.0
[iramuteq] / Rscripts / date_ok.R
1
2
3 load('mariagepourtousnov-jui_corpus_corpus_1/mariagepourtousnov-jui_corpus_alceste_2/RData.RData')
4 load('mariagegaynov-jui_corpus_corpus_1/mariagegaynov-jui_corpus_alceste_3/RData.RData')
5 load('mariagehomonov-jui_corpus_corpus_1/mariagehomonov-jui_corpus_alceste_2/RData.RData')
6
7 dpt <- chistabletot[tc,]
8 #dpt <- chistabletot[debet:nrow(chistabletot),]
9 dd <-rownames(dpt)
10 dd <- strptime(dd, "*date_%Y-%m-%d")
11 dd <- strptime(dd, "%Y-%m-%d")
12 dd <- cbind(as.character(dd), dpt)
13 dd <- dd[order(dd[,1]),]
14 dd <- add.missing.date(dd,c.dates = 1, datedeb=c(07,11,2012), datefin=c(31,07,2013))
15
16 #tot <- afctable[debet:nrow(afctable),]
17 tot <- afctable[tc,]
18 tt <- rownames(tot)
19 tt <- strptime(tt, "*date_%Y-%m-%d")
20 tt <- strptime(tt, "%Y-%m-%d")
21 tt <- cbind(as.character(tt), tot)
22 tt <- tt[order(tt[,1]),]
23 tt <- add.missing.date(tt, c.dates = 1, datedeb=c(07,11,2012), datefin=c(31,07,2013))
24
25 rn <- tt[,1]
26 tt <- tt[,-1]
27 tt <- apply(tt, 2, as.numeric)
28 rownames(tt) <- rn
29 tcp <- rowSums(tt)
30 ptc <- tcp/sum(tcp)
31
32 ptt <- prop.table(as.matrix(tt), 1)
33
34 tcl <- table(classes)
35 z <- which(names(tcl)=="0")
36 if (length(z) != 0) {tcl <- tcl[-z]}
37 tclp <- tcl/sum(tcl)
38
39
40
41 rn <- dd[,1]
42 dd <- dd[,-1]
43 dd <- apply(dd,2, as.numeric)
44 rownames(dd) <- rn
45
46
47
48 library(ape)
49
50
51 tree1 <- tree.cut1$tree.cl
52 tree1 <- compute.brlen(tree1)
53 tree1 <- as.hclust(tree1)
54
55
56
57 dd <- t(dd)
58
59 cc <- dd
60 cc[which(dd <= (-3.84))] <- 1
61 cc[which((dd > (-3.84)) & (dd < 3.84))] <- 2
62 cc[which(dd >= 3.84)] <- 3
63 library(RColorBrewer)
64 #col <- brewer.pal(3, 'Reds')
65 #col <- c('red', 'green', 'blue')
66 col <- c('black', 'black', 'red')
67 col <- c('white', 'white', 'blue')
68 col <- col[cc]
69
70
71 clod <- rev(as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label))
72
73 heatmap(as.matrix(dd[as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label),]), Colv=NA, Rowv=as.dendrogram(tree1), col=col)
74
75 png('cl_dates_homo.png', h=1000, w=2500)
76 alphas <- seq(0,1, length.out=length(breaks))
77 #par(mfrow=c(nrow(dd),1))
78 par(mar=c(3,3,3,3))
79 layout(matrix(c(rep(1,nrow(dd)),c(2:(nrow(dd)+1)),c(rep(nrow(dd)+2, nrow(dd)))),ncol=3), heights=tclp[clod], widths=c(0.05,0.92,0.03))
80 par(mar=c(0,0,0,0))
81 plot.phylo(tree.cut1$tree.cl,label.offset=0.1)
82 for (i in clod) {
83     print(i)
84     par(mar=c(0,0,0,0))
85     lcol <- cut(dd[i,], breaks, include.lowest=TRUE)
86     ulcol <- names(table(lcol))
87     lcol <- as.character(lcol)
88     for (j in 1:length(ulcol)) {
89         lcol[which(lcol==ulcol[j])] <- j
90     }
91     lcol <- as.numeric(lcol)
92
93     #lcol[which(lcol <= 9)] <- 1
94
95     mcol <- rainbow(nrow(dd))[i]
96     last.col <- NULL
97     for (k in alphas) {
98         last.col <- c(last.col, rgb(r=col2rgb(mcol)[1]/255, g=col2rgb(mcol)[2]/255, b=col2rgb(mcol)[3]/255, a=k))
99     }
100     print(last.col)
101
102     barplot(rep(1,ncol(dd)), width=ptc, names.arg=FALSE, axes=FALSE, col=last.col[lcol], border=rgb(r=0, g=0, b=0, a=0.3))
103 #val2col(dd[i,], col=heat.colors(30)), border=NA)
104 }
105 plot.new()
106 legend('right', as.character(lk), fill=last.col)
107
108 dev.off()
109
110
111 layout(matrix(c(rep(1,nrow(dd)),c(2:(nrow(dd)+1)),c(rep(nrow(dd)+2, nrow(dd)))),ncol=3), heights=tclp[clod], widths=c(0.05,0.92,0.03))
112 par(mar=c(0,0,0,0))
113 plot.phylo(tree.cut1$tree.cl,label.offset=0.1)
114 ncol <- rainbow(nrow(dd))
115 for (i in clod) {
116     print(i)
117     par(mar=c(0,0,0,0))
118     barplot(dd[i,], width=ptc, names.arg=FALSE, axes=FALSE, col=ncol[i])
119 }
120
121
122
123
124 vcol <- rainbow(nrow(dd))
125 ncoli <- dd
126 for (i in 1:nrow(dd)) {
127     lcol <- cut(dd[1,], breaks, include.lowest=TRUE)
128     ulcol <- names(table(lcol))
129     lcol <- as.character(lcol)
130     rlcol <- rank()
131     for (i in 1:length(ulcol)) {
132         lcol[which(lcol==ulcol[i])] <- i
133     }
134     lcol <- as.numeric(lcol)
135     for (j in 1:ncol(dd)) {
136         if (dd[i,j] < 3.84) {
137             ncoli[i,j] <- rgb(r=col2rgb(vcol[i])[1]/255, g=col2rgb(vcol[i])[2]/255, b=col2rgb(vcol[i])[3]/255, a=0.2)
138         } else {
139             ncoli[i,j] <- rgb(r=col2rgb(vcol[i])[1]/255, g=col2rgb(vcol[i])[2]/255, b=col2rgb(vcol[i])[3]/255, a=1)
140         }
141     }
142 }
143
144 barplot(t(ptt)[as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label),], col=rainbow(ncol(ptt))[as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label)], width=ptc, las=3, space=0.05, cex.axis=0.7, border=NA)
145
146 layout(matrix(c(1:nrow(ptt)), nrow=1),  widths=ptc)
147 od <- as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label)
148 colod = rainbow(ncol(ptt))[od]
149 for (i in 1:ncol(ptt)) {
150     par(mar=c(0,0,0,0))
151     barplot(as.matrix(ptt[i,od], ncol=1), col=colod, axes=FALSE)
152 }
153
154 k <- 1e-02
155 lcol <- NULL
156 lk <- k
157 for (i in 1:5) {
158     lcol <- c(lcol, qchisq(1-k,1))
159     k <- k/10
160     lk <- c(lk,k)
161 }
162 lcol <- c(3.84, lcol)
163 lcol <- c(-Inf,lcol)
164 lcol <- c(lcol, Inf)
165 lk <- c(0.05,lk)
166 #lcol <- c(-rev(lcol), lcol)
167 #lk <- c(-rev(lk), lk)
168 #lcol <- c(min(dd), lcol)
169 #lk <- c(1, lk)
170 #breaks <- c(lcol, max(dd))
171 breaks <- lcol
172
173 lcol <- cut(dd[1,], breaks)
174 ulcol <- names(table(lcol))
175 lcol <- as.character(lcol)
176 for (i in 1:length(ulcol)) {
177     lcol[which(lcol==ulcol[i])] <- i
178 }
179 lcol <- as.numeric(lcol)
180
181
182 make.chi <- function(x) {
183     rs <- rowSums(x)
184     cs <- colSums(x)
185     n <- sum(x)
186     
187 }
188
189
190
191 select.chi.classe <- function(tablechi, nb, active = TRUE) {
192     rowkeep <- NULL
193     if (active & !is.null(debsup)) {
194         print(debsup)
195         print('###############################################################@')
196         tablechi <- tablechi[1:(debsup-1),]
197     } else if (!active & !is.null(debsup)) {
198         tablechi <- tablechi[debsup:(debet-1),]
199     }
200     if (nb > nrow(tablechi)) {
201         nb <- nrow(tablechi)
202     }
203     for (i in 1:ncol(tablechi)) {
204         rowkeep <- append(rowkeep,order(tablechi[,i], decreasing = TRUE)[1:nb])
205     }
206     rowkeep <- unique(rowkeep)
207     rowkeep
208 }
209
210
211 plot.dendro.cloud <- function(tree, classes, chisqtable, nbbycl = 60, type.dendro = "phylogram", max.cex=2, min.cex=0.3, from.cmd = FALSE, bw = FALSE, lab = NULL, do.cloud=FALSE) {
212     library(wordcloud)
213     library(ape)
214     classes<-classes[classes!=0]
215         classes<-as.factor(classes)
216         sum.cl<-as.matrix(summary(classes, maxsum=1000000))
217         sum.cl<-(sum.cl/colSums(sum.cl)*100)
218         sum.cl<-round(sum.cl,2)
219         sum.cl<-cbind(sum.cl,as.matrix(100-sum.cl[,1]))
220     sum.cl <- sum.cl[,1]
221     tree.order<- as.numeric(tree$tip.label)
222         vec.mat<-NULL
223
224         for (i in 1:length(sum.cl)) vec.mat<-append(vec.mat,1)
225         v<-2
226         for (i in 1:length(sum.cl)) {
227                 vec.mat<-append(vec.mat,v)
228                 v<-v+1
229         }
230         if (!do.cloud) {
231         layout(matrix(vec.mat,length(sum.cl),2), heights=tclp[clod], widths=c(0.15,0.85))
232         } else {
233                 row.keep <- select.chi.classe(chisqtable, nbbycl)
234                 toplot <- chisqtable[row.keep,]
235                 lclasses <- list()
236                 for (classe in 1:length(sum.cl)) {
237                         ntoplot <- toplot[,classe]
238                         ntoplot <- ntoplot[order(ntoplot, decreasing = TRUE)]
239                         ntoplot <- round(ntoplot, 0)
240                         ntoplot <- ntoplot[1:nbbycl]
241                         ntoplot <- ntoplot[order(ntoplot)]
242                         #ntoplot <- ifelse(length(ntoplot) > nbbycl, ntoplot[1:nbbycl], ntoplot)
243                         lclasses[[classe]] <- ntoplot
244                 }
245                 sup.keep <- select.chi.classe(chisqtable, nbbycl, active = FALSE)
246                 toplot.sup <- chisqtable[debsup:(debet+1),]
247                 toplot.sup <- toplot.sup[sup.keep, ]
248                 lsup <- list()
249                 for (classe in 1:length(sum.cl)) {
250                         ntoplot <- toplot.sup[,classe]
251                         ntoplot <- ntoplot[order(ntoplot, decreasing = TRUE)]
252                         ntoplot <- round(ntoplot, 0)
253                         ntoplot <- ntoplot[1:nbbycl]
254                         ntoplot <- ntoplot[order(ntoplot)]
255                         #ntoplot <- ifelse(length(ntoplot) > nbbycl, ntoplot[1:nbbycl], ntoplot)
256                         lsup[[classe]] <- ntoplot
257                 }
258         layout(matrix(c(rep(1,nrow(dd)),c(2:(nrow(dd)+1)),c((nrow(dd)+2):(2*nrow(dd)+1)), c((2*nrow(dd)+2):(3*nrow(dd)+1))),ncol=4), heights=tclp[clod], widths=c(0.05,0.05,0.05, 0.85))
259         }
260         
261     if (! bw) {
262         col <- rainbow(length(sum.cl))[as.numeric(tree$tip.label)]
263         colcloud <- rainbow(length(sum.cl))
264     }
265     par(mar=c(0,0,0,0))
266     label.ori<-tree[[2]]
267     if (!is.null(lab)) {
268         tree$tip.label <- lab
269     } else {
270             tree[[2]]<-paste('classe ',tree[[2]])
271     }
272         plot.phylo(tree,label.offset=0.1,tip.col=col, type=type.dendro)
273         if (do.cloud) {
274             for (i in rev(tree.order)) {
275                 par(mar=c(0,0,1,0),cex=0.9)
276                 wordcloud(names(lclasses[[i]]), lclasses[[i]], scale = c(max.cex, min.cex), random.order=FALSE, colors = colcloud[i])
277             }
278             for (i in rev(tree.order)) {
279                 par(mar=c(0,0,1,0),cex=0.9)
280                 wordcloud(names(lsup[[i]]), lsup[[i]], scale = c(max.cex, min.cex), random.order=FALSE, colors = colcloud[i])
281             }
282         }
283
284     for (i in rev(tree.order)) {    
285         par(mar=c(0,0,0,0))
286         lcol <- cut(dd[i,], breaks, include.lowest=TRUE)
287         ulcol <- names(table(lcol))
288         lcol <- as.character(lcol)
289         for (j in 1:length(ulcol)) {
290             lcol[which(lcol==ulcol[j])] <- j
291         }
292         lcol <- as.numeric(lcol)
293     
294         #lcol[which(lcol <= 9)] <- 1
295     
296         mcol <- rainbow(nrow(dd))[i]
297         last.col <- NULL
298         for (k in alphas) {
299             last.col <- c(last.col, rgb(r=col2rgb(mcol)[1]/255, g=col2rgb(mcol)[2]/255, b=col2rgb(mcol)[3]/255, a=k))
300         }
301         print(last.col)
302     
303         barplot(rep(1,ncol(dd)), width=ptc, names.arg=FALSE, axes=FALSE, col=last.col[lcol], border=rgb(r=0, g=0, b=0, a=0.3))
304
305     }
306 }
307
308
309 filename.to.svg <- function(filename) {
310         filename <- gsub('.png', '.svg', filename)
311         return(filename)
312 }
313
314 open_file_graph <- function (filename, width=800, height = 800, quality = 100, svg = FALSE) {
315         if (Sys.info()["sysname"] == 'Darwin') {
316         width <- width/74.97
317         height <- height/74.97
318         if (!svg) {
319                     quartz(file = filename, type = 'png', width = width, height = height)
320         } else {
321             svg(filename.to.svg(filename), width=width, height=height)
322         }
323         } else {
324         if (svg) {
325             svg(filename.to.svg(filename), width=width/74.97, height=height/74.97)
326         } else {
327                     png(filename, width=width, height=height)#, quality = quality)
328         }
329         }
330 }
331
332
333
334 open_file_graph('cl_cloud_dates_gay.png', height=900, width=2500, svg=TRUE)
335 plot.dendro.cloud(tree.cut1$tree.cl, classes, chistabletot, from.cmd=TRUE)
336
337 dev.off()