iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabchdalc.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2008-2009 Pierre Ratinaud
   5 #Lisense: GNU/GPL
   6
   7 from chemins import ConstructPathOut, ChdTxtPathOut, ConstructAfcUciPath, ffr
   8 from functions import sortedby, CreateIraFile, print_liste, exec_rcode, check_Rresult
   9 from PrintRScript import RchdQuest
  10 from layout import OpenCHDS, PrintRapport
  11 from dialog import PrefQuestAlc
  12 import os
  13 import sys
  14 import wx
  15 from numpy import *
  16 import tempfile
  17 import time
  18
  19
  20 class AnalyseQuest():
  21     def __init__(self, parent):
  22         dlg = PrefQuestAlc(parent)
  23         dlg.CenterOnParent()
  24         self.val = dlg.ShowModal()
  25         if self.val == wx.ID_OK :
  26             if dlg.m_radioBox1.GetSelection() == 1 :
  27                 ListAct = dlg.nactives
  28                 ListSup = dlg.varsup
  29                 nbcl_p1 = dlg.spin_nbcl.GetValue()
  30                 mincl = dlg.spin_mincl.GetValue()
  31                 DoQuestAlceste(parent, ListAct, ListSup, nbcl = nbcl_p1, mincl = mincl)
  32             else:
  33                 nbcl_p1 = dlg.spin_nbcl.GetValue()
  34                 mincl = dlg.spin_mincl.GetValue()
  35                 DoQuestAlceste(parent, nbcl = nbcl_p1, mincl = mincl)
  36
  37 class DoQuestAlceste:
  38     def __init__(self, parent, ListAct=False, ListSup=False, nbcl = 10, mincl = 10):
  39         self.t1 = time.time()
  40 #-------------------------------------------------------------------
  41         dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
  42                                "Veuillez patienter...",
  43                                maximum=5,
  44                                parent=parent,
  45                                style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
  46                                 )
  47         dlg.Center()
  48         count = 1
  49         keepGoing = dlg.Update(count)
  50 #-------------------------------------------------------------------
  51         self.pathout = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'AlcesteQuest')
  52         self.DictForme = {}
  53         self.DictFormeSup = {}
  54         self.Min = 10
  55         self.Linecontent = []
  56         self.parent = parent
  57         self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  58         self.dictpathout = ChdTxtPathOut(self.pathout)
  59         self.parent.tableau.dictpathout = self.dictpathout
  60         self.clnb = ''
  61         self.ListAct = ListAct
  62         self.ucecla = ''
  63         self.parent = parent
  64 #-----------------------------------------------------------
  65         count += 1
  66         dlg.Update(count, u"passage en O/1")
  67         if not ListAct:
  68             self.parent.tableau.make_01_alc_format(self.dictpathout['Act01'])
  69         else:
  70             self.parent.tableau.make_01_from_selection(ListAct, ListSup)
  71         file = open(self.dictpathout['listeuce1'], 'w')
  72         file.write('num uce;num uc\n')
  73         for i in range(0, len(self.parent.tableau.linecontent)):
  74             file.write('%i;%i\n' % (i, i))
  75         file.close()
  76         self.nbind = len(self.parent.tableau.linecontent)
  77 #------------------------------------------------------------
  78         RchdQuest(self.dictpathout, parent.RscriptsPath, nbcl, mincl)
  79 #------------------------------------------------------------
  80         count += 1
  81         dlg.Update(count, u"Analyse (patientez...)")
  82
  83         pid = exec_rcode(self.RPath, self.dictpathout['Rchdquest'], wait = False)
  84         while pid.poll() == None :
  85             dlg.Pulse(u"Analyse (patientez...)")
  86             time.sleep(0.2)
  87         check_Rresult(self.parent, pid)
  88 #------------------------------------------------------------
  89         count += 1
  90         dlg.Update(count, u"Ecriture des résultats")
  91         self.parent.tableau.buildprofil()
  92         self.clnb = self.parent.tableau.clnb
  93         self.ucecla = self.parent.tableau.ucecla
  94         self.BuildProfile()
  95         temps = time.time() - self.t1
  96         PrintRapport(self, 'quest')
  97         self.parent.tableau.save_tableau(self.dictpathout['db'])
  98         CreateIraFile(self.dictpathout, self.clnb, corpname = os.path.basename(parent.filename), section = 'questionnaire')
  99         afc_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DL_OUT']), u'Variables actives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 100                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DSL_OUT']), u'variables illustratives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 101                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCL_OUT']), u'Classes - Coordonnées - facteur 1 / 2'],
 102                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoul']), u'Variables actives - Corrélation - facteur 1/2'],
 103                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoulSup']), u'Variables illustratives - Corrélation - facteur 1 / 2'],
 104                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoulCl']), u'Classes - Corrélations - facteurs 1 / 2'], ]
 105         chd_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['dendro1']), u'dendrogramme à partir de chd1']]
 106         chd_graph_list.append([os.path.basename(self.dictpathout['arbre1']), u'chd1'])
 107         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_afc'], afc_graph_list)
 108         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_chd'], chd_graph_list)
 109
 110         self.tableau = self.parent.tableau
 111         OpenCHDS(self.parent, self, self.dictpathout['ira'], False)
 112 #------------------------------------------------------------
 113         print 'fini', time.time() - self.t1
 114         count += 1
 115         dlg.Update(count, "Fini")
 116
 117     def BuildProfile(self):
 118         print 'build profile'
 119         txt = ''
 120         txt += """
 121         source("%s")
 122         """ % self.parent.RscriptsPath['chdfunct']
 123         txt += """
 124         load("%s")
 125         """ % self.dictpathout['RData']
 126         txt += """
 127         dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 128         """ % self.dictpathout['Contout']
 129         txt += """
 130         dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 131         """ % self.dictpathout['ContEtOut']
 132         txt += """
 133         clnb<-%i
 134         """ % self.clnb
 135         txt += """
 136         tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 137         tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 138         PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],%i,"%s","%s")
 139         """ % (self.clnb, self.dictpathout['PROFILE_OUT'], self.dictpathout['ANTIPRO_OUT'])
 140         txt += """
 141         colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 142         colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 143         colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 144         colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 145         chistabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[2]),as.data.frame(tablesqrpet[2]))
 146         ptabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[1]),as.data.frame(tablesqrpet[1]))
 147         gbcluster<-n1
 148         write.csv2(chistabletot,file="%s")
 149         """ % self.dictpathout['chisqtable']
 150         txt += """
 151         write.csv2(ptabletot,file="%s")
 152         """ % self.dictpathout['ptable']
 153         txt += """
 154         write.csv2(gbcluster,file="%s")
 155         """ % self.dictpathout['SbyClasseOut']
 156         if self.clnb > 2 :
 157             txt += """
 158             library(ca)
 159             rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)
 160             afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(dataet))
 161             colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 162             afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 163             debet<-nrow(dataact)+1
 164             debsup<-NULL
 165             fin<-rowtot
 166             afc<-AddCorrelationOk(afc)
 167             source("%s")
 168             """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 169
 170             txt += """
 171             afc <- summary.ca.dm(afc)
 172             afc_table <- create_afc_table(afc)
 173             write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 174             write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 175             write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 176             """ % (self.dictpathout['afc_facteur'], self.dictpathout['afc_col'], self.dictpathout['afc_row'])
 177
 178             txt += """
 179             xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 180             ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 181             xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 182             ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 183             """
 184
 185             txt += """
 186             PARCEX<-%s
 187             """ % "0.9"
 188             txt += """
 189             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 190             """ % (self.dictpathout['AFC2DL_OUT'])
 191             txt += """
 192             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 193             """ % (self.dictpathout['AFC2DSL_OUT'])
 194             txt += """
 195             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
 196             """ % (self.dictpathout['AFC2DCL_OUT'])
 197             txt += """
 198             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 199             """ % (self.dictpathout['AFC2DCoul'])
 200             txt += """
 201             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 202             """ % (self.dictpathout['AFC2DCoulSup'])
 203             txt += """
 204             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 205             """ % (self.dictpathout['AFC2DCoulCl'])
 206         txt += """
 207         save.image(file="%s")
 208         """ % self.dictpathout['RData']
 209         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 210         tmpscript = open(tmpfile, 'w')
 211         tmpscript.write(txt)
 212         tmpscript.close()
 213         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, tmpfile, wait = False)
 214         while pid.poll() == None :
 215             time.sleep(0.2)
 216         check_Rresult(self.parent, pid)
 217         temps = time.time() - self.t1
 218         self.minutes, self.seconds = divmod(temps, 60)
 219         self.hours, self.minutes = divmod(self.minutes, 60)