iramuteq.org Git - iramuteq/blob - Rscripts/pamtxt.R

   1 AssignClasseToUce<-function(listuce,chd) {
   2         out<-matrix(nrow=nrow(listuce),ncol=ncol(chd))
   3         for (i in 1:nrow(listuce)) {
   4                 for (j in 1:ncol(chd)) {
   5                         out[i,j]<-chd[(listuce[i,2]+1),j]
   6                 }
   7         }
   8         out
   9 }
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  13 pamtxt <- function(dm, listucein, uceout, method = 'binary', clust_type = 'pam', clnb = 3) {
  14         listuce <- read.csv2(listucein)
  15         x <- read.csv2(dm, header = FALSE)
  16         library(cluster)
  17         x <- as.matrix(x)
  18         distmat <- dist(x,method = method)
  19         if (clust_type == 'pam')
  20         cl <- pam(distmat, clnb, diss=TRUE)
  21         else if (clust_type == 'fanny')
  22                 cl <- fanny(distmat, clnb, diss=TRUE, memb.exp = 1.001)
  23         cld <- as.data.frame(cl$clustering)
  24         colnames(cld) <- 'classes'
  25     out <- as.data.frame(AssignClasseToUce(listuce,cld))
  26         write.csv2(out[,1],uceout)
  27         result <- list(uce = out, cl = cl)
  28         result
  29 }