patch from David Skalinder

[iramuteq] / Rscripts / CHD.R

diff --git a/Rscripts/CHD.R b/Rscripts/CHD.R
index 049d5c7..68edd4e 100644 (file)
--- a/Rscripts/CHD.R
+++ b/Rscripts/CHD.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 #Author: Pierre Ratinaud
 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
 #Author: Pierre Ratinaud
 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud

-#Lisense: GNU/GPL
+#License: GNU/GPL

 
 pp<-function(txt,val) {
        d<-paste(txt,' : ')
 
 pp<-function(txt,val) {
        d<-paste(txt,' : ')


@@ -26,22 +26,37 @@ find.max <- function(dtable, chitable, compte, rmax, maxinter, sc, TT) {
     lo[1:nrow(dtable)] <- 0
     for (k in 1:nrow(ln)) {lo[[ln[k,1]]]<-append(lo[[ln[k,1]]],ln[k,2])}
     for (k in 1:nrow(dtable)) {lo[[k]] <- lo[[k]][-1]}
     lo[1:nrow(dtable)] <- 0
     for (k in 1:nrow(ln)) {lo[[ln[k,1]]]<-append(lo[[ln[k,1]]],ln[k,2])}
     for (k in 1:nrow(dtable)) {lo[[k]] <- lo[[k]][-1]}

-    lo<-lo[-c(1,length(lo))]
-    for (l in lo) {
-        compte <- compte + 1 
-        chitable[1,l]<-chitable[1,l]+1
-        chitable[2,l]<-chitable[2,l]-1
-        chi<-MyChiSq(chitable,sc,TT)
-        if (chi>maxinter) {
-            maxinter<-chi
-            rmax<-compte
-        }   
-    }
+       ## lo<-lo[-c(1,length(lo))]
+       ## for (l in lo) {
+       ##     compte <- compte + 1 
+       ##     chitable[1,l]<-chitable[1,l]+1
+       ##     chitable[2,l]<-chitable[2,l]-1
+       ##     chi<-MyChiSq(chitable,sc,TT)
+               ## if (chi>maxinter) {
+               ##     maxinter<-chi
+               ##     rmax<-compte
+               ## }   
+    #}
+       lo<-lo[-c(1)]
+       for (l in lo) {
+               chi<-MyChiSq(chitable,sc,TT)
+               if (chi>maxinter) {
+                       maxinter<-chi
+                       rmax<-compte
+               }
+               compte <- compte + 1
+               chitable[1,l]<-chitable[1,l]+1
+               chitable[2,l]<-chitable[2,l]-1
+       }       

     res <- list(maxinter=maxinter, rmax=rmax)
     res
 }  
 
     res <- list(maxinter=maxinter, rmax=rmax)
     res
 }  
 

-CHD<-function(data.in, x=9, mode.patate = FALSE, libsvdc=FALSE, libsvdc.path=NULL){
+
+
+
+
+CHD<-function(data.in, x=9, mode.patate = FALSE, svd.method, libsvdc.path=NULL){

 #      sink('/home/pierre/workspace/iramuteq/dev/findchi2.txt')
        dataori <- data.in
     row.names(dataori) <- rownames(data.in)
 #      sink('/home/pierre/workspace/iramuteq/dev/findchi2.txt')
        dataori <- data.in
     row.names(dataori) <- rownames(data.in)


@@ -78,7 +93,7 @@ CHD<-function(data.in, x=9, mode.patate = FALSE, libsvdc=FALSE, libsvdc.path=NUL
                #extraction du premier facteur de l'afc
                print('afc')
                pp('taille dtable dans boucle (col/row)',c(ncol(dtable),nrow(dtable)))
                #extraction du premier facteur de l'afc
                print('afc')
                pp('taille dtable dans boucle (col/row)',c(ncol(dtable),nrow(dtable)))

-               afc<-boostana(dtable, nd=1, libsvdc=libsvdc, libsvdc.path=libsvdc.path)
+               afc<-boostana(dtable, nd=1, svd.method = svd.method, libsvdc.path=libsvdc.path)

                pp('SV',afc$singular.values)
                pp('V.P.', afc$eigen.values)
                coordrow <- as.matrix(afc$row.scores[,1])
                pp('SV',afc$singular.values)
                pp('V.P.', afc$eigen.values)
                coordrow <- as.matrix(afc$row.scores[,1])


@@ -103,7 +118,7 @@ CHD<-function(data.in, x=9, mode.patate = FALSE, libsvdc=FALSE, libsvdc.path=NUL
         rmax <- NULL
 
         inert <- find.max(dtable, chitable, compte, rmax, maxinter, sc, TT)
         rmax <- NULL
 
         inert <- find.max(dtable, chitable, compte, rmax, maxinter, sc, TT)

-               print('@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@')
+        print('@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@')

                pp('max inter phase 1', inert$maxinter/TT)#max(listinter))
                print('@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@')
         ordert <- ordert[order(ordert[,3]),]
                pp('max inter phase 1', inert$maxinter/TT)#max(listinter))
                print('@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@')
         ordert <- ordert[order(ordert[,3]),]