iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabsimi.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2009-2010 Pierre Ratinaud
   5 #Lisense: GNU/GPL
   6
   7 from chemins import ConstructPathOut, construct_simipath, ffr
   8 from functions import print_liste, exec_rcode, read_list_file, check_Rresult, indices_simi, treat_var_mod
   9 from dialog import PrefSimi, SelectColDial, OptLexi
  10 from listlex import *
  11 import wx
  12 import wx.lib.agw.aui as aui
  13 from numpy import *
  14 import os
  15 import tempfile
  16 import datetime
  17 from ConfigParser import RawConfigParser
  18 from time import sleep
  19
  20 class DoSimi():
  21     def __init__(self, parent, param = None, isopen = False, fromprof = False, pathout = False, filename ='', gparent = False, wordgraph = False, listactives = False, actives = False, cmd = False, openfromprof=False):
  22 #-------------------------------------------------------------------
  23         self.fromprof = fromprof
  24         self.wordgraph = wordgraph
  25         self.listactives = listactives
  26         self.actives = actives
  27         self.openfromprof = openfromprof
  28         self.cmd = cmd
  29         if param is not None and fromprof:
  30             self.paramsimi = param
  31         else :
  32             self.paramsimi = {'coeff' : 0,
  33                           'layout' : 2,
  34                           'type' : 1,
  35                           'arbremax' : 1,
  36                           'coeff_tv' : 0,
  37                           'coeff_tv_nb' : 10,
  38                           'tvprop' : 1,
  39                           'tvmin' : 5,
  40                           'tvmax' : 30,
  41                           'coeff_te' : 1,
  42                           'coeff_temin' : 1,
  43                           'coeff_temax' : 10,
  44                           'label_v': 1,
  45                           'label_e': 1,
  46                           'vcex' : 0,
  47                           'vcexmin' : 8,
  48                           'vcexmax' : 25,
  49                           'cex' : 10,
  50                           'seuil_ok' : 0,
  51                           'seuil' : 1,
  52                           'cols' : (255,0,0),
  53                           'cola' : (200,200,200),
  54                           'width' : 800,
  55                           'height' : 800,
  56                           'first' : True,
  57                           'keep_coord' : False,
  58                           'alpha' : 10,
  59                           'film' : False,
  60                           }
  61         self.types = indices_simi
  62         if fromprof :
  63             self.parent = parent.parent
  64             self.Source = parent
  65         else :
  66             self.parent = parent
  67             self.Source = None
  68
  69         self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  70         if not isopen :
  71             if not fromprof :
  72                 self.tableau = self.parent.tableau
  73             else :
  74                 self.tableau = parent.tableau
  75             self.tableau.parametre['mineff'] = 0
  76             self.dial = PrefSimi(parent, -1, self.paramsimi, self.types)
  77             self.dial.CenterOnParent()
  78             self.val = self.dial.ShowModal()
  79             if self.val == wx.ID_OK :
  80                 self.paramsimi = self.make_param()
  81                 self.dial.Destroy()
  82                 if self.paramsimi.get('bystar', False) :
  83                     variables = treat_var_mod(self.tableau.listet)
  84                     dial = OptLexi(self.parent)
  85                     dial.listet = self.tableau.listet
  86                     var = [v for v in variables]
  87                     dial.variables = var
  88                     for et in var :
  89                         dial.list_box_1.Append(et)
  90                     dial.CenterOnParent()
  91                     val = dial.ShowModal()
  92                     if val == wx.ID_OK :
  93                         if dial.choice.GetSelection() == 1 :
  94                             listet = [self.tableau.listet[i] for i in dial.list_box_1.GetSelections()]
  95                         else :
  96                             listet = variables[var[dial.list_box_1.GetSelections()[0]]]
  97                         dial.Destroy()
  98                         self.tableau.etline = self.Source.corpus.make_etline(listet)
  99
 100                 dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
 101                                        "Veuillez patienter...",
 102                                        maximum=4,
 103                                        parent=self.parent,
 104                                        style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
 105                                         )
 106                 dlg.Center()
 107                 count = 1
 108                 keepGoing = dlg.Update(count)
 109         #-------------------------------------------------------------------
 110                 self.DictForme = {}
 111                 self.Min = 10
 112                 self.Linecontent = []
 113         #-----------------------------------------------------------
 114                 count += 1
 115                 if not fromprof :
 116                     self.pathout = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'Simi')
 117                     self.DictPathOut = construct_simipath(self.pathout)
 118                     self.parent.tableau.dictpathout = self.DictPathOut
 119                     dlg.Update(count, u"passage en O/1")
 120                     self.parent.tableau.make_01_from_selection(range(0,self.parent.tableau.colnb))
 121                     #self.Linecontent = parent.table
 122                     #self.ListTo01Form()
 123                 else :
 124                     self.pathout = pathout
 125                     self.DictPathOut = construct_simipath(self.pathout)
 126                     self.DictPathOut['mat01'] = fromprof
 127                 self.PrintScript()
 128                 count += 1
 129                 dlg.Update(count, u"R...")
 130                 self.DoR(dlg)
 131                 self.make_ira()
 132                 count += 1
 133                 dlg.Update(count, u"")
 134                 dlg.Destroy()
 135                 #self.dial.Destroy()
 136                 #self.dolayout()
 137                 from openanalyse import OpenAnalyse
 138                 if self.fromprof :
 139                     fromprof = True
 140                 else:
 141                     fromprof = False
 142                 OpenAnalyse(self.parent, self.DictPathOut['ira'], False, simifromprof=fromprof)
 143             else:
 144                 self.dial.Destroy()
 145         else :
 146             self.tableau = gparent.tableau
 147             if 'corpus' in dir(gparent) :
 148                 self.Source = gparent
 149             self.tableau.parametre['mineff'] = 0
 150             self.DictPathOut = construct_simipath(os.path.abspath(os.path.dirname(filename)))
 151             self.dolayout()
 152             self.paramsimi['first'] = False
 153             self.paramsimi['coeff'] = int(param.get('simi', 'indice'))
 154             self.paramsimi['layout'] = int(param.get('simi', 'layout'))
 155             self.paramsimi['seuil_ok'] = param.getboolean('simi', 'seuil_ok')
 156             self.paramsimi['seuil'] = int(param.get('simi', 'seuil'))
 157             if param.get('simi', 'wordgraph') == 'False' :
 158                 self.wordgraph = False
 159             else :
 160                 self.wordgraph = param.get('simi', 'wordgraph')
 161             if 'listet' in dir(self.tableau) :
 162                 self.paramsimi['stars'] = self.tableau.listet
 163                 self.paramsimi['bystar'] = False
 164                 self.paramsimi['cexfromchi'] = True
 165                 self.paramsimi['tvprop'] = False
 166                 self.paramsimi['sfromchi'] = False
 167                 self.paramsimi['coeff_te'] = True
 168                 self.paramsimi['coeff_tv'] = True
 169                 self.paramsimi['coeff_tv_nb'] = 0
 170                 self.paramsimi['label_e'] = False
 171                 self.paramsimi['width'] = 1000
 172                 self.paramsimi['height'] = 1000
 173
 174
 175     def make_param(self) :
 176         if self.paramsimi['first'] :
 177             keep_coord = False
 178         else :
 179             keep_coord = self.dial.check_coord.GetValue()
 180         self.select = self.dial.check_colch.GetValue()
 181
 182         paramsimi = {'coeff' : self.dial.choice1.GetSelection(),
 183                           'layout' : self.dial.choice2.GetSelection(),
 184                           'type' : self.dial.choice3.GetSelection(),
 185                           'arbremax' : self.dial.check1.GetValue(),
 186                           'coeff_tv' : self.dial.check_s_size.GetValue(),
 187                           'coeff_tv_nb' : self.dial.spin_tv.GetValue(),
 188                           'tvprop' : self.dial.check2.GetValue(),
 189                           'tvmin' : self.dial.spin_tvmin.GetValue(),
 190                           'tvmax' : self.dial.spin_tvmax.GetValue(),
 191                           'coeff_te' : self.dial.check3.GetValue(),
 192                           'coeff_temin' : self.dial.spin_temin.GetValue(),
 193                           'coeff_temax' : self.dial.spin_temax.GetValue(),
 194                           'label_e' : self.dial.check_elab.GetValue(),
 195                           'label_v' : self.dial.check_vlab.GetValue(),
 196                           'vcex' : self.dial.check_vcex.GetValue(),
 197                           'vcexmin' : self.dial.spin_vcexmin.GetValue(),
 198                           'vcexmax' : self.dial.spin_vcexmax.GetValue(),
 199                           'cex' : self.dial.spin_cex.GetValue(),
 200                           'seuil_ok' : self.dial.check_seuil.GetValue(),
 201                           'seuil' : self.dial.spin_seuil.GetValue(),
 202                           'cols' : self.dial.cols.GetColour(),
 203                           'cola' : self.dial.cola.GetColour(),
 204                           'width' : self.dial.spin_width.GetValue(),
 205                           'height' : self.dial.spin_height.GetValue(),
 206                           'first' : False,
 207                           'keep_coord' : keep_coord,
 208                           'alpha' : self.dial.slider_sphere.GetValue(),
 209                           'film' : self.dial.film.GetValue()
 210                           }
 211         if 'cexfromchi' in self.paramsimi :
 212             paramsimi['cexfromchi'] = self.dial.checkit.GetValue()
 213         if 'sfromchi' in self.paramsimi :
 214             paramsimi['sfromchi'] = self.dial.checki.GetValue()
 215         if 'vlabcolor' in self.paramsimi :
 216            paramsimi['vlabcolor'] = self.paramsimi['vlabcolor']
 217         if 'check_bystar' in dir(self.dial) :
 218             paramsimi['bystar'] = self.dial.check_bystar.GetValue()
 219             paramsimi['stars'] = self.paramsimi['stars']
 220         return paramsimi
 221
 222     def make_ira(self):
 223         self.tableau.save_tableau(self.DictPathOut['db'])
 224         conf = RawConfigParser()
 225         conf.read(self.DictPathOut['ira'])
 226         if not 'simi' in conf.sections() :
 227             conf.add_section('simi')
 228         date = datetime.datetime.now().ctime()
 229         conf.set('simi', 'date', str(date))
 230         conf.set('simi', 'indice', self.paramsimi['coeff'])
 231         conf.set('simi','layout', self.paramsimi['layout'])
 232         conf.set('simi', 'seuil_ok', self.paramsimi['seuil_ok'])
 233         conf.set('simi', 'seuil', str(self.paramsimi['seuil']))
 234         conf.set('simi', 'wordgraph', self.wordgraph)
 235         fileout = open(self.DictPathOut['ira'], 'w')
 236         conf.write(fileout)
 237         fileout.close()
 238
 239     def PrintScript(self):
 240         if self.select :
 241             if self.listactives :
 242                 lactives = self.listactives
 243             else :
 244                 lactives = self.tableau.listactives
 245             if self.actives :
 246                 acts = self.actives
 247             else :
 248                 acts = self.tableau.actives
 249             dictcol = [[i, [active, acts[active][0]]] for i, active in enumerate(lactives)]
 250             dictcol = dict(dictcol)
 251             dlg = SelectColDial(self.parent)
 252             listcol = ListForSpec(dlg, self, dictcol, ['forme', 'eff'])
 253             dlg.bSizer2.Add( listcol, 2, wx.ALL|wx.EXPAND, 5 )
 254             dlg.m_sdbSizer2.AddButton( dlg.m_sdbSizer2OK )
 255             dlg.m_sdbSizer2.Realize()
 256             dlg.bSizer2.Add( dlg.m_sdbSizer2, 0, wx.EXPAND, 5 )
 257             dlg.Layout()
 258             if not 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 259                 for row in xrange(listcol.list.GetItemCount()):
 260                     listcol.list.Select(row)
 261             else :
 262                 for row in self.tableau.selected_col :
 263                     listcol.list.Select(row)
 264             dlg.CenterOnParent()
 265             val = dlg.ShowModal()
 266             datas = [listcol.getColumnText(listcol.list.GetFirstSelected(),0)]
 267             last = listcol.list.GetFirstSelected()
 268             lastl = [listcol.list.GetFirstSelected()]
 269             while listcol.list.GetNextSelected(last) != -1:
 270                 last = listcol.list.GetNextSelected(last)
 271                 lastl.append(last)
 272                 datas.append(listcol.getColumnText(last,0))
 273             dlg.Destroy()
 274             datas = [lactives.index(val) for val in datas]
 275             self.tableau.selected_col = lastl
 276             self.tableau.datas = datas
 277             datas = str(tuple(datas))
 278         elif not self.select and 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 279             datas = str(tuple(self.tableau.datas))
 280         elif self.wordgraph :
 281             col = self.tableau.listactives.index(self.wordgraph)
 282
 283         tmpchi = False
 284         if (self.fromprof or self.openfromprof) and (self.paramsimi.get('cexfromchi', False) or self.paramsimi.get('sfromchi', False)):
 285             if 'lchi' in dir(self.tableau) :
 286                 tmpchi = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 287                 with open(tmpchi, 'w') as f:
 288                     f.write('\n'.join([str(val) for val in self.tableau.lchi]))
 289
 290         active_file = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 291         if self.listactives :
 292             lactives = self.listactives
 293         else :
 294             lactives = self.tableau.listactives
 295         self.tableau.listactives = lactives
 296         with open(active_file, 'w') as f:
 297             f.write('\n'.join(lactives))
 298
 299         txt = '#script genere par Iramuteq'
 300         txt += """
 301         library('igraph')
 302         library('proxy')
 303         library('Matrix')
 304         """
 305         if os.path.exists(self.DictPathOut['RData']) :
 306             txt += """
 307             load("%s")
 308             """ % self.DictPathOut['RData']
 309         if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 310             #FIXME : beurk!!
 311             i = 0
 312             market = False
 313             with open(self.DictPathOut['mat01'],'r') as f :
 314                 for line in f.readlines() :
 315                     if 'MatrixMarket' in line :
 316                         market = True
 317                         break
 318                     elif i >= 1 :
 319                         market = False
 320                         break
 321                     i += 1
 322             print market
 323             #if (self.fromprof or 'fromtxt' in self.tableau.parametre or self.openfromprof) and not self.actives :
 324             if market :
 325                 txt += """
 326                 dm <-readMM("%s")
 327                 """ % self.DictPathOut['mat01']
 328             else :
 329                 txt += """
 330                 dm <- read.csv2("%s")
 331                 """ % self.DictPathOut['mat01']
 332             txt += """
 333             dm <- as.matrix(dm)
 334             #dml <- apply(dm, 2, as.logical)
 335             """
 336             if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 337                 txt += """
 338                 cn <- read.table("%s", sep=';', quote='"')
 339                 colnames(dm) <- cn[,1]
 340                 #colnames(dml) <- cn[,1]
 341                 """ % ffr(active_file)
 342         if 'selected_col' in dir(self.tableau) and not self.paramsimi['keep_coord']:
 343             txt += """
 344             #dml <- dml[, c%s+1]
 345             dm <- dm[, c%s+1]
 346             """ % (datas, datas)
 347         txt += """
 348         source("%s")
 349         source("%s")
 350         """ % (self.parent.RscriptsPath['simi'],self.parent.RscriptsPath['Rgraph'])
 351
 352         self.txtgraph = ''
 353         self.txtgraph += self.types[self.paramsimi['coeff']]
 354         if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 355             if self.paramsimi['coeff'] == 0 :
 356                 method = 'cooc'
 357                 txt += """
 358                 method <- 'cooc'
 359                 mat <- make.a(dm)
 360                 """
 361             elif self.paramsimi['coeff'] == 1 :
 362                 method = 'prcooc'
 363                 txt += """
 364                 method <- 'Russel'
 365                 mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 366                 """
 367             elif self.types[self.paramsimi['coeff']] == 'binomial' :
 368                 method = 'binomial'
 369                 txt += """
 370                 method <- 'binomial'
 371                 mat <- binom.sim(dm)
 372                 """
 373             else :
 374                 method = self.types[self.paramsimi['coeff']]
 375                 txt += """
 376                 method <-"%s"
 377                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 378                 """ % self.types[self.paramsimi['coeff']]
 379             txt += """
 380             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 381             mat[is.na(mat)] <- 0
 382             mat[is.infinite(mat)] <- 0
 383             """
 384             if self.types[self.paramsimi['coeff']] not in ['cooccurrence', 'Chi-squared', 'Mozley', 'Stiles'] :
 385                 txt += """
 386                 mat <- mat * 100
 387                 """
 388             if self.wordgraph :
 389                 txt += """
 390                 mat <- graph.word(mat, %i)
 391                 """ % (col + 1)
 392             txt += """
 393             eff <- colSums(dm)
 394             x <- list(mat = mat, eff = eff)
 395             """
 396         else :
 397             method = ''
 398         if self.paramsimi['layout'] == 0 : layout = 'random'
 399         if self.paramsimi['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 400         if self.paramsimi['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 401         if self.paramsimi['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 402         if self.paramsimi['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 403
 404         self.filename=''
 405         if self.paramsimi['type'] == 0 : type = 'tkplot'
 406         if self.paramsimi['type'] == 1 :
 407             graphnb = 1
 408             type = 'nplot'
 409             dirout = os.path.dirname(self.DictPathOut['mat01'])
 410             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 411                 graphnb +=1
 412             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 413         if self.paramsimi['type'] == 2 : type = 'rgl'
 414
 415         if self.paramsimi['arbremax'] :
 416             arbremax = 'TRUE'
 417             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 418         else : arbremax = 'FALSE'
 419
 420         if self.paramsimi['coeff_tv'] :
 421             coeff_tv = self.paramsimi['coeff_tv_nb']
 422             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 423         elif not self.paramsimi['coeff_tv'] or self.paramsimi.get('sformchi', False) :
 424             coeff_tv = 'NULL'
 425             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.paramsimi['tvmin'], self.paramsimi['tvmax'])
 426         txt += """
 427         minmaxeff <- %s
 428         """ % tvminmax
 429
 430         if self.paramsimi['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.paramsimi['coeff_temin'], self.paramsimi['coeff_temax'])
 431         else : coeff_te = 'NULL'
 432
 433         if self.paramsimi['vcex'] or self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 434             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.paramsimi['vcexmin'],self.paramsimi['vcexmax'])
 435         else :
 436             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 437
 438         txt += """
 439         vcexminmax <- %s
 440         """ % vcexminmax
 441
 442         txt += """
 443         cex = %i/10
 444         """ % self.paramsimi['cex']
 445
 446         if not self.paramsimi['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 447         else : label_v = 'TRUE'
 448
 449         if not self.paramsimi['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 450         else : label_e = 'TRUE'
 451
 452         if self.paramsimi['seuil_ok'] : seuil = str(self.paramsimi['seuil'])
 453         else : seuil = 'NULL'
 454
 455         if self.paramsimi['film'] :
 456             txt += """
 457             film <- "%s"
 458             """ % self.DictPathOut['film']
 459         else :
 460             txt += """
 461             film <- NULL
 462             """
 463
 464         txt += """
 465         seuil <- %s
 466         """ % seuil
 467
 468         txt += """
 469         label.v <- %s
 470         label.e <- %s
 471         """ % (label_v, label_e)
 472
 473         cols = str(self.paramsimi['cols']).replace(')',', max=255)')
 474         cola = str(self.paramsimi['cola']).replace(')',',max=255)')
 475
 476         txt += """
 477         cols <- rgb%s
 478         cola <- rgb%s
 479         """ % (cols, cola)
 480
 481         txt += """
 482         width <- %i
 483         height <- %i
 484         """ % (self.paramsimi['width'], self.paramsimi['height'])
 485
 486         if self.paramsimi['keep_coord'] :
 487             txt += """
 488             coords <- try(coords, TRUE)
 489             if (!is.matrix(coords)) {
 490                 coords<-NULL
 491             }
 492             """
 493         else :
 494             txt += """
 495             coords <- NULL
 496             """
 497         txt += """
 498         alpha <- %i/100
 499         """ % self.paramsimi['alpha']
 500
 501         if  self.paramsimi.get('bystar',False) :
 502             txt += """
 503             et <- list()
 504             """
 505             for i,et in enumerate(self.tableau.etline) :
 506                 txt+= """
 507                 et[[%i]] <- c(%s)
 508                 """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
 509             txt+= """
 510             unetoile <- c('%s')
 511             """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
 512             txt += """
 513             fsum <- NULL
 514             rs <- rowSums(dm)
 515             for (i in 1:length(unetoile)) {
 516                 print(unetoile[i])
 517                 tosum <- et[[i]]
 518                 if (length(tosum) > 1) {
 519                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
 520                 } else {
 521                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
 522                 }
 523             }
 524             source("%s")
 525             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
 526             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
 527             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
 528             gcol <- rainbow(length(unetoile))
 529             #gcol[2] <- 'orange'
 530             vertex.label.color <- gcol[dcol]
 531             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
 532             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
 533             cols <- vertex.label.color
 534             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
 535
 536             """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 537         else :
 538             txt += """
 539             vertex.label.color <- 'black'
 540             chivertex.size <- 1
 541             leg<-NULL
 542             """
 543         #if not self.paramsimi['keep_coord'] :
 544         txt += """
 545             graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
 546             """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
 547         #txt += """
 548         if self.paramsimi.get('bystar',False) :
 549             if self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 550                 txt+="""
 551                     label.cex<-chivertex.size
 552                     """
 553             else :
 554                 txt+="""
 555                 label.cex <- NULL
 556                 """
 557             if self.paramsimi.get('sfromchi', False) :
 558                 txt += """
 559                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 560                 """
 561             else :
 562                 txt += """
 563                 vertex.size <- NULL
 564                 """
 565         else :
 566             if tmpchi :
 567                 txt += """
 568                 lchi <- read.table("%s")
 569                 lchi <- lchi[,1]
 570                 """ % ffr(tmpchi)
 571                 if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
 572                     txt += """
 573                     lchi <- lchi[c%s+1]
 574                     """ % datas
 575             if tmpchi and self.paramsimi.get('cexfromchi', False) :
 576                 txt += """
 577                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
 578                 """
 579             else :
 580                 txt += """
 581             if (is.null(vcexminmax[1])) {
 582                 label.cex <- NULL
 583             } else {
 584                 label.cex <- graph.simi$label.cex
 585             }
 586             """
 587             if tmpchi and self.paramsimi.get('sfromchi', False) :
 588                 txt += """
 589                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
 590                 """
 591             else :
 592                 txt += """
 593             if (is.null(minmaxeff[1])) {
 594                 vertex.size <- NULL
 595             } else {
 596                 vertex.size <- graph.simi$eff
 597             }
 598             """
 599         txt += """ vertex.size <- NULL """
 600         txt += """
 601         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
 602         save.image(file="%s")
 603         """ % (type, self.filename, self.DictPathOut['RData'])
 604
 605         self.tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 606         tmpscript = open(self.tmpfile, 'w')
 607         tmpscript.write(txt)
 608         tmpscript.close()
 609
 610         if type == 'nplot':
 611             if os.path.exists(self.DictPathOut['liste_graph']):
 612                 graph_simi = read_list_file(self.DictPathOut['liste_graph'])
 613                 graph_simi.append([os.path.basename(self.filename), self.txtgraph])
 614             else :
 615                 graph_simi = [[os.path.basename(self.filename), self.txtgraph]]
 616             print_liste(self.DictPathOut['liste_graph'], graph_simi)
 617
 618     def DoR(self, dlg):
 619         if self.paramsimi['type'] == 1 :
 620             graph = False
 621             wait = False
 622         else :
 623             graph = True
 624             wait = True
 625         pid = exec_rcode(self.RPath, self.tmpfile, wait = wait, graph = graph)
 626         if self.paramsimi['type'] == 1 :
 627             while pid.poll() == None :
 628                     if not self.cmd :
 629                         dlg.Pulse(u'R ...')
 630                         sleep(0.2)
 631                     else :
 632                         sleep(0.2)
 633             check_Rresult(self.parent, pid)
 634
 635     def dolayout(self):
 636         if os.path.exists(self.DictPathOut['liste_graph']) :
 637             list_graph = read_list_file(self.DictPathOut['liste_graph'])
 638         else :
 639             list_graph = [['','']]
 640         notebook_flags =  aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE | aui.AUI_NB_TAB_EXTERNAL_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_MOVE | aui.AUI_NB_TAB_FLOAT
 641         self.tabsimi = aui.AuiNotebook(self.parent.nb, -1, wx.DefaultPosition)
 642         self.tabsimi.SetAGWWindowStyleFlag(notebook_flags)
 643         self.tabsimi.SetArtProvider(aui.ChromeTabArt())
 644         if 'corpus' in dir(self.Source) :
 645             self.tabsimi.corpus = self.Source.corpus
 646         self.graphpan = GraphPanelSimi(self.tabsimi, self.DictPathOut, list_graph)
 647         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.redosimi, self.graphpan.butafc)
 648         self.graphpan.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.export, self.graphpan.butexport)
 649         self.tabsimi.AddPage(self.graphpan, 'Graph')
 650         self.parent.nb.AddPage(self.tabsimi, 'Analyse de graph')
 651         self.parent.ShowTab(True)
 652         self.parent.nb.SetSelection(self.parent.nb.GetPageCount() - 1)
 653
 654     def export(self, evt) :
 655         fileout = os.path.join(os.path.dirname(self.DictPathOut['ira']), "graphout")
 656         format_graph = 'gml'
 657         i=1
 658         while os.path.exists(fileout + '_%i.' % i + format_graph) :
 659             i += 1
 660         fileout_graph = fileout + '_%i.' % i + format_graph
 661         fileout_table = fileout + '_table_%i.csv' % i
 662         Rtxt = """
 663         library(igraph)
 664         load("%s")
 665         fileout <- "%s"
 666         fileout.table <- "%s"
 667         format <- "%s"
 668         id <- (1:length(graph.simi$mat.eff)) - 1
 669         id <- paste(id, '.0', sep='')
 670         table.out <- cbind(Id=id, Label=id, Name=graph.simi$v.label, labelcex=graph.simi$label.cex, eff=graph.simi$mat.eff)
 671         write.graph(graph.simi$graph, fileout, format=format)
 672         write.csv2(table.out, file = fileout.table, row.names=FALSE)
 673         """ % (self.DictPathOut['RData'], ffr(fileout_graph), ffr(fileout_table), format_graph)
 674         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 675         with open(tmpfile, 'w') as f :
 676             f.write(Rtxt)
 677         res =  exec_rcode(self.RPath, tmpfile, wait = False)
 678         check_Rresult(self.parent,res)
 679         print 'export', Rtxt
 680
 681     def redosimi(self,evt) :
 682         if self.openfromprof :
 683             if 'cexfromchi' not in self.paramsimi:
 684                 self.paramsimi['cexfromchi'] = False
 685                 self.paramsimi['sfromchi'] = False
 686         self.dial = PrefSimi(self.parent, -1, self.paramsimi, self.types)
 687         self.dial.CenterOnParent()
 688         val = self.dial.ShowModal()
 689         if val == wx.ID_OK :
 690             self.paramsimi = self.make_param()
 691             self.dial.Destroy()
 692             if self.paramsimi.get('bystar',False) :
 693                 variables = treat_var_mod(self.paramsimi['stars'])
 694                 dial = OptLexi(self.parent)
 695                 dial.listet = self.paramsimi['stars']
 696                 var = [v for v in variables]
 697                 dial.variables = var
 698                 for et in var :
 699                     dial.list_box_1.Append(et)
 700                 dial.CenterOnParent()
 701                 val = dial.ShowModal()
 702                 if val == wx.ID_OK :
 703                     if dial.choice.GetSelection() == 1 :
 704                         listet = [dial.listet[i] for i in dial.list_box_1.GetSelections()]
 705                     else :
 706                         listet = variables[var[dial.list_box_1.GetSelections()[0]]]
 707                     self.tableau.etline = self.Source.corpus.make_etline(listet)
 708
 709             dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
 710                                     "Veuillez patienter...",
 711                                      maximum=2,
 712                                      parent=self.parent,
 713                                      style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME | wx.PD_CAN_ABORT)
 714             dlg.Center()
 715             self.PrintScript()
 716             self.DoR(dlg)
 717             dlg.Destroy()
 718             self.make_ira()
 719             if self.paramsimi['type'] == 1:
 720                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticBitmap(self.graphpan.panel_1, -1, wx.Bitmap(self.filename, wx.BITMAP_TYPE_ANY)), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 721                 self.graphpan.sizer_3.Add(wx.StaticText(self.graphpan.panel_1,-1,self.txtgraph), 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 722                 self.graphpan.sizer_3.Fit(self.graphpan.panel_1)
 723                 self.graphpan.Layout()
 724                 self.graphpan.panel_1.Scroll(0,self.graphpan.panel_1.GetScrollRange(wx.VERTICAL))
 725         else :
 726             self.dial.Destroy()
 727
 728
 729 class GraphPanelSimi(wx.Panel):
 730     def __init__(self,parent, dico, list_graph):
 731         wx.Panel.__init__(self,parent)
 732         self.afcnb = 1
 733         self.Dict = dico
 734         self.dirout = os.path.dirname(self.Dict['ira'])
 735         self.parent = self.GetParent()#parent
 736         self.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "courier"))
 737         self.labels = []
 738         self.listimg = []
 739         self.tabsimi = self.parent.GetParent()
 740         self.ira = self.tabsimi.GetParent()
 741         self.panel_1 = wx.ScrolledWindow(self, -1, style=wx.TAB_TRAVERSAL)
 742         afc_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_simi.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
 743         self.butafc = wx.BitmapButton(self, -1, afc_img)
 744         export_img = wx.Image(os.path.join(self.ira.images_path,'button_export.jpg'), wx.BITMAP_TYPE_ANY).ConvertToBitmap()
 745         self.butexport = wx.BitmapButton(self, -1, export_img)
 746
 747         for i in range(0,len(list_graph)):
 748             if os.path.exists(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0])) :
 749                 self.listimg.append(wx.StaticBitmap(self.panel_1, -1, wx.Bitmap(os.path.join(self.dirout,list_graph[i][0]), wx.BITMAP_TYPE_ANY)))
 750                 self.labels.append(wx.StaticText(self.panel_1, -1, list_graph[i][1]))
 751
 752         self.__set_properties()
 753         self.__do_layout()
 754
 755     def __set_properties(self):
 756         self.panel_1.EnableScrolling(True,True)
 757         #self.panel_1.SetSize((1000,1000))
 758         self.panel_1.SetScrollRate(20, 20)
 759
 760     def __do_layout(self):
 761         self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
 762         self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
 763         self.sizer_3 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
 764         self.sizer_2.Add(self.butafc, 0, 0, 0)
 765         self.sizer_2.Add(self.butexport, 0, 0, 0)
 766         for i in range(0, len(self.listimg)):
 767             self.sizer_3.Add(self.listimg[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 768             self.sizer_3.Add(self.labels[i], 0, wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL, 0)
 769         self.panel_1.SetSizer(self.sizer_3)
 770         self.sizer_1.Add(self.sizer_2, 0, wx.EXPAND, 0)
 771         self.sizer_1.Add(self.panel_1, 1, wx.EXPAND, 0)
 772         self.SetSizer(self.sizer_1)