iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabchdalc.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2008-2009 Pierre Ratinaud
   5 #Lisense: GNU/GPL
   6
   7 from chemins import ConstructPathOut, ChdTxtPathOut, ConstructAfcUciPath, ffr, PathOut
   8 from functions import sortedby, CreateIraFile, print_liste, exec_rcode, check_Rresult
   9 from PrintRScript import RchdQuest
  10 from layout import OpenCHDS, PrintRapport
  11 from dialog import PrefQuestAlc
  12 from analysematrix import AnalyseMatrix
  13 import os
  14 import sys
  15 import wx
  16 import tempfile
  17 import time
  18
  19
  20 class AnalyseQuest():
  21     def __init__(self, parent):
  22         dlg = PrefQuestAlc(parent)
  23         dlg.CenterOnParent()
  24         self.val = dlg.ShowModal()
  25         parametres = parent.tableau.parametre
  26         if self.val == wx.ID_OK :
  27             parametres['nbcl_p1'] = dlg.spin_nbcl.GetValue()
  28             parametres['mincl'] = dlg.spin_mincl.GetValue()
  29             if dlg.m_radioBox1.GetSelection() == 1 :
  30                 parametres['listact'] = dlg.nactives
  31                 parametres['listsup'] = dlg.varsup
  32             else :
  33                 parametres['formatted'] = 1
  34             DoQuestAlceste(parent, parametres)
  35
  36 class DoQuestAlceste(AnalyseMatrix):
  37     def __init__(self, parent, parametres):
  38         parametres['pathout'] = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'gnepaMatrix')
  39         self.parametres = parametres
  40         self.parametres['type'] = 'gnepamatrix'
  41         self.DictForme = {}
  42         self.DictFormeSup = {}
  43         self.Min = 10
  44         self.Linecontent = []
  45         self.parent = parent
  46         self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  47         #self.dictpathout = PathOut(dirout = self.pathout)
  48         #self.dictpathout = self.pathout
  49         #self.dictpathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  50         #self.pathout = self.dictpathout
  51         self.clnb = ''
  52         self.ListAct = parametres.get('listact', False)
  53         self.ucecla = ''
  54         dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
  55                                "Veuillez patienter...",
  56                                maximum=5,
  57                                parent=self.parent,
  58                                style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
  59                                 )
  60
  61         AnalyseMatrix.__init__(self, parent, parent.tableau, self.parametres, dlg = dlg)
  62
  63
  64
  65 #-----------------------------------------------------------
  66     def doanalyse(self) :
  67 #-------------------------------------------------------------------
  68         self.dictpathout = self.pathout
  69         self.dictpathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  70         self.parent.tableau.dictpathout = self.dictpathout
  71
  72         self.dlg.Center()
  73         count = 1
  74         keepGoing = self.dlg.Update(count)
  75 #-------------------------------------------------------------------
  76         count += 1
  77         self.dlg.Update(count, u"passage en O/1")
  78         if 'formatted' in self.parametres:
  79             self.parent.tableau.make_01_alc_format(self.dictpathout['mat01'])
  80         else:
  81             self.parent.tableau.make_01_from_selection(self.parametres['listact'], self.parametres['listsup'])
  82         file = open(self.dictpathout['listeuce1'], 'w')
  83         file.write('num uce;num uc\n')
  84         for i in range(0, len(self.parent.tableau.linecontent)):
  85             file.write('%i;%i\n' % (i, i))
  86         file.close()
  87         self.nbind = len(self.parent.tableau.linecontent)
  88 #------------------------------------------------------------
  89         RchdQuest(self.dictpathout, self.parent.RscriptsPath, self.parametres['nbcl_p1'], self.parametres['mincl'])
  90 #------------------------------------------------------------
  91         count += 1
  92         self.dlg.Update(count, u"Analyse (patientez...)")
  93
  94         pid = exec_rcode(self.RPath, self.dictpathout['Rchdquest'], wait = False)
  95         while pid.poll() == None :
  96             self.dlg.Pulse(u"Analyse (patientez...)")
  97             time.sleep(0.2)
  98         check_Rresult(self.parent, pid)
  99 #------------------------------------------------------------
 100         count += 1
 101         self.dlg.Update(count, u"Ecriture des résultats")
 102         self.parent.tableau.buildprofil()
 103         self.clnb = self.parent.tableau.clnb
 104         self.parametres['clnb'] = self.clnb
 105         self.ucecla = self.parent.tableau.ucecla
 106         self.BuildProfile()
 107         temps = time.time() - self.t1
 108         PrintRapport(self, self, {}, istxt = False)
 109         self.parent.tableau.save_tableau(self.dictpathout['db'])
 110         #CreateIraFile(self.dictpathout, self.clnb, corpname = os.path.basename(self.parent.filename), section = 'questionnaire')
 111         afc_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DL_OUT']), u'Variables actives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 112                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DSL_OUT']), u'variables illustratives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 113                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCL_OUT']), u'Classes - Coordonnées - facteur 1 / 2'],
 114                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoul']), u'Variables actives - Corrélation - facteur 1/2'],
 115                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoulSup']), u'Variables illustratives - Corrélation - facteur 1 / 2'],
 116                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoulCl']), u'Classes - Corrélations - facteurs 1 / 2'], ]
 117         chd_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['dendro1']), u'dendrogramme à partir de chd1']]
 118         chd_graph_list.append([os.path.basename(self.dictpathout['arbre1']), u'chd1'])
 119         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_afc'], afc_graph_list)
 120         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_chd'], chd_graph_list)
 121
 122         self.tableau = self.parent.tableau
 123         #OpenCHDS(self.parent, self, self.dictpathout['ira'], False)
 124 #------------------------------------------------------------
 125         print 'fini', time.time() - self.t1
 126         count += 1
 127         self.dlg.Update(count, "Fini")
 128
 129     def BuildProfile(self):
 130         print 'build profile'
 131         txt = ''
 132         txt += """
 133         source("%s")
 134         """ % self.parent.RscriptsPath['chdfunct']
 135         txt += """
 136         load("%s")
 137         """ % self.dictpathout['RData']
 138         txt += """
 139         dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 140         """ % self.dictpathout['Contout']
 141         txt += """
 142         dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 143         """ % self.dictpathout['ContEtOut']
 144         txt += """
 145         clnb<-%i
 146         """ % self.clnb
 147         txt += """
 148         tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 149         tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 150         PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],%i,"%s","%s")
 151         """ % (self.clnb, self.dictpathout['PROFILE_OUT'], self.dictpathout['ANTIPRO_OUT'])
 152         txt += """
 153         colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 154         colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 155         colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 156         colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 157         chistabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[2]),as.data.frame(tablesqrpet[2]))
 158         ptabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[1]),as.data.frame(tablesqrpet[1]))
 159         gbcluster<-n1
 160         write.csv2(chistabletot,file="%s")
 161         """ % self.dictpathout['chisqtable']
 162         txt += """
 163         write.csv2(ptabletot,file="%s")
 164         """ % self.dictpathout['ptable']
 165         txt += """
 166         write.csv2(gbcluster,file="%s")
 167         """ % self.dictpathout['SbyClasseOut']
 168         if self.clnb > 2 :
 169             txt += """
 170             library(ca)
 171             rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)
 172             afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(dataet))
 173             colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 174             afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 175             debet<-nrow(dataact)+1
 176             debsup<-NULL
 177             fin<-rowtot
 178             afc<-AddCorrelationOk(afc)
 179             source("%s")
 180             """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 181
 182             txt += """
 183             afc <- summary.ca.dm(afc)
 184             afc_table <- create_afc_table(afc)
 185             write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 186             write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 187             write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 188             """ % (self.dictpathout['afc_facteur'], self.dictpathout['afc_col'], self.dictpathout['afc_row'])
 189
 190             txt += """
 191             xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 192             ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 193             xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 194             ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 195             """
 196
 197             txt += """
 198             PARCEX<-%s
 199             """ % "0.9"
 200             txt += """
 201             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 202             """ % (self.dictpathout['AFC2DL_OUT'])
 203             txt += """
 204             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 205             """ % (self.dictpathout['AFC2DSL_OUT'])
 206             txt += """
 207             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 208             """ % (self.dictpathout['AFC2DCL_OUT'])
 209             txt += """
 210             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 211             """ % (self.dictpathout['AFC2DCoul'])
 212             txt += """
 213             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 214             """ % (self.dictpathout['AFC2DCoulSup'])
 215             txt += """
 216             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 217             """ % (self.dictpathout['AFC2DCoulCl'])
 218         txt += """
 219         save.image(file="%s")
 220         """ % self.dictpathout['RData']
 221         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 222         tmpscript = open(tmpfile, 'w')
 223         tmpscript.write(txt)
 224         tmpscript.close()
 225         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, tmpfile, wait = False)
 226         while pid.poll() == None :
 227             time.sleep(0.2)
 228         check_Rresult(self.parent, pid)
 229         temps = time.time() - self.t1
 230         self.minutes, self.seconds = divmod(temps, 60)
 231         self.hours, self.minutes = divmod(self.minutes, 60)