correction for greek
[iramuteq] / functions.py
old mode 100644 (file)
new mode 100755 (executable)
index 28d648e..8c0c66c
@@ -2,7 +2,7 @@
 # -*- coding: utf-8 -*-
 #Author: Pierre Ratinaud
 #Copyright (c) 2008-2012 Pierre Ratinaud
-#Lisense: GNU/GPL
+#License: GNU/GPL
 
 import wx
 import re
@@ -21,6 +21,7 @@ import datetime
 from copy import copy
 from shutil import copyfile
 import shelve
+import json
 #from dialog import BugDialog
 import logging
 
@@ -30,12 +31,73 @@ log = logging.getLogger('iramuteq')
 indices_simi = [u'cooccurrence' ,'pourcentage de cooccurrence',u'Russel',u'Jaccard', 'Kulczynski1', 'Kulczynski2', 'Mountford', 'Fager', 'simple matching', 'Hamman', 'Faith', 'Tanimoto', 'Dice', 'Phi', 'Stiles', 'Michael', 'Mozley', 'Yule', 'Yule2', 'Ochiai', 'Simpson', 'Braun-Blanquet','Chi-squared', 'Phi-squared', 'Tschuprow', 'Cramer', 'Pearson', 'binomial']
 
 
+
+def open_folder(folder):
+    if sys.platform == "win32":
+        os.startfile(folder)
+    else:
+        opener ="open" if sys.platform == "darwin" else "xdg-open"
+        #call([opener, folder])
+        call([u"%s %s &" % (opener, folder)], shell=True)
+
+def normpath_win32(path) :
+    if not sys.platform == 'win32' :
+        return path
+    while '\\\\' in path :
+        path = path.replace('\\\\', '\\')
+    if path.startswith('\\') and not path.startswith('\\\\') :
+        path = '\\' + path
+    return path
+
+class TGen :
+    def __init__(self, path = None, encoding = 'utf8'):
+        self.path = path
+        self.tgen = {}
+        self.encoding = encoding
+
+    def __getitem__(self, key):
+        return self.tgen[key]
+
+    def read(self, path = None):
+        if path is None :
+            path = self.path
+        with codecs.open(path, 'r', self.encoding) as f :
+            tgen = f.read()
+        tgen = [line.split('\t') for line in tgen.splitlines()]
+        tgen = dict([[line[0], line[1:]] for line in tgen])
+        self.tgen = tgen
+        self.path = path
+
+    def write(self, path = None):
+        if path is None :
+            path = self.path
+        with open(path, 'w') as f :
+            f.write('\n'.join(['\t'.join([val] + self.tgen[val]) for val in self.tgen]).encode(self.encoding))
+
+    def writetable(self, pathout, tgens, totocc):
+        etoiles = totocc.keys()
+        etoiles.sort()
+        with open(pathout, 'w') as f :
+            line = '\t'.join([u'tgens'] + etoiles) + '\n'
+            f.write(line.encode(self.encoding))
+            for t in tgens :
+                line = '\t'.join([t] + [`tgens[t][et]` for et in etoiles]) + '\n'
+                f.write(line.encode(self.encoding))
+            i = 0
+            totname = 'total'
+            while totname + `i` in tgens :
+                i += 1
+            totname = totname + `i`
+            line = '\t'.join([totname] + [`totocc[et]` for et in etoiles]) + '\n'
+            f.write(line.encode(self.encoding))
+
 class History :
     def __init__(self, filein, syscoding = 'utf8') :
         self.filein = filein
         self.syscoding = syscoding
-        self.corpora = {}
+        self.corpus = {}
         self.openedcorpus = {}
+        self.openedmatrix = {}
         self.orph = []
         self.analyses = {}
         self.history = []
@@ -50,6 +112,7 @@ class History :
         self.corpus = dict([[corpus['uuid'], corpus] for corpus in self.history])
         self.analyses = dict([[analyse['uuid'], analyse] for corpus in self.history for analyse in corpus.get('analyses', [])])
         self.matrixanalyse = dict([[mat['uuid'], mat] for mat in self.matrix])
+        self.ordermatrix = dict([[matrix['uuid'], i] for i, matrix in enumerate(self.matrix)])
         d.close()
 
     def write(self) :
@@ -57,10 +120,13 @@ class History :
         d['history'] = self.history
         d['matrix'] = self.matrix
         d.close()
-    
+
     def add(self, analyse) :
         log.info('add to history %s' % analyse.get('corpus_name', 'pas un corpus'))
         tosave = {'uuid' : analyse['uuid'], 'ira': analyse['ira'], 'type' : analyse['type']}
+        if tosave['uuid'] in self.corpus :
+            log.info('problem : this uuid is already in history : %s' % tosave['uuid'])
+            return
         if analyse.get('corpus', False) :
             if analyse['uuid'] in self.analyses :
                 return
@@ -76,21 +142,33 @@ class History :
                 self.orph.append(tosave)
         else :
             tosave['corpus_name'] = analyse['corpus_name']
+            #self.ordercorpus[tosave['uuid']] = len(history)
+            #self.corpus[tosave['uuid']] = analyse
             self.history.append(tosave)
         self.write()
         self.read()
 
     def addMatrix(self, analyse) :
-        tosave = {'uuid' : analyse['uuid'], 'ira': analyse['ira'], 'type' : analyse['type']}
-        tosave['name'] = analyse['name']
+        tosave = analyse
+        #tosave['matrix_name'] = analyse['matrix_name']
+        tosave['analyses'] = []
         self.matrix.append(tosave)
         self.write()
         self.read()
 
+    def addMatrixAnalyse(self, analyse) :
+        tosave = {'uuid' : analyse['uuid'], 'ira': analyse['ira'], 'type' : analyse['type'], 'matrix' : analyse['matrix']}
+        tosave['name'] = analyse['name']
+        if tosave['matrix'] in self.ordermatrix :
+            self.matrix[self.ordermatrix[tosave['matrix']]]['analyses'].append(tosave)
+        self.write()
+        self.read()
+
     def addmultiple(self, analyses) :
+        log.info('add multiple')
         for analyse in analyses :
             tosave = {'uuid' : analyse['uuid'], 'ira': analyse['ira'], 'type' : analyse['type']}
-            corpus = analyse['uuid']
+            corpus = analyse['corpus']
             tosave['corpus'] = corpus
             tosave['name'] = analyse['name']
             if corpus in self.corpus :
@@ -102,15 +180,22 @@ class History :
         self.read()
 
     def delete(self, analyse, corpus = False) :
+        log.info('delete %s' % analyse.get('name', 'noname'))
         if corpus :
             self.history.pop(self.ordercorpus[analyse['uuid']])
             if analyse['uuid'] in self.openedcorpus :
                 del self.openedcorpus[analyse['uuid']]
+            log.info('delete corpus : %s' % analyse['uuid'])
         elif analyse['uuid'] in self.analyses :
             todel = [i for i, ana in enumerate(self.corpus[analyse['corpus']]['analyses']) if ana['uuid'] == analyse['uuid']][0]
             self.history[self.ordercorpus[analyse['corpus']]]['analyses'].pop(todel)
         elif analyse['uuid'] in self.matrixanalyse :
             self.matrix = [mat for mat in self.matrix if mat['uuid'] != analyse['uuid']]
+        elif analyse.get('matrix', False) in self.matrixanalyse :
+            analyses = self.matrix[self.ordermatrix[analyse['matrix']]]['analyses']
+            topop = [i for i, val in enumerate(analyses) if analyse['uuid'] == val['uuid']][0]
+            analyses.pop(topop)
+            self.matrix[self.ordermatrix[analyse['matrix']]]['analyses'] = analyses
         self.write()
         self.read()
 
@@ -119,7 +204,88 @@ class History :
 
     def rmtab(self, analyse) :
         del self.opened[analyse['uuid']]
-    
+
+    def update(self, analyse) :
+        if 'matrix_name' in analyse :
+            self.matrixanalyse[analyse['uuid']].update(analyse)
+        elif 'corpus_name' in analyse :
+            self.corpus[analyse['uuid']].update(analyse)
+        elif 'corpus' in analyse :
+            self.analyses[analyse['uuid']].update(analyse)
+        else :
+            toupdate = [an for an in self.matrixanalyse[analyse['matrix']]['analyses'] if an['uuid'] == analyse['uuid']]
+            toupdate[0].update(analyse)
+        self.write()
+        self.read()
+
+    def clean(self) :
+        corpustodel = [corpus for corpus in self.history if not os.path.exists(corpus['ira'])]
+        print corpustodel
+        for corpus in corpustodel :
+            print 'cleaning :', corpus['corpus_name']
+            self.delete(corpus, corpus = True)
+        anatodel = [analyse for corpus in self.history for analyse in corpus.get('analyses', []) if not os.path.exists(analyse.get('ira', '/'))]
+        for analyse in anatodel :
+            print 'cleaning :', analyse['name']
+            self.delete(analyse)
+
+    def dostat(self):
+        todel = {}
+        tokens = 0
+        corpusnb = {}
+        subnb = 0
+        analysenb = 0
+        hours = 0
+        minutes = 0
+        secondes = 0
+        ha = 0
+        ma = 0
+        sa = 0
+        for corpus in self.history :
+            analysenb += len(corpus.get('analyses', []))
+            analyses = corpus.get('analyses', [])
+            for analyse in analyses :
+                if os.path.exists(analyse['ira']) :
+                    ana = DoConf(analyse['ira']).getoptions()
+                    if 'time' in ana :
+                        time = ana['time'].split()
+                        ha += int(time[0].replace('h','')) * 3600
+                        ma += int(time[1].replace('m','')) * 60
+                        sa += int(time[2].replace('s',''))
+            if os.path.exists(corpus['ira']) :
+                param = DoConf(corpus['ira']).getoptions()
+                time = param.get('time','0h 0m 0s')
+                time = time.split()
+                hours += int(time[0].replace('h','')) * 3600
+                minutes += int(time[1].replace('m','')) * 60
+                secondes += int(time[2].replace('s',''))
+                if param.get('originalpath', False) :
+                    if param['originalpath'] in corpusnb :
+                        corpusnb[param['originalpath']] += 1
+                        tokens += int(param['occurrences'])
+                    else :
+                        corpusnb[param['originalpath']] = 1
+                    #print param
+                else :
+                    subnb += 1
+            else :
+                if corpus['ira'] in todel :
+                    todel['ira'] += 1
+                else :
+                    todel['ira'] = 1
+        print u'Nbr total de corpus : %s' % len(self.history)
+        corpus_nb = len(corpusnb) + len(todel)
+        print u'Nbr de corpus différents : %s' % corpus_nb
+        lentodel = len(todel)
+        print u'Nbr de corpus à supprimer : %s' % lentodel
+        print u'Nbr de sous corpus : %s' % subnb
+        print u"Nbr total d'occurrences : %s" % tokens
+        print u'Moyenne occurrences par corpus : %f' % (tokens/corpus_nb)
+        print '---------------------'
+        print u"Nbr total d'analyses : %s" % analysenb
+        print u'Temps total indexation : %f h' % ((hours+minutes+secondes) / 3600)
+        print u'Temps total analyses :  %f h' % ((ha+ma+sa) / 3600)
+
     def __str__(self) :
         return str(self.history)
 
@@ -127,7 +293,9 @@ class DoConf :
     def __init__(self, configfile=None, diff = None, parametres = None) :
         self.configfile = configfile
         self.conf = ConfigParser()
+
         if configfile is not None :
+            configfile = normpath_win32(configfile)
             self.conf.readfp(codecs.open(configfile, 'r', 'utf8'))
         self.parametres = {}
         if parametres is not None :
@@ -159,7 +327,7 @@ class DoConf :
         if 'type' not in parametres :
             parametres['type'] = section
         return parametres
-            
+
     def makeoptions(self, sections, parametres, outfile = None) :
         txt = ''
         for i, section in enumerate(sections) :
@@ -183,8 +351,9 @@ class DoConf :
                     txt += '%s = %s\n' % (option, `parametres[i][option]`)
         if outfile is None :
             outfile = self.configfile
-        with codecs.open(outfile, 'w', 'utf8') as f :
-            f.write(txt)
+        outfile = normpath_win32(outfile)
+        with open(outfile, 'w') as f :
+            f.write(txt.encode('utf8'))
             #self.conf.write(f)
 
     def totext(self, parametres) :
@@ -209,7 +378,7 @@ def write_tab(tab, fileout) :
 class BugDialog(wx.Dialog):
     def __init__(self, *args, **kwds):
         # begin wxGlade: MyDialog.__init__
-        kwds["style"] = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE
+        kwds["style"] = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE | wx.STAY_ON_TOP
         kwds["size"] = wx.Size(500, 200)
         wx.Dialog.__init__(self, *args, **kwds)
         self.SetTitle(kwds['title'])
@@ -225,7 +394,7 @@ class BugDialog(wx.Dialog):
         # begin wxGlade: MyDialog.__set_properties
         self.SetMinSize(wx.Size(500, 200))
         self.text_ctrl_1.SetMinSize(wx.Size(500, 200))
-        
+
         # end wxGlade
 
     def __do_layout(self):
@@ -263,7 +432,7 @@ def sortedby(list, direct, *indices):
          sortedby(list,0) will return [[1, 2], [2, 3], [3, 1]]
     """
 
-    nlist = map(lambda x, indices=indices: 
+    nlist = map(lambda x, indices=indices:
                  map(lambda i, x=x: x[i], indices) + [x],
                  list)
     if direct == 1:
@@ -294,31 +463,25 @@ def treat_line_alceste(i, line) :
     return [i, int(line[0]), int(line[1]), float(line[2]), float(line[3]), line[6], line[4], line[5]]
 
 def ReadProfileAsDico(File, Alceste=False, encoding = sys.getdefaultencoding()):
-    #print 'lecture des profils : ReadProfileAsDico'
-    #if Alceste :
-    #    print 'lecture du dictionnaire de type'
-    #    dictlem = {}
-    #    for line in parent.corpus.lem_type_list :
-    #        dictlem[line[0]] = line[1]
     dictlem = {}
     print 'lecture des profiles'
-    #encoding = sys.getdefaultencoding()
     FileReader = codecs.open(File, 'r', encoding)
     Filecontent = FileReader.readlines()
     FileReader.close()
     DictProfile = {}
     count = 0
-    rows = [row.replace('\n', '').replace("'", '').replace('\"', '').replace(',', '.').replace('\r','').split(';') for row in Filecontent]
+    #rows = [row.replace('\n', '').replace("'", '').replace('\"', '').replace(',', '.').replace('\r','').split(';') for row in Filecontent]
+    rows = [row.replace('\n', '').replace("'", '').replace('\"', '').replace('\r','').split(';') for row in Filecontent]
     rows.pop(0)
     ClusterNb = rows[0][2]
     rows.pop(0)
     clusters = [row[2] for row in rows if row[0] == u'**']
     valclusters = [row[1:4] for row in rows if row[0] == u'****']
     lp = [i for i, line in enumerate(rows) if line[0] == u'****']
-    prof = [rows[lp[i] + 1:lp[i+1] - 1] for i in range(0, len(lp)-1)] + [rows[lp[-1] + 1:len(rows)]] 
+    prof = [rows[lp[i] + 1:lp[i+1] - 1] for i in range(0, len(lp)-1)] + [rows[lp[-1] + 1:len(rows)]]
     if Alceste :
         prof = [[add_type(row, dictlem) for row in pr] for pr in prof]
-        prof = [[treat_line_alceste(i,line) for i, line in enumerate(pr)] for pr in prof] 
+        prof = [[treat_line_alceste(i,line) for i, line in enumerate(pr)] for pr in prof]
     else :
         prof = [[line + [''] for line in pr] for pr in prof]
         prof = [[treat_line_alceste(i,line) for i, line in enumerate(pr)] for pr in prof]
@@ -335,17 +498,17 @@ def GetTxtProfile(dictprofile, cluster_size) :
     return '\n\n'.join(proflist)
 
 def formatExceptionInfo(maxTBlevel=5):
-         cla, exc, trbk = sys.exc_info()
-         try :
-            excName = cla.__name__
-         except :
-            excName = 'None'
-         try:
-             excArgs = exc.args[0]
-         except :
-             excArgs = "<no args>"
-         excTb = traceback.format_tb(trbk, maxTBlevel)
-         return (excName, excArgs, excTb)
+    cla, exc, trbk = sys.exc_info()
+    try :
+        excName = cla.__name__
+    except :
+        excName = 'None'
+    try:
+        excArgs = exc.args[0]
+    except :
+        excArgs = "<no args>"
+    excTb = traceback.format_tb(trbk, maxTBlevel)
+    return (excName, excArgs, excTb)
 
 
 #fonction des etudiants de l'iut
@@ -358,13 +521,13 @@ def decoupercharact(chaine, longueur, longueurOptimale, separateurs = None) :
     separateurs = [[u'.', 60.0], [u'?', 60.0], [u'!', 60.0], [u'£$£', 60], [u':', 50.0], [u';', 40.0], [u',', 10.0], [u' ', 0.1]]
     trouve = False                 # si on a trouvé un bon séparateur
     iDecoupe = 0                # indice du caractere ou il faut decouper
-    
+
     # on découpe la chaine pour avoir au maximum 240 caractères
     longueur = min(longueur, len(chaine) - 1)
     chaineTravail = chaine[:longueur + 1]
     nbCar = longueur
     meilleur = ['', 0, 0]        # type, poids et position du meilleur separateur
-    
+
     # on vérifie si on ne trouve pas un '$'
     indice = chaineTravail.find(u'$')
     if indice > -1:
@@ -381,8 +544,8 @@ def decoupercharact(chaine, longueur, longueurOptimale, separateurs = None) :
             # on vérifie si le caractére courant est une marque de ponctuation
             for s in separateurs:
                 if caractere == s[0]:
-                    # si c'est une ponctuation 
-                    
+                    # si c'est une ponctuation
+
                     if s[1] / distance > float(meilleur[1]) / meilleureDistance:
                         # print nbCar, s[0]
                         meilleur[0] = s[0]
@@ -390,13 +553,13 @@ def decoupercharact(chaine, longueur, longueurOptimale, separateurs = None) :
                         meilleur[2] = nbCar
                         trouve = True
                         iDecoupe = nbCar
-                        
+
                     # et on termine la recherche
                     break
 
             # on passe au caractère précédant
             nbCar = nbCar - 1
-    
+
     # si on a trouvé
     if trouve:
         fin = chaine[iDecoupe + 1:]
@@ -410,12 +573,13 @@ exceptions = {'paragrapheOT' : u"Un problème de formatage (présence d'un marqu
               'EmptyText' : u"Texte vide (probablement un problème de formatage du corpus). Le problème est apparu à la ligne ",
               'CorpusEncoding' : u"Problème d'encodage.",
               'TextBeforeTextMark' : u"Problème de formatage : du texte avant le premier marqueur de texte (****). Le problème est survenu à la ligne ",
+              'MissingAnalyse' : u'Aucun fichier à cet emplacement :\n',
 }
 
 def BugReport(parent, error = None):
     for ch in parent.GetChildren():
         if "<class 'wx._windows.ProgressDialog'>" == str(type(ch)):
-            ch.Destroy()   
+            ch.Destroy()
     excName, exc, excTb = formatExceptionInfo()
     if excName == 'Exception' :
         print exc
@@ -427,7 +591,7 @@ def BugReport(parent, error = None):
                 txt = exc
         else :
             if exc in exceptions :
-                txt = exceptions[mss]
+                txt = exceptions[exc]
             else :
                 txt = exc
         title = "Information"
@@ -436,7 +600,7 @@ def BugReport(parent, error = None):
         txt += u'*************************************\n'
         txt += '\n'.join(excTb).replace('    ', ' ')
         txt += excName + '\n'
-        txt += exc
+        txt += `exc`
         title = "Bug"
 
     dial = BugDialog(parent, **{'title' : title})
@@ -448,13 +612,13 @@ def BugReport(parent, error = None):
     dial.CenterOnParent()
     dial.ShowModal()
     dial.Destroy()
-    
+
 def PlaySound(parent):
     if parent.pref.getboolean('iramuteq', 'sound') :
         try:
             if "gtk2" in wx.PlatformInfo:
                 error = Popen(['aplay','-q',os.path.join(parent.AppliPath,'son_fin.wav')])
-            else :    
+            else :
                 sound = wx.Sound(os.path.join(parent.AppliPath, 'son_fin.wav'))
                 sound.Play(wx.SOUND_SYNC)
         except :
@@ -463,12 +627,8 @@ def PlaySound(parent):
 def ReadDicoAsDico(dicopath):
     with codecs.open(dicopath, 'r', 'UTF8') as f:
         content = f.readlines()
-    dico = {}
-    for line in content :
-        if line[0] != u'':
-            line = line.replace(u'\n', '').replace('"', '').split('\t')
-            dico[line[0]] = line[1:]
-    return dico
+    lines = [line.rstrip('\n\r').replace(u'\n', '').replace('"', '').split('\t') for line in content if line != u'']
+    return dict([[line[0], line[1:]] for line in lines])
 
 def ReadLexique(parent, lang = 'french', filein = None):
     if lang != 'other' :
@@ -477,25 +637,31 @@ def ReadLexique(parent, lang = 'french', filein = None):
         else :
             parent.lexique = ReadDicoAsDico(filein)
     else :
-        parent.lexique = {}
+        if filein is None :
+            parent.lexique = {}
+        else :
+            parent.lexique = ReadDicoAsDico(filein)
 
-def ReadList(filein, encoding = sys.getdefaultencoding()):
+def ReadList(filein, encoding = sys.getdefaultencoding(), sep = ';'):
     #file = open(filein)
-    file = codecs.open(filein, 'r', encoding)
-    content = file.readlines()
-    file.close()
+    with codecs.open(filein, 'r', encoding) as f :
+        content = f.read()
+    content = [line.replace('\n', '').replace('\r','').replace('\"', '').replace(',', '.').split(sep) for line in content.splitlines()]
+    #file = codecs.open(filein, 'r', encoding)
+    #content = file.readlines()
+    #file.close()
     first = content.pop(0)
-    first = first.replace('\n', '').replace('\r','').replace('\"', '').split(';')
+    #first = first.replace('\n', '').replace('\r','').replace('\"', '').split(sep)
     dict = {}
     i = 0
     for line in content:
-        line = line.replace('\n', '').replace('\r','').replace('\"', '').replace(',', '.')
-        line = line.split(';')
+        #line = line.replace('\n', '').replace('\r','').replace('\"', '').replace(',', '.')
+        #line = line.split(';')
         nline = [line[0]]
         for val in line[1:]:
             if val == u'NA' :
                 don = ''
-            else: 
+            else:
                 try:
                     don = int(val)
                 except:
@@ -517,7 +683,6 @@ def exec_rcode(rpath, rcode, wait = True, graph = False):
     if sys.platform == 'darwin' :
         try :
             macversion = platform.mac_ver()[0].split('.')
-            print macversion
             if int(macversion[1]) < 5 :
                 needX11 = True
             else :
@@ -526,18 +691,21 @@ def exec_rcode(rpath, rcode, wait = True, graph = False):
             needX11 = False
 
     rpath = rpath.replace('\\','\\\\')
+    env = os.environ.copy()
+    if sys.platform == 'darwin' and 'LC_ALL' not in env:
+        env['LC_ALL'] = 'en_US.UTF-8'
     if not graph :
         if wait :
             if sys.platform == 'win32':
                 error = call(["%s" % rpath, "--vanilla","--slave","-f", "%s" % rcode])
             else :
-                error = call([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode])
+                error = call([rpath, '--slave', "--vanilla", "-f %s" % rcode, "--encoding=UTF-8"], env = env)
             return error
         else :
             if sys.platform == 'win32':
                 pid = Popen(["%s" % rpath, '--vanilla','--slave','-f', "%s" % rcode])
             else :
-                pid = Popen([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode], stderr = PIPE)
+                pid = Popen([rpath, '--slave', "--vanilla", "-f %s" % rcode, "--encoding=UTF-8"], stderr = PIPE, env = env)
             return pid
     else :
         if wait :
@@ -545,18 +713,18 @@ def exec_rcode(rpath, rcode, wait = True, graph = False):
                 error = call(["%s" % rpath, '--vanilla','--slave','-f', "%s" % rcode])
             elif sys.platform == 'darwin' and needX11:
                 os.environ['DISPLAY'] = ':0.0'
-                error = call([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode])
+                error = call([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode, "--encoding=UTF-8"], env = env)
             else :
-                error = call([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode])
+                error = call([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode, "--encoding=UTF-8"], env = env)
             return error
         else :
             if sys.platform == 'win32':
                 pid = Popen(["%s" % rpath, '--vanilla','--slave','-f', "%s" % rcode])
             elif sys.platform == 'darwin' and needX11:
                 os.environ['DISPLAY'] = ':0.0'
-                pid = Popen([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode], stderr = PIPE)
+                pid = Popen([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode, "--encoding=UTF-8"], stderr = PIPE, env = env)
             else :
-                pid = Popen([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode], stderr = PIPE)
+                pid = Popen([rpath, '--vanilla','--slave',"-f %s" % rcode, "--encoding=UTF-8"], stderr = PIPE, env = env)
             return pid
 
 def check_Rresult(parent, pid) :
@@ -584,90 +752,288 @@ def check_Rresult(parent, pid) :
         else :
             return True
 
+
+def launchcommand(mycommand):
+    Popen(mycommand)
+
 def print_liste(filename,liste):
     with open(filename,'w') as f :
         for graph in liste :
-            f.write(';'.join(graph)+'\n')
+            f.write(';'.join(graph).encode(sys.getdefaultencoding(), errors='replace')+'\n')
 
 def read_list_file(filename, encoding = sys.getdefaultencoding()):
     with codecs.open(filename,'rU', encoding) as f :
         content=f.readlines()
         ncontent=[line.replace('\n','').split(';') for line in content if line.strip() != '']
     return ncontent
-        
-class MessageImage(wx.Frame):
-    def __init__(self, parent,title, size):
-        wx.Frame.__init__ ( self, parent, id = wx.ID_ANY, title = title, pos = wx.DefaultPosition, size = size, style = wx.DEFAULT_FRAME_STYLE )
-        self.SetSizeHintsSz( wx.DefaultSize, wx.DefaultSize )
-        self.imageFile = False
-        self.imagename = u"chi_classe.png"
-        self.HtmlPage = wx.html.HtmlWindow(self, -1)
-        self.HtmlPage.SetMinSize(size)
-        if "gtk2" in wx.PlatformInfo:
-            self.HtmlPage.SetStandardFonts()
-        self.HtmlPage.SetFonts('Courier', 'Courier')
-        
-        self.button_1 = wx.Button(self, wx.ID_CANCEL)
-        self.button_2 = wx.Button(self, wx.ID_SAVE)
-        self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCloseMe, self.button_1)
-        self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnSaveImage, self.button_2)
-        self.do_layout()
-
-    def do_layout(self):
-        self.sizer_1 = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
-        self.sizer_2 = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
-        self.sizer_1.Add(self.HtmlPage, 2, wx.EXPAND, 0)
-
-        self.m_sdbSizer1 = wx.StdDialogButtonSizer()
-        self.m_sdbSizer1.AddButton(  self.button_2 )
-        self.m_sdbSizer1.AddButton(  self.button_1 )
-        self.m_sdbSizer1.Realize()
-        self.sizer_1.Add(self.m_sdbSizer1, 0, wx.EXPAND, 5)
-        self.SetSizer(self.sizer_1)
-        self.Layout()
-        self.sizer_1.Fit( self )
-
-    def addsaveimage(self, imageFile) :
-        self.imageFile = imageFile
-        
-    def OnCloseMe(self, event):
-        self.Destroy()
-
-    def OnSaveImage(self, event) :
-        dlg = wx.FileDialog(
-            self, message="Enregistrer sous...", defaultDir=os.getcwd(),
-            defaultFile= self.imagename, wildcard="png|*.png", style=wx.SAVE | wx.OVERWRITE_PROMPT
-            )
-        dlg.SetFilterIndex(2)
-        dlg.CenterOnParent()
-        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
-            path = dlg.GetPath()
-            copyfile(self.imageFile, path)
-            
 
 def progressbar(self, maxi) :
-    if 'parent' in dir(self) :
-        parent = self.parent
-    else :
-        parent = self
-    return wx.ProgressDialog("Traitements",
+    ira = wx.GetApp().GetTopWindow()
+    parent = ira
+    try :
+        maxi = int(maxi)
+    except :
+        maxi = 1
+    prog = wx.ProgressDialog("Traitements",
                              "Veuillez patienter...",
                              maximum=maxi,
                              parent=parent,
                              style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME | wx.PD_CAN_ABORT
                              )
-
+    prog.SetSize((400,150))
+    #prog.SetIcon(ira._icon)
+    return prog
 
 def treat_var_mod(variables) :
     var_mod = {}
-    for variable in variables :
-        if u'_' in variable :
-            forme = variable.split(u'_')
-            var = forme[0]
-            mod = forme[1]
-            if not var in var_mod :
-                var_mod[var] = [variable]
-            else :
-                if not mod in var_mod[var] :
-                    var_mod[var].append(variable)
+    variables = list(set(variables))
+    varmod = [variable.split('_') for variable in variables]
+    vars = list(set([var[0] for var in varmod if len(var) >=2]))
+    for var in vars :
+        mods = ['_'.join(v) for v in varmod if v[0] == var]
+        var_mod[var] = mods
+
+#     for variable in variables :
+#         if u'_' in variable :
+#             forme = variable.split(u'_')
+#             var = forme[0]
+#             mod = forme[1]
+#             if not var in var_mod :
+#                 var_mod[var] = [variable]
+#             else :
+#                 if not mod in var_mod[var] :
+#                     var_mod[var].append(variable)
     return var_mod
+
+def doconcorde(corpus, uces, mots, uci = False) :
+    if not uci :
+        ucestxt1 = [row for row in corpus.getconcorde(uces)]
+    else :
+        ucestxt1 = [row for row in corpus.getuciconcorde(uces)]
+    ucestxt1 = dict(ucestxt1)
+    ucestxt = []
+    ucis_txt = []
+    listmot = [corpus.getlems()[lem].formes for lem in mots]
+    listmot = [corpus.getforme(fid).forme for lem in listmot for fid in lem]
+    mothtml = ['<font color=red><b>%s</b></font>' % mot for mot in listmot]
+    dmots = dict(zip(listmot, mothtml))
+    for uce in uces :
+        ucetxt = ucestxt1[uce].split()
+        ucetxt = ' '.join([dmots.get(mot, mot) for mot in ucetxt])
+        if not uci :
+            uciid = corpus.getucefromid(uce).uci
+            ucis_txt.append('<p><b>' + ' '.join(corpus.ucis[corpus.getucefromid(uce).uci].etoiles) + '<a href="%i_%i"> *%i_%i</a></b></p>' % (uciid, uce, uciid, uce))
+        else :
+            ucis_txt.append('<p><b>' + ' '.join(corpus.ucis[uce].etoiles) + '</b></p>')
+        ucestxt.append(ucetxt)
+    return ucis_txt, ucestxt
+
+
+def getallstcarac(corpus, analyse) :
+   pathout = PathOut(analyse['ira'])
+   profils =  ReadProfileAsDico(pathout['PROFILE_OUT'], Alceste, self.encoding)
+   print profils
+
+def read_chd(filein, fileout):
+    with open(filein, 'r') as f :
+        content = f.read()
+    #content = [line[3:].replace('"',"").replace(' ','') for line in content.splitlines()]
+    content = [line.split('\t') for line in content.splitlines()]
+    chd = {'name':1, 'children':[]}
+    mere={}
+    for i, line in enumerate(content) :
+        if i == 0 :
+            chd['children'] = [{'name': line[1],'size' : content[i+1][0]}, {'name':line[2], 'size': content[i+1][1]}]
+            mere[line[1]] = chd['children'][0]
+            mere[line[2]] = chd['children'][1]
+        elif not i % 2 :
+            if 'children' in mere[line[0]]:
+                mere[line[0]]['children'].append({'name': line[1],'size' : content[i+1][0]})
+                mere[line[1]] = mere[line[0]]['children'][-1]
+                mere[line[0]]['children'].append({'name': line[2],'size' : content[i+1][1]})
+                mere[line[2]] = mere[line[0]]['children'][-1]
+            else :
+                mere[line[0]]['children'] = [{'name': line[1],'size' : content[i+1][0]}, {'name':line[2], 'size': content[i+1][1]}]
+                mere[line[1]] = mere[line[0]]['children'][-2]
+                mere[line[2]] = mere[line[0]]['children'][-1]
+    with open(fileout, 'w') as f :
+        f.write(json.dumps(chd))
+
+
+translation_languages = {"Afrikaans":"af", "Albanian":"sq", "Amharic":"am", "Arabic":"ar", "Armenian":"hy", "Azeerbaijani":"az", "Basque":"eu", "Belarusian":"be", "Bengali":"bn", "Bosnian":"bs", "Bulgarian":"bg", "Catalan":"ca", "Cebuano":"ceb", "Chichewa":"ny", "Chinese (Simplified)":"zh-CN", "Chinese (Traditional)":"zh-TW", "Corsican":"co", "Croatian":"hr", "Czech":"cs", "Danish":"da", "Dutch":"nl", "English":"en", "Esperanto":"eo", "Estonian":"et", "Filipino":"tl", "Finnish":"fi", "French":"fr", "Frisian":"fy", "Galician":"gl", "Georgian":"ka", "German":"de", "Greek":"el", "Gujarati":"gu", "Haitian Creole":"ht", "Hausa":"ha", "Hawaiian":"haw", "Hebrew":"iw", "Hindi":"hi", "Hmong":"hmn ", "Hungarian":"hu", "Icelandic":"is", "Igbo":"ig", "Indonesian":"id", "Irish":"ga", "Italian":"it", "Japanese":"ja", "Javanese":"jw", "Kannada":"kn", "Kazakh":"kk", "Khmer":"km", "Korean":"ko", "Kurdish":"ku", "Kyrgyz":"ky", "Lao":"lo", "Latin":"la", "Latvian":"lv", "Lithuanian":"lt", "Luxembourgish":"lb", "Macedonian":"mk", "Malagasy":"mg", "Malay":"ms", "Malayalam":"ml", "Maltese":"mt", "Maori":"mi", "Marathi":"mr", "Mongolian":"mn", "Burmese":"my", "Nepali":"ne", "Norwegian":"no", "Pashto":"ps", "Persian":"fa", "Polish":"pl", "Portuguese":"pt", "Punjabi":"ma", "Romanian":"ro", "Russian":"ru", "Samoan":"sm", "Scots Gaelic":"gd", "Serbian":"sr", "Sesotho":"st", "Shona":"sn", "Sindhi":"sd", "Sinhala":"si", "Slovak":"sk", "Slovenian":"sl", "Somali":"so", "Spanish":"es", "Sundanese":"su", "Swahili":"sw", "Swedish":"sv", "Tajik":"tg", "Tamil":"ta", "Telugu":"te", "Thai":"th", "Turkish":"tr", "Ukrainian":"uk", "Urdu":"ur", "Uzbek":"uz", "Vietnamese":"vi", "Welsh":"cy", "Xhosa":"xh", "Yiddish":"yi", "Yoruba":"yo", "Zulu":"zu", }
+
+
+def gettranslation(words, lf, lt) :
+    import urllib2
+    import json
+    agent = {'User-Agent':
+    "Mozilla/4.0 (\
+    compatible;\
+    MSIE 6.0;\
+    Windows NT 5.1;\
+    SV1;\
+    .NET CLR 1.1.4322;\
+    .NET CLR 2.0.50727;\
+    .NET CLR 3.0.04506.30\
+    )"}
+    base_link = "https://translate.googleapis.com/translate_a/single?client=gtx&sl=%s&tl=%s&dt=t&q=%s"
+    print len(words)
+    totrans = urllib2.quote('\n'.join(words).encode('utf8'))
+    link = base_link % (lf, lt, totrans)
+    request = urllib2.Request(link, headers=agent)
+    raw_data = urllib2.urlopen(request).read()
+    data = json.loads(raw_data)
+    return [line[0].decode('utf8').replace(u"'", u'_').replace(u' | ', u'|').replace(u' ', u'_').replace(u'-',u'_').replace(u'\n','') for line in data[0]]
+
+def makenprof(prof, trans, deb=0) :
+    nprof=[]
+    if deb == 0 :
+        nprof.append(prof[0])
+    for i, val in enumerate(trans) :
+        line = prof[deb+i+1][:]
+        line[6] = val
+        nprof.append(line)
+    return nprof
+
+def treatempty(val) :
+    if val.strip() == '' :
+        return '_'
+    else :
+        return val
+
+def translateprofile(corpus, dictprofile, lf='it', lt='fr', maxword = 50) :
+    nprof = {}
+    lems = {}
+    for i in range(len(dictprofile)) :
+        prof = dictprofile[`i+1`]
+        try :
+            lenact = prof.index([u'*****', u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', '', ''])
+            lensup = -1
+        except ValueError:
+            try :
+                lenact = prof.index([u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', '', ''])
+                lensup = 0
+            except ValueError:
+                lenact = len(prof)
+                lensup = 0
+        try :
+            lensup += prof.index([u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', '', ''])
+            lensup = lensup - lenact
+        except ValueError:
+            lensup += len(prof) - lenact
+        if lenact != 0 :
+            if lenact > maxword :
+                nlenact = maxword
+            else :
+                nlenact = lenact
+            actori = [line[6] for line in prof[1:nlenact]]
+            act = [val.replace(u'_', u' ') for val in actori]
+            act = gettranslation(act, lf, lt)
+            for j, val in enumerate(actori) :
+                if act[j] not in lems :
+                    lems[act[j]] = val
+                else :
+                    while act[j] in lems :
+                        act[j] = act[j] + u"+"
+                    lems[act[j]] = val
+            nprof[`i+1`] = makenprof(prof, act)
+
+        if lensup != 0 :
+            if lensup > maxword :
+                nlensup = maxword
+            else :
+                nlensup = lensup
+            supori = [line[6] for line in prof[(1+lenact):(lenact+nlensup)]]
+            sup = [val.replace(u'_', u' ') for val in supori]
+            sup = [treatempty(val) for val in sup]
+            sup = gettranslation(sup, lf, lt)
+            for j, val in enumerate(supori) :
+                if sup[j] not in lems :
+                    lems[sup[j]] = val
+                else :
+                    while sup[j] in lems :
+                        sup[j] = sup[j] + u"+"
+                    lems[sup[j]] = val
+            nprof[`i+1`].append([u'*****', u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', '', ''])
+            nprof[`i+1`] += makenprof(prof, sup, deb=lenact)
+
+        try :
+            lenet = prof.index([u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', '', ''])
+            nprof[`i+1`].append([u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', '', ''])
+            nprof[`i+1`] += prof[(lenet+1):]
+        except :
+            pass
+    return nprof, lems
+
+def write_translation_profile(prof, lems, language, dictpathout) :
+    if os.path.exists(dictpathout['translations.txt']) :
+        with codecs.open(dictpathout['translations.txt'], 'r', 'utf8') as f :
+            translist = f.read()
+        translist = [line.split('\t') for line in translist.splitlines()]
+    else :
+        translist = []
+    toprint = []
+    toprint.append(['','','','','',''])
+    toprint.append([u'***', u'nb classes', `len(prof)`, u'***', '', ''])
+    for i in range(len(prof)) :
+        toprint.append([u'**', u'classe', `i+1`, u'**', '', ''])
+        toprint.append([u'****'] + prof[`i+1`][0] + [u'****'])
+        rest = [[`line[1]`, `line[2]`, `line[3]`, `line[4]`, line[6], line[7].replace('< 0,0001', '0.00009').replace('NS (','').replace(')','')] for line in prof[`i+1`][1:]]
+        for i, line in enumerate(prof[`i+1`][1:]) :
+            if line[0] == u'*' :
+                rest[i] = [u'*', u'*', u'*', u'*', u'*', u'*']
+            elif line[0] == u'*****' :
+                rest[i] = [u'*****',u'*',u'*', u'*', u'*', u'*']
+        toprint += rest
+    with open(dictpathout['translation_profile_%s.csv' % language], 'w') as f :
+        f.write('\n'.join([';'.join(line) for line in toprint]).encode('utf8'))
+    with open(dictpathout['translation_words_%s.csv' % language], 'w') as f :
+        f.write('\n'.join(['\t'.join([val, lems[val]]) for val in lems]).encode('utf8'))
+    if 'translation_profile_%s.csv' % language not in [val[0] for val in translist] :
+        translist.append(['translation_profile_%s.csv' % language, 'translation_words_%s.csv' % language])
+        with open(dictpathout['translations.txt'], 'w') as f :
+            f.write('\n'.join(['\t'.join(line) for line in translist]).encode('utf8'))
+
+def makesentidict(infile, language) :
+    #'/home/pierre/workspace/iramuteq/dev/langues/NRC/NRC-Emotion-Lexicon.csv'
+    with codecs.open(infile,'r', 'utf8') as f :
+        content = f.read()
+    content = [line.split('\t') for line in content.splitlines()]
+    titles = content.pop(0)
+    senti = ['Positive', 'Negative', 'Anger', 'Anticipation', 'Disgust', 'Fear', 'Joy', 'Sadness', 'Surprise', 'Trust']
+    sentid = {}
+    for sent in senti :
+        sentid[sent] = titles.index(sent)
+    frtitle = [val for val in titles if '(fr)' in val]
+    frid = titles.index(frtitle[0])
+    sentidict = [[line[frid].lower(), [line[sentid[sent]] for sent in senti]] for line in content]
+    pos = ['positive'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][0] == '1']
+    neg = ['negative'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][1] == '1']
+    anger = ['anger'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][2] == '1']
+    anticipation = ['anticipation'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][3] == '1']
+    disgust = ['disgust'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][4] == '1']
+    fear = ['fear'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][5] == '1']
+    joy = ['joy'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][6] == '1']
+    sadness = ['sadness'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][7] == '1']
+    surprise = ['surprise'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][8] == '1']
+    trust = ['trust'] + [line[0] for line in sentidict if line[1][9] == '1']
+    with open('/tmp/tgenemo.csv', 'w') as f :
+        for val in [pos, neg, anger, anticipation, disgust, fear, joy, sadness, surprise, trust] :
+            f.write('\t'.join(val).encode('utf8') + '\n')
+
+def countsentfromprof(prof, encoding, sentidict) :
+    with codecs.open(prof, 'r', encoding) as f :
+        content = f.read()
+    content = [line.split(';') for line in content.splitlines()]
+    print content
+    content = [[line[0], [int(val) for val in line[1:]]] for line in content]
+    print content
+    content = dict(content)
+    print content
+
+def iratolexico(infile, outfile, encoding) :
+    with codecs.open(infile, 'r', encoding) as f :
+        for line in f :
+            if line.startswith(u'**** ') :
+                line = line.split()
+