iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabchdalc.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2008-2009 Pierre Ratinaud
   5 #Lisense: GNU/GPL
   6
   7 from chemins import ConstructPathOut, ChdTxtPathOut, ConstructAfcUciPath, ffr, PathOut
   8 from functions import sortedby, CreateIraFile, print_liste, exec_rcode, check_Rresult
   9 from PrintRScript import RchdQuest
  10 from layout import OpenCHDS, PrintRapport
  11 from dialog import PrefQuestAlc
  12 from analysematrix import AnalyseMatrix
  13 import os
  14 import sys
  15 import wx
  16 import tempfile
  17 import time
  18
  19
  20 class AnalyseQuest():
  21     def __init__(self, parent):
  22         dlg = PrefQuestAlc(parent)
  23         dlg.CenterOnParent()
  24         self.val = dlg.ShowModal()
  25         parametres = parent.tableau.parametre
  26         if self.val == wx.ID_OK :
  27             parametres['nbcl_p1'] = dlg.spin_nbcl.GetValue()
  28             parametres['mincl'] = dlg.spin_mincl.GetValue()
  29             if dlg.m_radioBox1.GetSelection() == 1 :
  30                 parametres['listact'] = dlg.nactives
  31                 parametres['listsup'] = dlg.varsup
  32             else :
  33                 parametres['formatted'] = 1
  34             DoQuestAlceste(parent, parametres)
  35
  36 class DoQuestAlceste(AnalyseMatrix):
  37     def __init__(self, parent, parametres):
  38         parametres['pathout'] = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'gnepaMatrix')
  39         self.parametres = parametres
  40         self.parametres['type'] = 'gnepamatrix'
  41         self.DictForme = {}
  42         self.DictFormeSup = {}
  43         self.Min = 10
  44         self.Linecontent = []
  45         self.parent = parent
  46         self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  47         #self.dictpathout = PathOut(dirout = self.pathout)
  48         #self.dictpathout = self.pathout
  49         #self.dictpathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  50         #self.pathout = self.dictpathout
  51         self.clnb = ''
  52         self.ListAct = parametres.get('listact', False)
  53         self.ucecla = ''
  54         dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
  55                                "Veuillez patienter...",
  56                                maximum=5,
  57                                parent=self.parent,
  58                                style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
  59                                 )
  60
  61         AnalyseMatrix.__init__(self, parent, parent.tableau, self.parametres, dlg = dlg)
  62
  63
  64
  65 #-----------------------------------------------------------
  66     def doanalyse(self) :
  67 #-------------------------------------------------------------------
  68         self.dictpathout = self.pathout
  69         self.dictpathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  70         self.parent.tableau.dictpathout = self.dictpathout
  71
  72         self.dlg.Center()
  73         count = 1
  74         keepGoing = self.dlg.Update(count)
  75 #-------------------------------------------------------------------
  76         count += 1
  77         self.dlg.Update(count, u"passage en O/1")
  78         if 'formatted' in self.parametres:
  79             self.parent.tableau.make_01_alc_format(self.dictpathout['mat01'])
  80         else:
  81             self.parent.tableau.make_01_from_selection(self.parametres['listact'], self.parametres['listsup'])
  82         file = open(self.dictpathout['listeuce1'], 'w')
  83         file.write('num uce;num uc\n')
  84         for i in range(0, len(self.parent.tableau.linecontent)):
  85             file.write('%i;%i\n' % (i, i))
  86         file.close()
  87         self.nbind = len(self.parent.tableau.linecontent)
  88 #------------------------------------------------------------
  89         RchdQuest(self.dictpathout, self.parent.RscriptsPath, self.parametres['nbcl_p1'], self.parametres['mincl'])
  90 #------------------------------------------------------------
  91         count += 1
  92         self.dlg.Update(count, u"Analyse (patientez...)")
  93
  94         pid = exec_rcode(self.RPath, self.dictpathout['Rchdquest'], wait = False)
  95         while pid.poll() == None :
  96             self.dlg.Pulse(u"Analyse (patientez...)")
  97             time.sleep(0.2)
  98         check_Rresult(self.parent, pid)
  99 #------------------------------------------------------------
 100         count += 1
 101         self.dlg.Update(count, u"Ecriture des résultats")
 102         self.parent.tableau.buildprofil()
 103         self.clnb = self.parent.tableau.clnb
 104         self.parametres['clnb'] = self.clnb
 105         self.ucecla = self.parent.tableau.ucecla
 106         self.BuildProfile()
 107         temps = time.time() - self.t1
 108         PrintRapport(self, self, {}, istxt = False)
 109         self.parent.tableau.save_tableau(self.dictpathout['db'])
 110         #CreateIraFile(self.dictpathout, self.clnb, corpname = os.path.basename(self.parent.filename), section = 'questionnaire')
 111         afc_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DL_OUT']), u'Variables actives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 112                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DSL_OUT']), u'variables illustratives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 113                          [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCL_OUT']), u'Classes - Coordonnées - facteur 1 / 2'],]
 114         chd_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['dendro1']), u'dendrogramme à partir de chd1']]
 115         chd_graph_list.append([os.path.basename(self.dictpathout['arbre1']), u'chd1'])
 116         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_afc'], afc_graph_list)
 117         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_chd'], chd_graph_list)
 118
 119         self.tableau = self.parent.tableau
 120         #OpenCHDS(self.parent, self, self.dictpathout['ira'], False)
 121 #------------------------------------------------------------
 122         print 'fini', time.time() - self.t1
 123         count += 1
 124         self.dlg.Update(count, "Fini")
 125
 126     def BuildProfile(self):
 127         print 'build profile'
 128         txt = ''
 129         txt += """
 130         source("%s")
 131         """ % self.parent.RscriptsPath['chdfunct']
 132         txt += """
 133         load("%s")
 134         """ % self.dictpathout['RData']
 135         txt += """
 136         dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 137         """ % self.dictpathout['Contout']
 138         txt += """
 139         dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 140         """ % self.dictpathout['ContEtOut']
 141         txt += """
 142         clnb<-%i
 143         """ % self.clnb
 144         txt += """
 145         tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 146         tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 147         PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],%i,"%s","%s")
 148         """ % (self.clnb, self.dictpathout['PROFILE_OUT'], self.dictpathout['ANTIPRO_OUT'])
 149         txt += """
 150         colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 151         colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 152         colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 153         colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 154         chistabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[2]),as.data.frame(tablesqrpet[2]))
 155         ptabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[1]),as.data.frame(tablesqrpet[1]))
 156         gbcluster<-n1
 157         write.csv2(chistabletot,file="%s")
 158         """ % self.dictpathout['chisqtable']
 159         txt += """
 160         write.csv2(ptabletot,file="%s")
 161         """ % self.dictpathout['ptable']
 162         txt += """
 163         write.csv2(gbcluster,file="%s")
 164         """ % self.dictpathout['SbyClasseOut']
 165         if self.clnb > 2 :
 166             txt += """
 167             library(ca)
 168             rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)
 169             afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(dataet))
 170             colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 171             afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 172             debet<-nrow(dataact)+1
 173             debsup<-NULL
 174             fin<-rowtot
 175             afc<-AddCorrelationOk(afc)
 176             source("%s")
 177             """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 178
 179             txt += """
 180             afc <- summary.ca.dm(afc)
 181             afc_table <- create_afc_table(afc)
 182             write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 183             write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 184             write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 185             """ % (self.dictpathout['afc_facteur'], self.dictpathout['afc_col'], self.dictpathout['afc_row'])
 186
 187             txt += """
 188             xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 189             ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 190             xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 191             ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 192             """
 193
 194             txt += """
 195             PARCEX<-%s
 196             """ % "0.9"
 197             txt += """
 198             xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 199             """ % (self.dictpathout['AFC2DL_OUT'])
 200             txt += """
 201             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 202             """ % (self.dictpathout['AFC2DSL_OUT'])
 203             txt += """
 204             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 205             """ % (self.dictpathout['AFC2DCL_OUT'])
 206         txt += """
 207         save.image(file="%s")
 208         """ % self.dictpathout['RData']
 209         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 210         tmpscript = open(tmpfile, 'w')
 211         tmpscript.write(txt)
 212         tmpscript.close()
 213         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, tmpfile, wait = False)
 214         while pid.poll() == None :
 215             time.sleep(0.2)
 216         check_Rresult(self.parent, pid)
 217         temps = time.time() - self.t1
 218         self.minutes, self.seconds = divmod(temps, 60)
 219         self.hours, self.minutes = divmod(self.minutes, 60)