iramuteq.org Git - iramuteq/blob - PrintRScript.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2011 Pierre Ratinaud
   4 #License: GNU/GPL
   5
   6 import tempfile
   7 from chemins import ffr, PathOut
   8 import os
   9 import locale
  10 from datetime import datetime
  11 import logging
  12
  13 log = logging.getLogger('iramuteq.printRscript')
  14
  15 class PrintRScript :
  16     def __init__ (self, analyse):
  17         log.info('Rscript')
  18         self.pathout = analyse.pathout
  19         self.analyse = analyse
  20         self.parametres = analyse.parametres
  21         self.scriptout = self.pathout['lastRscript.R']
  22         self.script =  u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
  23
  24     def add(self, txt) :
  25         self.script = '\n'.join([self.script, txt])
  26
  27     def defvar(self, name, value) :
  28         self.add(' <- '.join([name, value]))
  29
  30     def defvars(self, lvars) :
  31         for val in lvars :
  32             self.defvar(val[0],val[1])
  33
  34     def sources(self, lsources) :
  35         for source in lsources :
  36             self.add('source("%s", encoding = \'utf8\')' % ffr(source))
  37
  38     def packages(self, lpks) :
  39         for pk in lpks :
  40             self.add('library(%s)' % pk)
  41
  42     def load(self, l) :
  43         for val in l :
  44             self.add('load("%s")' % ffr(val))
  45
  46     def write(self) :
  47         with open(self.scriptout, 'w') as f :
  48             f.write(self.script)
  49
  50
  51 class chdtxt(PrintRScript) :
  52     pass
  53
  54 def Rcolor(color) :
  55     return str(color).replace(')', ', max=255)')
  56
  57 class Alceste2(PrintRScript) :
  58     def doscript(self) :
  59         self.sources(['chdfunct'])
  60         self.load(['Rdata'])
  61         lvars = [['clnb', `self.analyse.clnb`],
  62                 ['Contout', '"%s"' % self.pathout['Contout']],
  63                 ['ContSupOut', '"%s"' % self.pathout['ContSupOut']],
  64                 ['ContEtOut', '"%s"' % self.pathout['ContEtOut']],
  65                 ['profileout', '"%s"' % self.pathout['profils.csv']],
  66                 ['antiout', '"%s"' % self.pathout['antiprofils.csv']],
  67                 ['chisqtable', '"%s"' % self.pathout['chisqtable.csv']],
  68                 ['ptable', '"%s"' % self.pathout['ptable.csv']]]
  69
  70         self.defvars(lvars)
  71
  72
  73
  74 #    txt = "clnb<-%i\n" % clnb
  75 #    txt += """
  76 #source("%s")
  77 #load("%s")
  78 #""" % (RscriptsPath['chdfunct'], DictChdTxtOut['RData'])
  79 #    txt += """
  80 #dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  81 #datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  82 #dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
  83 #""" % (DictChdTxtOut['Contout'], DictChdTxtOut['ContSupOut'], DictChdTxtOut['ContEtOut'])
  84 #    txt += """
  85 #tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
  86 #tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
  87 #tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
  88 #"""
  89 #    txt += """
  90 #PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
  91 #""" % (DictChdTxtOut['PROFILE_OUT'], DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT'])
  92 #    txt += """
  93 #colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  94 #colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  95 #colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  96 #colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97 #colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98 #colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  99 #chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 100 #chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 101 #ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 102 #"""
 103 #    txt += """
 104 #write.csv2(chistabletot,file="%s")
 105 #write.csv2(ptabletot,file="%s")
 106 #gbcluster<-n1
 107 #write.csv2(gbcluster,file="%s")
 108 #""" % (DictChdTxtOut['chisqtable'], DictChdTxtOut['ptable'], DictChdTxtOut['SbyClasseOut'])
 109 #
 110
 111
 112 def RchdTxt(DicoPath, RscriptPath, mincl, classif_mode, nbt = 9, svdmethod = 'svdR', libsvdc = False, libsvdc_path = None, R_max_mem = False, mode_patate = False):
 113     txt = """
 114     source("%s")
 115     source("%s")
 116     source("%s")
 117     source("%s")
 118     """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdtxt']), ffr(RscriptPath['anacor']), ffr(RscriptPath['Rgraph']))
 119     if R_max_mem :
 120         txt += """
 121     memory.limit(%i)
 122         """ % R_max_mem
 123
 124     txt += """
 125     nbt <- %i
 126     """ % nbt
 127     if svdmethod == 'svdlibc' and libsvdc :
 128         txt += """
 129         svd.method <- 'svdlibc'
 130         libsvdc.path <- "%s"
 131         """ % ffr(libsvdc_path)
 132     elif svdmethod == 'irlba' :
 133         txt += """
 134         library(irlba)
 135         svd.method <- 'irlba'
 136         libsvdc.path <- NULL
 137         """
 138     else :
 139         txt += """
 140         svd.method = 'svdR'
 141         libsvdc.path <- NULL
 142         """
 143     if mode_patate :
 144         txt += """
 145         mode.patate = TRUE
 146         """
 147     else :
 148         txt += """
 149         mode.patate = FALSE
 150         """
 151     txt +="""
 152     library(Matrix)
 153     data1 <- readMM("%s")
 154     data1 <- as(data1, "dgCMatrix")
 155     row.names(data1) <- 1:nrow(data1)
 156     """ % ffr(DicoPath['TableUc1'])
 157
 158     if classif_mode == 0:
 159         txt += """
 160         data2 <- readMM("%s")
 161         data2 <- as(data2, "dgCMatrix")
 162         row.names(data2) <- 1:nrow(data2)
 163         """ % ffr(DicoPath['TableUc2'])
 164     txt += """
 165     log1 <- "%s"
 166     chd1<-CHD(data1, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method =
 167     svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)#, log.file = log1)
 168     """ % ffr(DicoPath['log-chd1.txt'])
 169
 170     if classif_mode == 0:
 171         txt += """
 172     log2 <- "%s"
 173     chd2<-CHD(data2, x = nbt, mode.patate = mode.patate, svd.method =
 174     svd.method, libsvdc.path = libsvdc.path)#, log.file = log2)
 175     """ % ffr(DicoPath['log-chd2.txt'])
 176
 177     txt += """
 178     #lecture des uce
 179     listuce1<-read.csv2("%s")
 180     """ % ffr(DicoPath['listeuce1'])
 181
 182     if classif_mode == 0:
 183         txt += """
 184         listuce2<-read.csv2("%s")
 185         """ % ffr(DicoPath['listeuce2'])
 186
 187     txt += """
 188     rm(data1)
 189     """
 190
 191     if classif_mode == 0:
 192         txt += """
 193         rm(data2)
 194         """
 195     txt += """
 196     classif_mode <- %i
 197     mincl <- %i
 198     uceout <- "%s"
 199     if (classif_mode == 0) {
 200         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd2, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 201     } else {
 202         chd.result <- Rchdtxt(uceout, chd1, chd2 = chd1, mincl = mincl,classif_mode = classif_mode, nbt = nbt)
 203     }
 204     n1 <- chd.result$n1
 205     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 206     classes<-n1[,ncol(n1)]
 207     write.csv2(n1, file="%s")
 208     rm(n1)
 209     """ % (classif_mode, mincl, ffr(DicoPath['uce']), ffr(DicoPath['n1.csv']))
 210
 211     txt += """
 212     tree.tot1 <- make_tree_tot(chd1)
 213 #    open_file_graph("%s", widt = 600, height=400)
 214 #    plot(tree.tot1$tree.cl)
 215 #    dev.off()
 216     """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
 217
 218     if classif_mode == 0:
 219         txt += """
 220         classeuce2 <- chd.result$cuce2
 221         tree.tot2 <- make_tree_tot(chd2)
 222 #        open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 223 #        plot(tree.tot2$tree.cl)
 224 #        dev.off()
 225         """ % ffr(DicoPath['arbre2'] )
 226
 227     txt += """
 228     tree.cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 229     save(tree.cut1, file="%s")
 230
 231     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 232     plot.dendropr(tree.cut1$tree.cl,classes, histo=TRUE)
 233     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 234     plot(tree.cut1$dendro_tot_cl)
 235     dev.off()
 236     """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']), ffr(DicoPath['arbre1']))
 237
 238     if classif_mode == 0:
 239         txt += """
 240         tree.cut2 <- make_dendro_cut_tuple(tree.tot2$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce2, 2, nbt)
 241         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 242         plot(tree.cut2$tree.cl)
 243         dev.off()
 244         open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 245         plot(tree.cut2$dendro_tot_cl)
 246         dev.off()
 247         """ % (ffr(DicoPath['dendro2']), ffr(DicoPath['arbre2']))
 248
 249     txt += """
 250
 251     #save.image(file="%s")
 252     """ % (ffr(DicoPath['RData']))
 253
 254     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 255     fileout.write(txt)
 256     fileout.close()
 257
 258 def RPamTxt(corpus, RscriptPath):
 259     DicoPath = corpus.pathout
 260     param = corpus.parametres
 261     txt = """
 262     source("%s")
 263     """ % (RscriptPath['pamtxt'])
 264     txt += """
 265     source("%s")
 266     """ % (RscriptPath['Rgraph'])
 267     txt += """
 268     result <- pamtxt("%s", "%s", "%s", method = "%s", clust_type = "%s", clnb = %i)
 269     n1 <- result$uce
 270     """ % (DicoPath['TableUc1'], DicoPath['listeuce1'], DicoPath['uce'], param['method'], param['cluster_type'], param['nbcl'] )
 271     txt += """
 272     open_file_graph("%s", width=400, height=400)
 273     plot(result$cl)
 274     dev.off()
 275     """ % (DicoPath['arbre1'])
 276     txt += """
 277     save.image(file="%s")
 278     """ % DicoPath['RData']
 279     fileout = open(DicoPath['Rchdtxt'], 'w')
 280     fileout.write(txt)
 281     fileout.close()
 282
 283
 284 def RchdQuest(DicoPath, RscriptPath, nbcl = 10, mincl = 10):
 285     txt = """
 286     source("%s")
 287     source("%s")
 288     source("%s")
 289     source("%s")
 290     """ % (ffr(RscriptPath['CHD']), ffr(RscriptPath['chdquest']), ffr(RscriptPath['anacor']),ffr(RscriptPath['Rgraph']))
 291
 292     txt += """
 293     nbt <- %i - 1
 294     mincl <- %i
 295     """ % (nbcl, mincl)
 296
 297     txt += """
 298     chd.result<-Rchdquest("%s","%s","%s", nbt = nbt, mincl = mincl)
 299     n1 <- chd.result$n1
 300     classeuce1 <- chd.result$cuce1
 301     """ % (ffr(DicoPath['mat01.csv']), ffr(DicoPath['listeuce1']), ffr(DicoPath['uce']))
 302
 303     txt += """
 304     tree_tot1 <- make_tree_tot(chd.result$chd)
 305     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 306     plot(tree_tot1$tree.cl)
 307     dev.off()
 308     """ % ffr(DicoPath['arbre1'])
 309
 310     txt += """
 311     tree_cut1 <- make_dendro_cut_tuple(tree_tot1$dendro_tuple, chd.result$coord_ok, classeuce1, 1, nbt)
 312     tree.cut1 <- tree_cut1
 313     save(tree.cut1, file="%s")
 314     open_file_graph("%s", width = 600, height=400)
 315     classes<-n1[,ncol(n1)]
 316     plot.dendropr(tree_cut1$tree.cl,classes, histo = TRUE)
 317     """ % (ffr(DicoPath['Rdendro']), ffr(DicoPath['dendro1']))
 318
 319     txt += """
 320     save.image(file="%s")
 321     """ % ffr(DicoPath['RData'])
 322     fileout = open(DicoPath['Rchdquest'], 'w')
 323     fileout.write(txt)
 324     fileout.close()
 325
 326 def ReinertTxtProf(DictChdTxtOut, RscriptsPath, clnb, taillecar):
 327     txt = "clnb<-%i\n" % clnb
 328     txt += """
 329 source("%s")
 330 #load("%s")
 331 n1 <- read.csv2("%s")
 332 """ % (ffr(RscriptsPath['chdfunct']), ffr(DictChdTxtOut['RData']), ffr(DictChdTxtOut['n1.csv']))
 333     txt += """
 334 dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 335 datasup<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 336 dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 337 """ % (ffr(DictChdTxtOut['Contout']), ffr(DictChdTxtOut['ContSupOut']), ffr(DictChdTxtOut['ContEtOut']))
 338     txt += """
 339 tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 340 tablesqrpsup<-BuildProf(as.matrix(datasup),n1,clnb)
 341 tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 342 """
 343     txt += """
 344 PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s",tablesqrpsup[4],tablesqrpsup[5])
 345 """ % (ffr(DictChdTxtOut['PROFILE_OUT']), ffr(DictChdTxtOut['ANTIPRO_OUT']))
 346     txt += """
 347 colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 348 colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 349 colnames(tablesqrpsup[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 350 colnames(tablesqrpsup[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 351 colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 352 colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 353 chistabletot<-rbind(tablesqrpact[2][[1]],tablesqrpsup[2][[1]])
 354 chistabletot<-rbind(chistabletot,tablesqrpet[2][[1]])
 355 ptabletot<-rbind(tablesqrpact[1][[1]],tablesqrpet[1][[1]])
 356 """
 357     txt += """
 358 write.csv2(chistabletot,file="%s")
 359 write.csv2(ptabletot,file="%s")
 360 gbcluster<-n1
 361 write.csv2(gbcluster,file="%s")
 362 """ % (ffr(DictChdTxtOut['chisqtable']), ffr(DictChdTxtOut['ptable']), ffr(DictChdTxtOut['SbyClasseOut']))
 363     if clnb > 2 :
 364         txt += """
 365     library(ca)
 366     colnames(dataact)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 367     colnames(datasup)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 368     colnames(dataet)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 369     rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)+nrow(datasup)
 370     afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(datasup))
 371     afctable<-rbind(afctable,as.matrix(dataet))
 372     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 373     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 374     debsup<-nrow(dataact)+1
 375     debet<-nrow(dataact)+nrow(datasup)+1
 376     fin<-rowtot
 377     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 378     """
 379     #FIXME : split this!!!
 380         txt += """
 381     source("%s")
 382     """ % ffr(RscriptsPath['Rgraph'])
 383
 384         txt += """
 385         afc <- summary.ca.dm(afc)
 386         afc_table <- create_afc_table(afc)
 387         write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 388         write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 389         write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 390         """ % (ffr(DictChdTxtOut['afc_facteur']), ffr(DictChdTxtOut['afc_col']), ffr(DictChdTxtOut['afc_row']))
 391
 392         txt += """
 393     PARCEX<-%s
 394     """ % taillecar
 395         txt += """
 396     xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 397     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DL_OUT']))
 398         txt += """
 399     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 400     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DSL_OUT']))
 401         txt += """
 402         if ((fin - debet) > 2) {
 403     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active = FALSE)
 404         }
 405     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DEL_OUT']))
 406         txt += """
 407     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2], active=FALSE)
 408     """ % (ffr(DictChdTxtOut['AFC2DCL_OUT']))
 409 #        txt += """
 410  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debsup-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 411  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debsup, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 412   #  PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab)
 413  #   PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col=TRUE, what='crl', xlab = xlab, ylab = ylab)
 414  #   """ % (DictChdTxtOut['AFC2DCoul'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulSup'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulEt'], DictChdTxtOut['AFC2DCoulCl'])
 415
 416     txt += """
 417 #rm(dataact)
 418 #rm(datasup)
 419 #rm(dataet)
 420 rm(tablesqrpact)
 421 rm(tablesqrpsup)
 422 rm(tablesqrpet)
 423 save.image(file="%s")
 424 """ % ffr(DictChdTxtOut['RData'])
 425     file = open(DictChdTxtOut['RTxtProfGraph'], 'w')
 426     file.write(txt)
 427     file.close()
 428
 429
 430 def write_afc_graph(self):
 431     if self.param['over'] : over = 'TRUE'
 432     else : over = 'FALSE'
 433
 434     if self.param['do_select_nb'] : do_select_nb = 'TRUE'
 435     else : do_select_nb = 'FALSE'
 436
 437     if self.param['do_select_chi'] : do_select_chi = 'TRUE'
 438     else : do_select_chi = 'FALSE'
 439
 440     if self.param['do_select_chi_classe'] : do_select_chi_classe = 'TRUE'
 441     else : do_select_chi_classe = 'FALSE'
 442
 443     if self.param['cex_txt'] : cex_txt = 'TRUE'
 444     else : cex_txt = 'FALSE'
 445
 446     if self.param['tchi'] : tchi = 'TRUE'
 447     else : tchi = 'FALSE'
 448
 449     if self.param['svg'] : svg = 'TRUE'
 450     else : svg = 'FALSE'
 451
 452     with open(self.RscriptsPath['afc_graph'], 'r') as f:
 453         txt = f.read()
 454
 455 #    self.DictPathOut['RData'], \
 456     scripts = txt % (ffr(self.RscriptsPath['Rgraph']),\
 457     self.param['typegraph'], \
 458     self.param['what'], \
 459     self.param['facteur'][0],\
 460     self.param['facteur'][1], \
 461     self.param['facteur'][2], \
 462     self.param['qui'], \
 463     over,  do_select_nb, \
 464     self.param['select_nb'],  \
 465     do_select_chi, \
 466     self.param['select_chi'], \
 467     do_select_chi_classe, \
 468     self.param['nbchic'], \
 469     cex_txt, \
 470     self.param['txt_min'], \
 471     self.param['txt_max'], \
 472     self.fileout, \
 473     self.param['width'], \
 474     self.param['height'],\
 475     self.param['taillecar'], \
 476     self.param['alpha'], \
 477     self.param['film'], \
 478     tchi,\
 479     self.param['tchi_min'],\
 480     self.param['tchi_max'],\
 481     ffr(os.path.dirname(self.fileout)),\
 482     svg)
 483     return scripts
 484
 485 def print_simi3d(self):
 486     simi3d = self.parent.simi3dpanel
 487     txt = '#Fichier genere par Iramuteq'
 488     if simi3d.movie.GetValue() :
 489         movie = "'" + ffr(os.path.dirname(self.DictPathOut['RData'])) + "'"
 490     else :
 491         movie = 'NULL'
 492
 493     #if self.corpus.parametres['type'] == 'corpus' :
 494     #    header = 'TRUE'
 495     #else :
 496     #    header = 'FALSE'
 497     header = 'FALSE'
 498     txt += """
 499     dm<-read.csv2("%s",row.names=1,header = %s)
 500     load("%s")
 501     """ % (self.DictPathOut['Contout'], header, self.DictPathOut['RData'])
 502
 503     txt += """
 504     source("%s")
 505     """ % self.parent.RscriptsPath['Rgraph']
 506
 507
 508     txt += """
 509     make.simi.afc(dm,chistabletot, lim=%i, alpha = %.2f, movie = %s)
 510     """ % (simi3d.spin_1.GetValue(), float(simi3d.slider_1.GetValue())/100, movie)
 511     tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 512     tmp = open(tmpfile,'w')
 513     tmp.write(txt)
 514     tmp.close()
 515     return tmpfile
 516
 517 def dendroandbarplot(table, rownames, colnames, rgraph, tmpgraph, intxt = False, dendro=False) :
 518     if not intxt :
 519         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 520     rownb = len(rownames)
 521     rownames = 'c("' + '","'.join(rownames) + '")'
 522     colnames = 'c("' + '","'.join(colnames) + '")'
 523     if not intxt :
 524         #FIXME
 525         txt = """
 526             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 527             rownames(di)<- %s
 528             colnames(di) <- %s
 529         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 530     else :
 531         txt = intxt
 532     txt += """
 533         load("%s")
 534         library(ape)
 535         source("%s")
 536         height <- (30*ncol(di)) + (15*nrow(di))
 537         height <- ifelse(height <= 400, 400, height)
 538         width <- 500
 539         open_file_graph("%s", width=width, height=height)
 540         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 541         """ % (ffr(dendro),ffr(rgraph),  ffr(tmpgraph))
 542     return txt
 543
 544 def barplot(table, parametres, intxt = False) :
 545     if not intxt :
 546         txttable = 'c(' + ','.join([','.join(line) for line in table]) + ')'
 547     #width = 100 + (15 * len(rownames)) + (100 * len(colnames))
 548     #height =  len(rownames) * 15
 549     rownb = len(parametres['rownames'])
 550     #if height < 400 :
 551     #    height = 400
 552     rownames = 'c("' + '","'.join(parametres['rownames']) + '")'
 553     colnames = 'c("' + '","'.join(parametres['colnames']) + '")'
 554
 555     if not intxt :
 556         #FIXME
 557         txt = """
 558             di <- matrix(data=%s, nrow=%i, byrow = TRUE)
 559             toinf <- which(di == Inf)
 560             tominf <- which(di == -Inf)
 561             if (length(toinf)) {
 562                 di[toinf] <- NA
 563                 valmax <- max(di, na.rm = TRUE)
 564                 if (valmax <= 0) {
 565                     valmax <- 2
 566                 } else {
 567                     valmax <- valmax + 2
 568                 }
 569                 di[toinf] <- valmax
 570             }
 571             if (length(tominf)) {
 572                 di[tominf] <- NA
 573                 valmin <- min(di, na.rm = TRUE)
 574                 if (valmin >=0) {
 575                     valmin <- -2
 576                 } else {
 577                     valmin <- valmin - 2
 578                 }
 579                 di[tominf] <- valmin
 580             }
 581             rownames(di)<- %s
 582             colnames(di) <- %s
 583         """ % (txttable, rownb, rownames, colnames)
 584     else :
 585         txt = intxt
 586     if not 'tree' in parametres :
 587         txt += """
 588             source("%s")
 589             color = rainbow(nrow(di))
 590             width <- %i
 591             height <- %i
 592             open_file_graph("%s",width = width, height = height, svg = %s)
 593                 par(mar=c(0,0,0,0))
 594             layout(matrix(c(1,2),1,2, byrow=TRUE),widths=c(3,lcm(7)))
 595             par(mar=c(8,4,1,0))
 596             yp = ifelse(length(toinf), 0.2, 0)
 597             ym = ifelse(length(tominf), 0.2, 0)
 598             ymin <- ifelse(!length(which(di < 0)), 0, min(di) - ym)
 599             coord <- barplot(as.matrix(di), beside = TRUE, col = color, space = c(0.1,0.6), ylim=c(ymin, max(di) + yp), las = 2)
 600             if (length(toinf)) {
 601                 coordinf <- coord[toinf]
 602                 valinf <- di[toinf]
 603                 text(x=coordinf, y=valinf + 0.1, 'i')
 604             }
 605             if (length(tominf)) {
 606                 coordinf <- coord[toinf]
 607                 valinf <- di[toinf]
 608                 text(x=coordinf, y=valinf - 0.1, 'i')
 609             }
 610             c <- colMeans(coord)
 611             c1 <- c[-1]
 612             c2 <- c[-length(c)]
 613             cc <- cbind(c1,c2)
 614             lcoord <- apply(cc, 1, mean)
 615             abline(v=lcoord)
 616             if (min(di) < 0) {
 617                 amp <- abs(max(di) - min(di))
 618             } else {
 619                 amp <- max(di)
 620             }
 621             if (amp < 10) {
 622                 d <- 2
 623             } else {
 624                 d <- signif(amp%%/%%10,1)
 625             }
 626             mn <- round(min(di))
 627             mx <- round(max(di))
 628             for (i in mn:mx) {
 629                 if ((i/d) == (i%%/%%d)) {
 630                     abline(h=i,lty=3)
 631                 }
 632             }
 633             par(mar=c(0,0,0,0))
 634             plot(0, axes = FALSE, pch = '')
 635             legend(x = 'center' , rownames(di), fill = color)
 636             dev.off()
 637             """ % (ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 638     else :
 639         txt += """
 640         load("%s")
 641         library(ape)
 642         source("%s")
 643         width = %i
 644         height = %i
 645         open_file_graph("%s", width=width, height=height, svg = %s)
 646         plot.dendro.lex(tree.cut1$tree.cl, di)
 647         """ % (ffr(parametres['tree']), ffr(parametres['rgraph']), parametres['width'], parametres['height'], ffr(parametres['tmpgraph']), parametres['svg'])
 648     return txt
 649
 650 #def RAfcUci(DictAfcUciOut, nd=2, RscriptsPath='', PARCEX='0.8'):
 651 #    txt = """
 652 #    library(ca)
 653 #    nd<-%i
 654 #    """ % nd
 655 #    txt += """
 656 #    dataact<-read.csv2("%s")
 657 #    """ % (DictAfcUciOut['TableCont'])#, encoding)
 658 #    txt += """
 659 #    datasup<-read.csv2("%s")
 660 #    """ % (DictAfcUciOut['TableSup'])#, encoding)
 661 #    txt += """
 662 #    dataet<-read.csv2("%s")
 663 #    """ % (DictAfcUciOut['TableEt'])#, encoding)
 664 #    txt += """
 665 #    datatotsup<-cbind(dataact,datasup)
 666 #    datatotet<-cbind(dataact,dataet)
 667 #    afcact<-ca(dataact,nd=nd)
 668 #    afcsup<-ca(datatotsup,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotsup)),nd=nd)
 669 #    afcet<-ca(datatotet,supcol=((ncol(dataact)+1):ncol(datatotet)),nd=nd)
 670 #    afctot<-afcsup$colcoord
 671 #    rownames(afctot)<-afcsup$colnames
 672 #    colnames(afctot)<-paste('coord. facteur',1:nd,sep=' ')
 673 #    afctot<-cbind(afctot,mass=afcsup$colmass)
 674 #    afctot<-cbind(afctot,distance=afcsup$coldist)
 675 #    afctot<-cbind(afctot,intertie=afcsup$colinertia)
 676 #    rcolet<-afcet$colsup
 677 #    afctmp<-afcet$colcoord[rcolet,]
 678 #    rownames(afctmp)<-afcet$colnames[rcolet]
 679 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colmass[rcolet])
 680 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$coldist[rcolet])
 681 #    afctmp<-cbind(afctmp,afcet$colinertia[rcolet])
 682 #    afctot<-rbind(afctot,afctmp)
 683 #    write.csv2(afctot,file = "%s")
 684 #    source("%s")
 685 #    """ % (DictAfcUciOut['afc_row'], RscriptsPath['Rgraph'])
 686 #    txt += """
 687 #    PARCEX=%s
 688 #    """ % PARCEX
 689 #    #FIXME
 690 #    txt += """
 691 #    PlotAfc(afcet,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 692 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColAct'], "('none','active')")
 693 #    txt += """
 694 #    PlotAfc(afcsup,filename="%s",toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 695 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColSup'], "('none','passive')")
 696 #    txt += """PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 697 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcColEt'], "('none','passive')")
 698 #    txt += """
 699 #    PlotAfc(afcet,filename="%s", toplot=c%s, PARCEX=PARCEX)
 700 #    """ % (DictAfcUciOut['AfcRow'], "('all','none')")
 701 #    f = open(DictAfcUciOut['Rafcuci'], 'w')
 702 #    f.write(txt)
 703 #    f.close()
 704
 705 class PrintSimiScript(PrintRScript) :
 706     def make_script(self) :
 707         self.txtgraph = ''
 708         self.packages(['igraph', 'proxy', 'Matrix'])
 709         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi'], self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
 710         txt = ''
 711         if not self.parametres['keep_coord'] and not (self.parametres['type'] == 'simimatrix' or self.parametres['type'] == 'simiclustermatrix') :
 712             txt += """
 713             dm.path <- "%s"
 714             cn.path <- "%s"
 715             selected.col <- "%s"
 716             """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['actives.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
 717             if 'word' in self.parametres :
 718                 txt += """
 719                 word <- TRUE
 720                 index <- %i + 1
 721                 """ % self.parametres['word']
 722             else :
 723                 txt += """
 724                 word <- FALSE
 725                 """
 726             txt += """
 727             dm <-readMM(dm.path)
 728             cn <- read.table(cn.path, sep='\t', quote='"')
 729             colnames(dm) <- cn[,1]
 730             if (file.exists(selected.col)) {
 731                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 732                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 733             } else {
 734                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 735             }
 736             if (!word) {
 737                 dm <- dm[, sel.col]
 738             } else {
 739                 forme <- colnames(dm)[index]
 740                 if (!index %in% sel.col) {
 741                     sel.col <- append(sel.col, index)
 742                 }
 743                 dm <- dm[, sel.col]
 744                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 745             }
 746             """
 747         elif not self.parametres['keep_coord'] and (self.parametres['type'] == 'simimatrix' or self.parametres['type'] == 'simiclustermatrix'):
 748             txt += """
 749             dm.path <- "%s"
 750             selected.col <- "%s"
 751             """ % (ffr(self.pathout['mat01.csv']), ffr(self.pathout['selected.csv']))
 752             if 'word' in self.parametres :
 753                 txt += """
 754                 word <- TRUE
 755                 index <- %i + 1
 756                 """ % self.parametres['word']
 757             else :
 758                 txt += """
 759                 word <- FALSE
 760                 """
 761             txt += """
 762             dm <-read.csv2(dm.path)
 763             dm <- as.matrix(dm)
 764             if (file.exists(selected.col)) {
 765                 sel.col <- read.csv2(selected.col, header = FALSE)
 766                 sel.col <- sel.col[,1] + 1
 767             } else {
 768                 sel.col <- 1:ncol(dm)
 769             }
 770             if (!word) {
 771                 dm <- dm[, sel.col]
 772             } else {
 773                 forme <- colnames(dm)[index]
 774                 if (!index %in% sel.col) {
 775                     sel.col <- append(sel.col, index)
 776                 }
 777                 dm <- dm[, sel.col]
 778                 index <- which(colnames(dm) == forme)
 779             }
 780             """
 781         else :
 782             txt += """
 783             load("%s")
 784             """ % ffr(self.pathout['RData.RData'])
 785
 786         if self.parametres['coeff'] == 0 :
 787             method = 'cooc'
 788             if not self.parametres['keep_coord'] :
 789                 txt += """
 790                 method <- 'cooc'
 791                 mat <- make.a(dm)
 792                 """
 793         else :
 794             if not self.parametres['keep_coord'] :
 795                 txt += """
 796                 dm <- as.matrix(dm)
 797                 """
 798         if self.parametres['coeff'] == 1 :
 799             method = 'prcooc'
 800             txt += """
 801             method <- 'Russel'
 802             mat <- simil(dm, method = 'Russel', diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 803             """
 804         elif self.analyse.indices[self.parametres['coeff']] == 'binomial' :
 805             method = 'binomial'
 806             if not self.parametres['keep_coord'] :
 807                 txt += """
 808                 method <- 'binomial'
 809                 mat <- binom.sim(dm)
 810                 """
 811         elif self.parametres['coeff'] != 0 :
 812             method = self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 813             if not self.parametres['keep_coord'] :
 814                 txt += """
 815                 method <-"%s"
 816                 mat <- simil(dm, method = method, diag = TRUE, upper = TRUE, by_rows = FALSE)
 817                 """ % self.analyse.indices[self.parametres['coeff']]
 818         if not self.parametres['keep_coord'] :
 819             txt += """
 820             mat <- as.matrix(stats::as.dist(mat,diag=TRUE,upper=TRUE))
 821             mat[is.na(mat)] <- 0
 822             if (length(which(mat == Inf))) {
 823                 infp <- which(mat == Inf)
 824                 mat[infp] <- NA
 825                 maxmat <- max(mat, na.rm = TRUE)
 826                 if (maxmat > 0) {
 827                 maxmat <- maxmat + 1
 828                 } else {
 829                     maxmat <- 0
 830                 }
 831                 mat[infp] <- maxmat
 832             }
 833             if (length(which(mat == -Inf))) {
 834                 infm <- which(mat == -Inf)
 835                 mat[infm] <- NA
 836                 minmat <- min(mat, na.rm = TRUE)
 837                 if (maxmat < 0) {
 838                 minmat <- minmat - 1
 839                 } else {
 840                     minmat <- 0
 841                 }
 842                 mat[infm] <- minmat
 843             }
 844             """
 845         if 'word' in self.parametres and not self.parametres['keep_coord'] :
 846             txt += """
 847             mat <- graph.word(mat, index)
 848             cs <- colSums(mat)
 849             if (length(cs)) mat <- mat[,-which(cs==0)]
 850             rs <- rowSums(mat)
 851             if (length(rs)) mat <- mat[-which(rs==0),]
 852             if (length(cs)) dm <- dm[, -which(cs==0)]
 853             """
 854
 855         if self.parametres['layout'] == 0 : layout = 'random'
 856         if self.parametres['layout'] == 1 : layout = 'circle'
 857         if self.parametres['layout'] == 2 : layout = 'frutch'
 858         if self.parametres['layout'] == 3 : layout = 'kawa'
 859         if self.parametres['layout'] == 4 : layout = 'graphopt'
 860
 861
 862         self.filename=''
 863         if self.parametres['type_graph'] == 0 : type = 'tkplot'
 864         if self.parametres['type_graph'] == 1 :
 865             graphnb = 1
 866             type = 'nplot'
 867             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 868             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png')):
 869                 graphnb +=1
 870             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'graph_simi_'+str(graphnb)+'.png'))
 871         if self.parametres['type_graph'] == 2 : type = 'rgl'
 872         if self.parametres['type_graph'] == 3 :
 873             graphnb = 1
 874             type = 'web'
 875             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 876             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb))):
 877                 graphnb +=1
 878             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'web_'+str(graphnb)))
 879             os.mkdir(self.filename)
 880             self.filename = os.path.join(self.filename, 'gexf.gexf')
 881         if self.parametres['type_graph'] == 4 :
 882             graphnb = 1
 883             type = 'rglweb'
 884             dirout = os.path.dirname(self.pathout['mat01.csv'])
 885             while os.path.exists(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb))):
 886                 graphnb +=1
 887             self.filename = ffr(os.path.join(dirout,'webrgl_'+str(graphnb)))
 888             os.mkdir(self.filename)
 889
 890         if self.parametres['arbremax'] :
 891             arbremax = 'TRUE'
 892             self.txtgraph += ' - arbre maximum'
 893         else : arbremax = 'FALSE'
 894
 895         if self.parametres['coeff_tv'] :
 896             coeff_tv = self.parametres['coeff_tv_nb']
 897             tvminmax = 'c(NULL,NULL)'
 898         elif not self.parametres['coeff_tv'] or self.parametres.get('sformchi', False) :
 899             coeff_tv = 'NULL'
 900             tvminmax = 'c(%i, %i)' %(self.parametres['tvmin'], self.parametres['tvmax'])
 901         if self.parametres['coeff_te'] : coeff_te = 'c(%i,%i)' % (self.parametres['coeff_temin'], self.parametres['coeff_temax'])
 902         else : coeff_te = 'NULL'
 903
 904         if self.parametres['vcex'] or self.parametres.get('cexfromchi', False) :
 905             vcexminmax = 'c(%i/10,%i/10)' % (self.parametres['vcexmin'],self.parametres['vcexmax'])
 906         else :
 907             vcexminmax = 'c(NULL,NULL)'
 908         if not self.parametres['label_v'] : label_v = 'FALSE'
 909         else : label_v = 'TRUE'
 910
 911         if not self.parametres['label_e'] : label_e = 'FALSE'
 912         else : label_e = 'TRUE'
 913
 914         if self.parametres['seuil_ok'] : seuil = str(self.parametres['seuil'])
 915         else : seuil = 'NULL'
 916
 917         if not self.parametres.get('edgecurved', False) :
 918             ec = 'FALSE'
 919         else :
 920             ec = 'TRUE'
 921
 922         txt += """
 923         edge.curved <- %s
 924         """ % ec
 925
 926         cols = str(self.parametres['cols']).replace(')',', max=255)')
 927         cola = str(self.parametres['cola']).replace(')',',max=255)')
 928
 929         txt += """
 930         minmaxeff <- %s
 931         """ % tvminmax
 932         txt += """
 933         vcexminmax <- %s
 934         """ % vcexminmax
 935         txt += """
 936         cex = %i/10
 937         """ % self.parametres['cex']
 938
 939         if self.parametres['film'] :
 940             txt += """
 941             film <- "%s"
 942             """ % self.pathout['film']
 943         else :
 944             txt += """
 945             film <- NULL
 946             """
 947         txt += """
 948         seuil <- %s
 949         if (!is.null(seuil)) {
 950             if (method!='cooc') {
 951                 seuil <- seuil/1000
 952             }
 953         }
 954         """ % seuil
 955
 956         txt += """
 957         label.v <- %s
 958         label.e <- %s
 959         """ % (label_v, label_e)
 960         txt += """
 961         cols <- rgb%s
 962         cola <- rgb%s
 963         """ % (cols, cola)
 964         txt += """
 965         width <- %i
 966         height <- %i
 967         """ % (self.parametres['width'], self.parametres['height'])
 968         if self.parametres['keep_coord'] :
 969             txt += """
 970             coords <- try(coords, TRUE)
 971             if (!is.matrix(coords)) {
 972                 coords<-NULL
 973             }
 974             """
 975         else :
 976             txt += """
 977             coords <- NULL
 978             """
 979         txt += """
 980         alpha <- %i/100
 981         """ % self.parametres['alpha']
 982         txt += """
 983         alpha <- %i/100
 984         """ % self.parametres['alpha']
 985 #############################################
 986         if  self.parametres.get('bystar',False) :
 987             txt += """
 988             et <- list()
 989             """
 990             for i, line in enumerate(self.parametres['listet']) :
 991                 txt+= """
 992                 et[[%i]] <- c(%s)
 993                 """ % (i+1, ','.join([`val + 1` for val in line]))
 994             txt+= """
 995             unetoile <- c('%s')
 996             """ % ("','".join([val for val in self.parametres['selectedstars']]))
 997             txt += """
 998             fsum <- NULL
 999             rs <- rowSums(dm)
1000             for (i in 1:length(unetoile)) {
1001                 print(unetoile[i])
1002                 tosum <- et[[i]]
1003                 if (length(tosum) > 1) {
1004                     fsum <- cbind(fsum, colSums(dm[tosum,]))
1005                 } else {
1006                     fsum <- cbind(fsum, dm[tosum,])
1007                 }
1008             }
1009             source("%s")
1010             lex <- AsLexico2(fsum, chip=TRUE)
1011             dcol <- apply(lex[[4]],1,which.max)
1012             toblack <- apply(lex[[4]],1,max)
1013             gcol <- rainbow(length(unetoile))
1014             #gcol[2] <- 'orange'
1015             vertex.label.color <- gcol[dcol]
1016             vertex.label.color[which(toblack <= 3.84)] <- 'black'
1017             leg <- list(unetoile=unetoile, gcol=gcol)
1018             cols <- vertex.label.color
1019             chivertex.size <- norm.vec(toblack, vcexminmax[1],  vcexminmax[2])
1020
1021             """ % (ffr(self.analyse.parent.RscriptsPath['chdfunct']))
1022         else :
1023             txt += """
1024             vertex.label.color <- 'black'
1025             chivertex.size <- 1
1026             leg<-NULL
1027             """
1028 #############################################
1029
1030 #        txt += """
1031 #        eff <- colSums(dm)
1032 #        g.ori <- graph.adjacency(mat, mode='lower', weighted = TRUE)
1033 #        w.ori <- E(g.ori)$weight
1034 #        if (max.tree) {
1035 #            if (method == 'cooc') {
1036 #                E(g.ori)$weight <- 1 / w.ori
1037 #            } else {
1038 #                E(g.ori)$weigth <- 1 - w.ori
1039 #            }
1040 #            g.max <- minimum.spanning.tree(g.ori)
1041 #            if (method == 'cooc') {
1042 #                E(g.max)$weight <- 1 / E(g.max)$weight
1043 #            } else {
1044 #                E(g.max)$weight <- 1 - E(g.max)$weight
1045 #            }
1046 #            g.toplot <- g.max
1047 #        } else {
1048 #            g.toplot <- g.ori
1049 #        }
1050 #        """
1051         if self.parametres['com'] :
1052             com = `self.parametres['communities']`
1053         else :
1054             com = 'NULL'
1055         if self.parametres['halo'] :
1056             halo = 'TRUE'
1057         else :
1058             halo = 'FALSE'
1059         txt += """
1060         communities <- %s
1061         halo <- %s
1062         """ % (com, halo)
1063         txt += """
1064         eff <- colSums(dm)
1065         x <- list(mat = mat, eff = eff)
1066         graph.simi <- do.simi(x, method='%s', seuil = seuil, p.type = '%s', layout.type = '%s', max.tree = %s, coeff.vertex=%s, coeff.edge = %s, minmaxeff = minmaxeff, vcexminmax = vcexminmax, cex = cex, coords = coords, communities = communities, halo = halo)
1067         """ % (method, type, layout, arbremax, coeff_tv, coeff_te)
1068
1069         if self.parametres.get('bystar',False) :
1070             if self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1071                 txt+="""
1072                     label.cex<-chivertex.size
1073                     """
1074             else :
1075                 txt+="""
1076                 label.cex <- cex
1077                 """
1078             if self.parametres.get('sfromchi', False) :
1079                 txt += """
1080                 vertex.size <- norm.vec(toblack, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1081                 """
1082             else :
1083                 txt += """
1084                 vertex.size <- NULL
1085                 """
1086         else :
1087             #print self.parametres
1088             if (self.parametres['type'] == 'clustersimitxt' and self.parametres.get('tmpchi', False)) or (self.parametres['type'] in ['simimatrix','simiclustermatrix'] and 'tmpchi' in self.parametres):
1089                 txt += """
1090                 lchi <- read.table("%s")
1091                 lchi <- lchi[,1]
1092                 """ % ffr(self.parametres['tmpchi'])
1093                 txt += """
1094                     lchi <- lchi[sel.col]
1095                     """
1096             if self.parametres['type'] in ['clustersimitxt', 'simimatrix', 'simiclustermatrix'] and self.parametres.get('cexfromchi', False) :
1097                 txt += """
1098                 label.cex <- norm.vec(lchi, vcexminmax[1], vcexminmax[2])
1099                 """
1100             else :
1101                 txt += """
1102             if (is.null(vcexminmax[1])) {
1103                 label.cex <- cex
1104             } else {
1105                 label.cex <- graph.simi$label.cex
1106             }
1107             """
1108             if (self.parametres['type'] in ['clustersimitxt', 'simimatrix', 'simiclustermatrix']) and self.parametres.get('sfromchi', False):
1109                 txt += """
1110                 vertex.size <- norm.vec(lchi, minmaxeff[1], minmaxeff[2])
1111                 if (!length(vertex.size)) vertex.size <- 0
1112                 """
1113             else :
1114                 txt += """
1115             if (is.null(minmaxeff[1])) {
1116                 vertex.size <- 0
1117             } else {
1118                 vertex.size <- graph.simi$eff
1119             }
1120             """
1121         #txt += """ vertex.size <- NULL """
1122         if self.parametres['svg'] : svg = 'TRUE'
1123         else : svg = 'FALSE'
1124         txt += """
1125         svg <- %s
1126         """ % svg
1127         txt += """
1128         vertex.col <- cols
1129         if (!is.null(graph.simi$com)) {
1130             com <- graph.simi$com
1131             colm <- rainbow(length(com))
1132             if (vertex.size != 0 || graph.simi$halo) {
1133                 vertex.label.color <- 'black'
1134                 vertex.col <- colm[membership(com)]
1135             } else {
1136                 vertex.label.color <- colm[membership(com)]
1137             }
1138         }
1139         coords <- plot.simi(graph.simi, p.type='%s',filename="%s", vertex.label = label.v, edge.label = label.e, vertex.col = vertex.col, vertex.label.color = vertex.label.color, vertex.label.cex=label.cex, vertex.size = vertex.size, edge.col = cola, leg=leg, width = width, height = height, alpha = alpha, movie = film, edge.curved = edge.curved, svg = svg)
1140         save.image(file="%s")
1141         """ % (type, self.filename, ffr(self.pathout['RData']))
1142
1143         self.add(txt)
1144         self.write()
1145
1146 class WordCloudRScript(PrintRScript) :
1147     def make_script(self) :
1148         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1149         self.packages(['wordcloud'])
1150         bg_col = Rcolor(self.parametres['col_bg'])
1151         txt_col = Rcolor(self.parametres['col_text'])
1152         if self.parametres['svg'] :
1153             svg = 'TRUE'
1154         else :
1155             svg = 'FALSE'
1156         txt = """
1157         svg <- %s
1158         """ % svg
1159         txt += """
1160         act <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t')
1161         selected.col <- read.table("%s")
1162         toprint <- as.matrix(act[selected.col[,1] + 1,])
1163         rownames(toprint) <- rownames(act)[selected.col[,1] + 1]
1164         maxword <- %i
1165         if (nrow(toprint) > maxword) {
1166             toprint <- as.matrix(toprint[order(toprint[,1], decreasing=TRUE),])
1167             toprint <- as.matrix(toprint[1:maxword,])
1168         }
1169         open_file_graph("%s", width = %i, height = %i , svg = svg)
1170         par(bg=rgb%s)
1171         wordcloud(row.names(toprint), toprint[,1], scale=c(%f,%f), random.order=FALSE, colors=rgb%s)
1172         dev.off()
1173         """ % (ffr(self.analyse.pathout['actives_eff.csv']), ffr(self.analyse.pathout['selected.csv']), self.parametres['maxword'], ffr(self.parametres['graphout']), self.parametres['width'], self.parametres['height'], bg_col, self.parametres['maxcex'], self.parametres['mincex'], txt_col)
1174         self.add(txt)
1175         self.write()
1176
1177 class ProtoScript(PrintRScript) :
1178     def make_script(self) :
1179         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph'], self.analyse.parent.RscriptsPath['prototypical.R']])
1180         self.packages(['wordcloud'])
1181         if self.parametres.get('cloud', False) :
1182             cloud = 'TRUE'
1183         else :
1184             cloud = 'FALSE'
1185         txt = """
1186         errorn <- function(x) {
1187             qnorm(0.975)*sd(x)/sqrt(lenght(n))
1188         }
1189         errort <- function(x) {
1190             qt(0.975,df=lenght(x)-1)*sd(x)/sqrt(lenght(x))
1191         }
1192         mat <- read.csv2("%s", header = FALSE, row.names=1, sep='\t', quote='"', dec='.')
1193         open_file_graph("%s",height=800, width=1000)
1194         prototypical(mat, mfreq = %s, mrank = %s, cloud = FALSE, cexrange=c(1,2.4), cexalpha= c(0.4, 1), type = '%s')
1195         dev.off()
1196         """ % (ffr(self.analyse.pathout['table.csv']), ffr(self.analyse.pathout['proto.png']), self.parametres['limfreq'], self.parametres['limrang'], self.parametres['typegraph'])
1197         self.add(txt)
1198         self.write()
1199
1200
1201 class ExportAfc(PrintRScript) :
1202     def make_script(self) :
1203         self.source([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1204         self.packages(['rgexf'])
1205         txt = """
1206         """
1207
1208 class MergeGraphes(PrintRScript) :
1209     def __init__(self, parametres):
1210         self.script = u"#Script genere par IRaMuTeQ - %s\n" % datetime.now().ctime()
1211         self.pathout = PathOut()
1212         self.parametres = parametres
1213         self.scriptout = self.pathout['temp']
1214
1215     def make_script(self) :
1216         #FIXME
1217
1218         txt = """
1219         library(igraph)
1220         library(Matrix)
1221         graphs <- list()
1222         """
1223         load = """
1224         load("%s")
1225         g <- graph.simi$graph
1226         V(g)$weight <- (graph.simi$mat.eff/nrow(dm))*100
1227         graphs[['%s']] <- g
1228         """
1229         for i, graph in enumerate(self.parametres['lgraphes']) :
1230             path = os.path.dirname(graph)
1231             gname = ''.join(['g', `i`])
1232             RData = os.path.join(path,'RData.RData')
1233             txt += load % (ffr(RData), gname)
1234         self.add(txt)
1235         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['simi']])
1236         txt = """
1237         ng <- merge.graph(graphs)
1238         ngraph <- list(graph=ng, layout=layout.fruchterman.reingold(ng, dim=3), labex.cex=V(ng)$weight)
1239         write.graph(ng, "%s", format = 'graphml')
1240         """ % ffr(self.parametres['grapheout'])
1241         self.add(txt)
1242
1243 class TgenSpecScript(PrintRScript):
1244     def make_script(self):
1245         self.packages(['textometry'])
1246         txt = """
1247         tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
1248         """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
1249         txt += """
1250         tot <- tgen[nrow(tgen), ]
1251         result <- NULL
1252         tgen <- tgen[-nrow(tgen),]
1253         for (i in 1:nrow(tgen)) {
1254             mat <- rbind(tgen[i,], tot - tgen[i,])
1255             specmat <- specificities(mat)
1256             result <- rbind(result, specmat[1,])
1257         }
1258         colnames(result) <- colnames(tgen)
1259         row.names(result) <- rownames(tgen)
1260         write.table(result, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1261         """ % ffr(self.pathout['tgenspec.csv'])
1262         self.add(txt)
1263
1264 class TgenProfScript(PrintRScript):
1265     def make_script(self):
1266         self.sources([self.analyse.ira.RscriptsPath['chdfunct']])
1267         txt = """
1268         tgen <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
1269         """ % ffr(self.parametres['tgeneff'])
1270         txt += """
1271         tgenlem <- read.csv2("%s", row.names = 1, sep = '\\t')
1272         """ % ffr(self.parametres['tgenlemeff'])
1273         txt += """
1274         res <- build.prof.tgen(tgen)
1275         write.table(res$chi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1276         write.table(res$pchi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1277         """ % (ffr(self.pathout['tgenchi2.csv']), ffr(self.pathout['tgenpchi2.csv']))
1278         txt += """
1279         reslem <- build.prof.tgen(tgenlem)
1280         write.table(reslem$chi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1281         write.table(reslem$pchi2, file = "%s", sep='\\t', col.names = NA)
1282         """ % (ffr(self.pathout['tgenlemchi2.csv']), ffr(self.pathout['tgenlempchi2.csv']))
1283         self.add(txt)
1284
1285 class FreqMultiScript(PrintRScript):
1286     def make_script(self):
1287         self.sources([self.analyse.parent.RscriptsPath['Rgraph']])
1288         txt = """
1289         freq <- read.csv2("%s", row.names=1, sep='\\t', dec='.')
1290         """ % ffr(self.pathout['frequences.csv'])
1291         txt += """
1292         toplot <- freq[order(freq[,2]) ,2]
1293         toplot.names = rownames(freq)[order(freq[,2])]
1294         h <- 80 + (20 * nrow(freq))
1295         open_file_graph("%s",height=h, width=500)
1296         par(mar=c(3,20,3,3))
1297         barplot(toplot, names = toplot.names, horiz=TRUE, las =1, col = rainbow(nrow(freq)))
1298         dev.off()
1299         """ % ffr(self.pathout['barplotfreq.png'])
1300         txt += """
1301         toplot <- freq[order(freq[,4]) ,4]
1302         toplot.names = rownames(freq)[order(freq[,4])]
1303         open_file_graph("%s",height=h, width=500)
1304         par(mar=c(3,20,3,3))
1305         barplot(toplot, names = toplot.names, horiz=TRUE, las =1, col = rainbow(nrow(freq)))
1306         dev.off()
1307         """ % ffr(self.pathout['barplotrow.png'])
1308         self.add(txt)
1309         self.write()