labbe + chrono
[iramuteq] / PrintRScript.py
index 7ec1540..3311a12 100644 (file)
@@ -1,10 +1,10 @@
 # -*- coding: utf-8 -*-
 #Author: Pierre Ratinaud
 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
-#Lisense: GNU/GPL
+#License: GNU/GPL
 
 import tempfile
-from chemins import ffr
+from chemins import ffr, PathOut
 import os
 import locale
 from datetime import datetime
@@ -18,12 +18,13 @@ class PrintRScript :
         self.pathout = analyse.pathout
         self.analyse = analyse
         self.parametres = analyse.parametres
+        #self.scriptout = ffr(self.pathout['lastRscript.R'])
         self.scriptout = self.pathout['temp']
-        self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s" % datetime.now().ctime()
-    
+        self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
+
     def add(self, txt) :
         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
-    
+
     def defvar(self, name, value) :
         self.add(' <- '.join([name, value]))
 
@@ -33,7 +34,7 @@ class PrintRScript :
 
     def sources(self, lsources) :
         for source in lsources :
-            self.add('source("%s")' % source)
+            self.add('source("%s", encoding = \'utf8\')' % ffr(source))
 
     def packages(self, lpks) :
         for pk in lpks :
@@ -41,7 +42,7 @@ class PrintRScript :
 
     def load(self, l) :
         for val in l :
-            self.add('load("%s")' % val)
+            self.add('load("%s")' % ffr(val))
 
     def write(self) :
         with open(self.scriptout, 'w') as f :
@@ -109,13 +110,13 @@ class Alceste2(PrintRScript) :
 #
 
 
-def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False):
+def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
     txt = """
     source("%s")
     source("%s")
     source("%s")
     source("%s")
-    """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdtxt'], RscriptPath['anacor'], RscriptPath['Rgraph'])
+    """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdtxt']), ffr(RscriptPath['anacor']), ffr(RscriptPath['Rgraph']))
     if R_max_mem :
         txt += """
     memory.limit(%i)
@@ -124,95 +125,117 @@ def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False
     txt += """
     nbt <- %i
     """ % nbt
-    if libsvdc :
+    if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
         txt += """
-        libsvdc <- TRUE
+        svd.method <- 'svdlibc'
         libsvdc.path <- "%s"
         """ % ffr(libsvdc_path)
+    elif svdmethod == 'irlba' :
+        txt += """
+        library(irlba)
+        svd.method <- 'irlba'
+        libsvdc.path <- NULL
+        """
     else :
         txt += """
-        libsvdc <- FALSE
+        svd.method = 'svdR'
         libsvdc.path <- NULL
         """
-
+    if mode_patate :
+        txt += """
+        mode.patate = TRUE
+        """
+    else :
+        txt += """
+        mode.patate = FALSE
+        """
     txt +="""
     library(Matrix)
     data1 <- readMM("%s")
     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
-    """ % DicoPath['TableUc1']
-    
+    """ % ffr(DicoPath['TableUc1'])
+
     if classif_mode == 0:
         txt += """
         data2 <- readMM("%s")
         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
-        """ % DicoPath['TableUc2']
-    #log.info('ATTENTION ############# MODEPATATE ####################')
+        """ % ffr(DicoPath['TableUc2'])
     txt += """
-    chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = FALSE, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
-    """
-    
+    log1 <- "%s"
+    chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method =
+    svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path, log.file = log1)
+    """ % ffr(DicoPath['log-chd1.txt'])
+
     if classif_mode == 0:
         txt += """
-    chd2<-CHD(data2, x = nbt, libsvdc = libsvdc, libsvdc.path = libsvdc.path)
-    """
-    else:
-        txt += """
-    chd2<-chd1
-    """    
-    
+    log2 <- "%s"
+    chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method =
+    svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path) log.file = log2)
+    """ % ffr(DicoPath['log-chd2.txt'])
+
     txt += """
     #lecture des uce
     listuce1<-read.csv2("%s")
-    """ % DicoPath['listeuce1']
-    
+    """ % ffr(DicoPath['listeuce1'])
+
     if classif_mode == 0:
         txt += """
         listuce2<-read.csv2("%s")
-        """ % DicoPath['listeuce2']
-        
+        """ % ffr(DicoPath['listeuce2'])
+
     txt += """
-#    rm(data1)
+    rm(data1)
     """
-    
+
     if classif_mode == 0:
         txt += """
-#        rm(data2)
+        rm(data2)
         """
     txt += """
-    chd.result <- Rchdtxt("%s",mincl=%i,classif_mode=%i, nbt = nbt)
+    classif_mode <- %i
+    mincl <- %i
+    uceout <- "%s"
+    if (classif_mode == 0) {
+        chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd2, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
+    } else {
+        chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd1, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
+    }
     n1 <- chd.result$n1
     classeuce1 <- chd.result$cuce1
-    classeuce2 <- chd.result$cuce2
-    """ % (DicoPath['uce'], mincl, classif_mode)
-    
+    classes<-n1[,ncol(n1)]
+    write.csv2(n1, file="%s")
+    rm(n1)
+    """ % (classif_mode, mincl, ffr(DicoPath['uce']), ffr(DicoPath['n1.csv']))
+
     txt += """
     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 #    dev.off()
-    """%DicoPath['arbre1']
-    
+    """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
+
     if classif_mode == 0:
         txt += """
+        classeuce2 <- chd.result$cuce2
         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 #        dev.off()
-        """ % DicoPath['arbre2']  
-              
+        """ % ffr(DicoPath['arbre2'] )
+
     txt += """
     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
     save(tree.cut1, file="%s")
-    classes<-n1[,ncol(n1)]
+
     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
     dev.off()
-    """ % (DicoPath['Rdendro'], DicoPath['dendro1'], DicoPath['arbre1'])
-    
+    """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']), ffr(DicoPath['arbre1']))
+
     if classif_mode == 0:
         txt += """
         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
@@ -220,21 +243,22 @@ def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False
         plot(tree.cut2$tree.cl)
         dev.off()
         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
-        plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
+        plot(tree.cut2$dendro_tot_cl)
         dev.off()
-        """ % (DicoPath['dendro2'], DicoPath['arbre2'])
-        
+        """ % (ffr(DicoPath['dendro2']), ffr(DicoPath['arbre2']))
+
     txt += """
-    save.image(file="%s")
-    """ % DicoPath['RData']
+
+    #save.image(file="%s")
+    """ % (ffr(DicoPath['RData']))
+
     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
     fileout.write(txt)
     fileout.close()
 
 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
-    DicoPath = corpus.dictpathout
-    param = corpus.parametre
-    print param
+    DicoPath = corpus.pathout
+    param = corpus.parametres
     txt = """
     source("%s")
     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
@@ -264,7 +288,7 @@ def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
     source("%s")
     source("%s")
     source("%s")
-    """ % (RscriptPath['CHD'], RscriptPath['chdquest'], RscriptPath['anacor'],RscriptPath['Rgraph'])
+    """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdquest']), ffr(RscriptPath['anacor']),ffr(RscriptPath['Rgraph']))
 
     txt += """
     nbt <- %i - 1
@@ -275,14 +299,14 @@ def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
     n1 <- chd.result$n1
     classeuce1 <- chd.result$cuce1
-    """ % (DicoPath['Act01'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'])
+    """ % (ffr(DicoPath['mat01.csv']), ffr(DicoPath['listeuce1']), ffr(DicoPath['uce']))
     
     txt += """
     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
     plot(tree_tot1$tree.cl)
     dev.off()
-    """%DicoPath['arbre1']
+    """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
     
     txt += """
     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
@@ -290,27 +314,28 @@ def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
     save(tree.cut1, file="%s")
     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
     classes<-n1[,ncol(n1)]
-    plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes)
-    """ % (DicoPath['Rdendro'],DicoPath['dendro1'])
+    plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes, histo = TRUE)
+    """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']))
     
     txt += """
     save.image(file="%s")
-    """ % DicoPath['RData']
+    """ % ffr(DicoPath['RData'])
     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
     fileout.write(txt)
     fileout.close()
     
-def AlcesteTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
+def ReinertTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
     txt += """
 source("%s")
-load("%s")
-""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
+#load("%s")
+n1 <- read.csv2("%s")
+""" % (ffr(RscriptsPath['chdfunct']), ffr(DictChdTxtOut['RData']), ffr(DictChdTxtOut['n1.csv']))
     txt += """
 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
-""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
+""" % (ffr(DictChdTxtOut['Contout']), ffr(DictChdTxtOut['ContSupOut']), ffr(DictChdTxtOut['ContEtOut']))
     txt += """
 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
@@ -318,7 +343,7 @@ tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 """
     txt += """
 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
-""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
+""" % (ffr(DictChdTxtOut['PROFILE_OUT']), ffr(DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT']))
     txt += """
 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
@@ -335,7 +360,7 @@ write.csv2(chistabletot,file="%s")
 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 gbcluster<-n1
 write.csv2(gbcluster,file="%s")
-""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
+""" % (ffr(DictChdTxtOut['chisqtable']), ffr(DictChdTxtOut['ptable']), ffr(DictChdTxtOut['SbyClasseOut']))
     if clnb > 2 :
         txt += """
     library(ca)
@@ -355,7 +380,7 @@ write.csv2(gbcluster,file="%s")
     #FIXME : split this!!!
         txt += """
     source("%s")
-    """ % RscriptsPath['Rgraph']
+    """ % ffr(RscriptsPath['Rgraph'])
     
         txt += """
         afc <- summary.ca.dm(afc)
@@ -363,34 +388,25 @@ write.csv2(gbcluster,file="%s")
         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
-        """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
-    
-        txt += """
-        #xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
-        #ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
-        #xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
-        #ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
-        """
+        """ % (ffr(DictChdTxtOut['afc_facteur']), ffr(DictChdTxtOut['afc_col']), ffr(DictChdTxtOut['afc_row']))
     
         txt += """
     PARCEX<-%s
-    xmin <- min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
-    xmax <- max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
-    ymin <- min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
-    ymax <- max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
     """ % taillecar
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
-    """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
+    xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
+    """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT']))
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
-    """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
+    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
+    """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT']))
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
-    """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
+        if ((fin - debet) > 2) {
+    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active = FALSE)
+        }
+    """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT']))
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
-    """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
+    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
+    """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT']))
 #        txt += """
  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
@@ -406,7 +422,7 @@ rm(tablesqrpact)
 rm(tablesqrpsup)
 rm(tablesqrpet)
 save.image(file="%s")
-""" % DictChdTxtOut['RData']
+""" % ffr(DictChdTxtOut['RData'])
     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
     file.write(txt)
     file.close()
@@ -431,11 +447,14 @@ def write_afc_graph(self):
     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
     else : tchi = 'FALSE'
 
+    if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
+    else : svg = 'FALSE'
+
     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
         txt = f.read()
 
 #    self.DictPathOut['RData'], \
-    scripts = txt % (self.RscriptsPath['Rgraph'],\
+    scripts = txt % (ffr(self.RscriptsPath['Rgraph']),\
     self.param['typegraph'], \
     self.param['what'], \
     self.param['facteur'][0],\
@@ -460,7 +479,8 @@ def write_afc_graph(self):
     tchi,\
     self.param['tchi_min'],\
     self.param['tchi_max'],\
-    ffr(os.path.dirname(self.fileout)))
+    ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
+    svg)
     return scripts
         
 def print_simi3d(self):
@@ -522,16 +542,17 @@ def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False,
         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
     return txt
 
-def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
+def barplot(table, parametres, intxt = False) :
     if not intxt :
         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
     #height =  len(rownames) * 15
-    rownb = len(rownames)
+    rownb = len(parametres['rownames'])
     #if height < 400 :
     #    height = 400
-    rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
-    colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
+    rownames = 'c("' + '","'.join(parametres['rownames']) + '")'
+    colnames = 'c("' + '","'.join(parametres['colnames']) + '")'
+
     if not intxt :
         #FIXME
         txt = """
@@ -540,69 +561,91 @@ def barplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False) :
             tominf <- which(di == -Inf)
             if (length(toinf)) {
                 di[toinf] <- NA
-                di[toinf] <- max(di, na.rm = TRUE) + 2
+                valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
+                if (valmax <= 0) {
+                    valmax <- 2
+                } else {
+                    valmax <- valmax + 2
+                }
+                di[toinf] <- valmax
             }
             if (length(tominf)) {
                 di[tominf] <- NA
-                di[tominf] <- min(di, na.rm = TRUE) - 2
+                valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
+                if (valmin >=0) {
+                    valmin <- -2
+                } else {
+                    valmin <- valmin - 2
+                }
+                di[tominf] <- valmin
             }
             rownames(di)<- %s
             colnames(di) <- %s
         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
     else :
         txt = intxt
-    txt += """
-        source("%s")
-        color = rainbow(nrow(di))
-        width <- 100 + (20*length(rownames(di))) + (100 * length(colnames(di)))
-        height <- nrow(di) * 15
-        if (height < 400) { height <- 400}
-        open_file_graph("%s",width = width, height = height)
-       par(mar=c(0,0,0,0))
-           layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
-        par(mar=c(2,2,1,0))
-        yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
-        ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
-        ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
-        coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp))
-        if (length(toinf)) {
-            coordinf <- coord[toinf]
-            valinf <- di[toinf]
-            text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
-        }
-        if (length(tominf)) {
-            coordinf <- coord[toinf]
-            valinf <- di[toinf]
-            text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
-        }            
-        c <- colMeans(coord)
-        c1 <- c[-1]
-        c2 <- c[-length(c)]
-        cc <- cbind(c1,c2)
-        lcoord <- apply(cc, 1, mean)
-        abline(v=lcoord)
-        if (min(di) < 0) {
-            amp <- abs(max(di) - min(di))
-        } else {
-            amp <- max(di)
-        }
-        if (amp < 10) {
-            d <- 2
-        } else {
-            d <- signif(amp%%/%%10,1)
-        }
-        mn <- round(min(di))
-        mx <- round(max(di))
-        for (i in mn:mx) {
-            if ((i/d) == (i%%/%%d)) { 
-                abline(h=i,lty=3)
+    if not 'tree' in parametres :
+        txt += """
+            source("%s")
+            color = rainbow(nrow(di))
+            width <- %i
+            height <- %i
+            open_file_graph("%s",width = width, height = height, svg = %s)
+               par(mar=c(0,0,0,0))
+           layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
+            par(mar=c(8,4,1,0))
+            yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
+            ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
+            ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
+            coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp), las = 2)
+            if (length(toinf)) {
+                coordinf <- coord[toinf]
+                valinf <- di[toinf]
+                text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
             }
-        }
-        par(mar=c(0,0,0,0))
-        plot(0, axes = FALSE, pch = '')
-        legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
-        dev.off()
-        """ % (rgraph, ffr(tmpgraph))    
+            if (length(tominf)) {
+                coordinf <- coord[toinf]
+                valinf <- di[toinf]
+                text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
+            }            
+            c <- colMeans(coord)
+            c1 <- c[-1]
+            c2 <- c[-length(c)]
+            cc <- cbind(c1,c2)
+            lcoord <- apply(cc, 1, mean)
+            abline(v=lcoord)
+            if (min(di) < 0) {
+                amp <- abs(max(di) - min(di))
+            } else {
+                amp <- max(di)
+            }
+            if (amp < 10) {
+                d <- 2
+            } else {
+                d <- signif(amp%%/%%10,1)
+            }
+            mn <- round(min(di))
+            mx <- round(max(di))
+            for (i in mn:mx) {
+                if ((i/d) == (i%%/%%d)) { 
+                    abline(h=i,lty=3)
+                }
+            }
+            par(mar=c(0,0,0,0))
+            plot(0, axes = FALSE, pch = '')
+            legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
+            dev.off()
+            """ % (ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])    
+    else :
+        txt += """
+        load("%s")
+        library(ape)
+        source("%s")
+        width = %i
+        height = %i
+        open_file_graph("%s", width=width, height=height, svg = %s)
+        plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
+        """ % (ffr(parametres['tree']), ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
     return txt
 
 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
@@ -666,23 +709,80 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
         txt = ''
-        if not self.parametres['keep_coord'] :
+        if not self.parametres['keep_coord'] and not (self.parametres['type'] == 'simimatrix' or self.parametres['type'] == 'simiclustermatrix') :
             txt += """
             dm.path <- "%s"
             cn.path <- "%s"
             selected.col <- "%s"
-            """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
+            """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['actives.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
+            if 'word' in self.parametres :
+                txt += """
+                word <- TRUE
+                index <- %i + 1
+                """ % self.parametres['word']
+            else :
+                txt += """
+                word <- FALSE
+                """
             txt += """
             dm <-readMM(dm.path)
-            cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
+            cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
             colnames(dm) <- cn[,1]
-            sel.col <- read.csv2(selected.col)
-            dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
+            if (file.exists(selected.col)) {
+                sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
+                sel.col <- sel.col[,1] + 1
+            } else {
+                sel.col <- 1:ncol(dm)
+            }
+            if (!word) {
+                dm <- dm[, sel.col]
+            } else {
+                forme <- colnames(dm)[index]
+                if (!index %in% sel.col) {
+                    sel.col <- append(sel.col, index)
+                }
+                dm <- dm[, sel.col]
+                index <- which(colnames(dm) == forme)
+            }
+            """
+        elif not self.parametres['keep_coord'] and (self.parametres['type'] == 'simimatrix' or self.parametres['type'] == 'simiclustermatrix'):
+            txt += """
+            dm.path <- "%s"
+            selected.col <- "%s"
+            """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
+            if 'word' in self.parametres :
+                txt += """
+                word <- TRUE
+                index <- %i + 1
+                """ % self.parametres['word']
+            else :
+                txt += """
+                word <- FALSE
+                """
+            txt += """
+            dm <-read.csv2(dm.path)
+            dm <- as.matrix(dm)
+            if (file.exists(selected.col)) {
+                sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
+                sel.col <- sel.col[,1] + 1
+            } else {
+                sel.col <- 1:ncol(dm)
+            }
+            if (!word) {
+                dm <- dm[, sel.col]
+            } else {
+                forme <- colnames(dm)[index]
+                if (!index %in% sel.col) {
+                    sel.col <- append(sel.col, index)
+                }
+                dm <- dm[, sel.col]
+                index <- which(colnames(dm) == forme)
+            }
             """
         else :
             txt += """
             load("%s")
-            """ % self.pathout['RData.RData']
+            """ % ffr(self.pathout['RData.RData'])
         
         if self.parametres['coeff'] == 0 :
             method = 'cooc'
@@ -720,8 +820,39 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
             txt += """
             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
             mat[is.na(mat)] <- 0
-            mat[is.infinite(mat)] <- 0
+            if (length(which(mat == Inf))) {
+                infp <- which(mat == Inf)
+                mat[infp] <- NA
+                maxmat <- max(mat, na.rm = TRUE)
+                if (maxmat > 0) {
+                maxmat <- maxmat + 1
+                } else {
+                    maxmat <- 0
+                }
+                mat[infp] <- maxmat
+            }
+            if (length(which(mat == -Inf))) {
+                infm <- which(mat == -Inf)
+                mat[infm] <- NA
+                minmat <- min(mat, na.rm = TRUE)
+                if (maxmat < 0) {
+                minmat <- minmat - 1
+                } else {
+                    minmat <- 0
+                }
+                mat[infm] <- minmat
+            }
+            """
+        if 'word' in self.parametres and not self.parametres['keep_coord'] :
+            txt += """
+            mat <- graph.word(mat, index)
+            cs <- colSums(mat)
+            if (length(cs)) mat <- mat[,-which(cs==0)]
+            rs <- rowSums(mat)
+            if (length(rs)) mat <- mat[-which(rs==0),]
+            if (length(cs)) dm <- dm[, -which(cs==0)]
             """
+
         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
@@ -734,11 +865,28 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
         if self.parametres['type_graph'] == 1 : 
             graphnb = 1
             type = 'nplot'
-            dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01'])
+            dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
                 graphnb +=1
             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
+        if self.parametres['type_graph'] == 3 : 
+            graphnb = 1
+            type = 'web'
+            dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
+            while os.path.exists(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb))):
+                graphnb +=1
+            self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb)))
+            os.mkdir(self.filename)        
+            self.filename = os.path.join(self.filename, 'gexf.gexf')
+        if self.parametres['type_graph'] == 4 : 
+            graphnb = 1
+            type = 'rglweb'
+            dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
+            while os.path.exists(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb))):
+                graphnb +=1
+            self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb)))
+            os.mkdir(self.filename)
 
         if self.parametres['arbremax'] : 
             arbremax = 'TRUE'
@@ -766,7 +914,16 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
         
         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
         else : seuil = 'NULL'
-            
+        
+        if not self.parametres.get('edgecurved', False) :
+            ec = 'FALSE'
+        else :
+            ec = 'TRUE'
+        
+        txt += """
+        edge.curved <- %s
+        """ % ec
+        
         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 
@@ -783,13 +940,18 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
         if self.parametres['film'] : 
             txt += """
             film <- "%s"
-            """ % self.pathout['film']
+            """ % ffr(self.pathout['film'])
         else : 
             txt += """
             film <- NULL
             """
         txt += """
         seuil <- %s
+        if (!is.null(seuil)) {
+            if (method!='cooc') {
+                seuil <- seuil/1000
+            } 
+        }
         """ % seuil
         
         txt += """
@@ -857,7 +1019,7 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
             cols <- vertex.label.color
             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
             
-            """ % (self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
+            """ % (ffr(self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct']))
         else :
             txt += """
             vertex.label.color <- 'black' 
@@ -887,10 +1049,22 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 #            g.toplot <- g.ori
 #        }
 #        """
+        if self.parametres['com'] :
+            com = `self.parametres['communities']`
+        else :
+            com = 'NULL'
+        if self.parametres['halo'] :
+            halo = 'TRUE'
+        else :
+            halo = 'FALSE'
+        txt += """
+        communities <- %s
+        halo <- %s
+        """ % (com, halo)
         txt += """
         eff <- colSums(dm)
         x <- list(mat = mat, eff = eff)
-        graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords)
+        graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords, communities = communities, halo = halo)
         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
             
         if self.parametres.get('bystar',False) :
@@ -900,7 +1074,7 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
                     """
             else :
                 txt+="""
-                label.cex <- NULL
+                label.cex <- cex
                 """
             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
                 txt += """
@@ -911,46 +1085,61 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
                 vertex.size <- NULL
                 """
         else :
-            #FIXME
-            tmpchi = False
-            if tmpchi :
+            #print self.parametres
+            if (self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('tmpchi', False)) or (self.parametres['type'] in ['simimatrix','simiclustermatrix'] and 'tmpchi' in self.parametres): 
                 txt += """
                 lchi <- read.table("%s")
                 lchi <- lchi[,1]
-                """ % ffr(tmpchi)
-                if 'selected_col' in dir(self.tableau) :
-                    txt += """
-                    lchi <- lchi[c%s+1]
-                    """ % datas
-            if tmpchi and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
+                """ % ffr(self.parametres['tmpchi'])
+                txt += """
+                    lchi <- lchi[sel.col]
+                    """
+            if self.parametres['type'] in ['clustersimitxt', 'simimatrix', 'simiclustermatrix'] and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
                 txt += """ 
                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
                 """
             else :
                 txt += """
             if (is.null(vcexminmax[1])) {
-                label.cex <- NULL
+                label.cex <- cex
             } else {
                 label.cex <- graph.simi$label.cex
             }
             """
-            if tmpchi and self.parametres.get('sfromchi', False) :
+            if (self.parametres['type'] in ['clustersimitxt', 'simimatrix', 'simiclustermatrix']) and self.parametres.get('sfromchi', False):
                 txt += """ 
                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
+                if (!length(vertex.size)) vertex.size <- 0
                 """
             else :
                 txt += """
             if (is.null(minmaxeff[1])) {
-                vertex.size <- NULL
+                vertex.size <- 0
             } else {
                 vertex.size <- graph.simi$eff
             }
             """
-        txt += """ vertex.size <- NULL """
+        #txt += """ vertex.size <- NULL """
+        if self.parametres['svg'] : svg = 'TRUE'
+        else : svg = 'FALSE'
+        txt += """
+        svg <- %s
+        """ % svg
         txt += """
-        coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = cols, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film)
+        vertex.col <- cols
+        if (!is.null(graph.simi$com)) {
+            com <- graph.simi$com
+            colm <- rainbow(length(com))
+            if (vertex.size != 0 || graph.simi$halo) {
+                vertex.label.color <- 'black'
+                vertex.col <- colm[membership(com)]
+            } else {
+                vertex.label.color <- colm[membership(com)]
+            }
+        }
+        coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = vertex.col, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film, edge.curved = edge.curved, svg = svg)
         save.image(file="%s")
-        """ % (type, self.filename, self.pathout['RData'])
+        """ % (type, self.filename, ffr(self.pathout['RData']))
         
         self.add(txt)
         self.write()
@@ -961,7 +1150,14 @@ class WordCloudRScript(PrintRScript) :
         self.packages(['wordcloud'])
         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
+        if self.parametres['svg'] :
+            svg = 'TRUE'
+        else :
+            svg = 'FALSE'
         txt = """
+        svg <- %s
+        """ % svg
+        txt += """
         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
         selected.col <- read.table("%s")
         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
@@ -971,10 +1167,327 @@ class WordCloudRScript(PrintRScript) :
             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
         }
-        open_file_graph("%s", width = %i, height = %i)
+        open_file_graph("%s", width = %i, height = %i , svg = svg)
         par(bg=rgb%s)
         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
         dev.off()
         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
         self.add(txt)
         self.write()
+
+class ProtoScript(PrintRScript) :
+    def make_script(self) :
+        self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph'], self.analyse.parent.RscriptsPath['prototypical.R']])
+        self.packages(['wordcloud'])
+        if self.parametres.get('cloud', False) :
+            cloud = 'TRUE'
+        else :
+            cloud = 'FALSE'
+        txt = """
+        errorn <- function(x) {
+            qnorm(0.975)*sd(x)/sqrt(lenght(n))
+        }
+        errort <- function(x) {
+            qt(0.975,df=lenght(x)-1)*sd(x)/sqrt(lenght(x))
+        }
+        mat <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t', quote='"', dec='.')
+        open_file_graph("%s",height=800, width=1000)
+        prototypical(mat, mfreq = %s, mrank = %s, cloud = FALSE, cexrange=c(1,2.4), cexalpha= c(0.4, 1), type = '%s')
+        dev.off()
+        """ % (ffr(self.analyse.pathout['table.csv']), ffr(self.analyse.pathout['proto.png']), self.parametres['limfreq'], self.parametres['limrang'], self.parametres['typegraph'])
+        self.add(txt)
+        self.write()
+
+
+class ExportAfc(PrintRScript) :
+    def make_script(self) :
+        self.source([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
+        self.packages(['rgexf'])
+        txt = """
+        """
+
+class MergeGraphes(PrintRScript) :
+    def __init__(self, analyse):
+        self.script = u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
+        self.pathout = PathOut()
+        self.parametres = analyse.parametres
+        self.scriptout = self.pathout['temp']
+        self.analyse = analyse 
+
+    def make_script(self) :
+        #FIXME
+
+        txt = """
+        library(igraph)
+        library(Matrix)
+        graphs <- list()
+        """
+        load = """
+        load("%s")
+        g <- graph.simi$graph
+        V(g)$weight <- (graph.simi$mat.eff/nrow(dm))*100
+        graphs[['%s']] <- g
+        """
+        for i, graph in enumerate(self.parametres['graphs']) :
+            path = os.path.dirname(graph)
+            gname = ''.join(['g', `i`])
+            RData = os.path.join(path,'RData.RData')
+            txt += load % (ffr(RData), gname)
+        self.add(txt)
+        self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi']])
+        txt = """
+        ng <- merge.graph(graphs)
+        ngraph <- list(graph=ng, layout=layout.fruchterman.reingold(ng, dim=3), labex.cex=V(ng)$weight)
+        write.graph(ng, "%s", format = 'graphml')
+        """ % ffr(self.parametres['grapheout'])
+        self.add(txt)
+    
+class TgenSpecScript(PrintRScript):
+    def make_script(self):
+        self.packages(['textometry'])
+        txt = """
+        tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
+        """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
+        txt += """
+        tot <- tgen[nrow(tgen), ]
+        result <- NULL
+        tgen <- tgen[-nrow(tgen),]
+        for (i in 1:nrow(tgen)) {
+            mat <- rbind(tgen[i,], tot - tgen[i,])
+            specmat <- specificities(mat)
+            result <- rbind(result, specmat[1,])
+        }
+        colnames(result) <- colnames(tgen)
+        row.names(result) <- rownames(tgen)
+        write.table(result, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
+        """ % ffr(self.pathout['tgenspec.csv'])
+        self.add(txt)
+        
+class TgenProfScript(PrintRScript):
+    def make_script(self):
+        self.sources([self.analyse.ira.RscriptsPath['chdfunct']])
+        txt = """
+        tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
+        """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
+        txt += """
+        tgenlem <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
+        """ % ffr(self.parametres['tgenlemeff'])
+        txt += """
+        res <- build.prof.tgen(tgen)
+        write.table(res$chi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
+        write.table(res$pchi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
+        """ % (ffr(self.pathout['tgenchi2.csv']), ffr(self.pathout['tgenpchi2.csv']))
+        txt += """
+        reslem <- build.prof.tgen(tgenlem)
+        write.table(reslem$chi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
+        write.table(reslem$pchi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
+        """ % (ffr(self.pathout['tgenlemchi2.csv']), ffr(self.pathout['tgenlempchi2.csv']))        
+        self.add(txt)
+        
+class FreqMultiScript(PrintRScript):
+    def make_script(self):
+        self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
+        txt = """
+        freq <- read.csv2("%s", row.names=1, sep='\\t', dec='.')
+        """ % ffr(self.pathout['frequences.csv'])
+        txt += """
+        toplot <- freq[order(freq[,2]) ,2]
+        toplot.names = rownames(freq)[order(freq[,2])]
+        h <- 80 + (20 * nrow(freq))
+        open_file_graph("%s",height=h, width=500)
+        par(mar=c(3,20,3,3))
+        barplot(toplot, names = toplot.names, horiz=TRUE, las =1, col = rainbow(nrow(freq)))
+        dev.off()
+        """ % ffr(self.pathout['barplotfreq.png'])
+        txt += """
+        toplot <- freq[order(freq[,4]) ,4]
+        toplot.names = rownames(freq)[order(freq[,4])]
+        open_file_graph("%s",height=h, width=500)
+        par(mar=c(3,20,3,3))
+        barplot(toplot, names = toplot.names, horiz=TRUE, las =1, col = rainbow(nrow(freq)))
+        dev.off()
+        """ % ffr(self.pathout['barplotrow.png'])
+        self.add(txt)
+        self.write()
+
+class LabbeScript(PrintRScript) :
+    def make_script(self) :
+        self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['distance-labbe.R'],
+                      self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
+        txt = """
+        tab <- read.csv2("%s", header=TRUE, sep=';', row.names=1)
+        """ % (ffr(self.pathout['tableafcm.csv']))
+        txt += """
+        dist.mat <- dist.labbe(tab)
+        dist.mat <- as.dist(dist.mat, upper=F, diag=F)
+        write.table(as.matrix(dist.mat), "%s", sep='\t')
+        library(cluster)
+        library(ape)
+        chd <- hclust(dist.mat, method="ward.D2")
+        open_file_graph("%s", width=1000, height=1000, svg=F)
+        par(cex=1.2)
+        plot.phylo(as.phylo(chd), type='unrooted', lab4ut="axial")
+        dev.off()
+        """ % (ffr(self.pathout['distmat.csv']), ffr(self.pathout['labbe-tree.png']))
+        txt +="""
+        open_file_graph("%s", width=1000, height=1000, svg=F)
+        heatmap(as.matrix(dist.mat), symm = T, distfun=function(x) as.dist(x))
+        dev.off()
+        """ % ffr(self.pathout['labbe-heatmap.png'])
+        txt += """
+        #http://stackoverflow.com/questions/3081066/what-techniques-exists-in-r-to-visualize-a-distance-matrix
+        dst <- data.matrix(dist.mat)
+        dim <- ncol(dst)
+        rn <- row.names(as.matrix(dist.mat))
+        open_file_graph("%s", width=1500, height=1000, svg=F)
+        par(mar=c(10,10,3,3))
+        image(1:dim, 1:dim, dst, axes = FALSE, xlab="", ylab="")
+        axis(1, 1:dim, rn, cex.axis = 0.9, las=3)
+        axis(2, 1:dim, rn, cex.axis = 0.9, las=1)
+        text(expand.grid(1:dim, 1:dim), sprintf("%%0.2f", dst), cex=0.6)
+        dev.off()
+        """  % ffr(self.pathout['labbe-matrix.png'])
+        self.add(txt)
+        self.write()
+
+class ChronoChi2Script(PrintRScript) :
+    def make_script(self) :
+        self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
+        print self.parametres
+        txt = """
+        inRData <- "%s"
+        dendrof <- "%s"
+        load(inRData)
+        load(dendrof)
+        """ % (ffr(self.pathout['RData.RData']), ffr(self.pathout['dendrogramme.RData']))
+        txt += """
+        svg <- %s
+        """ % self.parametres['svg']
+        txt += """
+        tc <- which(grepl("%s",rownames(chistabletot)))
+        rn <- rownames(chistabletot)[tc]
+        tc <- tc[order(rn)]
+        dpt <- chistabletot[tc,]
+        tot <- afctable[tc,]
+        tcp <- rowSums(tot)
+        ptc <- tcp/sum(tcp)
+        dpt <- t(dpt)
+        dd <- dpt
+        """ % self.parametres['var'].replace(u'*', u"\\\\*")
+        txt += """
+        classes <- n1[,ncol(n1)]
+        tcl <- table(classes)
+        if ('0' %in% names(tcl)) {
+            to.vire <- which(names(tcl) == '0')
+            tcl <- tcl[-to.vire]
+        }
+        tclp <- tcl/sum(tcl)
+
+        #chi2 colors
+        library(ape)
+        k <- 1e-02
+        lcol <- NULL
+        lk <- k
+        for (i in 1:5) {
+            lcol <- c(lcol, qchisq(1-k,1))
+            k <- k/10
+            lk <- c(lk,k)
+        }
+        lcol <- c(3.84, lcol)
+        lcol <- c(-Inf,lcol)
+        lcol <- c(lcol, Inf)
+        lk <- c(0.05,lk)
+        breaks <- lcol
+        alphas <- seq(0,1, length.out=length(breaks))
+        clod <- rev(as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label))
+        #end
+        """
+        txt += """
+        open_file_graph("%s", w=%i, h=%i, svg=svg)
+        """ % (ffr(self.parametres['tmpgraph']), self.parametres['width'], self.parametres['height'])
+        txt += """
+        par(mar=c(3,3,3,3))
+        mat.graphic <- matrix(c(rep(1,nrow(dd)),c(2:(nrow(dd)+1))), ncol=2)
+        mat.graphic <- rbind(mat.graphic, c(max(mat.graphic) + 1 , max(mat.graphic) + 2))
+        hauteur <- tclp[clod] * 0.9
+        heights.graphic <- append(hauteur, 0.1)
+        layout(mat.graphic, heights=heights.graphic, widths=c(0.15,0.85))
+        par(mar=c(0,0,0,0))
+        tree.toplot <- tree.cut1$tree.cl
+        num.label <- as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label)
+        col.tree <- rainbow(length(num.label))[num.label]
+        tree.toplot$tip.label <- paste('classe ', tree.toplot$tip.label)
+        plot.phylo(tree.toplot,label.offset=0.1, cex=1.1, no.margin=T, x.lim=20, tip.color = col.tree)
+        for (i in clod) {
+            print(i)
+            par(mar=c(0,0,0,0))
+            lcol <- cut(dd[i,], breaks, include.lowest=TRUE)
+            ulcol <- names(table(lcol))
+            lcol <- as.character(lcol)
+            for (j in 1:length(ulcol)) {
+                lcol[which(lcol==ulcol[j])] <- j
+            }
+            lcol <- as.numeric(lcol)
+            mcol <- rainbow(nrow(dd))[i]
+            last.col <- NULL
+            for (k in alphas) {
+                last.col <- c(last.col, rgb(r=col2rgb(mcol)[1]/255, g=col2rgb(mcol)[2]/255, b=col2rgb(mcol)[3]/255, a=k))
+            }
+            #print(last.col)
+
+            barplot(rep(1,ncol(dd)), width=ptc, names.arg=FALSE, axes=FALSE, col=last.col[lcol], border=rgb(r=0, g=0, b=0, a=0.3))
+        }
+        plot(0,type='n',axes=FALSE,ann=FALSE)
+        label.coords <- barplot(rep(1, ncol(dd)), width=ptc, names.arg = F, las=2, axes=F, ylim=c(0,1), plot=T, col='white')
+        text(x=label.coords, y=0.5, labels=rn[order(rn)], srt=90)
+        dev.off()
+        """
+        self.add(txt)
+        self.write()
+
+class ChronoPropScript(PrintRScript) :
+    def make_script(self) :
+        self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
+        print self.parametres
+        txt = """
+        inRData <- "%s"
+        dendrof <- "%s"
+        load(inRData)
+        load(dendrof)
+        """ % (ffr(self.pathout['RData.RData']), ffr(self.pathout['dendrogramme.RData']))
+        txt += """
+        svg <- %s
+        """ % self.parametres['svg']
+        txt += """
+        tc <- which(grepl("%s",rownames(chistabletot)))
+        rn <- rownames(chistabletot)[tc]
+        tc <- tc[order(rn)]
+        dpt <- chistabletot[tc,]
+        tot <- afctable[tc,]
+        tcp <- rowSums(tot)
+        ptc <- tcp/sum(tcp)
+        dpt <- t(dpt)
+        dd <- dpt
+        """ % self.parametres['var'].replace(u'*', u"\\\\*")
+        txt += """
+        classes <- n1[,ncol(n1)]
+        tcl <- table(classes)
+        if ('0' %in% names(tcl)) {
+            to.vire <- which(names(tcl) == '0')
+            tcl <- tcl[-to.vire]
+        }
+        tclp <- tcl/sum(tcl)
+        """
+        txt += """
+        open_file_graph("%s", w=%i, h=%i, svg=svg)
+        """ % (ffr(self.parametres['tmpgraph']), self.parametres['width'], self.parametres['height'])
+        txt+= """
+        ptt <- prop.table(as.matrix(tot), 1)
+        par(mar=c(10,2,2,2))
+        barplot(t(ptt)[as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label),], col=rainbow(ncol(ptt))[as.numeric(tree.cut1$tree.cl$tip.label)], width=ptc, las=3, space=0.05, cex.axis=0.7, border=NA)
+        dev.off()
+        """
+        self.add(txt)
+        self.write()
+
+