iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabsimi.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2009-2010 Pierre Ratinaud
   5 #Lisense: GNU/GPL
   6
   7 from chemins import ConstructPathOut, construct_simipath, ffr
   8 from functions import print_liste, exec_rcode, read_list_file, check_Rresult, indices_simi, treat_var_mod
   9 from dialog import SelectColDial, OptLexi
  10 from guifunct import PrefSimi
  11 from listlex import *
  12 import wx
  13 import wx.lib.agw.aui as aui
  14 from numpy import *
  15 import os
  16 import tempfile
  17 import datetime
  18 from ConfigParser import RawConfigParser
  19 from time import sleep
  20 from uuid import uuid4
  21
  22
  23 class DoSimi():
  24     def __init__(self, parent, param = None, isopen = False, fromprof = False, pathout = False, filename ='', gparent = False, wordgraph = False, listactives = False, actives = False, cmd = False, openfromprof=False):
  25 #-------------------------------------------------------------------
  26         self.fromprof = fromprof
  27         self.wordgraph = wordgraph
  28         self.listactives = listactives
  29         self.actives = actives
  30         self.openfromprof = openfromprof
  31         self.cmd = cmd
  32         if param is not None and fromprof:
  33             self.paramsimi = param
  34         else :
  35             self.paramsimi = {'coeff' : 0,
  36                           'layout' : 2,
  37                           'type_graph' : 1,
  38                           'arbremax' : 1,
  39                           'coeff_tv' : 0,
  40                           'coeff_tv_nb' : 10,
  41                           'tvprop' : 1,
  42                           'tvmin' : 5,
  43                           'tvmax' : 30,
  44                           'coeff_te' : 1,
  45                           'coeff_temin' : 1,
  46                           'coeff_temax' : 10,
  47                           'label_v': 1,
  48                           'label_e': 1,
  49                           'vcex' : 0,
  50                           'vcexmin' : 8,
  51                           'vcexmax' : 25,
  52                           'cex' : 10,
  53                           'seuil_ok' : 0,
  54                           'seuil' : 1,
  55                           'cols' : (255,0,0),
  56                           'cola' : (200,200,200),
  57                           'width' : 800,
  58                           'height' : 800,
  59                           'first' : True,
  60                           'keep_coord' : False,
  61                           'alpha' : 10,
  62                           'film' : False,
  63                           }
  64         self.types = indices_simi
  65         if fromprof :
  66             self.parent = parent.parent
  67             self.Source = parent
  68         else :
  69             self.parent = parent
  70             self.Source = None
  71
  72         self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  73         if not isopen :
  74             if not fromprof :
  75                 self.tableau = self.parent.tableau
  76             else :
  77                 self.tableau = parent.tableau
  78             self.tableau.parametre['mineff'] = 0
  79             self.dial = PrefSimi(parent, -1, self.paramsimi, self.types)
  80             self.dial.CenterOnParent()
  81             self.val = self.dial.ShowModal()
  82             if self.val == wx.ID_OK :
  83                 self.paramsimi = self.make_param()
  84                 self.dial.Destroy()
  85                 if self.paramsimi.get('bystar', False) :
  86                     variables = treat_var_mod(self.tableau.listet)
  87                     dial = OptLexi(self.parent)
  88                     dial.listet = self.tableau.listet
  89                     var = [v for v in variables]
  90                     dial.variables = var
  91                     for et in var :
  92                         dial.list_box_1.Append(et)
  93                     dial.CenterOnParent()
  94                     val = dial.ShowModal()
  95                     if val == wx.ID_OK :
  96                         if dial.choice.GetSelection() == 1 :
  97                             listet = [self.tableau.listet[i] for i in dial.list_box_1.GetSelections()]
  98                         else :
  99                             listet = variables[var[dial.list_box_1.GetSelections()[0]]]
 100                         dial.Destroy()
 101                         self.tableau.etline = self.Source.corpus.make_etline(listet)
 102
 103                 dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
 104                                        "Veuillez patienter...",
 105                                        maximum=4,
 106                                        parent=self.parent,
 107                                        style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
 108                                         )
 109                 dlg.Center()
 110                 count = 1
 111                 keepGoing = dlg.Update(count)
 112         #-------------------------------------------------------------------
 113                 self.DictForme = {}
 114                 self.Min = 10
 115                 self.Linecontent = []
 116         #-----------------------------------------------------------
 117                 count += 1
 118                 if not fromprof :
 119                     self.pathout = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'Simi')
 120                     self.DictPathOut = construct_simipath(self.pathout)
 121                     self.parent.tableau.dictpathout = self.DictPathOut
 122                     dlg.Update(count, u"passage en O/1")
 123                     self.parent.tableau.make_01_from_selection(range(0,self.parent.tableau.colnb))
 124                     #self.Linecontent = parent.table
 125                     #self.ListTo01Form()
 126                 else :
 127                     self.pathout = pathout
 128                     self.DictPathOut = construct_simipath(self.pathout)
 129                     self.DictPathOut['mat01'] = fromprof
 130                 self.PrintScript()
 131                 count += 1
 132                 dlg.Update(count, u"R...")
 133                 self.DoR(dlg)
 134                 self.make_ira()
 135                 count += 1
 136                 dlg.Update(count, u"")
 137                 dlg.Destroy()
 138                 #self.dial.Destroy()
 139                 #self.dolayout()
 140                 from openanalyse import OpenAnalyse
 141                 if self.fromprof :
 142                     fromprof = True
 143                 else:
 144                     fromprof = False
 145                 OpenAnalyse(self.parent, self.DictPathOut['ira'], False, simifromprof=fromprof)
 146             else:
 147                 self.dial.Destroy()
 148         else :
 149             self.tableau = gparent.tableau
 150             if 'corpus' in dir(gparent) :
 151                 self.Source = gparent
 152             self.tableau.parametre['mineff'] = 0
 153             self.DictPathOut = construct_simipath(os.path.abspath(os.path.dirname(filename)))
 154             self.dolayout()
 155             self.paramsimi['first'] = False
 156             self.paramsimi['coeff'] = int(param.get('simi', 'indice'))
 157             self.paramsimi['layout'] = int(param.get('simi', 'layout'))
 158             self.paramsimi['seuil_ok'] = param.getboolean('simi', 'seuil_ok')
 159             self.paramsimi['seuil'] = int(param.get('simi', 'seuil'))
 160             if param.get('simi', 'wordgraph') == 'False' :
 161                 self.wordgraph = False
 162             else :
 163                 self.wordgraph = param.get('simi', 'wordgraph')
 164             if 'listet' in dir(self.tableau) :
 165                 self.paramsimi['stars'] = self.tableau.listet
 166                 self.paramsimi['bystar'] = False
 167                 self.paramsimi['cexfromchi'] = True
 168                 self.paramsimi['tvprop'] = False
 169                 self.paramsimi['sfromchi'] = False
 170                 self.paramsimi['coeff_te'] = True
 171                 self.paramsimi['coeff_tv'] = True
 172                 self.paramsimi['coeff_tv_nb'] = 0
 173                 self.paramsimi['label_e'] = False
 174                 self.paramsimi['width'] = 1000
 175                 self.paramsimi['height'] = 1000
 176
 177
 178     def make_param(self) :
 179         if self.paramsimi['first'] :
 180             keep_coord = False
 181         else :
 182             keep_coord = self.dial.check_coord.GetValue()
 183         self.select = self.dial.check_colch.GetValue()
 184
 185         paramsimi = {'coeff' : self.dial.choice1.GetSelection(),
 186                           'layout' : self.dial.choice2.GetSelection(),
 187                           'type_graph' : self.dial.choice3.GetSelection(),
 188                           'arbremax' : self.dial.check1.GetValue(),
 189                           'coeff_tv' : self.dial.check_s_size.GetValue(),
 190                           'coeff_tv_nb' : self.dial.spin_tv.GetValue(),
 191                           'tvprop' : self.dial.check2.GetValue(),
 192                           'tvmin' : self.dial.spin_tvmin.GetValue(),
 193                           'tvmax' : self.dial.spin_tvmax.GetValue(),
 194                           'coeff_te' : self.dial.check3.GetValue(),
 195                           'coeff_temin' : self.dial.spin_temin.GetValue(),
 196                           'coeff_temax' : self.dial.spin_temax.GetValue(),
 197                           'label_e' : self.dial.check_elab.GetValue(),
 198                           'label_v' : self.dial.check_vlab.GetValue(),
 199                           'vcex' : self.dial.check_vcex.GetValue(),
 200                           'vcexmin' : self.dial.spin_vcexmin.GetValue(),
 201                           'vcexmax' : self.dial.spin_vcexmax.GetValue(),
 202                           'cex' : self.dial.spin_cex.GetValue(),
 203                           'seuil_ok' : self.dial.check_seuil.GetValue(),
 204                           'seuil' : self.dial.spin_seuil.GetValue(),
 205                           'cols' : self.dial.cols.GetColour(),
 206                           'cola' : self.dial.cola.GetColour(),
 207                           'width' : self.dial.spin_width.GetValue(),
 208                           'height' : self.dial.spin_height.GetValue(),
 209                           'first' : False,
 210                           'keep_coord' : keep_coord,
 211                           'alpha' : self.dial.slider_sphere.GetValue(),
 212                           'film' : self.dial.film.GetValue()
 213                           }
 214         if 'cexfromchi' in self.paramsimi :
 215             paramsimi['cexfromchi'] = self.dial.checkit.GetValue()
 216         if 'sfromchi' in self.paramsimi :
 217             paramsimi['sfromchi'] = self.dial.checki.GetValue()
 218         if 'vlabcolor' in self.paramsimi :
 219            paramsimi['vlabcolor'] = self.paramsimi['vlabcolor']
 220         if 'check_bystar' in dir(self.dial) :
 221             paramsimi['bystar'] = self.dial.check_bystar.GetValue()
 222             paramsimi['stars'] = self.paramsimi['stars']
 223         return paramsimi
 224
 225     def make_ira(self):
 226         self.tableau.save_tableau(self.DictPathOut['db'])
 227         conf = RawConfigParser()
 228         conf.read(self.DictPathOut['ira'])
 229         if not 'simi' in conf.sections() :
 230             conf.add_section('simi')
 231         date = datetime.datetime.now().ctime()
 232         if self.fromprof :
 233             conf.set('simi', 'corpus', self.Source.corpus.parametres['uuid'])
 234         conf.set('simi', 'uuid', str(uuid4()))
 235         conf.set('simi', 'date', str(date))
 236         conf.set('simi', 'indice', self.paramsimi['coeff'])
 237         conf.set('simi','layout', self.paramsimi['layout'])
 238         conf.set('simi', 'seuil_ok', self.paramsimi['seuil_ok'])
 239         conf.set('simi', 'seuil', str(self.paramsimi['seuil']))
 240         conf.set('simi', 'wordgraph', self.wordgraph)
 241         fileout = open(self.DictPathOut['ira'], 'w')
 242         conf.write(fileout)
 243         fileout.close()
 244
 245     def PrintScript(self):
 246         if self.select :
 247             if self.listactives :
 248                 lactives = self.listactives
 249             else :
 250                 lactives = self.tableau.listactives
 251             if self.actives :
 252                 acts = self.actives
 253             else :
 254                 acts = self.tableau.actives
 255             dictcol = [[i, [active, acts[active][0]]] for i, active in enumerate(lactives)]
 256             dictcol = dict(dictcol)
 257             dlg = SelectColDial(self.parent)
 258             listcol = ListForSpec(dlg, self, dictcol, ['forme', 'eff'])
 259             dlg.bSizer2.Add( listcol, 2, wx.ALL|wx.EXPAND, 5 )
 260             dlg.m_sdbSizer2.AddButton( dlg.m_sdbSizer2OK )
 261             dlg.m_sdbSizer2.Realize()
 262             dlg.bSizer2.Add( dlg.m_sdbSizer2, 0, wx.EXPAND, 5 )
 263             dlg.Layout()
 264             if not 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 265                 for row in xrange(listcol.list.GetItemCount()):
 266                     listcol.list.Select(row)
 267             else :
 268                 for row in self.tableau.selected_col :
 269                     listcol.list.Select(row)
 270             dlg.CenterOnParent()
 271             val = dlg.ShowModal()
 272             datas = [listcol.getColumnText(listcol.list.GetFirstSelected(),0)]
 273             last = listcol.list.GetFirstSelected()
 274             lastl = [listcol.list.GetFirstSelected()]
 275             while listcol.list.GetNextSelected(last) != -1:
 276                 last = listcol.list.GetNextSelected(last)
 277                 lastl.append(last)
 278                 datas.append(listcol.getColumnText(last,0))
 279             dlg.Destroy()
 280             datas = [lactives.index(val) for val in datas]
 281             self.tableau.selected_col = lastl
 282             self.tableau.datas = datas
 283             datas = str(tuple(datas))
 284         elif not self.select and 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 285             datas = str(tuple(self.tableau.datas))
 286         elif self.wordgraph :
 287             col = self.tableau.listactives.index(self.wordgraph)
 288
 289         tmpchi = False
 290         if (self.fromprof or self.openfromprof) and (self.paramsimi.get('cexfromchi', False) or self.paramsimi.get('sfromchi', False)):
 291             if 'lchi' in dir(self.tableau) :
 292                 tmpchi = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 293                 with open(tmpchi, 'w') as f:
 294                     f.write('\n'.join([str(val) for val in self.tableau.lchi]))
 295
 296         active_file = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 297         if self.listactives :
 298             lactives = self.listactives
 299         else :
 300             lactives = self.tableau.listactives
 301         self.tableau.listactives = lactives
 302         with open(active_file, 'w') as f:
 303             f.write('\n'.join(lactives))
 304
 305         txt = '#script genere par Iramuteq'
 306         txt += """
 307         library('igraph')
 308         library('proxy')
 309         library('Matrix')
 310         """
 311         if os.path.exists(self.DictPathOut['RData']) :
 312             txt += """
 313             load("%s")
 314             """ % self.DictPathOut['RData']
 315         if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 316             #FIXME : beurk!!
 317             i = 0
 318             market = False
 319             with open(self.DictPathOut['mat01'],'r') as f :
 320                 for line in f.readlines() :
 321                     if 'MatrixMarket' in line :
 322                         market = True
 323                         break
 324                     elif i >= 1 :
 325                         market = False
 326                         break
 327                     i += 1
 328             print market
 329             #if (self.fromprof or 'fromtxt' in self.tableau.parametre or self.openfromprof) and not self.actives :
 330             if market :
 331                 txt += """
 332                 dm <-readMM("%s")
 333                 """ % self.DictPathOut['mat01']
 334             else :
 335                 txt += """
 336                 dm <- read.csv2("%s")
 337                 """ % self.DictPathOut['mat01']
 338             txt += """
 339             dm <- as.matrix(dm)
 340             #dml <- apply(dm, 2, as.logical)
 341             """
 342             if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 343                 txt += """
 344                 cn <- read.table("%s", sep=';', quote='"')
 345                 colnames(dm) <- cn[,1]
 346                 #colnames(dml) <- cn[,1]
 347                 """ % ffr(active_file)
 348         if 'selected_col' in dir(self.tableau) and not self.paramsimi['keep_coord']:
 349             txt += """
 350             #dml <- dml[, c%s+1]
 351             dm <- dm[, c%s+1]
 352             """ % (datas, datas)
 353         txt += """
 354         source("%s")
 355         source("%s")
 356         """ % (self.parent.RscriptsPath['simi'],self.parent.RscriptsPath['Rgraph'])
 357
 358         self.txtgraph = ''
 359         self.txtgraph += self.types[self.paramsimi['coeff']]
 360         if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 361             if self.paramsimi['coeff'] == 0 :
 362                 method = 'cooc'
 363                 txt += """
 364                 method <- 'cooc'
 365                 mat <- make.a(dm)
 366                 """
 367             elif self.paramsimi['coeff'] == 1 :
 368                 method = 'prcooc'
 369                 txt += """
 370                 method <- 'Russel'
 371                 mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 372                 """
 373             elif self.types[self.paramsimi['coeff']] == 'binomial' :
 374                 method = 'binomial'
 375                 txt += """
 376                 method <- 'binomial'
 377                 mat <- binom.sim(dm)
 378                 """
 379             else :
 380                 method = self.types[self.paramsimi['coeff']]
 381                 txt += """
 382                 method <-"%s"
 383                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 384                 """ % self.types[self.paramsimi['coeff']]
 385             txt += """
 386             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 387             mat[is.na(mat)] <- 0
 388             mat[is.infinite(mat)] <- 0
 389             """
 390             if self.types[self.paramsimi['coeff']] not in ['cooccurrence', 'Chi-squared', 'Mozley', 'Stiles'] :
 391                 txt += """
 392                 mat <- mat * 100
 393                 """
 394             if self.wordgraph :
 395                 txt += """
 396                 mat <- graph.word(mat, %i)
 397                 """ % (col + 1)
 398             txt += """
 399             eff <- colSums(dm)
 400             x <- list(mat = mat, eff = eff)
 401             """
 402         else :
 403             method = ''
 404         if self.paramsimi['layout'] == 0 : layout = 'random'
 405         if self.paramsimi['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 406         if self.paramsimi['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 407         if self.paramsimi['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 408         if self.paramsimi['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 409
 410         self.filename=''
 411         if self.paramsimi['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 412         if self.paramsimi['type_graph'] == 1 :
 413             graphnb = 1
 414             type = 'nplot'
 415             dirout = os.path.dirname(self.DictPathOut['mat01'])
 416             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 417                 graphnb +=1
 418             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 419         if self.paramsimi['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 420
 421         if self.paramsimi['arbremax'] :
 422             arbremax = 'TRUE'
 423             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 424         else : arbremax = 'FALSE'
 425
 426         if self.paramsimi['coeff_tv'] :
 427             coeff_tv = self.paramsimi['coeff_tv_nb']
 428             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 429         elif not self.paramsimi['coeff_tv'] or self.paramsimi.get('sformchi', False) :
 430             coeff_tv = 'NULL'
 431             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.paramsimi['tvmin'], self.paramsimi['tvmax'])
 432         txt += """
 433         minmaxeff <- %s
 434         """ % tvminmax
 435
 436         if self.paramsimi['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.paramsimi['coeff_temin'], self.paramsimi['coeff_temax'])
 437         else : coeff_te = 'NULL'
 438
 439         if self.paramsimi['vcex'] or self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 440             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.paramsimi['vcexmin'],self.paramsimi['vcexmax'])
 441         else :
 442             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 443
 444         txt += """
 445         vcexminmax <- %s
 446         """ % vcexminmax
 447
 448         txt += """
 449         cex = %i/10
 450         """ % self.paramsimi['cex']
 451
 452         if not self.paramsimi['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 453         else : label_v = 'TRUE'
 454
 455         if not self.paramsimi['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 456         else : label_e = 'TRUE'
 457
 458         if self.paramsimi['seuil_ok'] : seuil = str(self.paramsimi['seuil'])
 459         else : seuil = 'NULL'
 460
 461         if self.paramsimi['film'] :
 462             txt += """
 463             film <- "%s"
 464             """ % self.DictPathOut['film']
 465         else :
 466             txt += """
 467             film <- NULL
 468             """
 469
 470         txt += """
 471         seuil <- %s
 472         """ % seuil
 473
 474         txt += """
 475         label.v <- %s
 476         label.e <- %s
 477         """ % (label_v, label_e)
 478
 479         cols = str(self.paramsimi['cols']).replace(')',', max=255)')
 480         cola = str(self.paramsimi['cola']).replace(')',',max=255)')
 481
 482         txt += """
 483         cols <- rgb%s
 484         cola <- rgb%s
 485         """ % (cols, cola)
 486
 487         txt += """
 488         width <- %i
 489         height <- %i
 490         """ % (self.paramsimi['width'], self.paramsimi['height'])
 491
 492         if self.paramsimi['keep_coord'] :
 493             txt += """
 494             coords <- try(coords, TRUE)
 495             if (!is.matrix(coords)) {
 496                 coords<-NULL
 497             }
 498             """
 499         else :
 500             txt += """
 501             coords <- NULL
 502             """
 503         txt += """
 504         alpha <- %i/100
 505         """ % self.paramsimi['alpha']
 506
 507         if  self.paramsimi.get('bystar',False) :
 508             txt += """
 509             et <- list()
 510             """
 511             for i,et in enumerate(self.tableau.etline) :
 512                 txt+= """
 513                 et[[%i]] <- c(%s)
 514                 """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
 515             txt+= """
 516             unetoile <- c('%s')
 517             """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
 518             txt += """
 519             fsum <- NULL
 520             rs <- rowSums(dm)
 521             for (i in 1:length(unetoile)) {
 522                 print(unetoile[i])
 523                 tosum <- et[[i]]
 524                 if (length(tosum) > 1) {
 525                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 526                 } else {
 527                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 528                 }
 529             }
 530             source("%s")
 531             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 532             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 533             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 534             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 535             #gcol[2] <- 'orange'
 536             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 537             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 538             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 539             cols <- vertex.label.color
 540             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 541
 542             """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 543         else :
 544             txt += """
 545             vertex.label.color <- 'black'
 546             chivertex.size <- 1
 547             leg<-NULL
 548             """
 549         #if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 550         txt += """
 551             graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 552             """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 553         #txt += """
 554         if self.paramsimi.get('bystar',False) :
 555             if self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 556                 txt+="""
 557                     label.cex<-chivertex.size
 558                     """
 559             else :
 560                 txt+="""
 561                 label.cex <- NULL
 562                 """
 563             if self.paramsimi.get('sfromchi', False) :
 564                 txt += """
 565                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 566                 """
 567             else :
 568                 txt += """
 569                 vertex.size <- NULL
 570                 """
 571         else :
 572             if tmpchi :
 573                 txt += """
 574                 lchi <- read.table("%s")
 575                 lchi <- lchi[,1]
 576                 """ % ffr(tmpchi)
 577                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 578                     txt += """
 579                     lchi <- lchi[c%s+1]
 580                     """ % datas
 581             if tmpchi and self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 582                 txt += """
 583                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 584                 """
 585             else :
 586                 txt += """
 587             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 588                 label.cex <- NULL
 589             } else {
 590                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 591             }
 592             """
 593             if tmpchi and self.paramsimi.get('sfromchi', False) :
 594                 txt += """
 595                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 596                 """
 597             else :
 598                 txt += """
 599             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 600                 vertex.size <- NULL
 601             } else {
 602                 vertex.size <- graph.simi$eff
 603             }
 604             """
 605         txt += """ vertex.size <- NULL """
 606         txt += """
 607         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 608         save.image(file="%s")
 609         """ % (type, self.filename, self.DictPathOut['RData'])
 610
 611         self.tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 612         tmpscript = open(self.tmpfile, 'w')
 613         tmpscript.write(txt)
 614         tmpscript.close()
 615
 616         if type == 'nplot':
 617             if os.path.exists(self.DictPathOut['liste_graph']):
 618                 graph_simi = read_list_file(self.DictPathOut['liste_graph'])
 619                 graph_simi.append([os.path.basename(self.filename), self.txtgraph])
 620             else :
 621                 graph_simi = [[os.path.basename(self.filename), self.txtgraph]]
 622             print_liste(self.DictPathOut['liste_graph'], graph_simi)
 623
 624     def DoR(self, dlg):
 625         if self.paramsimi['type'] == 1 :
 626             graph = False
 627             wait = False
 628         else :
 629             graph = True
 630             wait = True
 631         pid = exec_rcode(self.RPath, self.tmpfile, wait = wait, graph = graph)
 632         if self.paramsimi['type'] == 1 :
 633             while pid.poll() == None :
 634                     if not self.cmd :
 635                         dlg.Pulse(u'R ...')
 636                         sleep(0.2)
 637                     else :
 638                         sleep(0.2)
 639             check_Rresult(self.parent, pid)
 640
 641     def dolayout(self):
 642         if os.path.exists(self.DictPathOut['liste_graph']) :
 643             list_graph = read_list_file(self.DictPathOut['liste_graph'])
 644         else :
 645             list_graph = [['','']]
 646         notebook_flags =  aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE | aui.AUI_NB_TAB_EXTERNAL_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_FLOAT
 647         self.tabsimi = aui.AuiNotebook(self.parent.nb, -1, wx.DefaultPosition)
 648         self.tabsimi.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
 649         self.tabsimi.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
 650         if 'corpus' in dir(self.Source) :
 651             self.tabsimi.corpus = self.Source.corpus
 652         self.graphpan = GraphPanelSimi(self.tabsimi, self.DictPathOut, list_graph)
 653         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.redosimi, self.graphpan.butafc)
 654         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.export, self.graphpan.butexport)
 655         self.tabsimi.AddPage(self.graphpan, 'Graph')
 656         self.parent.nb.AddPage(self.tabsimi, 'Analyse de graph')
 657         self.parent.ShowTab(True)
 658         self.parent.nb.SetSelection(self.parent.nb.GetPageCount() - 1)
 659
 660     def export(self, evt) :
 661         fileout = os.path.join(os.path.dirname(self.DictPathOut['ira']), "graphout")
 662         format_graph = 'gml'
 663         i=1
 664         while os.path.exists(fileout + '_%i.' % i + format_graph) :
 665             i += 1
 666         fileout_graph = fileout + '_%i.' % i + format_graph
 667         fileout_table = fileout + '_table_%i.csv' % i
 668         Rtxt = """
 669         library(igraph)
 670         load("%s")
 671         fileout <- "%s"
 672         fileout.table <- "%s"
 673         format <- "%s"
 674         id <- (1:length(graph.simi$mat.eff)) - 1
 675         id <- paste(id, '.0', sep='')
 676         table.out <- cbind(Id=id, Label=id, Name=graph.simi$v.label, labelcex=graph.simi$label.cex, eff=graph.simi$mat.eff)
 677         write.graph(graph.simi$graph, fileout, format=format)
 678         write.csv2(table.out, file = fileout.table, row.names=FALSE)
 679         """ % (self.DictPathOut['RData'], ffr(fileout_graph), ffr(fileout_table), format_graph)
 680         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 681         with open(tmpfile, 'w') as f :
 682             f.write(Rtxt)
 683         res =  exec_rcode(self.RPath, tmpfile, wait = False)
 684         check_Rresult(self.parent,res)
 685         print 'export', Rtxt
 686
 687     def redosimi(self,evt) :
 688         if self.openfromprof :
 689             if 'cexfromchi' not in self.paramsimi:
 690                 self.paramsimi['cexfromchi'] = False
 691                 self.paramsimi['sfromchi'] = False
 692         self.dial = PrefSimi(self.parent, -1, self.paramsimi, self.types)
 693         self.dial.CenterOnParent()
 694         val = self.dial.ShowModal()
 695         if val == wx.ID_OK :
 696             self.paramsimi = self.make_param()
 697             self.dial.Destroy()
 698             if self.paramsimi.get('bystar',False) :
 699                 variables = treat_var_mod(self.paramsimi['stars'])
 700                 dial = OptLexi(self.parent)
 701                 dial.listet = self.paramsimi['stars']
 702                 var = [v for v in variables]
 703                 dial.variables = var
 704                 for et in var :
 705                     dial.list_box_1.Append(et)
 706                 dial.CenterOnParent()
 707                 val = dial.ShowModal()
 708                 if val == wx.ID_OK :
 709                     if dial.choice.GetSelection() == 1 :
 710                         listet = [dial.listet[i] for i in dial.list_box_1.GetSelections()]
 711                     else :
 712                         listet = variables[var[dial.list_box_1.GetSelections()[0]]]
 713                     self.tableau.etline = self.Source.corpus.make_etline(listet)
 714
 715             dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
 716                                     "Veuillez patienter...",
 717                                      maximum=2,
 718                                      parent=self.parent,
 719                                      style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME | wx.PD_CAN_ABORT)
 720             dlg.Center()
 721             self.PrintScript()
 722             self.DoR(dlg)
 723             dlg.Destroy()
 724             self.make_ira()
 725             if self.paramsimi['type'] == 1:
 726                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticBitmap(self.graphpan.panel_1, -1, wx.Bitmap(self.filename, wx.BITMAP_TYPE_ANY)), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 727                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticText(self.graphpan.panel_1,-1,self.txtgraph), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 728                 self.graphpan.sizer_3.Fit(self.graphpan.panel_1)
 729                 self.graphpan.Layout()
 730                 self.graphpan.panel_1.Scroll(0,self.graphpan.panel_1.GetScrollRange(wx.VERTICAL))
 731         else :
 732             self.dial.Destroy()
 733
 734
 735 class GraphPanelSimi(wx.Panel):
 736     def __init__(self,parent, dico, list_graph):
 737         wx.Panel.__init__(self,parent)
 738         self.afcnb = 1
 739         self.Dict = dico
 740         self.dirout = os.path.dirname(self.Dict['ira'])
 741         self.parent = self.GetParent()#parent
 742         self.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "courier"))
 743         self.labels = []
 744         self.listimg = []
 745         self.tabsimi = self.parent.GetParent()
 746         self.ira = self.tabsimi.GetParent()
 747         self.panel_1 = wx.ScrolledWindow(self, -1, style=wx.TAB_TRAVERSAL)
 748         afc_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_simi.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
 749         self.butafc = wx.BitmapButton(self, -1, afc_img)
 750         export_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_export.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
 751         self.butexport = wx.BitmapButton(self, -1, export_img)
 752
 753         for i in range(0,len(list_graph)):
 754             if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])) :
 755                 self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), wx.BITMAP_TYPE_ANY)))
 756                 self.labels.append(wx.StaticText(self.panel_1, -1, list_graph[i][1]))
 757
 758         self.__set_properties()
 759         self.__do_layout()
 760
 761     def __set_properties(self):
 762         self.panel_1.EnableScrolling(True,True)
 763         #self.panel_1.SetSize((1000,1000))
 764         self.panel_1.SetScrollRate(20, 20)
 765
 766     def __do_layout(self):
 767         self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
 768         self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
 769         self.sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
 770         self.sizer_2.Add(self.butafc, 0, 0, 0)
 771         self.sizer_2.Add(self.butexport, 0, 0, 0)
 772         for i in range(0, len(self.listimg)):
 773             self.sizer_3.Add(self.listimg[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 774             self.sizer_3.Add(self.labels[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 775         self.panel_1.SetSizer(self.sizer_3)
 776         self.sizer_1.Add(self.sizer_2, 0, wx.EXPAND, 0)
 777         self.sizer_1.Add(self.panel_1, 1, wx.EXPAND, 0)
 778         self.SetSizer(self.sizer_1)