projects / iramuteq / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
...
[iramuteq] / PrintRScript.py
diff --git a/PrintRScript.py b/PrintRScript.py
index 4ce2857..d4d3275 100644 (file)
--- a/PrintRScript.py
+++ b/PrintRScript.py
@@ -207,7 +207,7 @@ def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, libsvdc = False
     save(tree.cut1, file="%s")
     classes<-n1[,ncol(n1)]
     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
-    plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes)
+    plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
     dev.off()
@@ -366,33 +366,37 @@ write.csv2(gbcluster,file="%s")
         """ % (DictChdTxtOut['afc_facteur'], DictChdTxtOut['afc_col'], DictChdTxtOut['afc_row'])
     
         txt += """
-        xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
-        ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
-        xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
-        ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
+        #xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
+        #ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
+        #xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
+        #ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
         """
     
         txt += """
     PARCEX<-%s
+    xmin <- min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
+    xmax <- max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,1], na.rm = TRUE))
+    ymin <- min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * min(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
+    ymax <- max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE) + (0.1 * max(afc$rowcoord[,2], na.rm = TRUE))
     """ % taillecar
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
+    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT'])
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
+    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT'])
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
+    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT'])
         txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab)
+    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin=xmin, xmax=xmax, ymin = ymin, ymax=ymax)
     """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT'])
-        txt += """
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
-    PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
-    """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
+#        txt += """
+ #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
+ #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
+  #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
+ #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
+ #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
        
     txt += """
 #rm(dataact)
@@ -640,29 +644,37 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
         self.txtgraph = ''
         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
-        txt = """
-        dm.path <- "%s"
-        cn.path <- "%s"
-        selected.col <- "%s"
-        """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
-        txt += """
-        dm <-readMM(dm.path)
-        cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
-        colnames(dm) <- cn[,1]
-        sel.col <- read.csv2(selected.col)
-        dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
-        """
-
-        if self.parametres['coeff'] == 0 :
-            method = 'cooc'
+        txt = ''
+        if not self.parametres['keep_coord'] :
+            txt += """
+            dm.path <- "%s"
+            cn.path <- "%s"
+            selected.col <- "%s"
+            """ % (self.pathout['mat01.csv'], self.pathout['actives.csv'], self.pathout['selected.csv'])
             txt += """
-            method <- 'cooc'
-            mat <- make.a(dm)
+            dm <-readMM(dm.path)
+            cn <- read.table(cn.path, sep=';', quote='"')
+            colnames(dm) <- cn[,1]
+            sel.col <- read.csv2(selected.col)
+            dm <- dm[, sel.col[,1] + 1]
             """
         else :
             txt += """
-            dm <- as.matrix(dm)
-            """
+            load("%s")
+            """ % self.pathout['RData.RData']
+        
+        if self.parametres['coeff'] == 0 :
+            method = 'cooc'
+            if not self.parametres['keep_coord'] :
+                txt += """
+                method <- 'cooc'
+                mat <- make.a(dm)
+                """
+        else :
+            if not self.parametres['keep_coord'] :
+                txt += """
+                dm <- as.matrix(dm)
+                """
         if self.parametres['coeff'] == 1 :
             method = 'prcooc'
             txt += """
@@ -671,27 +683,31 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
             """
         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
             method = 'binomial'
-            txt += """
-            method <- 'binomial'
-            mat <- binom.sim(dm)
-            """
+            if not self.parametres['keep_coord'] :
+                txt += """
+                method <- 'binomial'
+                mat <- binom.sim(dm)
+                """
         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
+            if not self.parametres['keep_coord'] :
+                txt += """
+                method <-"%s"
+                mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
+                """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
+        if not self.parametres['keep_coord'] :
             txt += """
-            method <-"%s"
-            mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
-            """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
-        txt += """
-        mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
-        mat[is.na(mat)] <- 0
-        mat[is.infinite(mat)] <- 0
-        """
+            mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
+            mat[is.na(mat)] <- 0
+            mat[is.infinite(mat)] <- 0
+            """
         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 
+
         self.filename=''
         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
         if self.parametres['type_graph'] == 1 : 
@@ -789,14 +805,13 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
             txt += """
             et <- list()
             """
-            print self.parametres
-            for i,et in enumerate(self.parametres['stars']) :
+            for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
                 txt+= """
                 et[[%i]] <- c(%s)
-                """ % (i+1, ','.join(et[1:]))
+                """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
             txt+= """
             unetoile <- c('%s')
-            """ % ("','".join([val[0] for val in self.tableau.etline]))
+            """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
             txt += """
             fsum <- NULL
             rs <- rowSums(dm)
@@ -821,7 +836,7 @@ class PrintSimiScript(PrintRScript) :
             cols <- vertex.label.color
             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
             
-            """ % (self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
+            """ % (self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
         else :
             txt += """
             vertex.label.color <- 'black' 
IRaMuTeQ : http://www.iramuteq.org