iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabsimi.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2009-2010 Pierre Ratinaud
   5 #Lisense: GNU/GPL
   6
   7 from chemins import ConstructPathOut, construct_simipath, ffr
   8 from functions import print_liste, exec_rcode, read_list_file, check_Rresult, indices_simi, treat_var_mod
   9 from dialog import PrefSimi, SelectColDial, OptLexi
  10 from listlex import *
  11 import wx
  12 import wx.lib.agw.aui as aui
  13 from numpy import *
  14 import os
  15 import tempfile
  16 import datetime
  17 from ConfigParser import RawConfigParser
  18 from time import sleep
  19 from uuid import uuid4
  20
  21
  22 class DoSimi():
  23     def __init__(self, parent, param = None, isopen = False, fromprof = False, pathout = False, filename ='', gparent = False, wordgraph = False, listactives = False, actives = False, cmd = False, openfromprof=False):
  24 #-------------------------------------------------------------------
  25         self.fromprof = fromprof
  26         self.wordgraph = wordgraph
  27         self.listactives = listactives
  28         self.actives = actives
  29         self.openfromprof = openfromprof
  30         self.cmd = cmd
  31         if param is not None and fromprof:
  32             self.paramsimi = param
  33         else :
  34             self.paramsimi = {'coeff' : 0,
  35                           'layout' : 2,
  36                           'type_graph' : 1,
  37                           'arbremax' : 1,
  38                           'coeff_tv' : 0,
  39                           'coeff_tv_nb' : 10,
  40                           'tvprop' : 1,
  41                           'tvmin' : 5,
  42                           'tvmax' : 30,
  43                           'coeff_te' : 1,
  44                           'coeff_temin' : 1,
  45                           'coeff_temax' : 10,
  46                           'label_v': 1,
  47                           'label_e': 1,
  48                           'vcex' : 0,
  49                           'vcexmin' : 8,
  50                           'vcexmax' : 25,
  51                           'cex' : 10,
  52                           'seuil_ok' : 0,
  53                           'seuil' : 1,
  54                           'cols' : (255,0,0),
  55                           'cola' : (200,200,200),
  56                           'width' : 800,
  57                           'height' : 800,
  58                           'first' : True,
  59                           'keep_coord' : False,
  60                           'alpha' : 10,
  61                           'film' : False,
  62                           }
  63         self.types = indices_simi
  64         if fromprof :
  65             self.parent = parent.parent
  66             self.Source = parent
  67         else :
  68             self.parent = parent
  69             self.Source = None
  70
  71         self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  72         if not isopen :
  73             if not fromprof :
  74                 self.tableau = self.parent.tableau
  75             else :
  76                 self.tableau = parent.tableau
  77             self.tableau.parametre['mineff'] = 0
  78             self.dial = PrefSimi(parent, -1, self.paramsimi, self.types)
  79             self.dial.CenterOnParent()
  80             self.val = self.dial.ShowModal()
  81             if self.val == wx.ID_OK :
  82                 self.paramsimi = self.make_param()
  83                 self.dial.Destroy()
  84                 if self.paramsimi.get('bystar', False) :
  85                     variables = treat_var_mod(self.tableau.listet)
  86                     dial = OptLexi(self.parent)
  87                     dial.listet = self.tableau.listet
  88                     var = [v for v in variables]
  89                     dial.variables = var
  90                     for et in var :
  91                         dial.list_box_1.Append(et)
  92                     dial.CenterOnParent()
  93                     val = dial.ShowModal()
  94                     if val == wx.ID_OK :
  95                         if dial.choice.GetSelection() == 1 :
  96                             listet = [self.tableau.listet[i] for i in dial.list_box_1.GetSelections()]
  97                         else :
  98                             listet = variables[var[dial.list_box_1.GetSelections()[0]]]
  99                         dial.Destroy()
 100                         self.tableau.etline = self.Source.corpus.make_etline(listet)
 101
 102                 dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
 103                                        "Veuillez patienter...",
 104                                        maximum=4,
 105                                        parent=self.parent,
 106                                        style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
 107                                         )
 108                 dlg.Center()
 109                 count = 1
 110                 keepGoing = dlg.Update(count)
 111         #-------------------------------------------------------------------
 112                 self.DictForme = {}
 113                 self.Min = 10
 114                 self.Linecontent = []
 115         #-----------------------------------------------------------
 116                 count += 1
 117                 if not fromprof :
 118                     self.pathout = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'Simi')
 119                     self.DictPathOut = construct_simipath(self.pathout)
 120                     self.parent.tableau.dictpathout = self.DictPathOut
 121                     dlg.Update(count, u"passage en O/1")
 122                     self.parent.tableau.make_01_from_selection(range(0,self.parent.tableau.colnb))
 123                     #self.Linecontent = parent.table
 124                     #self.ListTo01Form()
 125                 else :
 126                     self.pathout = pathout
 127                     self.DictPathOut = construct_simipath(self.pathout)
 128                     self.DictPathOut['mat01'] = fromprof
 129                 self.PrintScript()
 130                 count += 1
 131                 dlg.Update(count, u"R...")
 132                 self.DoR(dlg)
 133                 self.make_ira()
 134                 count += 1
 135                 dlg.Update(count, u"")
 136                 dlg.Destroy()
 137                 #self.dial.Destroy()
 138                 #self.dolayout()
 139                 from openanalyse import OpenAnalyse
 140                 if self.fromprof :
 141                     fromprof = True
 142                 else:
 143                     fromprof = False
 144                 OpenAnalyse(self.parent, self.DictPathOut['ira'], False, simifromprof=fromprof)
 145             else:
 146                 self.dial.Destroy()
 147         else :
 148             self.tableau = gparent.tableau
 149             if 'corpus' in dir(gparent) :
 150                 self.Source = gparent
 151             self.tableau.parametre['mineff'] = 0
 152             self.DictPathOut = construct_simipath(os.path.abspath(os.path.dirname(filename)))
 153             self.dolayout()
 154             self.paramsimi['first'] = False
 155             self.paramsimi['coeff'] = int(param.get('simi', 'indice'))
 156             self.paramsimi['layout'] = int(param.get('simi', 'layout'))
 157             self.paramsimi['seuil_ok'] = param.getboolean('simi', 'seuil_ok')
 158             self.paramsimi['seuil'] = int(param.get('simi', 'seuil'))
 159             if param.get('simi', 'wordgraph') == 'False' :
 160                 self.wordgraph = False
 161             else :
 162                 self.wordgraph = param.get('simi', 'wordgraph')
 163             if 'listet' in dir(self.tableau) :
 164                 self.paramsimi['stars'] = self.tableau.listet
 165                 self.paramsimi['bystar'] = False
 166                 self.paramsimi['cexfromchi'] = True
 167                 self.paramsimi['tvprop'] = False
 168                 self.paramsimi['sfromchi'] = False
 169                 self.paramsimi['coeff_te'] = True
 170                 self.paramsimi['coeff_tv'] = True
 171                 self.paramsimi['coeff_tv_nb'] = 0
 172                 self.paramsimi['label_e'] = False
 173                 self.paramsimi['width'] = 1000
 174                 self.paramsimi['height'] = 1000
 175
 176
 177     def make_param(self) :
 178         if self.paramsimi['first'] :
 179             keep_coord = False
 180         else :
 181             keep_coord = self.dial.check_coord.GetValue()
 182         self.select = self.dial.check_colch.GetValue()
 183
 184         paramsimi = {'coeff' : self.dial.choice1.GetSelection(),
 185                           'layout' : self.dial.choice2.GetSelection(),
 186                           'type_graph' : self.dial.choice3.GetSelection(),
 187                           'arbremax' : self.dial.check1.GetValue(),
 188                           'coeff_tv' : self.dial.check_s_size.GetValue(),
 189                           'coeff_tv_nb' : self.dial.spin_tv.GetValue(),
 190                           'tvprop' : self.dial.check2.GetValue(),
 191                           'tvmin' : self.dial.spin_tvmin.GetValue(),
 192                           'tvmax' : self.dial.spin_tvmax.GetValue(),
 193                           'coeff_te' : self.dial.check3.GetValue(),
 194                           'coeff_temin' : self.dial.spin_temin.GetValue(),
 195                           'coeff_temax' : self.dial.spin_temax.GetValue(),
 196                           'label_e' : self.dial.check_elab.GetValue(),
 197                           'label_v' : self.dial.check_vlab.GetValue(),
 198                           'vcex' : self.dial.check_vcex.GetValue(),
 199                           'vcexmin' : self.dial.spin_vcexmin.GetValue(),
 200                           'vcexmax' : self.dial.spin_vcexmax.GetValue(),
 201                           'cex' : self.dial.spin_cex.GetValue(),
 202                           'seuil_ok' : self.dial.check_seuil.GetValue(),
 203                           'seuil' : self.dial.spin_seuil.GetValue(),
 204                           'cols' : self.dial.cols.GetColour(),
 205                           'cola' : self.dial.cola.GetColour(),
 206                           'width' : self.dial.spin_width.GetValue(),
 207                           'height' : self.dial.spin_height.GetValue(),
 208                           'first' : False,
 209                           'keep_coord' : keep_coord,
 210                           'alpha' : self.dial.slider_sphere.GetValue(),
 211                           'film' : self.dial.film.GetValue()
 212                           }
 213         if 'cexfromchi' in self.paramsimi :
 214             paramsimi['cexfromchi'] = self.dial.checkit.GetValue()
 215         if 'sfromchi' in self.paramsimi :
 216             paramsimi['sfromchi'] = self.dial.checki.GetValue()
 217         if 'vlabcolor' in self.paramsimi :
 218            paramsimi['vlabcolor'] = self.paramsimi['vlabcolor']
 219         if 'check_bystar' in dir(self.dial) :
 220             paramsimi['bystar'] = self.dial.check_bystar.GetValue()
 221             paramsimi['stars'] = self.paramsimi['stars']
 222         return paramsimi
 223
 224     def make_ira(self):
 225         self.tableau.save_tableau(self.DictPathOut['db'])
 226         conf = RawConfigParser()
 227         conf.read(self.DictPathOut['ira'])
 228         if not 'simi' in conf.sections() :
 229             conf.add_section('simi')
 230         date = datetime.datetime.now().ctime()
 231         if self.fromprof :
 232             conf.set('simi', 'corpus', self.Source.corpus.parametres['uuid'])
 233         conf.set('simi', 'uuid', str(uuid4()))
 234         conf.set('simi', 'date', str(date))
 235         conf.set('simi', 'indice', self.paramsimi['coeff'])
 236         conf.set('simi','layout', self.paramsimi['layout'])
 237         conf.set('simi', 'seuil_ok', self.paramsimi['seuil_ok'])
 238         conf.set('simi', 'seuil', str(self.paramsimi['seuil']))
 239         conf.set('simi', 'wordgraph', self.wordgraph)
 240         fileout = open(self.DictPathOut['ira'], 'w')
 241         conf.write(fileout)
 242         fileout.close()
 243
 244     def PrintScript(self):
 245         if self.select :
 246             if self.listactives :
 247                 lactives = self.listactives
 248             else :
 249                 lactives = self.tableau.listactives
 250             if self.actives :
 251                 acts = self.actives
 252             else :
 253                 acts = self.tableau.actives
 254             dictcol = [[i, [active, acts[active][0]]] for i, active in enumerate(lactives)]
 255             dictcol = dict(dictcol)
 256             dlg = SelectColDial(self.parent)
 257             listcol = ListForSpec(dlg, self, dictcol, ['forme', 'eff'])
 258             dlg.bSizer2.Add( listcol, 2, wx.ALL|wx.EXPAND, 5 )
 259             dlg.m_sdbSizer2.AddButton( dlg.m_sdbSizer2OK )
 260             dlg.m_sdbSizer2.Realize()
 261             dlg.bSizer2.Add( dlg.m_sdbSizer2, 0, wx.EXPAND, 5 )
 262             dlg.Layout()
 263             if not 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 264                 for row in xrange(listcol.list.GetItemCount()):
 265                     listcol.list.Select(row)
 266             else :
 267                 for row in self.tableau.selected_col :
 268                     listcol.list.Select(row)
 269             dlg.CenterOnParent()
 270             val = dlg.ShowModal()
 271             datas = [listcol.getColumnText(listcol.list.GetFirstSelected(),0)]
 272             last = listcol.list.GetFirstSelected()
 273             lastl = [listcol.list.GetFirstSelected()]
 274             while listcol.list.GetNextSelected(last) != -1:
 275                 last = listcol.list.GetNextSelected(last)
 276                 lastl.append(last)
 277                 datas.append(listcol.getColumnText(last,0))
 278             dlg.Destroy()
 279             datas = [lactives.index(val) for val in datas]
 280             self.tableau.selected_col = lastl
 281             self.tableau.datas = datas
 282             datas = str(tuple(datas))
 283         elif not self.select and 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 284             datas = str(tuple(self.tableau.datas))
 285         elif self.wordgraph :
 286             col = self.tableau.listactives.index(self.wordgraph)
 287
 288         tmpchi = False
 289         if (self.fromprof or self.openfromprof) and (self.paramsimi.get('cexfromchi', False) or self.paramsimi.get('sfromchi', False)):
 290             if 'lchi' in dir(self.tableau) :
 291                 tmpchi = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 292                 with open(tmpchi, 'w') as f:
 293                     f.write('\n'.join([str(val) for val in self.tableau.lchi]))
 294
 295         active_file = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 296         if self.listactives :
 297             lactives = self.listactives
 298         else :
 299             lactives = self.tableau.listactives
 300         self.tableau.listactives = lactives
 301         with open(active_file, 'w') as f:
 302             f.write('\n'.join(lactives))
 303
 304         txt = '#script genere par Iramuteq'
 305         txt += """
 306         library('igraph')
 307         library('proxy')
 308         library('Matrix')
 309         """
 310         if os.path.exists(self.DictPathOut['RData']) :
 311             txt += """
 312             load("%s")
 313             """ % self.DictPathOut['RData']
 314         if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 315             #FIXME : beurk!!
 316             i = 0
 317             market = False
 318             with open(self.DictPathOut['mat01'],'r') as f :
 319                 for line in f.readlines() :
 320                     if 'MatrixMarket' in line :
 321                         market = True
 322                         break
 323                     elif i >= 1 :
 324                         market = False
 325                         break
 326                     i += 1
 327             print market
 328             #if (self.fromprof or 'fromtxt' in self.tableau.parametre or self.openfromprof) and not self.actives :
 329             if market :
 330                 txt += """
 331                 dm <-readMM("%s")
 332                 """ % self.DictPathOut['mat01']
 333             else :
 334                 txt += """
 335                 dm <- read.csv2("%s")
 336                 """ % self.DictPathOut['mat01']
 337             txt += """
 338             dm <- as.matrix(dm)
 339             #dml <- apply(dm, 2, as.logical)
 340             """
 341             if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 342                 txt += """
 343                 cn <- read.table("%s", sep=';', quote='"')
 344                 colnames(dm) <- cn[,1]
 345                 #colnames(dml) <- cn[,1]
 346                 """ % ffr(active_file)
 347         if 'selected_col' in dir(self.tableau) and not self.paramsimi['keep_coord']:
 348             txt += """
 349             #dml <- dml[, c%s+1]
 350             dm <- dm[, c%s+1]
 351             """ % (datas, datas)
 352         txt += """
 353         source("%s")
 354         source("%s")
 355         """ % (self.parent.RscriptsPath['simi'],self.parent.RscriptsPath['Rgraph'])
 356
 357         self.txtgraph = ''
 358         self.txtgraph += self.types[self.paramsimi['coeff']]
 359         if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 360             if self.paramsimi['coeff'] == 0 :
 361                 method = 'cooc'
 362                 txt += """
 363                 method <- 'cooc'
 364                 mat <- make.a(dm)
 365                 """
 366             elif self.paramsimi['coeff'] == 1 :
 367                 method = 'prcooc'
 368                 txt += """
 369                 method <- 'Russel'
 370                 mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 371                 """
 372             elif self.types[self.paramsimi['coeff']] == 'binomial' :
 373                 method = 'binomial'
 374                 txt += """
 375                 method <- 'binomial'
 376                 mat <- binom.sim(dm)
 377                 """
 378             else :
 379                 method = self.types[self.paramsimi['coeff']]
 380                 txt += """
 381                 method <-"%s"
 382                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 383                 """ % self.types[self.paramsimi['coeff']]
 384             txt += """
 385             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 386             mat[is.na(mat)] <- 0
 387             mat[is.infinite(mat)] <- 0
 388             """
 389             if self.types[self.paramsimi['coeff']] not in ['cooccurrence', 'Chi-squared', 'Mozley', 'Stiles'] :
 390                 txt += """
 391                 mat <- mat * 100
 392                 """
 393             if self.wordgraph :
 394                 txt += """
 395                 mat <- graph.word(mat, %i)
 396                 """ % (col + 1)
 397             txt += """
 398             eff <- colSums(dm)
 399             x <- list(mat = mat, eff = eff)
 400             """
 401         else :
 402             method = ''
 403         if self.paramsimi['layout'] == 0 : layout = 'random'
 404         if self.paramsimi['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 405         if self.paramsimi['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 406         if self.paramsimi['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 407         if self.paramsimi['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 408
 409         self.filename=''
 410         if self.paramsimi['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 411         if self.paramsimi['type_graph'] == 1 :
 412             graphnb = 1
 413             type = 'nplot'
 414             dirout = os.path.dirname(self.DictPathOut['mat01'])
 415             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 416                 graphnb +=1
 417             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 418         if self.paramsimi['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 419
 420         if self.paramsimi['arbremax'] :
 421             arbremax = 'TRUE'
 422             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 423         else : arbremax = 'FALSE'
 424
 425         if self.paramsimi['coeff_tv'] :
 426             coeff_tv = self.paramsimi['coeff_tv_nb']
 427             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 428         elif not self.paramsimi['coeff_tv'] or self.paramsimi.get('sformchi', False) :
 429             coeff_tv = 'NULL'
 430             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.paramsimi['tvmin'], self.paramsimi['tvmax'])
 431         txt += """
 432         minmaxeff <- %s
 433         """ % tvminmax
 434
 435         if self.paramsimi['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.paramsimi['coeff_temin'], self.paramsimi['coeff_temax'])
 436         else : coeff_te = 'NULL'
 437
 438         if self.paramsimi['vcex'] or self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 439             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.paramsimi['vcexmin'],self.paramsimi['vcexmax'])
 440         else :
 441             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 442
 443         txt += """
 444         vcexminmax <- %s
 445         """ % vcexminmax
 446
 447         txt += """
 448         cex = %i/10
 449         """ % self.paramsimi['cex']
 450
 451         if not self.paramsimi['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 452         else : label_v = 'TRUE'
 453
 454         if not self.paramsimi['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 455         else : label_e = 'TRUE'
 456
 457         if self.paramsimi['seuil_ok'] : seuil = str(self.paramsimi['seuil'])
 458         else : seuil = 'NULL'
 459
 460         if self.paramsimi['film'] :
 461             txt += """
 462             film <- "%s"
 463             """ % self.DictPathOut['film']
 464         else :
 465             txt += """
 466             film <- NULL
 467             """
 468
 469         txt += """
 470         seuil <- %s
 471         """ % seuil
 472
 473         txt += """
 474         label.v <- %s
 475         label.e <- %s
 476         """ % (label_v, label_e)
 477
 478         cols = str(self.paramsimi['cols']).replace(')',', max=255)')
 479         cola = str(self.paramsimi['cola']).replace(')',',max=255)')
 480
 481         txt += """
 482         cols <- rgb%s
 483         cola <- rgb%s
 484         """ % (cols, cola)
 485
 486         txt += """
 487         width <- %i
 488         height <- %i
 489         """ % (self.paramsimi['width'], self.paramsimi['height'])
 490
 491         if self.paramsimi['keep_coord'] :
 492             txt += """
 493             coords <- try(coords, TRUE)
 494             if (!is.matrix(coords)) {
 495                 coords<-NULL
 496             }
 497             """
 498         else :
 499             txt += """
 500             coords <- NULL
 501             """
 502         txt += """
 503         alpha <- %i/100
 504         """ % self.paramsimi['alpha']
 505
 506         if  self.paramsimi.get('bystar',False) :
 507             txt += """
 508             et <- list()
 509             """
 510             for i,et in enumerate(self.tableau.etline) :
 511                 txt+= """
 512                 et[[%i]] <- c(%s)
 513                 """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
 514             txt+= """
 515             unetoile <- c('%s')
 516             """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
 517             txt += """
 518             fsum <- NULL
 519             rs <- rowSums(dm)
 520             for (i in 1:length(unetoile)) {
 521                 print(unetoile[i])
 522                 tosum <- et[[i]]
 523                 if (length(tosum) > 1) {
 524                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 525                 } else {
 526                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 527                 }
 528             }
 529             source("%s")
 530             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 531             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 532             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 533             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 534             #gcol[2] <- 'orange'
 535             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 536             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 537             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 538             cols <- vertex.label.color
 539             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 540
 541             """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 542         else :
 543             txt += """
 544             vertex.label.color <- 'black'
 545             chivertex.size <- 1
 546             leg<-NULL
 547             """
 548         #if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 549         txt += """
 550             graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 551             """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 552         #txt += """
 553         if self.paramsimi.get('bystar',False) :
 554             if self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 555                 txt+="""
 556                     label.cex<-chivertex.size
 557                     """
 558             else :
 559                 txt+="""
 560                 label.cex <- NULL
 561                 """
 562             if self.paramsimi.get('sfromchi', False) :
 563                 txt += """
 564                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 565                 """
 566             else :
 567                 txt += """
 568                 vertex.size <- NULL
 569                 """
 570         else :
 571             if tmpchi :
 572                 txt += """
 573                 lchi <- read.table("%s")
 574                 lchi <- lchi[,1]
 575                 """ % ffr(tmpchi)
 576                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 577                     txt += """
 578                     lchi <- lchi[c%s+1]
 579                     """ % datas
 580             if tmpchi and self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 581                 txt += """
 582                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 583                 """
 584             else :
 585                 txt += """
 586             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 587                 label.cex <- NULL
 588             } else {
 589                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 590             }
 591             """
 592             if tmpchi and self.paramsimi.get('sfromchi', False) :
 593                 txt += """
 594                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 595                 """
 596             else :
 597                 txt += """
 598             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 599                 vertex.size <- NULL
 600             } else {
 601                 vertex.size <- graph.simi$eff
 602             }
 603             """
 604         txt += """ vertex.size <- NULL """
 605         txt += """
 606         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 607         save.image(file="%s")
 608         """ % (type, self.filename, self.DictPathOut['RData'])
 609
 610         self.tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 611         tmpscript = open(self.tmpfile, 'w')
 612         tmpscript.write(txt)
 613         tmpscript.close()
 614
 615         if type == 'nplot':
 616             if os.path.exists(self.DictPathOut['liste_graph']):
 617                 graph_simi = read_list_file(self.DictPathOut['liste_graph'])
 618                 graph_simi.append([os.path.basename(self.filename), self.txtgraph])
 619             else :
 620                 graph_simi = [[os.path.basename(self.filename), self.txtgraph]]
 621             print_liste(self.DictPathOut['liste_graph'], graph_simi)
 622
 623     def DoR(self, dlg):
 624         if self.paramsimi['type'] == 1 :
 625             graph = False
 626             wait = False
 627         else :
 628             graph = True
 629             wait = True
 630         pid = exec_rcode(self.RPath, self.tmpfile, wait = wait, graph = graph)
 631         if self.paramsimi['type'] == 1 :
 632             while pid.poll() == None :
 633                     if not self.cmd :
 634                         dlg.Pulse(u'R ...')
 635                         sleep(0.2)
 636                     else :
 637                         sleep(0.2)
 638             check_Rresult(self.parent, pid)
 639
 640     def dolayout(self):
 641         if os.path.exists(self.DictPathOut['liste_graph']) :
 642             list_graph = read_list_file(self.DictPathOut['liste_graph'])
 643         else :
 644             list_graph = [['','']]
 645         notebook_flags =  aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE | aui.AUI_NB_TAB_EXTERNAL_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_FLOAT
 646         self.tabsimi = aui.AuiNotebook(self.parent.nb, -1, wx.DefaultPosition)
 647         self.tabsimi.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
 648         self.tabsimi.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
 649         if 'corpus' in dir(self.Source) :
 650             self.tabsimi.corpus = self.Source.corpus
 651         self.graphpan = GraphPanelSimi(self.tabsimi, self.DictPathOut, list_graph)
 652         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.redosimi, self.graphpan.butafc)
 653         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.export, self.graphpan.butexport)
 654         self.tabsimi.AddPage(self.graphpan, 'Graph')
 655         self.parent.nb.AddPage(self.tabsimi, 'Analyse de graph')
 656         self.parent.ShowTab(True)
 657         self.parent.nb.SetSelection(self.parent.nb.GetPageCount() - 1)
 658
 659     def export(self, evt) :
 660         fileout = os.path.join(os.path.dirname(self.DictPathOut['ira']), "graphout")
 661         format_graph = 'gml'
 662         i=1
 663         while os.path.exists(fileout + '_%i.' % i + format_graph) :
 664             i += 1
 665         fileout_graph = fileout + '_%i.' % i + format_graph
 666         fileout_table = fileout + '_table_%i.csv' % i
 667         Rtxt = """
 668         library(igraph)
 669         load("%s")
 670         fileout <- "%s"
 671         fileout.table <- "%s"
 672         format <- "%s"
 673         id <- (1:length(graph.simi$mat.eff)) - 1
 674         id <- paste(id, '.0', sep='')
 675         table.out <- cbind(Id=id, Label=id, Name=graph.simi$v.label, labelcex=graph.simi$label.cex, eff=graph.simi$mat.eff)
 676         write.graph(graph.simi$graph, fileout, format=format)
 677         write.csv2(table.out, file = fileout.table, row.names=FALSE)
 678         """ % (self.DictPathOut['RData'], ffr(fileout_graph), ffr(fileout_table), format_graph)
 679         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 680         with open(tmpfile, 'w') as f :
 681             f.write(Rtxt)
 682         res =  exec_rcode(self.RPath, tmpfile, wait = False)
 683         check_Rresult(self.parent,res)
 684         print 'export', Rtxt
 685
 686     def redosimi(self,evt) :
 687         if self.openfromprof :
 688             if 'cexfromchi' not in self.paramsimi:
 689                 self.paramsimi['cexfromchi'] = False
 690                 self.paramsimi['sfromchi'] = False
 691         self.dial = PrefSimi(self.parent, -1, self.paramsimi, self.types)
 692         self.dial.CenterOnParent()
 693         val = self.dial.ShowModal()
 694         if val == wx.ID_OK :
 695             self.paramsimi = self.make_param()
 696             self.dial.Destroy()
 697             if self.paramsimi.get('bystar',False) :
 698                 variables = treat_var_mod(self.paramsimi['stars'])
 699                 dial = OptLexi(self.parent)
 700                 dial.listet = self.paramsimi['stars']
 701                 var = [v for v in variables]
 702                 dial.variables = var
 703                 for et in var :
 704                     dial.list_box_1.Append(et)
 705                 dial.CenterOnParent()
 706                 val = dial.ShowModal()
 707                 if val == wx.ID_OK :
 708                     if dial.choice.GetSelection() == 1 :
 709                         listet = [dial.listet[i] for i in dial.list_box_1.GetSelections()]
 710                     else :
 711                         listet = variables[var[dial.list_box_1.GetSelections()[0]]]
 712                     self.tableau.etline = self.Source.corpus.make_etline(listet)
 713
 714             dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
 715                                     "Veuillez patienter...",
 716                                      maximum=2,
 717                                      parent=self.parent,
 718                                      style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME | wx.PD_CAN_ABORT)
 719             dlg.Center()
 720             self.PrintScript()
 721             self.DoR(dlg)
 722             dlg.Destroy()
 723             self.make_ira()
 724             if self.paramsimi['type'] == 1:
 725                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticBitmap(self.graphpan.panel_1, -1, wx.Bitmap(self.filename, wx.BITMAP_TYPE_ANY)), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 726                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticText(self.graphpan.panel_1,-1,self.txtgraph), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 727                 self.graphpan.sizer_3.Fit(self.graphpan.panel_1)
 728                 self.graphpan.Layout()
 729                 self.graphpan.panel_1.Scroll(0,self.graphpan.panel_1.GetScrollRange(wx.VERTICAL))
 730         else :
 731             self.dial.Destroy()
 732
 733
 734 class GraphPanelSimi(wx.Panel):
 735     def __init__(self,parent, dico, list_graph):
 736         wx.Panel.__init__(self,parent)
 737         self.afcnb = 1
 738         self.Dict = dico
 739         self.dirout = os.path.dirname(self.Dict['ira'])
 740         self.parent = self.GetParent()#parent
 741         self.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "courier"))
 742         self.labels = []
 743         self.listimg = []
 744         self.tabsimi = self.parent.GetParent()
 745         self.ira = self.tabsimi.GetParent()
 746         self.panel_1 = wx.ScrolledWindow(self, -1, style=wx.TAB_TRAVERSAL)
 747         afc_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_simi.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
 748         self.butafc = wx.BitmapButton(self, -1, afc_img)
 749         export_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_export.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
 750         self.butexport = wx.BitmapButton(self, -1, export_img)
 751
 752         for i in range(0,len(list_graph)):
 753             if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])) :
 754                 self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), wx.BITMAP_TYPE_ANY)))
 755                 self.labels.append(wx.StaticText(self.panel_1, -1, list_graph[i][1]))
 756
 757         self.__set_properties()
 758         self.__do_layout()
 759
 760     def __set_properties(self):
 761         self.panel_1.EnableScrolling(True,True)
 762         #self.panel_1.SetSize((1000,1000))
 763         self.panel_1.SetScrollRate(20, 20)
 764
 765     def __do_layout(self):
 766         self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
 767         self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
 768         self.sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
 769         self.sizer_2.Add(self.butafc, 0, 0, 0)
 770         self.sizer_2.Add(self.butexport, 0, 0, 0)
 771         for i in range(0, len(self.listimg)):
 772             self.sizer_3.Add(self.listimg[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 773             self.sizer_3.Add(self.labels[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 774         self.panel_1.SetSizer(self.sizer_3)
 775         self.sizer_1.Add(self.sizer_2, 0, wx.EXPAND, 0)
 776         self.sizer_1.Add(self.panel_1, 1, wx.EXPAND, 0)
 777         self.SetSizer(self.sizer_1)