iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabchi2.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2010 Pierre Ratinaud
   5 #License: GNU/GPL
   6
   7 import HTML
   8 import os
   9 import string
  10 import wx
  11 import os
  12 import sys
  13 import tempfile
  14 from chemins import ffr,FFF
  15 import wx.lib.sized_controls as sc
  16 from time import sleep
  17 from functions import exec_rcode, check_Rresult
  18 from dialog import ChiDialog, PrefChi
  19 from analysematrix import AnalyseMatrix
  20
  21 def make_res(line) :
  22     if float(line[5]) <= 0.05 and line[6] != 'warning':
  23         line.append('green')
  24     elif float(line[5]) <= 0.05 and line[6] == 'warning':
  25         line.append('blue')
  26     else :
  27         line.append('red')
  28     return line
  29
  30 def clean_line(result) :
  31     return [[val for val in line if val != '**'] for line in result]
  32
  33 def make_table(tabs, tab_title, res) :
  34     return ['<br>'.join(['<font color=%s>%s</font>' % (res[i][-1], tab_title), HTML.table(tab)]) for i,tab in enumerate(tabs)]
  35
  36 def make_restab(res) :
  37     return ['<br>'.join(['<font color=%s>%s</font>'% (line[-1], u'Résultats'),HTML.table([['chi', line[3]],['p', line[5]]])]) for i,line in enumerate(res)]
  38
  39 def make_htmlgraphs(graphs) :
  40     return ['<img src=%s>' % os.path.basename(val) for val in graphs]
  41
  42 def make_link_list(res, text) :
  43     return ['<a name=back_%i></a><a href=#%i><font color=%s>%s</font></a>' % (i, i, chi[-1], text[i]) for i, chi in enumerate(res)]
  44
  45 def make_title(res, text) :
  46     return ['<a name=%i></a><br><font color=%s>%s</font><br><a href=#back_%i>retour</a><br>' % (i, val[-1], text[i], i) for i, val in enumerate(res)]
  47
  48
  49 chioption = { 'valobs' : True,
  50               'valtheo' : True,
  51               'resi' : False,
  52               'contrib' : True,
  53               'pourcent' : False,
  54               'pourcentl' : True,
  55               'pourcentc' : True,
  56               'graph' : True,
  57               'bw' : False,
  58               }
  59
  60
  61 class MakeChi2():
  62     def __init__(self, parent, select1, select2, chioption, tableau):
  63         self.tableau = tableau
  64         self.OutFrame=tempfile.mktemp(dir=parent.TEMPDIR)
  65         print self.OutFrame
  66         self.parent=parent
  67         self.encode=self.parent.encode
  68         self.TEMPDIR=parent.TEMPDIR
  69         self.RPath=parent.PathPath.get('PATHS','rpath')
  70         self.TextCroise=[]
  71         for i in select1 :
  72             for j in select2 :
  73                 self.TextCroise.append(self.tableau.colnames[i] + ' / ' + self.tableau.colnames[j])
  74         rchioption = {}
  75         for val in chioption :
  76             if chioption[val]:
  77                 rchioption[val] = 'TRUE'
  78             else :
  79                 rchioption[val] = 'FALSE'
  80         txt="""
  81         source("%s")
  82         """%self.parent.RscriptsPath['Rfunct']
  83 #        if parent.tableau.: rownames=1
  84 #        else : rownames='NULL'
  85 #        if parent.g_header : header = 'TRUE'
  86 #        else : header = 'FALSE'
  87         txt += """
  88         source("%s")
  89         """ % ffr(self.parent.RscriptsPath['Rgraph'])
  90         txt += """
  91         doobs <- %s
  92         doexp <- %s
  93         docontrib <- %s
  94         doresi <- %s
  95         dopr <- %s
  96         doprl <- %s
  97         doprc <- %s
  98         dograph <- %s
  99         bw <- %s
 100         """ % (rchioption['valobs'], rchioption['valtheo'], rchioption['contrib'], rchioption['resi'], rchioption['pourcent'], rchioption['pourcentl'], rchioption['pourcentc'], rchioption['graph'], rchioption['bw'])
 101         txt+="""
 102         datadm <- read.csv2("%s", encoding="%s", header = TRUE, row.names = 1, sep='\\t', quote = '"', na.string = '')
 103         listres<-list()
 104         listcol<-list()
 105         cont<-1
 106         """%(ffr(self.tableau.parametres['csvfile']), self.tableau.parametres['syscoding'])
 107         if len(select1)==1:
 108             strsel1=str(select1).replace(',','')
 109         else:
 110             strsel1=str(select1)
 111         if len(select2)==1:
 112             strsel2=str(select2).replace(',','')
 113         else:
 114             strsel2=str(select2)
 115         txt+="""
 116         for (i in c%s) {"""%strsel1
 117         txt+="""
 118             for (j in c%s) {"""%strsel2
 119         txt+="""
 120                 tab<-table(datadm[,i+1],datadm[,j+1])
 121                 if (min(dim(tab)) != 1) {
 122                     chi<-chisq.test(tab)
 123                     CS<-colSums(tab)
 124                     RS<-rowSums(tab)
 125                     GT<-sum(tab)
 126                     chi$contrib<-(tab-chi$expected)/sqrt(chi$expected * ((1 - RS/GT) %%*%% t(1 - CS/GT)))
 127                     listres[[cont]]<-chi
 128                     listcol[[cont]]<-ncol(tab)
 129                     cont<-cont+1
 130                 } else {
 131                     chi <- list(observed = tab, residuals = tab, contrib = tab, statistic = 0, p.value = 1, expected = tab, message = 'pas de calcul')
 132                     listres[[cont]] <- chi
 133                     listcol[[cont]]<-ncol(tab)
 134                     cont <- cont + 1
 135                 }
 136             }
 137         }
 138         maxcol<-max(unlist(listcol))+1
 139         if (maxcol<7) {maxcol<-7}
 140         frameout<-matrix('*',1,maxcol)
 141         count<-0
 142         for (chi in listres) {
 143             if (min(chi$expected)<5) {
 144                 att<-"warning"
 145             } else {
 146                 att<-""
 147             }
 148             if ('message' %%in%% attributes(chi)$names) {
 149                 att <- "Ce chi2 n\'a pas été calculé"
 150                 nom_colresi<-colnames(chi$observed)
 151                 chi$prl <- chi$expected
 152                 chi$prc <- chi$expected
 153                 st <- sum(chi$observed)
 154             } else {
 155                 nom_colresi<-colnames(chi$observed)
 156                 st <- sum(chi$observed)
 157                 sc <- colSums(chi$observed)
 158                 sr <- rowSums(chi$observed)
 159                 chi$prl <- round((chi$observed/sr)*100,2)
 160                 chi$prc <- t(round((t(chi$observed)/sc)*100,2))
 161             }
 162             fileout<-paste('histo_',count,sep='')
 163             fileout<-paste(fileout,'.png',sep='')
 164             count<-count+1
 165             fileout<-file.path("%s",fileout)
 166             if (max(nchar(colnames(chi$observed)))>15) {
 167                 leg <- 1:length(colnames(chi$observed))
 168             } else {
 169                 leg <- colnames(chi$observed)
 170             }
 171             if (dograph) {
 172                 width<-ncol(chi$observed)*100
 173                 if (width < 350) {width <- 350}
 174                 open_file_graph(fileout,width = width, height = 300)
 175                 par(mar=c(0,0,0,0))
 176                 layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,1))
 177                 par(mar=c(2,2,1,0))
 178                 par(cex=0.8)
 179                 if (!bw) colors <- rainbow(length(rownames(chi$observed)))
 180                 else colors <- gray.colors(length(rownames(chi$observed)))
 181                 barplot(chi$prl,names.arg = leg, beside=TRUE,border=NA, col=colors)
 182                 par(mar=c(0,0,0,0))
 183                 par(cex=0.8)
 184                 plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 185                 legend(x = 'center' , rownames(chi$observed), fill = colors)
 186                 dev.off()
 187             }
 188             chi$prl <- cbind(chi$prl, total = rowSums(chi$prl))
 189             chi$prc <- rbind(chi$prc, total = colSums(chi$prc))
 190             chi$observed<-rbind(chi$observed,total=colSums(chi$observed))
 191             chi$observed<-cbind(chi$observed,total=rowSums(chi$observed))
 192             chi$pr <- round((chi$observed/st)*100,2)
 193             chi$expected<-rbind(chi$expected,total=colSums(chi$expected))
 194             chi$expected<-cbind(chi$expected,total=rowSums(chi$expected))
 195             chi$expected<-round(chi$expected,digits=2)
 196             chi$residuals<-round(chi$residuals,digits=2)
 197             chi$contrib<-round(chi$contrib, digits=2)
 198             nom_col<-colnames(chi$observed)
 199
 200             if (ncol(chi$observed)<maxcol) {
 201                 for (i in 1:(maxcol-ncol(chi$observed))) {
 202                     chi$observed<-cbind(chi$observed,'**')
 203                     chi$pr<-cbind(chi$pr,'**')
 204                     chi$prl<-cbind(chi$prl,'**')
 205                     chi$prc<-cbind(chi$prc,'**')
 206                     chi$expected<-cbind(chi$expected,'**')
 207                     chi$residuals<-cbind(chi$residuals,'**')
 208                     chi$contrib<-cbind(chi$contrib,'**')
 209                     nom_col<-append(nom_col,'**')
 210                     nom_colresi<-append(nom_colresi,'**')
 211                 }
 212                 chi$residuals<-cbind(chi$residuals,'**')
 213                 chi$contrib<-cbind(chi$contrib,'**')
 214                 nom_colresi<-append(nom_colresi,'**')
 215                 chi$prc<-cbind(chi$prc,'**')
 216             } else if (ncol(chi$observed)==maxcol) {
 217                 chi$residuals<-cbind(chi$residuals,'**')
 218                 chi$contrib<-cbind(chi$contrib,'**')
 219                 nom_colresi<-append(nom_colresi,'**')
 220                 chi$prc<-cbind(chi$prc,'**')
 221             }
 222             if (doobs) {
 223                 li<-matrix('*obs*',1,maxcol)
 224                 frameout<-rbind(frameout,li)
 225                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 226                 frameout<-rbind(frameout,chi$observed)
 227             }
 228             if (doexp) {
 229                 li<-matrix('*exp*',1,maxcol)
 230                 frameout<-rbind(frameout,li)
 231                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 232                 frameout<-rbind(frameout,chi$expected)
 233             }
 234             if (doresi) {
 235                 li<-matrix('*resi*',1,maxcol)
 236                 frameout<-rbind(frameout,li)
 237                 frameout<-rbind(frameout,nom_colresi)
 238                 frameout<-rbind(frameout,chi$residuals)
 239             }
 240             if (docontrib) {
 241                 li<-matrix('*contrib*',1,maxcol)
 242                 frameout<-rbind(frameout,li)
 243                 frameout<-rbind(frameout,nom_colresi)
 244                 frameout<-rbind(frameout,chi$contrib)
 245             }
 246             if (dopr) {
 247                 li<-matrix('*pr*', 1, maxcol)
 248                 frameout<-rbind(frameout,li)
 249                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 250                 frameout<-rbind(frameout,chi$pr)
 251             }
 252             if (doprl) {
 253                 li<-matrix('*prl*', 1, maxcol)
 254                 frameout<-rbind(frameout,li)
 255                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 256                 frameout<-rbind(frameout,chi$prl)
 257             }
 258             if (doprc) {
 259                 li<-matrix('*prc*', 1, maxcol)
 260                 frameout<-rbind(frameout,li)
 261                 frameout<-rbind(frameout,nom_colresi)
 262                 frameout<-rbind(frameout,chi$prc)
 263             }
 264             res<-c('****','chi',chi$statistic,'p',chi$p.value,att,fileout)
 265             frameout<-rbind(frameout,res)
 266         }
 267         li<-matrix('fin_analyse',1,maxcol)
 268         frameout<-rbind(frameout,li)
 269         write.csv2(frameout,file="%s")
 270         """ % (ffr(parent.TEMPDIR),ffr(self.OutFrame))
 271         tmpfile=tempfile.mktemp(dir=self.TEMPDIR)
 272         print tmpfile
 273         tmpscript=open(tmpfile,'w')
 274         tmpscript.write(txt)
 275         tmpscript.close()
 276         pid = exec_rcode(self.RPath, tmpfile, wait = False)
 277         while pid.poll() == None :
 278             sleep(0.2)
 279         check_Rresult(self.parent, pid)
 280
 281     def dolayout(self, option):
 282         ListFile=[False]
 283         file=open(self.OutFrame,'rU')
 284         content=file.readlines()
 285         file.close()
 286         lcont = [line.replace('"','').replace('\n','').split(';') for line in content]
 287
 288         lcont.pop(0)
 289         lcont.pop(0)
 290
 291         allcoord = []
 292         names = []
 293
 294         res = [chi for chi in lcont if chi[0]=='res']
 295         res = [make_res(line) for line in res]
 296         coord_res = [i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[0]=='res']
 297         if option['valobs']:
 298             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*obs*'])
 299             names.append(u'Valeurs observées')
 300         if option['valtheo'] :
 301             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*exp*'])
 302             names.append(u'Valeurs théoriques')
 303         if option['resi'] :
 304             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*resi*'])
 305             names.append(u'Residuals')
 306         if option['contrib'] :
 307             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*contrib*'])
 308             names.append(u'Contributions a posteriori')
 309         if option['pourcent'] :
 310             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*pr*'])
 311             names.append(u'Pourcentages')
 312         if option['pourcentl'] :
 313             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*prl*'])
 314             names.append(u'Pourcentages en ligne')
 315         if option['pourcentc'] :
 316             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*prc*'])
 317             names.append(u'Pourcentages en colonne')
 318
 319         allcoord.append(coord_res)
 320         allhtml = [[clean_line(lcont[allcoord[i][j]+1:allcoord[i+1][j]]) for j, line in enumerate(allcoord[i])] for i, tab in enumerate(allcoord) if i!=len(allcoord)-1]
 321
 322         allhtml = [make_table(val,names[i],res) for i,val in enumerate(allhtml)]
 323
 324         links = make_link_list(res, self.TextCroise)
 325         #colors = [line[-1] for line in res]
 326
 327     #    good = [i for i,chi in enumerate(res) if chi[-1] == 'green' or chi[-1] == 'blue']
 328         #select_good = [[val[i] for i in good] for val in tout]
 329
 330
 331         html_res = make_restab(res)
 332         allhtml.insert(0,html_res)
 333
 334         titles = make_title(res, self.TextCroise)
 335         allhtml.insert(0,titles)
 336
 337         if option['graph'] :
 338             graphs = [line[7] for line in res]
 339             ListFile += graphs
 340             html_graphs = make_htmlgraphs(graphs)
 341             allhtml.append(html_graphs)
 342
 343         header=u"""
 344         <html>\n
 345         <meta http-equiv="content-Type" content="text/html; charset=%s" />\n
 346         <body>\n
 347         <h1>Test du Chi2</h1>\n
 348         <br>
 349         <table border=1><tr><td>
 350         Légende : <br>
 351         <font color=green>p &lt;= 0.05</font><br>
 352         <font color=blue>p &lt;= 0.05 mais il y a des valeurs théoriques &lt; 5</font><br>
 353         <font color=red>p &gt; 0.05</font>
 354         </td></tr></table><br><br>
 355         """%self.parent.SysEncoding
 356
 357
 358         pretxt = '<br>\n'.join(links)+'<br><hr><br>\n'
 359         txt = '<br><hr><br>\n'.join(['<br><br>'.join([tab[i] for tab in allhtml]) for i,val in enumerate(res)])
 360         txt = header + pretxt + txt + '\n</body></html>'
 361
 362         fileout=os.path.join(self.parametres['pathout'],'resultats-chi2.html')
 363         with open(fileout, 'w') as f :
 364             f.write(txt)
 365         ListFile.append(fileout)
 366         return ListFile
 367
 368 class ChiSquare(AnalyseMatrix):
 369     def doparametres(self, dlg = None):
 370         if dlg is None :
 371             return
 372         dial = ChiDialog(self.parent, -1, u"Chi2", chioption, self.tableau, size=(400, 350),
 373                      style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE
 374                      )
 375         dial.CenterOnParent()
 376         val = dial.ShowModal()
 377         if val==wx.ID_OK :
 378             dlg.Center()
 379             self.count = 1
 380             keepGoing = dlg.Update(self.count)
 381
 382             self.colsel1 = dial.list_box_1.GetSelections()
 383             self.colsel2 = dial.list_box_2.GetSelections()
 384             if dial.chiopt :
 385                 chioption['valobs'] = dial.dial.check1.GetValue()
 386                 chioption['valtheo'] = dial.dial.check2.GetValue()
 387                 chioption['resi'] = dial.dial.check3.GetValue()
 388                 chioption['contrib'] = dial.dial.check4.GetValue()
 389                 chioption['pourcent'] = dial.dial.check5.GetValue()
 390                 chioption['pourcentl'] = dial.dial.check6.GetValue()
 391                 chioption['pourcentc'] = dial.dial.check7.GetValue()
 392                 chioption['graph'] = dial.dial.check8.GetValue()
 393                 chioption['bw'] = dial.dial.checkbw.GetValue()
 394                 dial.dial.Destroy()
 395             dial.Destroy()
 396             self.parametres.update(chioption)
 397             self.chioption = chioption
 398         else :
 399             if dial.chiopt :
 400                 dial.dial.Destroy()
 401             dial.Destroy()
 402             self.parametres = None
 403
 404     def doanalyse(self):
 405
 406
 407             #self.dlg=wx.ProgressDialog("Traitements",
 408             #           "Veuillez patienter...",
 409             #           maximum = 4,
 410             #           parent=parent,
 411             #           style = wx.PD_APP_MODAL|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_ELAPSED_TIME
 412             #            )
 413
 414
 415
 416         self.count += 1
 417         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"Analyse dans R...")
 418         #analyse=MakeChi2(self.parent, self.colsel1, self.colsel2, self.chioption, self.tableau)
 419         #self.tableau = tableau
 420         self.OutFrame=tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 421         print self.OutFrame
 422         #self.parent=parent
 423         self.encode=self.parent.encode
 424         self.TEMPDIR=self.parent.TEMPDIR
 425         self.RPath=self.parent.PathPath.get('PATHS','rpath')
 426         self.TextCroise=[]
 427         for i in self.colsel1 :
 428             for j in self.colsel2 :
 429                 self.TextCroise.append(self.tableau.colnames[i] + ' / ' + self.tableau.colnames[j])
 430         rchioption = {}
 431         for val in self.chioption :
 432             if self.chioption[val]:
 433                 rchioption[val] = 'TRUE'
 434             else :
 435                 rchioption[val] = 'FALSE'
 436         txt="""
 437         source("%s")
 438         """%self.parent.RscriptsPath['Rfunct']
 439 #        if parent.tableau.: rownames=1
 440 #        else : rownames='NULL'
 441 #        if parent.g_header : header = 'TRUE'
 442 #        else : header = 'FALSE'
 443         txt += """
 444         source("%s")
 445         """ % ffr(self.parent.RscriptsPath['Rgraph'])
 446         txt += """
 447         doobs <- %s
 448         doexp <- %s
 449         docontrib <- %s
 450         doresi <- %s
 451         dopr <- %s
 452         doprl <- %s
 453         doprc <- %s
 454         dograph <- %s
 455         bw <- %s
 456         """ % (rchioption['valobs'], rchioption['valtheo'], rchioption['contrib'], rchioption['resi'], rchioption['pourcent'], rchioption['pourcentl'], rchioption['pourcentc'], rchioption['graph'], rchioption['bw'])
 457         txt+="""
 458         datadm <- read.csv2("%s", encoding="%s", header = TRUE, row.names = 1, sep='\\t', quote = '"', na.string = '')
 459         listres<-list()
 460         listcol<-list()
 461         cont<-1
 462         """%(ffr(self.tableau.parametres['csvfile']), self.tableau.parametres['syscoding'])
 463         if len(self.colsel1)==1:
 464             strsel1=str(self.colsel1).replace(',','')
 465         else:
 466             strsel1=str(self.colsel1)
 467         if len(self.colsel2)==1:
 468             strsel2=str(self.colsel2).replace(',','')
 469         else:
 470             strsel2=str(self.colsel2)
 471         txt+="""
 472         for (i in c%s) {""" % strsel1
 473         txt+="""
 474             for (j in c%s) {""" % strsel2
 475         txt+="""
 476                 tab<-table(datadm[,i+1],datadm[,j+1])
 477                 if (min(dim(tab)) != 1) {
 478                     chi<-chisq.test(tab)
 479                     CS<-colSums(tab)
 480                     RS<-rowSums(tab)
 481                     GT<-sum(tab)
 482                     chi$contrib<-(tab-chi$expected)/sqrt(chi$expected * ((1 - RS/GT) %%*%% t(1 - CS/GT)))
 483                     listres[[cont]]<-chi
 484                     listcol[[cont]]<-ncol(tab)
 485                     cont<-cont+1
 486                 } else {
 487                     chi <- list(observed = tab, residuals = tab, contrib = tab, statistic = 0, p.value = 1, expected = tab, message = 'pas de calcul')
 488                     listres[[cont]] <- chi
 489                     listcol[[cont]]<-ncol(tab)
 490                     cont <- cont + 1
 491                 }
 492             }
 493         }
 494         maxcol<-max(unlist(listcol))+1
 495         if (maxcol<7) {maxcol<-7}
 496         frameout<-matrix('*',1,maxcol)
 497         count<-0
 498         for (chi in listres) {
 499             if (min(chi$expected)<5) {
 500                 att<-"warning"
 501             } else {
 502                 att<-""
 503             }
 504             if ('message' %%in%% attributes(chi)$names) {
 505                 att <- "Ce chi2 n\'a pas été calculé"
 506                 nom_colresi<-colnames(chi$observed)
 507                 chi$prl <- chi$expected
 508                 chi$prc <- chi$expected
 509                 st <- sum(chi$observed)
 510             } else {
 511                 nom_colresi<-colnames(chi$observed)
 512                 st <- sum(chi$observed)
 513                 sc <- colSums(chi$observed)
 514                 sr <- rowSums(chi$observed)
 515                 chi$prl <- round((chi$observed/sr)*100,2)
 516                 chi$prc <- t(round((t(chi$observed)/sc)*100,2))
 517             }
 518             fileout<-paste('histo_',count,sep='')
 519             fileout<-paste(fileout,'.png',sep='')
 520             count<-count+1
 521             fileout<-file.path("%s",fileout)
 522             if (max(nchar(colnames(chi$observed)))>15) {
 523                 leg <- 1:length(colnames(chi$observed))
 524             } else {
 525                 leg <- colnames(chi$observed)
 526             }
 527             if (dograph) {
 528                 width<-ncol(chi$observed)*100
 529                 if (width < 350) {width <- 350}
 530                 open_file_graph(fileout,width = width, height = 300)
 531                 par(mar=c(0,0,0,0))
 532                 layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,1))
 533                 par(mar=c(2,2,1,0))
 534                 par(cex=0.8)
 535                 if (!bw) colors <- rainbow(length(rownames(chi$observed)))
 536                 else colors <- gray.colors(length(rownames(chi$observed)))
 537                 barplot(chi$prl,names.arg = leg, beside=TRUE,border=NA, col=colors)
 538                 par(mar=c(0,0,0,0))
 539                 par(cex=0.8)
 540                 plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 541                 legend(x = 'center' , rownames(chi$observed), fill = colors)
 542                 dev.off()
 543             }
 544             chi$prl <- cbind(chi$prl, total = rowSums(chi$prl))
 545             chi$prc <- rbind(chi$prc, total = colSums(chi$prc))
 546             chi$observed<-rbind(chi$observed,total=colSums(chi$observed))
 547             chi$observed<-cbind(chi$observed,total=rowSums(chi$observed))
 548             chi$pr <- round((chi$observed/st)*100,2)
 549             chi$expected<-rbind(chi$expected,total=colSums(chi$expected))
 550             chi$expected<-cbind(chi$expected,total=rowSums(chi$expected))
 551             chi$expected<-round(chi$expected,digits=2)
 552             chi$residuals<-round(chi$residuals,digits=2)
 553             chi$contrib<-round(chi$contrib, digits=2)
 554             nom_col<-colnames(chi$observed)
 555
 556             if (ncol(chi$observed)<maxcol) {
 557                 for (i in 1:(maxcol-ncol(chi$observed))) {
 558                     chi$observed<-cbind(chi$observed,'**')
 559                     chi$pr<-cbind(chi$pr,'**')
 560                     chi$prl<-cbind(chi$prl,'**')
 561                     chi$prc<-cbind(chi$prc,'**')
 562                     chi$expected<-cbind(chi$expected,'**')
 563                     chi$residuals<-cbind(chi$residuals,'**')
 564                     chi$contrib<-cbind(chi$contrib,'**')
 565                     nom_col<-append(nom_col,'**')
 566                     nom_colresi<-append(nom_colresi,'**')
 567                 }
 568                 chi$residuals<-cbind(chi$residuals,'**')
 569                 chi$contrib<-cbind(chi$contrib,'**')
 570                 nom_colresi<-append(nom_colresi,'**')
 571                 chi$prc<-cbind(chi$prc,'**')
 572             } else if (ncol(chi$observed)==maxcol) {
 573                 chi$residuals<-cbind(chi$residuals,'**')
 574                 chi$contrib<-cbind(chi$contrib,'**')
 575                 nom_colresi<-append(nom_colresi,'**')
 576                 chi$prc<-cbind(chi$prc,'**')
 577             }
 578             if (doobs) {
 579                 li<-matrix('*obs*',1,maxcol)
 580                 frameout<-rbind(frameout,li)
 581                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 582                 frameout<-rbind(frameout,chi$observed)
 583             }
 584             if (doexp) {
 585                 li<-matrix('*exp*',1,maxcol)
 586                 frameout<-rbind(frameout,li)
 587                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 588                 frameout<-rbind(frameout,chi$expected)
 589             }
 590             if (doresi) {
 591                 li<-matrix('*resi*',1,maxcol)
 592                 frameout<-rbind(frameout,li)
 593                 frameout<-rbind(frameout,nom_colresi)
 594                 frameout<-rbind(frameout,chi$residuals)
 595             }
 596             if (docontrib) {
 597                 li<-matrix('*contrib*',1,maxcol)
 598                 frameout<-rbind(frameout,li)
 599                 frameout<-rbind(frameout,nom_colresi)
 600                 frameout<-rbind(frameout,chi$contrib)
 601             }
 602             if (dopr) {
 603                 li<-matrix('*pr*', 1, maxcol)
 604                 frameout<-rbind(frameout,li)
 605                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 606                 frameout<-rbind(frameout,chi$pr)
 607             }
 608             if (doprl) {
 609                 li<-matrix('*prl*', 1, maxcol)
 610                 frameout<-rbind(frameout,li)
 611                 frameout<-rbind(frameout,nom_col)
 612                 frameout<-rbind(frameout,chi$prl)
 613             }
 614             if (doprc) {
 615                 li<-matrix('*prc*', 1, maxcol)
 616                 frameout<-rbind(frameout,li)
 617                 frameout<-rbind(frameout,nom_colresi)
 618                 frameout<-rbind(frameout,chi$prc)
 619             }
 620             res<-c('****','chi',chi$statistic,'p',chi$p.value,att,fileout)
 621             frameout<-rbind(frameout,res)
 622         }
 623         li<-matrix('fin_analyse',1,maxcol)
 624         frameout<-rbind(frameout,li)
 625         write.csv2(frameout,file="%s")
 626         """ % (ffr(self.parametres['pathout']),ffr(self.OutFrame))
 627         tmpfile=tempfile.mktemp(dir=self.TEMPDIR)
 628         print tmpfile
 629         tmpscript=open(tmpfile,'w')
 630         tmpscript.write(txt)
 631         tmpscript.close()
 632         pid = exec_rcode(self.RPath, tmpfile, wait = False)
 633         while pid.poll() == None :
 634             sleep(0.2)
 635         check_Rresult(self.parent, pid)
 636         self.count += 1
 637         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"Ecriture des résultats")
 638
 639         listfileout = self.dolayout(self.chioption)
 640             #listfileout=dlg.ShowChi2(ColSel1,ColSel2)
 641             #parent.FreqNum += 1
 642             #parent.DictTab[u"Chi2_%s*"%parent.FreqNum]=listfileout
 643 #             parent.newtab = wx.html.HtmlWindow(parent.nb, -1)
 644 #             if "gtk2" in wx.PlatformInfo:
 645 #                 parent.newtab.SetStandardFonts()
 646 #             parent.newtab.LoadPage(listfileout[len(listfileout)-1])
 647 #             parent.nb.AddPage(parent.newtab,u"Chi2_%s*"%parent.FreqNum)
 648 #             parent.nb.SetSelection(parent.nb.GetPageCount()-1)
 649 #             parent.ShowTab(wx.EVT_BUTTON)
 650 #             parent.DisEnSaveTabAs(True)
 651         self.count += 1
 652         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"Fini")
 653
 654     def dolayout(self, option):
 655         ListFile=[False]
 656         file=open(self.OutFrame,'rU')
 657         content=file.readlines()
 658         file.close()
 659         lcont = [line.replace('"','').replace('\n','').split(';') for line in content]
 660
 661         lcont.pop(0)
 662         lcont.pop(0)
 663
 664         allcoord = []
 665         names = []
 666
 667         res = [chi for chi in lcont if chi[0]=='res']
 668         res = [make_res(line) for line in res]
 669         coord_res = [i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[0]=='res']
 670         if option['valobs']:
 671             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*obs*'])
 672             names.append(u'Valeurs observées')
 673         if option['valtheo'] :
 674             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*exp*'])
 675             names.append(u'Valeurs théoriques')
 676         if option['resi'] :
 677             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*resi*'])
 678             names.append(u'Residuals')
 679         if option['contrib'] :
 680             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*contrib*'])
 681             names.append(u'Contributions a posteriori')
 682         if option['pourcent'] :
 683             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*pr*'])
 684             names.append(u'Pourcentages')
 685         if option['pourcentl'] :
 686             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*prl*'])
 687             names.append(u'Pourcentages en ligne')
 688         if option['pourcentc'] :
 689             allcoord.append([i for i,chi in enumerate(lcont) if chi[1]=='*prc*'])
 690             names.append(u'Pourcentages en colonne')
 691
 692         allcoord.append(coord_res)
 693         allhtml = [[clean_line(lcont[allcoord[i][j]+1:allcoord[i+1][j]]) for j, line in enumerate(allcoord[i])] for i, tab in enumerate(allcoord) if i!=len(allcoord)-1]
 694
 695         allhtml = [make_table(val,names[i],res) for i,val in enumerate(allhtml)]
 696
 697         links = make_link_list(res, self.TextCroise)
 698         #colors = [line[-1] for line in res]
 699
 700     #    good = [i for i,chi in enumerate(res) if chi[-1] == 'green' or chi[-1] == 'blue']
 701         #select_good = [[val[i] for i in good] for val in tout]
 702
 703
 704         html_res = make_restab(res)
 705         allhtml.insert(0,html_res)
 706
 707         titles = make_title(res, self.TextCroise)
 708         allhtml.insert(0,titles)
 709
 710         if option['graph'] :
 711             graphs = [line[7] for line in res]
 712             ListFile += graphs
 713             html_graphs = make_htmlgraphs(graphs)
 714             allhtml.append(html_graphs)
 715
 716         header=u"""
 717         <html>\n
 718         <meta http-equiv="content-Type" content="text/html; charset=%s" />\n
 719         <body>\n
 720         <h1>Test du Chi2</h1>\n
 721         <br>
 722         <table border=1><tr><td>
 723         Légende : <br>
 724         <font color=green>p &lt;= 0.05</font><br>
 725         <font color=blue>p &lt;= 0.05 mais il y a des valeurs théoriques &lt; 5</font><br>
 726         <font color=red>p &gt; 0.05</font>
 727         </td></tr></table><br><br>
 728         """%self.parent.SysEncoding
 729
 730
 731         pretxt = '<br>\n'.join(links)+'<br><hr><br>\n'
 732         txt = '<br><hr><br>\n'.join(['<br><br>'.join([tab[i] for tab in allhtml]) for i,val in enumerate(res)])
 733         txt = header + pretxt + txt + '\n</body></html>'
 734
 735         fileout=os.path.join(self.parametres['pathout'],'resultats-chi2.html')
 736         with open(fileout, 'w') as f :
 737             f.write(txt)
 738         ListFile.append(fileout)
 739         return ListFile