translators
[iramuteq] / Rscripts / pamtxt.R
1 AssignClasseToUce<-function(listuce,chd) {
2         out<-matrix(nrow=nrow(listuce),ncol=ncol(chd))
3         for (i in 1:nrow(listuce)) {
4                 for (j in 1:ncol(chd)) {
5                         out[i,j]<-chd[(listuce[i,2]+1),j]
6                 }
7         }
8         out
9 }
10
11
12
13 pamtxt <- function(dm, listucein, uceout, method = 'binary', clust_type = 'pam', clnb = 3) {
14         listuce <- read.csv2(listucein)
15         x <- read.csv2(dm, header = FALSE)
16         library(cluster)
17         x <- as.matrix(x)
18         distmat <- dist(x,method = method)
19         if (clust_type == 'pam')
20         cl <- pam(distmat, clnb, diss=TRUE)
21         else if (clust_type == 'fanny')
22                 cl <- fanny(distmat, clnb, diss=TRUE, memb.exp = 1.001)
23         cld <- as.data.frame(cl$clustering)
24         colnames(cld) <- 'classes'
25     out <- as.data.frame(AssignClasseToUce(listuce,cld))
26         write.csv2(out[,1],uceout)
27         result <- list(uce = out, cl = cl)
28         result
29