new build profile
[iramuteq] / layout.py
1 #!/bin/env python
2 # -*- coding: utf-8 -*-
3 #Author: Pierre Ratinaud
4 #Copyright (c) 2008-2009 Pierre Ratinaud
5 #License: GNU/GPL
6
7 import os
8 import wx
9 import wx.lib.hyperlink as hl
10 import wx.lib.agw.aui as aui
11 import wx.lib.agw.labelbook as LB
12 from wx.lib.agw.fmresources import *
13 from chemins import ConstructPathOut, ChdTxtPathOut, FFF, ffr, PathOut, StatTxtPathOut, simipath
14 from ConfigParser import ConfigParser
15 from functions import ReadProfileAsDico, GetTxtProfile, read_list_file, ReadList, exec_rcode, print_liste, BugReport, DoConf, indices_simi, check_Rresult, progressbar, normpath_win32, TGen
16 from ProfList import ProfListctrlPanel
17 from guiparam3d import param3d, simi3d
18 from PrintRScript import write_afc_graph, print_simi3d, PrintSimiScript
19 from profile_segment import ProfileSegment
20 from functions import ReadList, launchcommand
21 from listlex import *
22 from Liste import *
23 from search_tools import SearchFrame
24 from dialog import PrefGraph, PrefExport, PrefSimpleFile, PrefDendro, SimpleDialog, ImageViewer
25 from guifunct import SelectColumn, PrepSimi, PrefSimi, redosimi
26 from webexport import WebExport
27 from corpus import Corpus
28 from sheet import MySheet
29 import datetime
30 import sys
31 import tempfile
32 from time import sleep
33 import shutil
34 import codecs
35 import logging
36 import gettext
37 from graph_to_json import GraphToJson
38 _ = gettext.gettext
39
40 log = logging.getLogger('iramuteq.layout')
41
42
43 class GraphPanelAfc(wx.Panel):
44     def __init__(self, parent, dico, list_graph, clnb, itempath = 'liste_graph_afc', coding = sys.getdefaultencoding()):
45         wx.Panel.__init__(self,parent)
46         self.afcnb = 1
47         self.clnb = clnb
48         self.Dict = dico
49         self.coding = coding
50         self.itempath = itempath
51         self.parent = self.GetParent()#parent
52         self.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "Arial"))
53         self.labels = []
54         self.listimg = []
55         self.buts = []
56         self.list_graph = list_graph
57         self.TabCHD = self.parent.GetParent()
58         self.nb = self.TabCHD.GetParent()
59         self.ira = self.nb.GetParent()
60         self.panel_1 = wx.ScrolledWindow(self, -1, style=wx.TAB_TRAVERSAL)
61         afc_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_afc.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
62         self.butafc = wx.BitmapButton(self, -1, afc_img)
63         self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.afc_graph, self.butafc)
64         self.dirout = os.path.dirname(self.Dict['ira'])
65         b = 0
66         todel = []
67         for i in range(0,len(list_graph)):
68             if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])) :
69                 filename, ext = os.path.splitext(list_graph[i][0])
70                 if ext == '.svg' or ext == '.html':
71                     self.listimg.append(hl.HyperLinkCtrl(self.panel_1, -1, os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), URL=os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])))
72                 else :
73                     self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), wx.BITMAP_TYPE_ANY), name=`i-b`))
74                     self.listimg[-1].Bind(wx.EVT_RIGHT_DOWN, self.onrightclick)
75                 if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0] + '_notplotted.csv')) :
76                     txt = _(u"List of not plotted points : ").decode('utf8') + '%s' % os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0] + '_notplotted.csv')
77                 else :
78                     txt = ''
79                 self.labels.append(wx.StaticText(self.panel_1, -1, list_graph[i][1] + txt))
80                 self.buts.append(wx.Button(self.panel_1, wx.ID_DELETE, name = `i - b`))
81             else :
82                 todel.append(i)
83                 b += 1
84         self.list_graph = [graph for i, graph in enumerate(self.list_graph) if i not in todel]
85
86         self.param = { 'typegraph' : 0,
87               'width' : 800,
88               'height' : 800,
89               'what' : 0,
90               'qui' : 0,
91               'do_select_nb' : 0,
92               'do_select_chi' : 0,
93               'do_select_chi_classe' : 0,
94               'select_nb' : 50,
95               'select_chi' : 4,
96               'nbchic' : 30,
97               'over' : 0,
98               'cex_txt' : 0,
99               'txt_min' : 5,
100               'txt_max' : 40,
101               'tchi' : 0,
102               'tchi_min' : 5,
103               'tchi_max' : 40,
104               'taillecar' : 9,
105               'facteur' : [1,2,3],
106               'alpha' : 10,
107               'clnb' : clnb,
108               'svg' : 0,
109                }
110
111         self.__set_properties()
112         self.__do_layout()
113
114     def __set_properties(self):
115         self.panel_1.EnableScrolling(True,True)
116         #self.panel_1.SetSize((1000,1000))
117         self.panel_1.SetScrollRate(20, 20)
118         self.panel_1.SetFocus()
119
120     def __do_layout(self):
121         self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
122         self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
123         self.sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
124         self.sizer_2.Add(self.butafc, 0, 0, 0)
125         for i in range(0, len(self.listimg)):
126             self.sizer_3.Add(self.listimg[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
127             self.sizer_3.Add(self.labels[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
128             self.sizer_3.Add(self.buts[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
129             self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.on_delete_image, self.buts[i])
130         self.panel_1.SetSizer(self.sizer_3)
131         self.sizer_2.Add(self.panel_1, 1, wx.EXPAND, 0)
132         self.SetSizer(self.sizer_2)
133
134     def on_delete_image(self, event) :
135         image_id = int(event.GetEventObject().GetName())
136         image_path = self.list_graph[image_id][0]
137         message = _(u'This file will be delete : ') + '%s.\n' % os.path.join(self.dirout, image_path) + _('Are you sure ?')
138         dial = wx.MessageDialog(self, message, style = wx.YES_NO)
139         res = dial.ShowModal()
140         if res == wx.ID_YES :
141             dial.Destroy()
142             log.info('delete image %i' % image_id)
143             oldimg = self.listimg.pop(image_id)
144             oldimg.Destroy()
145             oldlab = self.labels.pop(image_id)
146             oldlab.Destroy()
147             oldbut = self.buts.pop(image_id)
148             oldbut.Show(False)
149             for i, but in enumerate(self.buts) :
150                 but.SetName(`i`)
151                 self.listimg[i].SetName(`i`)
152             todel = self.list_graph.pop(image_id)
153             os.remove(os.path.join(self.dirout, todel[0]))
154             print_liste(self.Dict[self.itempath], self.list_graph)
155             self.sizer_3.Fit(self.panel_1)
156             self.Layout()
157         else :
158             dial.Destroy()
159
160     def onrightclick(self, event):
161         image_id = int(event.GetEventObject().GetName())
162         image_path = self.list_graph[image_id][0]
163         viewer = ImageViewer(self, {'tmpgraph' : os.path.join(self.dirout,image_path), 'svg': 'FALSE', 'wildcard': '*.*'}, self.labels[image_id].GetLabelText(), self.listimg[image_id].GetSize())
164         viewer.Show()
165         #print image_path
166         #print self.labels[image_id].GetLabelText()
167
168     def afc_graph(self,event):
169         #dirout = os.path.dirname(self.Dict['ira'])
170         dial = PrefGraph(self.parent,-1,self.param,'')
171         dial.CenterOnParent()
172         val = dial.ShowModal()
173         if val == wx.ID_OK :
174             if dial.choix_format.GetSelection() == 0 :
175                 svg = 0
176             else :
177                 svg = 1
178             typegraph = dial.choicetype.GetSelection()
179             if svg :
180                 typefile = '.svg'
181             else :
182                 typefile = '.png'
183             if self.clnb <= 3 and typegraph == 1 :
184                 typegraph = 2
185             if typegraph == 2:
186                 typefile = '.gexf'
187             if typegraph == 3 :
188                 typefile = ''
189             while os.path.exists(os.path.join(self.dirout,'graph_afc_'+str(self.afcnb)+typefile)):
190                 self.afcnb +=1
191             self.fileout = ffr(os.path.join(self.dirout,'graph_afc_'+str(self.afcnb)+typefile))
192
193             self.param = {'typegraph' : typegraph,
194                           'width' : dial.spin1.GetValue(),
195                           'height' : dial.spin2.GetValue(),
196                           'what' : dial.choice1.GetSelection(),
197                           'qui' : dial.choice2.GetSelection(),
198                           'do_select_nb' : dial.check1.GetValue(),
199                           'do_select_chi' : dial.check2.GetValue(),
200                           'do_select_chi_classe' : dial.check_chic.GetValue(),
201                           'select_nb' : dial.spin_nb.GetValue(),
202                           'select_chi' : dial.spin_chi.GetValue(),
203                           'nbchic' : dial.spin_nbchic.GetValue(),
204                           'over' : dial.check3.GetValue(),
205                           'cex_txt' : dial.check4.GetValue(),
206                           'txt_min' : dial.spin_min.GetValue(),
207                           'txt_max' : dial.spin_max.GetValue(),
208                           'tchi' : dial.check_tchi.GetValue(),
209                           'tchi_min' : dial.spin_min_tchi.GetValue(),
210                           'tchi_max' : dial.spin_max_tchi.GetValue(),
211                           'taillecar' : dial.spin3.GetValue(),
212                           'facteur' : [dial.spin_f1.GetValue(),dial.spin_f2.GetValue(), dial.spin_f3.GetValue()],
213                           'clnb' : self.clnb,
214                           'film' : str(dial.film.GetValue()).upper(),
215                           'alpha' : dial.slider_sphere.GetValue(),
216                           'svg' : svg
217                         }
218             self.nb.parent = self.ira
219             self.DictPathOut = self.Dict
220             self.RscriptsPath = self.ira.RscriptsPath
221             txt = """
222             load("%s")
223             """ % ffr(self.DictPathOut['RData'])
224             if self.itempath == 'liste_graph_afcf' :
225                 txt += """
226                 afc <- afcf
227                 afc_table <- afcf_table
228                 chistabletot <- specfp
229                 """
230             elif self.itempath == 'liste_graph_afct' :
231                 txt +="""
232                 afc <- afct
233                 afc_table <- afct_table
234                 chistabletot <- spectp
235                 """
236             txt += write_afc_graph(self)
237             filetmp = tempfile.mktemp()
238             with open(filetmp, 'w') as f :
239                 f.write(txt)
240             pid = exec_rcode(self.ira.RPath, filetmp)
241             check_Rresult(self.ira, pid)
242             if self.param['typegraph'] != 1 :
243                 txt = 'Variables '
244                 if self.param['qui'] == 0 : value = u'actives'
245                 if self.param['qui'] == 1 : value = u'supplémentaires'
246                 if self.param['qui'] == 2 : value = u'étoilées'
247                 if self.param['qui'] == 3 : value = u'classes'
248                 txt += value + ' - '
249                 if self.param['what'] == 0 : value = u'Coordonnées'
250                 if self.param['what'] == 1 : value = u'Corrélations'
251                 txt += value + u' - facteur %i / %i' % (self.param['facteur'][0], self.param['facteur'][1])
252                 if self.param['do_select_nb'] : txt += u' - sélection de %i variables' % self.param['select_nb']
253                 if self.param['do_select_chi'] : txt += u' - sélection des variables avec chi2 > %i ' % self.param['select_chi']
254                 if self.param['over'] : txt += u' - Eviter les recouvrements'
255                 if self.param['cex_txt'] : txt += u' - taille du texte proportionnel à la masse'
256                 if self.param['tchi'] : txt += u' - taille du texte proportionnel au chi2 d\'association'
257                 #list_graph = read_list_file(self.DictPathOut[self.itempath], self.coding)
258                 if self.param['svg'] :
259                     filename, ext = os.path.splitext(self.fileout)
260                     self.fileout = filename + '.svg'
261                 if self.param['typegraph'] == 2 :
262                     parametres = {'gexffile' :  self.fileout,
263                                   'titre': 'Le titre',
264                                   'nodemin': self.param['txt_min'],
265                                   'nodemax': self.param['txt_max'],
266                                   'bargraphw' : 60*int(self.param['clnb']),
267                     }
268                     web = WebExport(self.ira, parametres)
269                     self.fileout = web.exportafc()
270                 if self.param['typegraph'] == 3 :
271                     fileout = os.path.join(os.path.basename(self.fileout), 'index.html')
272                 else :
273                     fileout = os.path.basename(self.fileout)
274                 self.list_graph.append([fileout, txt])
275                 print_liste(self.DictPathOut[self.itempath], self.list_graph)
276                 if self.param['svg'] or self.param['typegraph'] == 2:
277                     self.listimg.append(hl.HyperLinkCtrl(self.panel_1, -1, self.fileout, URL=self.fileout))
278                 elif self.param['typegraph'] == 3 :
279                     fileout = os.path.join(self.fileout,'index.html')
280                     self.listimg.append(hl.HyperLinkCtrl(self.panel_1, -1, fileout, URL=fileout))
281                 else :
282                     self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(self.fileout, wx.BITMAP_TYPE_ANY), name=`len(self.list_graph) - 1`))
283                     self.listimg[-1].Bind(wx.EVT_RIGHT_DOWN, self.onrightclick)
284                 self.sizer_3.Add( self.listimg[-1], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
285                 self.labels.append(wx.StaticText(self.panel_1,-1, txt))
286                 self.sizer_3.Add(self.labels[-1], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
287                 self.buts.append(wx.Button(self.panel_1, wx.ID_DELETE, name = `len(self.list_graph) - 1`))
288                 self.sizer_3.Add(self.buts[-1], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
289                 self.sizer_3.Fit(self.panel_1)
290                 self.Layout()
291
292                 self.panel_1.Scroll(0,self.panel_1.GetScrollRange(wx.VERTICAL))
293 #             elif self.param['typegraph'] == 2 :
294 #                 parametres = {'gexffile' :  self.fileout,
295 #                               'titre': 'Le titre',
296 #                               'nodemin': self.param['txt_min'],
297 #                               'nodemax': self.param['txt_max'],
298 #                               'bargraphw' : 60*int(self.param['clnb']),
299 #                 }
300 #                 web = WebExport(self.ira, parametres)
301 #                 afcout = web.exportafc()
302 #                 dial = SimpleDialog(self.ira)
303 #                 dial.link.SetLabel(afcout)
304 #                 dial.link.SetURL(afcout)
305 #                 dial.Layout()
306 #                 dial.ShowModal()
307
308
309 class GraphPanel(wx.ScrolledWindow):
310     def __init__(self, parent, dico, list_graph, txt = '', style = wx.TAB_TRAVERSAL):
311         wx.ScrolledWindow.__init__(self, parent, style = style)
312         self.Dict = dico
313         self.txt = txt
314         self.parent = parent
315         self.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "Arial"))
316         self.labels = []
317         self.listimg = []
318         self.dirout = os.path.dirname(self.Dict['ira'])
319         self.deb = wx.StaticText(self, -1, txt)
320         for i in range(0,len(list_graph)):
321             if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])) :
322                 filename, ext = os.path.splitext(list_graph[i][0])
323                 if ext == '.svg' :
324                     self.listimg.append(hl.HyperLinkCtrl(self, -1, os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), URL=os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])))
325                 else :
326                     self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self, -1, wx.Bitmap(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), wx.BITMAP_TYPE_ANY)))
327                 self.labels.append(wx.StaticText(self, -1, list_graph[i][1]))
328         self.Bind(wx.EVT_MOTION, self.onMouseMove)
329         self.__set_properties()
330         self.__do_layout()
331
332     def __set_properties(self):
333         self.EnableScrolling(True,True)
334         self.SetScrollRate(20, 20)
335         self.SetFocus()
336
337
338     def __do_layout(self):
339         self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
340         self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
341         self.sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
342         self.sizer_1.Add(self.deb)
343         for i in range(0, len(self.listimg)):
344             self.sizer_1.Add(self.listimg[i], 1, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
345             self.sizer_1.Add(self.labels[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
346         self.sizer_2.Add(self.sizer_1, 1, wx.EXPAND, 0)
347         self.SetSizer(self.sizer_1)
348         self.sizer_1.Fit(self)
349
350     def onMouseMove(self, event):
351         self.SetFocus()
352
353
354 def open_antiprofil(panel, AntiProfile, encoding, title = _(u"Antiprofiles").decode('utf8'), translation = False, lems=None) :
355     if not translation :
356         DictAnti = ReadProfileAsDico(AntiProfile, True, encoding)
357     else :
358         DictAnti = AntiProfile
359     panel.AntiProfNB = aui.AuiNotebook(panel, -1, wx.DefaultPosition)
360     for i in range(0, panel.parametres['clnb']):
361         tabantiprofile = ProfListctrlPanel(panel.parent, panel, DictAnti[str(i + 1)], True, i + 1, translation = translation)
362         tabantiprofile.lems = lems
363         panel.AntiProfNB.AddPage(tabantiprofile, 'classe %s' % str(i + 1))
364     panel.TabChdSim.AddPage(panel.AntiProfNB, title)
365
366 def getlemgram(corpus, lem) :
367     if not lem[6] in corpus.lems :
368         return lem[5]
369     else :
370         return corpus.lems[lem[6]].gram
371
372 class OpenCHDS():
373     def __init__(self, parent, corpus, parametres, Alceste=False):
374         #sep = u'\n '
375         sep=' '
376         self.parent = parent
377         self.corpus = corpus
378         self.parametres = parametres
379         self.pathout = PathOut(parametres['ira'])
380         self.pathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
381         DictPathOut = self.pathout
382         self.DictPathOut = DictPathOut
383         self.dictpathout = DictPathOut
384         self.Alceste = Alceste
385
386         Profile = DictPathOut['PROFILE_OUT']
387         AntiProfile = DictPathOut['ANTIPRO_OUT']
388         self.encoding = self.parametres['encoding']
389         if isinstance(self.corpus, Corpus) :
390             self.corpus.make_ucecl_from_R(self.pathout['uce'])
391             corpname = self.corpus.parametres['corpus_name']
392         else :
393             corpname = self.corpus.parametres['matrix_name']
394             if os.path.exists(self.pathout['analyse.db']) :
395                 self.corpus.read_tableau(self.pathout['analyse.db'])
396
397         clnb = parametres['clnb']
398         dlg = progressbar(self, maxi = 4 + clnb)
399         self.clnb = clnb
400         print 'lecture des profils'
401         dlg.Update(2, _(u"Reading profiles").decode('utf8'))
402
403         DictProfile = ReadProfileAsDico(Profile, Alceste, self.encoding)
404         self.DictProfile = DictProfile
405         self.cluster_size = []
406         clusternames = {}
407         for i in range(0, clnb) :
408             clusternames[i] = ' '.join([u'%i' % (i + 1), _(u'Cluster').decode('utf8'),  u'%i' % (i + 1)])
409         if os.path.exists(self.pathout['classes_names.txt']) :
410             with codecs.open(self.pathout['classes_names.txt'], 'r', self.parent.syscoding) as f :
411                 clusternames_ = f.read()
412             clusternames_ =  dict([[i, ' '.join([`i + 1`, line])] for i, line in enumerate(clusternames_.splitlines())])
413             clusternames.update(clusternames_)
414         #print 'lecture des antiprofils'
415         #DictAnti = ReadProfileAsDico(self, AntiProfile, Alceste, self.encoding)
416
417         panel = wx.Panel(parent, -1)
418         sizer1 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
419
420         if os.path.exists(DictPathOut['pre_rapport']):
421             with codecs.open(DictPathOut['pre_rapport'], 'r', self.encoding) as f :
422                 txt = f.read()
423             self.debtext = txt
424         else :
425             self.debtext = ''
426 #       panel.chd_toolbar = wx.ToolBar(panel, -1, wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, wx.TB_FLAT | wx.TB_NODIVIDER)
427 #       panel.chd_toolbar.SetToolBitmapSize(wx.Size(16, 16))
428
429         if isinstance(self.corpus, Corpus) :
430             panel.corpus = self.corpus
431         else :
432             panel.tableau = self.corpus
433             #self.parent.tableau = panel.tableau
434         panel.dictpathout = self.DictPathOut
435         panel.pathout = self.DictPathOut
436         panel.parent = self.parent
437         panel.DictProfile = self.DictProfile
438         panel.cluster_size = self.cluster_size
439         panel.debtext = self.debtext
440
441 #       self.ID_rapport = wx.NewId()
442 #       #rap_img = wx.Image(os.path.join(self.parent.images_path,'icone_rap_16.png'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
443 #       #panel.chd_toolbar.AddLabelTool(self.ID_rapport, "rapport", rap_img, shortHelp=u"Produire le rapport", longHelp=u"Exporter un rapport en texte simple")
444 #       butrap = wx.Button(panel.chd_toolbar, self.ID_rapport, u"Rapport ")
445 #       panel.chd_toolbar.AddControl(butrap)
446 #
447 #       panel.chd_toolbar.Realize()
448 #       sizer1.Add(panel.chd_toolbar,0, wx.EXPAND, 5)
449
450         #self.TabChdSim = wx.aui.AuiNotebook(self.parent.nb, -1, wx.DefaultPosition)
451         notebook_flags =  aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE | aui.AUI_NB_TAB_EXTERNAL_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_FLOAT| wx.NO_BORDER
452         panel.TabChdSim = aui.AuiNotebook(panel, -1, wx.DefaultPosition)
453         #panel.TabChdSim = LB.LabelBook(panel, -1, agwStyle = INB_TOP|INB_SHOW_ONLY_TEXT|INB_FIT_LABELTEXT)
454         panel.TabChdSim.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
455         panel.TabChdSim.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
456         sizer1.Add(panel.TabChdSim,10, wx.EXPAND, 5)
457         panel.SetSizer(sizer1)
458         sizer1.Fit(panel)
459
460
461         if isinstance(self.corpus, Corpus) :
462             panel.TabChdSim.corpus = corpus
463             panel.TabChdSim.corpus.dictpathout = self.DictPathOut
464         else :
465             panel.TabChdSim.tableau = corpus
466             panel.TabChdSim.tableau.dictpathout = self.DictPathOut
467         panel.parametres = self.parametres
468         self.panel = panel
469
470         self.notenb = self.parent.nb.GetPageCount()
471
472
473         if os.path.exists(self.DictPathOut['liste_graph_chd']) :
474             list_graph = read_list_file(self.DictPathOut['liste_graph_chd'], self.encoding)
475             CHD = GraphPanelDendro(panel.TabChdSim, DictPathOut, list_graph, txt = self.debtext)
476             panel.TabChdSim.AddPage(CHD,'CHD')
477
478
479         #panel.ProfNB.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
480         #panel.ProfNB = LB.LabelBook(panel, -1, agwStyle = INB_LEFT|INB_SHOW_ONLY_TEXT|INB_FIT_LABELTEXT)
481         #panel.ProfNB = wx.Listbook(self.parent, -1, style = wx.BK_DEFAULT)
482         #panel.ProfNB = wx.Treebook(self.parent, -1, style = wx.BK_DEFAULT)
483         #self.ProfNB.SetTabCtrlHeight(100)
484         #panel.AntiProfNB = aui.AuiNotebook(panel, -1, wx.DefaultPosition)
485         if os.path.exists(DictPathOut['prof_seg']) :
486             prof_seg = ReadProfileAsDico(DictPathOut['prof_seg'], False, self.encoding)
487             self.prof_seg_nb = aui.AuiNotebook(panel, -1, wx.DefaultPosition)
488
489
490         panel.ProfNB = aui.AuiNotebook(panel, -1, wx.DefaultPosition)
491         notebook_flags |= aui.AUI_NB_WINDOWLIST_BUTTON
492         panel.ProfNB.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
493         for i in range(0, clnb):
494             self.cluster_size.append(DictProfile[str(i + 1)][0][0:3])
495             if isinstance(self.corpus, Corpus) :
496                 DictProfile[str(i + 1)][1:] = [val[0:5] + [getlemgram(self.corpus, val)] + val[6:] for val in DictProfile[str(i + 1)][1:]]
497             dlg.Update(3+i, 'Classe %i' %(i+1))
498             ind = '/'.join(DictProfile[str(i + 1)][0][0:2]).strip()
499             indpour = '\n'.join([ind, DictProfile[str(i + 1)][0][2]])
500             self.tabprofile = ProfListctrlPanel(self.parent, self.panel, DictProfile[str(i + 1)], Alceste, i + 1)
501             #self.tabantiprofile = ProfListctrlPanel(self.parent, self, DictAnti[str(i + 1)], Alceste, i + 1)
502             panel.ProfNB.AddPage(self.tabprofile, clusternames[i] + '\n%s%%' % indpour, True)
503             panel.ProfNB.SetPageTextColour(i, '#890909')
504             panel.ProfNB.SetRenamable(i, True)
505             #panel.AntiProfNB.AddPage(self.tabantiprofile, 'classe %s' % str(i + 1))
506             if os.path.exists(DictPathOut['prof_seg']) :
507                 self.tab_prof_seg = ProfListctrlPanel(self.parent, self, prof_seg[str(i + 1)], False, i + 1)
508                 self.prof_seg_nb.AddPage(self.tab_prof_seg, _(u"Cluster").decode('utf8') + ' %i' % (i + 1))
509         panel.ProfNB.SetSelection(0)
510
511         if clnb > 2 :
512             self.TabAFC = aui.AuiNotebook(panel.TabChdSim, -1, wx.DefaultPosition)
513             log.info('read AFC')
514             list_graph=read_list_file(DictPathOut['liste_graph_afc'], self.encoding)
515             self.tabAFCGraph = GraphPanelAfc(self.TabAFC, DictPathOut, list_graph, self.clnb, coding=self.encoding)
516             self.TabAFC.AddPage(self.tabAFCGraph, _(u"CA").decode('utf8'))
517
518             if os.path.exists(self.DictPathOut['afc_facteur']) :
519                 dictrow, first = ReadList(self.DictPathOut['afc_facteur'], self.encoding)
520                 self.TabAFC_facteur = ListForSpec(self.parent, parametres, dictrow, first[1:])
521                 #dictrow, first = ReadList(self.DictPathOut['afc_row'], self.encoding)
522                 #self.TabAFC_ligne = ListForSpec(self.parent, self.parametres, dictrow, first)
523                 #dictrow, first = ReadList(self.DictPathOut['afc_col'], self.encoding)
524                 #self.TabAFC_colonne = ListForSpec(parent, self.parametres, dictrow, first)
525                 self.TabAFC.AddPage(self.TabAFC_facteur, _(u"Factor").decode('utf8'))
526                 #self.TabAFC.AddPage(self.TabAFC_colonne, u'Colonnes')
527                 #self.TabAFC.AddPage(self.TabAFC_ligne, u'Lignes')
528
529             sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
530             self.parent.nb_panel_2 = wx.Panel(panel.TabChdSim, -1)
531             self.parent.button_simi = wx.Button(self.parent.nb_panel_2, -1, "Voyager")
532             self.parent.simi3dpanel = simi3d(self.parent.nb_panel_2, -1)
533             sizer_3.Add(self.parent.simi3dpanel, 1, wx.EXPAND, 0)
534             sizer_3.Add(self.parent.button_simi, 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
535             self.parent.nb_panel_2.SetSizer(sizer_3)
536             self.TabAFC.AddPage(self.parent.nb_panel_2, _(u"3D graph").decode('utf8'))
537             self.parent.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onsimi, self.parent.button_simi)
538
539         panel.TabChdSim.AddPage(panel.ProfNB, _(u"Profiles").decode('utf8'))
540         #panel.TabChdSim.AddPage(panel.AntiProfNB, 'Antiprofils')
541         dlg.Update(4 + self.clnb, 'Affichage...')
542         if clnb > 2 :
543             panel.TabChdSim.AddPage(self.TabAFC, _(u"CA").decode('utf8'))
544         if os.path.exists(DictPathOut['prof_seg']) :
545             panel.TabChdSim.AddPage(self.prof_seg_nb, _(u"Repeated segments profiles").decode('utf8'))
546
547 #       panel.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.ongetrapport, id = self.ID_rapport)
548         if os.path.exists(os.path.join(self.parametres['pathout'], 'tgenchi2.csv')) :
549             self.parametres['tgenspec'] = os.path.join(self.parametres['pathout'], 'tgenchi2.csv')
550             TgenLayout(panel)
551
552         if os.path.exists(self.dictpathout['translations.txt']) :
553             with codecs.open(self.dictpathout['translations.txt'], 'r', 'utf8') as f:
554                 translist = f.read()
555             translist = [line.split('\t') for line in translist.splitlines()]
556             for line in translist :
557                 self.opentrans(line)
558
559         panel.TabChdSim.SetSelection(0)
560         self.parent.nb.AddPage(panel, _(u"Clustering").decode('utf8') + ' - %s' % corpname)
561         self.parent.ShowTab(True)
562         self.parent.nb.SetSelection(self.parent.nb.GetPageCount() - 1)
563         #for pane in self.parent._mgr.GetAllPanes() :
564         #     if isinstance(pane.window, aui.AuiNotebook):
565         #         nb = pane.window
566         #         nb.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
567         #         nb.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
568         dlg.Destroy()
569
570
571         self.parent._mgr.Update()
572
573     def opentrans(self, trans) :
574         prof = ReadProfileAsDico(self.dictpathout[trans[0]], False, 'utf8')
575         with codecs.open(self.dictpathout[trans[1]], 'r', 'utf8') as f :
576             lems = f.read()
577         lems = [line.split('\t') for line in lems.splitlines()]
578         lems = dict(lems)
579         open_antiprofil(self.panel, prof, 'utf8', title = trans[0], translation=True, lems=lems)
580         self.panel.lems = lems
581         self.panel.TabChdSim.SetSelection(self.panel.TabChdSim.GetPageCount() - 1)
582
583     def onsimi(self,event):
584         outfile = print_simi3d(self)
585         error = exec_rcode(self.parent.RPath, outfile, wait = True)
586
587     def onclusterstat(self, evt) :
588         dial = PrefSimpleFile(self, self.parent, **{'mask' : '*.csv', 'title': 'Stat par classe'})
589         dial.fbb.SetValue( os.path.join(os.path.dirname(self.corpus.dictpathout['ira']), 'stat_par_classe.csv'))
590         dial.CenterOnParent()
591         res = dial.ShowModal()
592         if res == wx.ID_OK :
593             fileout = dial.fbb.GetValue()
594             dial.Destroy()
595             self.corpus.get_stat_by_cluster(fileout)
596             msg = u"Fini !"
597             dlg = wx.MessageDialog(self.parent, msg, _(u"Stat by cluster").decode('utf8'), wx.OK | wx.ICON_INFORMATION)
598             dlg.CenterOnParent()
599             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK :
600                 dlg.Destroy()
601
602     #def onsearchf(self, evt) :
603     #    if 'FrameSearch' not in dir(self.panel) :
604     #        self.panel.FrameSearch = SearchFrame(self.parent, -1, u"Rechercher...", self.corpus)
605     #    self.panel.FrameSearch.Show()
606
607 def PrintRapport(self, corpus, parametres, istxt = True):
608     sep = '\n'
609     txt = """
610 +-+-+-+-+-+-+-+-+
611 |i|R|a|M|u|T|e|Q| - %s
612 +-+-+-+-+-+-+-+-+
613
614
615 """ % datetime.datetime.now().ctime()
616     if istxt :
617         totocc = corpus.gettotocc()
618         txt += ': '.join([_(u'Number of texts').decode('utf8'),  u'%i%s' % (corpus.getucinb(), sep)])
619         txt += ': '.join([_(u'Number of text segments').decode('utf8'),  '%i%s' % (corpus.getucenb(), sep)])
620         txt += ': '.join([_(u'Number of forms').decode('utf8'), '%i%s' % (len(corpus.formes), sep)])
621         txt += ': '.join([_(u'Number of occurrences').decode('utf8'), '%i%s' % (totocc, sep)])
622         #txt += u'moyenne d\'occurrences par forme: %f%s' % (float(totocc) / float(len(self.corpus.formes)), sep)
623         txt += ': '.join([_(u'Number of lemmas').decode('utf8'), '%i%s' % (len(corpus.lems), sep)])
624         txt += ': '.join([_(u'Number of active forms').decode('utf8'), '%i%s' % (corpus.getactivesnb(1), sep)])
625         txt += ': '.join([_(u'Number of supplementary forms').decode('utf8'), '%i%s' % (corpus.getactivesnb(2), sep)])
626         txt += ' >= '.join([_(u'Number of active forms with a frequency').decode('utf8'), '%i: %i%s' % (parametres['eff_min_forme'], parametres['nbactives'], sep)])
627         txt += ': '.join([_(u'Mean of forms by segment').decode('utf8'), '%f%s' % (float(totocc) / float(corpus.getucenb()), sep)])
628         if 'tailleuc1' in parametres :
629             if parametres['classif_mode'] == 0 :
630                 txt += ': '.join([_(u'Size of rst1 / rst2').decode('utf8'), '%i / %i - %i / %i%s' % (parametres['tailleuc1'], parametres['tailleuc2'], parametres['lenuc1'], parametres['lenuc2'], sep)])
631     else :
632         self.Ucenb = self.nbind
633         txt += ': '.join([_(u'Number of lines').decode('utf8'), '%i%s' % (self.nbind, sep)])
634         txt += ': '.join([_(u'Number of clusters').decode('utf8'), '%i%s' % (self.clnb, sep)])
635     if istxt :
636         txt += ': '.join([_(u'Number of clusters').decode('utf8'), '%i%s' % (parametres['clnb'], sep)])
637         if parametres['classif_mode'] == 0 or parametres['classif_mode'] == 1 :
638             txt += ' '.join(['%i' % sum([len(cl) for cl in corpus.lc]), _(u'segments classified on').decode('utf8'), '%i (%.2f%%)%s' % (corpus.getucenb(), (float(sum([len(cl) for cl in corpus.lc])) / float(corpus.getucenb())) * 100, sep)])
639         elif self.parametres['classif_mode'] == 2 :
640             txt += ' '.join([u'%i' % sum([len(cl) for cl in corpus.lc]), _(u'texts classified on').decode('utf8'), '%i (%.2f%%)%s' % (corpus.getucinb(), (float(sum([len(cl) for cl in corpus.lc]))) / float(corpus.getucinb()) * 100, sep)])
641     else :
642         txt += ' '.join(['%i' % self.ucecla, _(u'line classified on').decode('utf8'), '%i (%.2f%%)%s' % (self.Ucenb, (float(self.ucecla) / float(self.Ucenb)) * 100, sep)])
643
644     txt += ''.join([sep, u'###########################', sep, _(u'time').decode('utf8'), ' : %s' % parametres.get('time', ''), sep, u'###########################', sep])
645
646     with open(self.pathout['pre_rapport'], 'w') as f :
647         f.write(txt)
648
649
650 class SashList(wx.Panel) :
651     def __init__(self, parent) :
652         wx.Panel.__init__(self, parent, -1)
653         self.parent=parent
654         winids = []
655         #self.gparent=gparent
656         #self.dlist=dlist
657         #self.first = first
658         #self.menu = menu
659         # A window to the left of the client window
660         #self.listlex = listlex
661         self.leftwin1 =  wx.SashLayoutWindow(
662                 self, -1, wx.DefaultPosition, (200, 300),
663                 wx.NO_BORDER|wx.SW_3D
664                 )
665
666         self.leftwin1.SetDefaultSize((120, 1000))
667         self.leftwin1.SetOrientation(wx.LAYOUT_VERTICAL)
668         self.leftwin1.SetAlignment(wx.LAYOUT_LEFT)
669         self.leftwin1.SetBackgroundColour(wx.Colour(0, 255, 0))
670         self.leftwin1.SetSashVisible(wx.SASH_RIGHT, True)
671         self.leftwin1.SetExtraBorderSize(10)
672
673         #textWindow = wx.TextCtrl(
674         #                leftwin1, -1, "", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize,
675         #                wx.TE_MULTILINE|wx.SUNKEN_BORDER
676         #                )
677
678         #textWindow.SetValue("A sub window")
679
680         self.leftWindow1 = self.leftwin1
681         winids.append(self.leftwin1.GetId())
682
683         rightwin1 =  wx.SashLayoutWindow(
684                 self, -1, wx.DefaultPosition, (200, 300),
685                 wx.NO_BORDER|wx.SW_3D
686                 )
687
688         rightwin1.SetDefaultSize((120, 1000))
689         rightwin1.SetOrientation(wx.LAYOUT_VERTICAL)
690         rightwin1.SetAlignment(wx.LAYOUT_LEFT)
691         rightwin1.SetBackgroundColour(wx.Colour(0, 255, 0))
692         rightwin1.SetSashVisible(wx.SASH_RIGHT, True)
693         rightwin1.SetExtraBorderSize(10)
694         #textWindow = wx.TextCtrl(
695         #                leftwin1, -1, "", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize,
696         #                wx.TE_MULTILINE|wx.SUNKEN_BORDER
697         #                )
698
699         #textWindow.SetValue("A sub window")
700
701         self.rightwin1 = rightwin1
702         winids.append(rightwin1.GetId())
703
704 class TgenLayout :
705     def __init__(self, page):
706         self.page = page
707         parametres = self.page.parametres
708         ira = wx.GetApp().GetTopWindow()
709         tgenpath = os.path.join(parametres['pathout'], 'tgen.csv')
710         self.page.tgens, etoiles =  ReadList(parametres['tgenspec'], ira.syscoding, sep="\t")
711         tgen = TGen(path = tgenpath, encoding = parametres['encoding'])
712         tgen.read()
713         tgenlempath = os.path.join(parametres['pathout'], 'tgenlemchi2.csv')
714         if os.path.exists(tgenlempath) :
715             self.page.parametres['tgenlemspec'] = tgenlempath
716             self.page.tgenlem, etoiles = ReadList(self.page.parametres['tgenlemspec'], ira.syscoding, sep="\t")
717         tgentab = False
718         gparent = None
719         if 'TabChdSim' in dir(page) :
720             page = page.TabChdSim
721         for i in range(page.GetPageCount()) :
722             tab = page.GetPage(i)
723             if 'gparent' in dir(tab) :
724                 if tab.gparent is not None :
725                     gparent = tab.gparent
726             if 'tgen' in dir(tab) :
727                 if tab.tgen :
728                     tgentab = tab
729                     break
730
731         if tgentab :
732             self.page.tgentab.RefreshData(self.page.tgens)
733             self.page.tgentab.tgens = tgen.tgen
734             self.page.tgentab.tgenlem = self.page.tgenlem
735             page.SetSelection(i)
736         else :
737             self.page.tgentab = ListForSpec(ira, gparent, self.page.tgens, etoiles[1:])
738             self.page.tgentab.tgen = True
739             self.page.tgentab.tgens = tgen.tgen
740             if os.path.exists(tgenlempath) :
741                 self.page.tgentab.tgenlem = self.page.tgenlem
742             page.AddPage(self.page.tgentab, _(u'Tgens Specificities').decode('utf8'))
743             page.SetSelection(page.GetPageCount() - 1)
744
745 class dolexlayout :
746     def __init__(self, ira, corpus, parametres):
747         self.pathout = PathOut(dirout = parametres['pathout'])
748         self.corpus = corpus
749         self.dictpathout = StatTxtPathOut(parametres['pathout'])
750         #self.corpus.read_corpus_from_shelves(self.corpus.dictpathout['db'])
751         self.parent = ira
752         self.encoding = self.corpus.parametres['syscoding']
753         self.parametres = parametres
754
755         self.DictSpec, first = ReadList(self.dictpathout['tablespecf'], self.corpus.parametres['syscoding'])
756         if os.path.exists(self.pathout['banalites.csv']) :
757             self.dictban, firstban = ReadList(self.pathout['banalites.csv'], self.corpus.parametres['syscoding'])
758         self.DictType, firstt = ReadList(self.dictpathout['tablespect'], self.corpus.parametres['syscoding'])
759         self.DictEff, firsteff = ReadList(self.dictpathout['tableafcm'], self.corpus.parametres['syscoding'])
760         self.DictEffType, firstefft = ReadList(self.dictpathout['tabletypem'], self.corpus.parametres['syscoding'])
761         self.DictEffRelForme, firsteffrelf = ReadList(self.dictpathout['eff_relatif_forme'], self.corpus.parametres['syscoding'])
762         self.DictEffRelType, firsteffrelt = ReadList(self.dictpathout['eff_relatif_type'], self.corpus.parametres['syscoding'])
763         self.etoiles = firsteff[1:]
764         #sash = SashList(ira.nb)
765
766
767         self.TabStat = aui.AuiNotebook(ira.nb, -1, wx.DefaultPosition)
768         self.TabStat.parametres = parametres
769         self.ListPan = ListForSpec(ira, self, self.DictSpec, self.etoiles)
770         if os.path.exists(self.pathout['banalites.csv']) :
771             self.listban = ListForSpec(ira, self, self.dictban, ['eff'] + self.etoiles, usefirst = True)
772         #self.ListPan2 = ListForSpec(sash.rightwin1, self, self.DictSpec, first)
773         self.ListPant = ListForSpec(ira, self, self.DictType, self.etoiles)
774         self.ListPanEff = ListForSpec(ira, self, self.DictEff, self.etoiles)
775         self.ListPanEffType = ListForSpec(ira, self, self.DictEffType, self.etoiles)
776         self.ListPanEffRelForme = ListForSpec(ira, self, self.DictEffRelForme, self.etoiles)
777         self.ListPanEffRelType = ListForSpec(ira, self, self.DictEffRelType, self.etoiles)
778
779         self.TabStat.AddPage(self.ListPan, _(u'Forms').decode('utf8'))
780         if os.path.exists(self.pathout['banalites.csv']) :
781             self.TabStat.AddPage(self.listban, _(u'Banal forms').decode('utf8'))
782         self.TabStat.AddPage(self.ListPant, _(u'POS').decode('utf8'))
783         self.TabStat.AddPage(self.ListPanEff, _(u'Forms frequencies').decode('utf8'))
784         self.TabStat.AddPage(self.ListPanEffType, _(u'POS frequencies').decode('utf8'))
785         self.TabStat.AddPage(self.ListPanEffRelForme, _(u'Forms relative frequencies').decode('utf8'))
786         self.TabStat.AddPage(self.ListPanEffRelType, _(u'POS relative frequencies').decode('utf8'))
787         if self.parametres['clnb'] > 2 :
788             self.TabAFC = aui.AuiNotebook(self.TabStat, -1, wx.DefaultPosition)
789             list_graph=read_list_file(self.dictpathout['liste_graph_afcf'], encoding = self.encoding)
790             self.tabAFCGraph = GraphPanelAfc(self.TabAFC, self.dictpathout, list_graph, self.parametres['clnb'], itempath ='liste_graph_afcf', coding = self.encoding)
791             self.TabAFC.AddPage(self.tabAFCGraph, _(u'CA forms').decode('utf8'))
792             list_graph=read_list_file(self.dictpathout['liste_graph_afct'], encoding = self.encoding)
793             self.tabAFCTGraph = GraphPanelAfc(self.TabAFC, self.dictpathout, list_graph, self.parametres['clnb'], itempath ='liste_graph_afct', coding=self.encoding)
794             self.TabAFC.AddPage(self.tabAFCTGraph, _(u'CA POS').decode('utf8'))
795             self.TabStat.AddPage(self.TabAFC, _(u'CA').decode('utf8'))
796
797         ira.nb.AddPage(self.TabStat, ' - '.join([_(u'Specificities').decode('utf8'), self.parametres['name']]))
798         self.ira = ira
799
800         self.TabStat.corpus = self.corpus
801         self.TabStat.etoiles = self.etoiles
802         if os.path.exists(os.path.join(self.parametres['pathout'], 'tgenspec.csv')) :
803             self.parametres['tgenspec'] = os.path.join(self.parametres['pathout'], 'tgenspec.csv')
804             TgenLayout(self.TabStat)
805         self.TabStat.SetSelection(0)
806         ira.nb.SetSelection(self.parent.nb.GetPageCount() - 1)
807         ira.ShowAPane("Tab_content")
808
809 class StatLayout:
810     def __init__(self, ira, corpus, parametres):
811         self.pathout = PathOut(dirout = parametres['pathout'])
812         self.corpus = corpus
813         self.ira = ira
814         self.read_result()
815         self.parametres = parametres
816         self.TabStat = aui.AuiNotebook(ira.nb, -1, wx.DefaultPosition)
817         self.TabStat.parametres = parametres
818         self.TabStat.corpus = corpus
819         self.TabStat.pathout = self.pathout
820 #        CHD = GraphPanel(panel.TabChdSim, DictPathOut, list_graph, txt = self.debtext)
821         #      panel.TabChdSim.AddPage(CHD,'CHD')
822
823         #self.TabStatTot = wx.TextCtrl(self.TabStat, -1, style=wx.NO_BORDER | wx.TE_MULTILINE | wx.TE_RICH2)
824         list_graph = [['zipf.png', 'zipf']]
825         self.TabStatTot = GraphPanel(ira.nb, self.pathout, list_graph, self.result['glob'])
826         self.TabStat.AddPage(self.TabStatTot, _(u'Abstract').decode('utf8'))
827
828         dictlabel = {'total' : _(u'Total').decode('utf8'),
829                      u'formes_actives' : _(u'Actives forms').decode('utf8'),
830                      u'formes_supplémentaires': _(u'Supplementary forms').decode('utf8'),
831                      u'hapax' : _(u'Hapax').decode('utf8'),
832                      }
833
834         for item in self.result:
835             if item != 'glob':
836                 datam = [['forme', 'nb']]
837                 self.ListPan = ListPanel(ira, self, self.result[item])
838                 self.TabStat.AddPage(self.ListPan, dictlabel[item])
839         ira.nb.AddPage(self.TabStat, '%s' % parametres['name'])
840         ira.nb.SetSelection(ira.nb.GetPageCount() - 1)
841         ira.ShowAPane("Tab_content")
842
843     def read_result(self) :
844         lcle = {'total' :u'total.csv', u'formes_actives':u'formes_actives.csv', u'formes_supplémentaires':u'formes_supplémentaires.csv', u'hapax': u'hapax.csv'}
845         self.result = {}
846         for key in lcle :
847             with codecs.open(self.pathout[lcle[key]], 'r', sys.getdefaultencoding()) as f :
848                 self.result[key] = [line.split(';') for line in f.read().splitlines()]
849                 self.result[key] = dict([[i,[line[0],int(line[1]), line[2]]] for i, line in enumerate(self.result[key])])
850         with open(self.pathout['glob.txt'], 'r') as f :
851             self.result['glob'] = f.read()
852
853 class GraphPanelDendro(wx.Panel):
854     def __init__(self,parent, dico, list_graph, txt=False):
855         wx.Panel.__init__(self,parent)
856         self.graphnb = 1
857         self.dictpathout = dico
858         self.dirout = os.path.dirname(self.dictpathout['ira'])
859         self.list_graph = list_graph
860         self.parent = self.GetParent()#parent
861         self.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "Arial"))
862         self.labels = []
863         self.listimg = []
864         self.tabchd = self.parent.GetParent()
865         self.ira = self.tabchd.GetParent()
866         self.panel_1 = wx.ScrolledWindow(self, -1, style=wx.TAB_TRAVERSAL)
867         self.panel_1.SetBackgroundColour('white')
868         self.deb = wx.StaticText(self.panel_1, -1, txt)
869         dendro_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'but_dendro.png'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
870         dendro_liste_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'but_dendro_liste.png'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
871         dendro_cloud_img= wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'but_dendro_cloud.png'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
872         self.butdendro = wx.BitmapButton(self, -1, dendro_img)
873         self.butdendrotexte = wx.BitmapButton(self, -1, dendro_liste_img)
874         self.butdendrocloud = wx.BitmapButton(self, -1, dendro_cloud_img)
875
876         for i in range(0,len(list_graph)):
877             if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])) :
878                 filename, ext = os.path.splitext(list_graph[i][0])
879                 if ext == '.svg' :
880                     self.listimg.append(hl.HyperLinkCtrl(self.panel_1, -1, os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), URL=os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])))
881                 else :
882                     self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), wx.BITMAP_TYPE_ANY)))
883                 self.labels.append(wx.StaticText(self.panel_1, -1, list_graph[i][1]))
884
885         self.__set_properties()
886         self.__do_layout()
887
888     def __set_properties(self):
889         self.panel_1.EnableScrolling(True,True)
890         #self.panel_1.SetSize((1000,1000))
891         self.panel_1.SetScrollRate(20, 20)
892         self.panel_1.SetFocus()
893         self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.ondendro, self.butdendro)
894         self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.ondendrotexte, self.butdendrotexte)
895         self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.ondendrocloud, self.butdendrocloud)
896         self.param = {'width' : 700,
897                        'height': 500,
898                        'type_dendro': 0,
899                        'color_nb': 0,
900                        'taille_classe' : True,
901                        'type_tclasse' : 0,
902                        'svg' : 0
903                      }
904         self.type_dendro = [ u"phylogram", u"cladogram", u"fan", u"unrooted", u"radial" ]
905
906     def __do_layout(self):
907         self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
908         self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
909         self.sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
910         self.sizer_3.Add(self.deb)
911         self.sizer_1.Add(self.butdendro, 0, 0, 0)
912         self.sizer_1.Add(self.butdendrotexte, 0, 0, 0)
913         self.sizer_1.Add(self.butdendrocloud, 0, 0, 0)
914
915         for i in range(0, len(self.listimg)):
916             self.sizer_3.Add(self.listimg[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
917             self.sizer_3.Add(self.labels[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
918         self.panel_1.SetSizer(self.sizer_3)
919         self.sizer_2.Add(self.sizer_1, 0, wx.EXPAND, 0)
920         self.sizer_2.Add(self.panel_1, 1, wx.EXPAND, 0)
921         self.SetSizer(self.sizer_2)
922
923     def make_param(self, dial):
924         self.param['width'] = dial.m_spinCtrl2.GetValue()
925         self.param['height'] = dial.m_spinCtrl1.GetValue()
926         self.param['type_dendro'] = dial.m_choice1.GetSelection()
927         self.param['svg'] = dial.choice_format.GetSelection()
928         if self.param['typedendro'] == 'classique' :
929             self.param['color_nb'] = dial.m_radioBox1.GetSelection()
930             self.param['taille_classe'] = dial.m_checkBox1.GetValue()
931             self.param['type_tclasse'] = dial.m_radioBox2.GetSelection()
932         if self.param.get('translation', False) :
933             if dial.trans.GetSelection() == 0 :
934                 del self.param['translation']
935             else :
936                 self.param['translation'] = self.param['translation'][dial.trans.GetSelection()-1][1]
937
938     def make_dendro(self, dendro = 'simple') :
939         if self.param['svg'] :
940             typefile = '.svg'
941         else :
942             typefile = '.png'
943         while os.path.exists(os.path.join(self.dirout, 'dendrogramme_' + str(self.graphnb)+typefile)) :
944             self.graphnb += 1
945         fileout = ffr(os.path.join(self.dirout,'dendrogramme_' + str(self.graphnb)+typefile))
946         width = self.param['width']
947         height = self.param['height']
948         type_dendro = self.type_dendro[self.param['type_dendro']]
949         if self.param['taille_classe'] :
950             tclasse = 'TRUE'
951         else :
952             tclasse = 'FALSE'
953         if self.param['color_nb'] == 0 :
954             bw = 'FALSE'
955         else :
956             bw = 'TRUE'
957         if self.param['type_tclasse'] == 0 :
958             histo='FALSE'
959         else :
960             histo = 'TRUE'
961         if self.param['svg'] :
962             svg = 'TRUE'
963         else :
964             svg = 'FALSE'
965         dendro_path = self.dictpathout['Rdendro']
966         classe_path = self.dictpathout['uce']
967         txt = """
968         library(ape)
969         load("%s")
970         source("%s")
971         classes <- read.csv2("%s", row.names=1)
972         classes <- classes[,1]
973         """ % (ffr(dendro_path), ffr(self.ira.RscriptsPath['Rgraph']),  ffr(classe_path))
974         if dendro == 'simple' :
975             txt += """
976             open_file_graph("%s", width=%i, height=%i, svg=%s)
977             plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl, classes, type.dendro="%s", histo=%s, bw=%s, lab=NULL, tclasse=%s)
978             """ % (ffr(fileout), width, height, svg, type_dendro, histo, bw, tclasse)
979         elif dendro == 'texte' :
980             txt += """
981             load("%s")
982             source("%s")
983             if (is.null(debsup)) {
984                 debsup <- debet
985             }
986             chistable <- chistabletot[1:(debsup-1),]
987             """ % (ffr(self.dictpathout['RData.RData']), ffr(self.ira.RscriptsPath['Rgraph']))
988             if self.param.get('translation', False) :
989                 txt += """
990                 rn <- read.csv2("%s", header=FALSE, sep='\t')
991                 rnchis <- row.names(chistable)
992                 commun <- intersect(rnchis, unique(rn[,2]))
993                 idrnchis <- sapply(commun, function(x) {which(rnchis==x)})
994                 idrn <- sapply(commun, function(x) {which(as.vector(rn[,2])==x)[1]})
995                 rownames(chistable)[idrnchis] <- as.vector(rn[idrn,1])
996                 """ % ffr(self.param['translation'])
997             txt += """
998             open_file_graph("%s", width=%i, height=%i, svg = %s)
999             plot.dendro.prof(tree.cut1$tree.cl, classes, chistable, nbbycl = 60, type.dendro="%s", bw=%s, lab=NULL)
1000             """ % (ffr(fileout), width, height, svg, type_dendro, bw)
1001         elif dendro == 'cloud' :
1002             txt += """
1003             load("%s")
1004             source("%s")
1005             if (is.null(debsup)) {
1006                 debsup <- debet
1007             }
1008             chistable <- chistabletot[1:(debsup-1),]
1009             open_file_graph("%s", width=%i, height=%i, svg=%s)
1010             plot.dendro.cloud(tree.cut1$tree.cl, classes, chistable, nbbycl = 300, type.dendro="%s", bw=%s, lab=NULL)
1011             """ % (ffr(self.dictpathout['RData.RData']), ffr(self.ira.RscriptsPath['Rgraph']), ffr(fileout), width, height, svg, type_dendro, bw)
1012
1013
1014         tmpfile = tempfile.mktemp()
1015         with open(tmpfile, 'w') as f :
1016             f.write(txt)
1017         busy = wx.BusyInfo(_("Please wait...").decode('utf8'), self.parent)
1018         wx.SafeYield()
1019         error = exec_rcode(self.ira.RPath, tmpfile, wait=True)
1020         del busy
1021         check_Rresult(self.ira, error)
1022         self.list_graph.append([fileout, 'Dendrogramme CHD1 - %s' %  type_dendro])
1023         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_chd'], self.list_graph)
1024         if self.param['svg'] :
1025             self.sizer_3.Add(hl.HyperLinkCtrl(self.panel_1, -1, fileout, URL=fileout), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1026         else :
1027             self.sizer_3.Add(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(fileout, wx.BITMAP_TYPE_ANY)), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1028         self.sizer_3.Add(wx.StaticText(self.panel_1,-1, 'Dendrogramme CHD1 - %s' %  type_dendro), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1029         self.sizer_3.Fit(self.panel_1)
1030         self.Layout()
1031         self.panel_1.Scroll(0,self.panel_1.GetScrollRange(wx.VERTICAL))
1032
1033
1034     def ondendro(self, evt):
1035         self.param['typedendro'] = 'classique'
1036         dial = PrefDendro(self.ira, self.param)
1037         val = dial.ShowModal()
1038         if val == wx.ID_OK :
1039             self.make_param(dial)
1040             self.make_dendro()
1041
1042     def ondendrotexte(self, evt):
1043         self.param['typedendro'] = 'texte'
1044         if os.path.exists(self.dictpathout['translations.txt']) :
1045             with codecs.open(self.dictpathout['translations.txt'], 'r', 'utf8') as f :
1046                 content = f.read()
1047             print content
1048             trans = [line.split('\t')[1] for line in content.splitlines()]
1049             trans = [[val, self.dictpathout[val]] for val in trans]
1050             self.param['translation'] = trans
1051         dial = PrefDendro(self.ira, self.param)
1052         val = dial.ShowModal()
1053         if val == wx.ID_OK :
1054             self.make_param(dial)
1055             self.make_dendro(dendro = 'texte')
1056
1057     def ondendrocloud(self, evt):
1058         self.param['typedendro'] = 'cloud'
1059         dial = PrefDendro(self.ira, self.param)
1060         val = dial.ShowModal()
1061         if val == wx.ID_OK :
1062             self.make_param(dial)
1063             self.make_dendro(dendro = 'cloud')
1064
1065 class OpenCorpus :
1066     def __init__(self, ira, parametres) :
1067         #self.text = wx.TextCtrl(ira, -1, "", wx.Point(0, 0), wx.Size(200, 200), wx.NO_BORDER | wx.TE_MULTILINE | wx.TE_RICH2 | wx.TE_READONLY)
1068         self.panel = CopusPanel(ira, parametres)
1069         ira.nb.AddPage(self.panel, 'Description %s' % parametres['corpus_name'])
1070         #self.text.write(DoConf().totext(parametres))
1071         ira.nb.SetSelection(ira.nb.GetPageCount() - 1)
1072         ira.ShowAPane("Tab_content")
1073
1074 class MatLayout :
1075     def __init__(self, ira, matrix):
1076         #self.parent.content = self.csvtable
1077         self.sheet = MySheet(ira.nb)
1078         ira.nb.AddPage(self.sheet, matrix.parametres['matrix_name'])
1079         self.sheet.Populate(matrix.csvtable)
1080         self.sheet.parametres = matrix.parametres
1081         ira.nb.SetSelection(ira.nb.GetPageCount() - 1)
1082         ira.ShowAPane("Tab_content")
1083
1084 class CopusPanel(wx.Panel) :
1085     def __init__(self, parent, parametres) :
1086         wx.Panel.__init__ ( self, parent, id = wx.ID_ANY, pos = wx.DefaultPosition, size = wx.Size( 500,300 ), style = wx.TAB_TRAVERSAL )
1087         self.parametres = parametres
1088         fgSizer5 = wx.FlexGridSizer( 0, 2, 0, 0 )
1089         fgSizer5.SetFlexibleDirection( wx.BOTH )
1090         fgSizer5.SetNonFlexibleGrowMode( wx.FLEX_GROWMODE_SPECIFIED )
1091         self.fgSizer5 = fgSizer5
1092
1093         self.m_staticText18 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, _(u"Description of corpus").decode('utf8'), wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1094
1095         self.m_staticText18.Wrap( -1 )
1096         fgSizer5.Add( self.m_staticText18, 0, wx.ALL, 5 )
1097
1098         self.m_staticText19 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, u"", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1099         self.m_staticText19.Wrap( -1 )
1100         fgSizer5.Add( self.m_staticText19, 0, wx.ALL, 5 )
1101
1102         self.m_staticText20 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, u"Nom", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1103         self.m_staticText20.Wrap( -1 )
1104         fgSizer5.Add( self.m_staticText20, 0, wx.ALL, 5 )
1105
1106         self.m_staticText21 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, parametres['corpus_name'], wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1107         self.m_staticText21.Wrap( -1 )
1108         fgSizer5.Add( self.m_staticText21, 0, wx.ALL, 5 )
1109
1110         description = {'lang' : _(u'Language').decode('utf8'),
1111                        'encoding' : _(u'Characters set').decode('utf8'),
1112                        'ucinb' : _(u'Number of texts').decode('utf8'),
1113                        'ucenb' : _(u'Number of text segments').decode('utf8'),
1114                        'formesnb' : _(u'Number of forms').decode('utf8'),
1115                        'hapax' : _(u'Number of hapax').decode('utf8'),
1116                       }
1117
1118         keys = ['lang', 'encoding', 'originalpath', 'pathout', 'date', 'time']
1119
1120         self.addkeys(keys, description)
1121
1122         self.m_staticText18 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, u"Paramètres", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1123         self.m_staticText18.Wrap( -1 )
1124         fgSizer5.Add( self.m_staticText18, 0, wx.ALL, 5 )
1125
1126         self.m_staticText19 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, u"", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1127         self.m_staticText19.Wrap( -1 )
1128         fgSizer5.Add( self.m_staticText19, 0, wx.ALL, 5 )
1129
1130         keys = ['ucemethod', 'ucesize', 'keep_caract', 'expressions']
1131         self.addkeys(keys, description)
1132
1133         self.m_staticText18 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, u"Statistiques", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1134         self.m_staticText18.Wrap( -1 )
1135         fgSizer5.Add( self.m_staticText18, 0, wx.ALL, 5 )
1136
1137         self.m_staticText19 = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, u"", wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1138         self.m_staticText19.Wrap( -1 )
1139         fgSizer5.Add( self.m_staticText19, 0, wx.ALL, 5 )
1140
1141         keys = ['ucinb', 'ucenb', 'occurrences', 'formesnb', 'hapax']
1142         self.addkeys(keys, description)
1143
1144         self.SetSizer( fgSizer5 )
1145         self.Layout()
1146
1147     def addkeys(self, keys, description) :
1148         for key in keys :
1149             option = self.parametres.get(key,u'non défini')
1150             if isinstance(option, int) :
1151                 option = `option`
1152             text = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, description.get(key, key), wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1153             text.Wrap( -1 )
1154             self.fgSizer5.Add( text, 0, wx.ALL, 5 )
1155
1156             text = wx.StaticText( self, wx.ID_ANY, option, wx.DefaultPosition, wx.DefaultSize, 0 )
1157             text.Wrap( -1 )
1158             self.fgSizer5.Add( text, 0, wx.ALL, 5 )
1159
1160 class DefaultTextLayout :
1161     def __init__(self, ira, corpus, parametres, cmd = False) :
1162         self.pathout = PathOut(dirout = parametres['pathout'])
1163         self.ira = ira
1164         self.parent = ira
1165         self.parametres = parametres
1166         self.corpus = corpus
1167         self.cmd = cmd
1168         self.dolayout()
1169
1170     def dolayout(self, cmd) :
1171         log.info('no layout yet')
1172
1173 class WordCloudLayout(DefaultTextLayout):
1174     def dolayout(self):
1175         self.pathout.basefiles(simipath)
1176         self.Tab = aui.AuiNotebook(self.ira.nb, -1, wx.DefaultPosition)
1177         if self.parametres['svg'] :
1178             list_graph = [['nuage_1.svg', 'Nuage']]
1179         else :
1180             list_graph = [['nuage_1.png', 'Nuage']]
1181         self.TabStatTot = GraphPanel(self.ira.nb, self.pathout, list_graph)
1182         self.Tab.AddPage(self.TabStatTot, 'Nuage')
1183         self.Tab.corpus = self.corpus
1184         self.Tab.parametres = self.parametres
1185         self.ira.nb.AddPage(self.Tab, '%s' % self.parametres['name'])
1186         self.ira.nb.SetSelection(self.ira.nb.GetPageCount() - 1)
1187         self.ira.ShowAPane("Tab_content")
1188
1189 class LabbeLayout(DefaultTextLayout):
1190     def dolayout(self):
1191         self.Tab = aui.AuiNotebook(self.ira.nb, -1, wx.DefaultPosition)
1192         #if self.parametres['svg'] :
1193         #    list_graph = [['nuage_1.svg', 'Nuage']]
1194         #else :
1195         #    list_graph = [['nuage_1.png', 'Nuage']]
1196         list_graph = [['labbe-tree.png', _(u'Ward clustering (method ward2)').decode('utf8')],
1197                      ['labbe-heatmap.png', _(u'Heatmap').decode('utf8')],
1198                      ['labbe-matrix.png', _(u'Matrix').decode('utf8')]]
1199         for val in list_graph :
1200             #self.TabStatTot = GraphPanel(self.ira.nb, self.pathout, [val])
1201             self.Tab.AddPage(GraphPanel(self.Tab, self.pathout, [val]), val[1])
1202         self.Tab.corpus = self.corpus
1203         self.Tab.parametres = self.parametres
1204         self.ira.nb.AddPage(self.Tab, u'%s' % self.parametres['name'])
1205         self.ira.nb.SetSelection(self.ira.nb.GetPageCount() - 1)
1206         self.ira.ShowAPane("Tab_content")
1207
1208 def blender(self):
1209     nodesfile = self.pathout['nodes.csv']
1210     edgesfile = self.pathout['edges.csv']
1211     jsonout = self.pathout.makenew('graphe_json', 'json')
1212     txt = """
1213     library(igraph)
1214     load("%s")
1215     source("%s")
1216     """ % (ffr(self.pathout['RData.RData']), ffr(self.parent.RscriptsPath['Rgraph']))
1217     txt += """
1218     nodesf <- "%s"
1219     edgesf <- "%s"
1220     """ % (ffr(nodesfile), ffr(edgesfile))
1221     txt += """
1222     if ("communities" %in% names(graph.simi)) {
1223         community = TRUE
1224     } else {
1225         community = FALSE
1226     }
1227     graph.to.file(graph.simi, nodesfile = nodesf, edgesfile = edgesf, community = community)
1228     """
1229     filetmp = tempfile.mktemp()
1230     with open(filetmp, 'w') as f :
1231         f.write(txt)
1232     exec_rcode(self.ira.RPath, filetmp)
1233     GraphToJson(nodesfile, edgesfile, jsonout)
1234     launchcommand(['/home/pierre/prog/blender-2.73-linux-glibc211-x86_64/blender', '-P', os.path.join(self.ira.AppliPath, 'network_to_blender.py'), jsonout])
1235
1236
1237 class SimiLayout(DefaultTextLayout) :
1238     def dolayout(self) :
1239         self.pathout.basefiles(simipath)
1240         self.actives = None
1241         self.indices = indices_simi
1242         if os.path.exists(self.pathout['liste_graph']) :
1243             list_graph = read_list_file(self.pathout['liste_graph'])
1244         else :
1245             list_graph = [['','']]
1246         if not self.cmd :
1247             notebook_flags =  aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE | aui.AUI_NB_TAB_EXTERNAL_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_FLOAT
1248             self.tabsimi = aui.AuiNotebook(self.ira.nb, -1, wx.DefaultPosition)
1249             self.tabsimi.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
1250             self.tabsimi.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
1251             self.tabsimi.corpus = self.corpus
1252             self.tabsimi.parametres = self.parametres
1253             self.graphpan = GraphPanelSimi(self.tabsimi, self.pathout, list_graph)
1254             self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.redosimi, self.graphpan.butafc)
1255             self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.export, self.graphpan.butexport)
1256             self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.blender, self.graphpan.butblender)
1257             self.tabsimi.AddPage(self.graphpan, 'Graph')
1258             self.ira.nb.AddPage(self.tabsimi, _(u'Graph analysis').decode('utf8'))
1259             self.ira.ShowTab(True)
1260             self.ira.nb.SetSelection(self.ira.nb.GetPageCount() - 1)
1261
1262     def redosimi(self, evt) :
1263         redosimi(self, evt)
1264 #         with open(self.pathout['selected.csv'],'r') as f :
1265 #             selected = f.read()
1266 #         selected = [int(val) for val in selected.splitlines()]
1267 #         if self.actives is None :
1268 #             with codecs.open(self.pathout['actives.csv'], 'r', self.parametres['encoding']) as f :
1269 #                 self.actives = f.read()
1270 #             self.actives = self.actives.splitlines()#[act for act in self.actives.splitlines()]
1271 #         if os.path.exists(self.pathout['actives_nb.csv']) :
1272 #             with open(self.pathout['actives_nb.csv'], 'r') as f :
1273 #                 act_nb = f.read()
1274 #                 act_nb = act_nb.splitlines()
1275 #             dictcol = dict([[i, [self.actives[i], int(act_nb[i])]] for i, val in enumerate(self.actives)])
1276 #         else :
1277 #             dictcol = dict([[i, [act, self.corpus.getlemeff(act)]] for i, act in enumerate(self.actives)])
1278 #         #res = SelectColumn(self.ira, dictcol, self.actives, self.pathout['selected.csv'], selected = selected, dlg = True)
1279 #         #if res.ok :
1280 #         prep = PrepSimi(self.ira, self, self.parametres,self.pathout['selected.csv'], self.actives, indices_simi, wordlist = dictcol, selected = selected)
1281 #         if prep.val == wx.ID_OK :
1282 #             self.parametres = prep.parametres
1283 #
1284 #             script = PrintSimiScript(self)
1285 #             script.make_script()
1286 #             pid = exec_rcode(self.ira.RPath, script.scriptout, wait = True)
1287 #             check_Rresult(self.ira, pid)
1288 #             if self.parametres['type_graph'] in [1,3] :
1289 #                 if self.parametres['svg'] :
1290 #                     filename, ext = os.path.splitext(script.filename)
1291 #                     fileout = filename + '.svg'
1292 #                 elif self.parametres['type_graph'] == 3 :
1293 #                     fileout = script.filename
1294 #                     parametres = {'gexffile' :  fileout,
1295 #                                   'dirout' : os.path.dirname(fileout),
1296 #                                   'titre': 'Le titre',
1297 #                                   #'nodemin': self.param['txt_min'],
1298 #                                   #'nodemax': self.param['txt_max'],
1299 #                                   #'bargraphw' : 60*int(self.param['clnb']),
1300 #                     }
1301 #                     web = WebExport(self.ira, parametres)
1302 #                     fileout = web.exportsimi()
1303 #                 else :
1304 #                     fileout = script.filename
1305 #                 if os.path.exists(self.pathout['liste_graph']):
1306 #                     graph_simi = read_list_file(self.pathout['liste_graph'])
1307 #                     graph_simi.append([os.path.basename(fileout), script.txtgraph])
1308 #                 else :
1309 #                     graph_simi = [[os.path.basename(fileout), script.txtgraph]]
1310 #                 print_liste(self.pathout['liste_graph'], graph_simi)
1311 #             DoConf().makeoptions([self.parametres['type']], [self.parametres], self.pathout['Analyse.ira'])
1312 #             if self.parametres['type_graph'] in [1,3] :
1313 #                 if self.parametres['svg'] or self.parametres['type_graph'] == 3 :
1314 #                     self.graphpan.sizer_3.Add(hl.HyperLinkCtrl(self.graphpan.panel_1, -1, fileout, URL = fileout), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1315 #                 else :
1316 #                     self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticBitmap(self.graphpan.panel_1, -1, wx.Bitmap(fileout, wx.BITMAP_TYPE_ANY)), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1317 #                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticText(self.graphpan.panel_1,-1, script.txtgraph), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1318 #                 self.graphpan.sizer_3.Fit(self.graphpan.panel_1)
1319 #                 self.graphpan.Layout()
1320 #                 self.graphpan.panel_1.Scroll(0,self.graphpan.panel_1.GetScrollRange(wx.VERTICAL))
1321
1322     def export(self, evt) :
1323         nb = 1
1324         while os.path.exists(os.path.join(self.pathout.dirout,'graph_'+str(nb)+'.graphml')):
1325             nb +=1
1326         fileout = ffr(os.path.join(self.pathout.dirout,'graph_'+str(nb)+'.graphml'))
1327         txt = """
1328         library(igraph)
1329         load("%s")
1330         source("%s")
1331         fileout <- "%s"
1332         graph <- graph.simi$graph
1333         V(graph)$x <- graph.simi$layout[,1]
1334         V(graph)$y <- graph.simi$layout[,2]
1335         if (length(graph.simi$label.cex == 1)) {
1336             V(graph)$weight <- graph.simi$eff
1337         } else {
1338             V(graph)$weight <- graph.simi$label.cex
1339         }
1340         V(graph)$rcolor <- vertex.label.color
1341         V(graph)$frequences <- graph.simi$mat.eff
1342         V(graph)$label <- as.character(graph.simi$v.label)
1343         E(graph)$weight <- graph.simi$we.width
1344         write.graph(graph, fileout, format = 'graphml')
1345         #saveAsGEXF(graph, filepath = fileout)
1346         """ % (ffr(self.pathout['RData.RData']), ffr(self.parent.RscriptsPath['simi']), fileout)
1347         filetmp = tempfile.mktemp()
1348         with open(filetmp, 'w') as f :
1349             f.write(txt)
1350         exec_rcode(self.ira.RPath, filetmp)
1351         mss = wx.MessageDialog(self.ira, fileout, _(u'File exported').decode('utf8'), wx.OK)
1352         mss.CenterOnParent()
1353         mss.ShowModal()
1354         mss.Destroy()
1355
1356     def blender(self, evt):
1357         blender(self)
1358
1359
1360 class DefaultMatLayout :
1361     def __init__(self, parent, tableau, parametres) :
1362         self.pathout = PathOut(dirout = parametres['pathout'])
1363         self.ira = parent
1364         self.parent = parent
1365         self.tableau = tableau
1366         self.parametres = parametres
1367         if os.path.exists(self.pathout['analyse.db']) :
1368             self.tableau.read_tableau(self.pathout['analyse.db'])
1369         self.dolayout()
1370         self.ira.nb.SetSelection(self.ira.nb.GetPageCount() - 1)
1371         self.ira.ShowAPane("Tab_content")
1372
1373     def dolayout(self) :
1374         pass
1375
1376 class FreqLayout(DefaultMatLayout) :
1377     def dolayout(self) :
1378         self.tab = wx.html.HtmlWindow(self.ira.nb, -1)
1379         #self.tab = wx.html2.WebView.New(self)
1380         res = normpath_win32(self.pathout['resultats.html']).replace('\\','/')
1381         self.tab.LoadPage(res)
1382         #self.tab.LoadURL(res)
1383         self.tab.parametres = self.parametres
1384         self.ira.nb.AddPage(self.tab, ' - '.join([_(u"Frequency").decode('utf8'), self.parametres['name']]))
1385
1386
1387 class Chi2Layout(DefaultMatLayout) :
1388     def dolayout(self):
1389         self.tab = wx.html.HtmlWindow(self.ira.nb, -1)
1390         if "gtk2" in wx.PlatformInfo:
1391             self.tab.SetStandardFonts()
1392         res = normpath_win32(self.pathout['resultats-chi2.html']).replace('\\','/')
1393         self.tab.LoadPage(res)
1394         self.tab.parametres = self.parametres
1395         self.ira.nb.AddPage(self.tab, ' - '.join([u"Chi2", self.parametres['name']]))
1396         #self.ira.nb.SetSelection(self.ira.nb.GetPageCount() - 1)
1397         #self.ira.ShowAPane("Tab_content")
1398
1399
1400 class ProtoLayout(DefaultMatLayout) :
1401     def dolayout(self) :
1402         list_graph = [['proto.png', _(u'Prototypical analysis').decode('utf8')]]
1403         #self.Tab = aui.AuiNotebook(self.ira.nb, -1, wx.DefaultPosition)
1404         #if self.parametres['svg'] :
1405         #    list_graph = [['nuage_1.svg', 'Nuage']]
1406         #else :
1407         #    list_graph = [['nuage_1.png', 'Nuage']]
1408         self.TabProto = GraphPanel(self.ira.nb, self.pathout, list_graph)
1409         #self.Tab.AddPage(self.TabProto, 'Analyse Prototypique')
1410         #self.Tab.corpus = self.corpus
1411         self.TabProto.parametres = self.parametres
1412         self.ira.nb.AddPage(self.TabProto, ' - '.join([_(u'Prototypical analysis').decode('utf8'), self.parametres['name']]))
1413         #self.ira.nb.SetSelection(self.ira.nb.GetPageCount() - 1)
1414         #self.ira.ShowAPane("Tab_content")
1415
1416
1417 class SimiMatLayout(DefaultMatLayout) :
1418     def dolayout(self):
1419         self.pathout.basefiles(simipath)
1420         self.indices = indices_simi
1421         if os.path.exists(self.pathout['liste_graph']) :
1422             list_graph = read_list_file(self.pathout['liste_graph'])
1423         else :
1424             list_graph = [['','']]
1425         notebook_flags =  aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE | aui.AUI_NB_TAB_EXTERNAL_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_FLOAT
1426         self.tabsimi = aui.AuiNotebook(self.parent.nb, -1, wx.DefaultPosition)
1427         self.tabsimi.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
1428         self.tabsimi.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
1429         self.graphpan = GraphPanelSimi(self.tabsimi, self.pathout, list_graph)
1430         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.redosimi, self.graphpan.butafc)
1431         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.export, self.graphpan.butexport)
1432         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.blender, self.graphpan.butblender)
1433         self.tabsimi.AddPage(self.graphpan, 'Graph')
1434         self.tabsimi.parametres = self.parametres
1435         self.parent.nb.AddPage(self.tabsimi, ' - '.join([_(u'Graph analysis').decode('utf8'), self.parametres['name']]))
1436         #self.parent.ShowTab(True)
1437         #self.parent.nb.SetSelection(self.parent.nb.GetPageCount() - 1)
1438
1439     def redosimi(self,evt) :
1440         with open(self.pathout['selected.csv'],'r') as f :
1441             selected = f.read()
1442         selected = [int(val) for val in selected.splitlines()]
1443         #if self.actives is None :
1444         #    with codecs.open(self.pathout['actives.csv'], 'r', self.parametres['encoding']) as f :
1445         #        self.actives = f.read()
1446         #    self.actives = self.actives.splitlines()#[act for act in self.actives.splitlines()]
1447         try :
1448             actives = [[val, self.tableau.actives[val][0]] for val in self.tableau.actives]
1449         except :
1450             actives = [[val, self.tableau.actives[val]] for val in self.tableau.actives]
1451
1452         #self.tableau.make_listactives()
1453         actives = dict([[i, val] for i, val in enumerate(actives)])
1454         #dictcol = dict([[i, [act, self.corpus.getlemeff(act)]] for i, act in enumerate(self.actives)])
1455         self.dial = PrefSimi(self.parent, -1, self.parametres, self.indices, wordlist = actives, selected = selected, actives = self.tableau.listactives)
1456         self.dial.CenterOnParent()
1457         self.val = self.dial.ShowModal()
1458         if self.val == wx.ID_OK :
1459             last = self.dial.listcol.GetFirstSelected()
1460             lastl = [self.dial.listcol.GetFirstSelected()]
1461             indexes = [self.dial.listcol.getColumnText(self.dial.listcol.GetFirstSelected(),0)]
1462             while self.dial.listcol.GetNextSelected(last) != -1:
1463                 last = self.dial.listcol.GetNextSelected(last)
1464                 lastl.append(last)
1465                 indexes.append(self.dial.listcol.getColumnText(last,0))
1466             self.column = [self.tableau.listactives.index(val) for val in indexes]
1467             self.column.sort()
1468             with open(self.pathout['selected.csv'], 'w') as f :
1469                 f.write('\n'.join([`val` for val in self.column]))
1470             self.make_param()
1471             self.dial.Destroy()
1472             self.script = PrintSimiScript(self)
1473             self.script.make_script()
1474             self.tmpfile = self.script.scriptout
1475             dlg = progressbar(self, maxi = 2)
1476             self.DoR(dlg)
1477             dlg.Destroy()
1478             if self.parametres['type_graph'] == 1:
1479                 if self.parametres['svg'] :
1480                     filename, ext = os.path.splitext(self.script.filename)
1481                     fileout = filename + '.svg'
1482                 else :
1483                     fileout = self.script.filename
1484                 fileout = normpath_win32(fileout)
1485                 if os.path.exists(self.pathout['liste_graph']):
1486                     graph_simi = read_list_file(self.pathout['liste_graph'])
1487                     graph_simi.append([os.path.basename(fileout), self.script.txtgraph])
1488                 else :
1489                     graph_simi = [[os.path.basename(fileout), self.script.txtgraph]]
1490                 print_liste(self.pathout['liste_graph'], graph_simi)
1491             DoConf().makeoptions([self.parametres['type']], [self.parametres], self.pathout['Analyse.ira'])
1492             if self.parametres['type_graph'] == 1:
1493                 if self.parametres['svg'] :
1494                     self.graphpan.sizer_3.Add(hl.HyperLinkCtrl(self.graphpan.panel_1, -1, fileout, URL = fileout), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1495                 else :
1496                     self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticBitmap(self.graphpan.panel_1, -1, wx.Bitmap(fileout, wx.BITMAP_TYPE_ANY)), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1497                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticText(self.graphpan.panel_1,-1, self.script.txtgraph), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1498                 self.graphpan.sizer_3.Fit(self.graphpan.panel_1)
1499                 self.graphpan.Layout()
1500                 self.graphpan.panel_1.Scroll(0,self.graphpan.panel_1.GetScrollRange(wx.VERTICAL))
1501         else :
1502             self.dial.Destroy()
1503
1504
1505     def make_param(self) :
1506         if self.parametres['first'] :
1507             keep_coord = False
1508         else :
1509             keep_coord = self.dial.check_coord.GetValue()
1510         #self.select = self.dial.check_colch.GetValue()
1511
1512         paramsimi = {'coeff' : self.dial.choice1.GetSelection(),
1513                           'layout' : self.dial.choice2.GetSelection(),
1514                           'type_graph' : self.dial.choice3.GetSelection(),
1515                           'arbremax' : self.dial.check1.GetValue(),
1516                           'coeff_tv' : self.dial.check_s_size.GetValue(),
1517                           'coeff_tv_nb' : self.dial.spin_tv.GetValue(),
1518                           'tvprop' : self.dial.check2.GetValue(),
1519                           'tvmin' : self.dial.spin_tvmin.GetValue(),
1520                           'tvmax' : self.dial.spin_tvmax.GetValue(),
1521                           'coeff_te' : self.dial.check3.GetValue(),
1522                           'coeff_temin' : self.dial.spin_temin.GetValue(),
1523                           'coeff_temax' : self.dial.spin_temax.GetValue(),
1524                           'label_e' : self.dial.check_elab.GetValue(),
1525                           'label_v' : self.dial.check_vlab.GetValue(),
1526                           'vcex' : self.dial.check_vcex.GetValue(),
1527                           'vcexmin' : self.dial.spin_vcexmin.GetValue(),
1528                           'vcexmax' : self.dial.spin_vcexmax.GetValue(),
1529                           'cex' : self.dial.spin_cex.GetValue(),
1530                           'seuil_ok' : self.dial.check_seuil.GetValue(),
1531                           'seuil' : self.dial.spin_seuil.GetValue(),
1532                           'cols' : self.dial.cols.GetColour(),
1533                           'cola' : self.dial.cola.GetColour(),
1534                           'width' : self.dial.spin_width.GetValue(),
1535                           'height' : self.dial.spin_height.GetValue(),
1536                           'first' : False,
1537                           'keep_coord' : keep_coord,
1538                           'alpha' : self.dial.slider_sphere.GetValue(),
1539                           'film' : self.dial.film.GetValue(),
1540                           'svg' : self.dial.choix_format.GetSelection(),
1541                           'halo' : self.dial.halo.GetValue(),
1542                           'com' : self.dial.comcheck.GetValue(),
1543                           'communities' : self.dial.choix_com.GetSelection(),
1544                           'edgecurved' : self.dial.check_curved.GetValue(),
1545                           }
1546         if 'cexfromchi' in self.parametres :
1547             paramsimi['cexfromchi'] = self.dial.checkit.GetValue()
1548         if 'sfromchi' in self.parametres :
1549             paramsimi['sfromchi'] = self.dial.checki.GetValue()
1550         if 'vlabcolor' in self.parametres :
1551             paramsimi['vlabcolor'] = self.parametres['vlabcolor']
1552         if 'check_bystar' in dir(self.dial) :
1553             paramsimi['bystar'] = self.dial.check_bystar.GetValue()
1554             paramsimi['stars'] = self.parametres['stars']
1555         self.parametres.update(paramsimi)
1556
1557     def DoR(self, dlg):
1558         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
1559             graph = False
1560             wait = False
1561         else :
1562             graph = True
1563             wait = True
1564         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, self.tmpfile, wait = wait, graph = graph)
1565         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
1566             while pid.poll() == None :
1567                 dlg.Pulse(u'R ...')
1568                 sleep(0.2)
1569             check_Rresult(self.parent, pid)
1570
1571     def export(self, evt) :
1572         nb = 1
1573         while os.path.exists(os.path.join(self.pathout.dirout,'graph_'+str(nb)+'.graphml')):
1574             nb +=1
1575         fileout = ffr(os.path.join(self.pathout.dirout,'graph_'+str(nb)+'.graphml'))
1576         txt = """
1577         library(igraph)
1578         load("%s")
1579         source("%s")
1580         fileout <- "%s"
1581         graph <- graph.simi$graph
1582         V(graph)$x <- graph.simi$layout[,1]
1583         V(graph)$y <- graph.simi$layout[,2]
1584         if (length(graph.simi$label.cex == 1)) {
1585             V(graph)$weight <- graph.simi$mat.eff
1586         } else {
1587             V(graph)$weight <- graph.simi$label.cex
1588         }
1589         V(graph)$color <- vertex.label.color
1590         V(graph)$frequences <- graph.simi$mat.eff
1591         V(graph)$fprop <- graph.simi$mat.eff/nrow(dm)
1592         V(graph)$label <- as.character(graph.simi$v.label)
1593         E(graph)$weight <- graph.simi$we.width
1594         write.graph(graph, fileout, format = 'graphml')
1595         #saveAsGEXF(graph, filepath = fileout)
1596         """ % (ffr(self.pathout['RData.RData']), ffr(self.parent.RscriptsPath['simi']), fileout)
1597         filetmp = tempfile.mktemp()
1598         with open(filetmp, 'w') as f :
1599             f.write(txt)
1600         exec_rcode(self.ira.RPath, filetmp)
1601         mss = wx.MessageDialog(self.ira, fileout, _(u'File exported').decode('utf8'), wx.OK)
1602         mss.CenterOnParent()
1603         mss.ShowModal()
1604         mss.Destroy()
1605
1606     def blender(self, evt):
1607         blender(self)
1608
1609
1610 class GraphPanelSimi(wx.Panel):
1611     def __init__(self,parent, dico, list_graph):
1612         wx.Panel.__init__(self,parent)
1613         self.afcnb = 1
1614         self.Dict = dico
1615         self.dirout = os.path.dirname(self.Dict['ira'])
1616         self.parent = self.GetParent()#parent
1617         self.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "courier"))
1618         self.labels = []
1619         self.listimg = []
1620         self.tabsimi = self.parent.GetParent()
1621         self.ira = self.tabsimi.GetParent()
1622         self.panel_1 = wx.ScrolledWindow(self, -1, style=wx.TAB_TRAVERSAL)
1623         afc_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_simi.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
1624         self.butafc = wx.BitmapButton(self, -1, afc_img)
1625         export_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_export.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
1626         self.butexport = wx.BitmapButton(self, -1, export_img)
1627         blender_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_blender.png'), wx.BITMAP_TYPE_ANY)
1628         blender_img.Rescale(32,32)
1629         blender_img = blender_img.ConvertToBitmap()
1630         self.butblender = wx.BitmapButton(self, -1, blender_img)
1631         for i in range(0,len(list_graph)):
1632             if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])) :
1633                 filename, ext = os.path.splitext(list_graph[i][0])
1634                 if ext in ['.svg', '.html'] :
1635                     self.listimg.append(hl.HyperLinkCtrl(self.panel_1, -1, os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), URL=os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])))
1636                 else :
1637                     self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), wx.BITMAP_TYPE_ANY)))
1638                 self.labels.append(wx.StaticText(self.panel_1, -1, list_graph[i][1]))
1639         self.panel_1.Bind(wx.EVT_MOTION, self.onMouseMove)
1640         self.__set_properties()
1641         self.__do_layout()
1642
1643     def __set_properties(self):
1644         self.panel_1.EnableScrolling(True,True)
1645         #self.panel_1.SetSize((1000,1000))
1646         self.panel_1.SetScrollRate(20, 20)
1647         self.panel_1.SetFocus()
1648
1649     def __do_layout(self):
1650         self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1651         self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1652         self.sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1653         self.sizer_2.Add(self.butafc, 0, 0, 0)
1654         self.sizer_2.Add(self.butexport, 0, 0, 0)
1655         self.sizer_2.Add(self.butblender, 0, 0, 0)
1656         for i in range(0, len(self.listimg)):
1657             self.sizer_3.Add(self.listimg[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1658             self.sizer_3.Add(self.labels[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
1659         self.panel_1.SetSizer(self.sizer_3)
1660         self.sizer_1.Add(self.sizer_2, 0, wx.EXPAND, 0)
1661         self.sizer_1.Add(self.panel_1, 1, wx.EXPAND, 0)
1662         self.SetSizer(self.sizer_1)
1663
1664     def onMouseMove(self, event):
1665         self.panel_1.SetFocus()
1666